本发明专利技术提供了一种用于敲低Syntaxin6的小分子干扰RNA、shRNA、shRNA的编码DNA、重组载体、重组慢病毒和宿主细胞及其应用，所述小分子干扰RNA具有与翻译突触融合蛋白Syntaxin6的信使RNA互补的核苷酸序列，长度为19～27bp。本发明专利技术提供的重组慢病毒载体能在宿主细胞内转录得到Syntaxin6-shRNA；本发明专利技术提供的Syntaxin6-shRNA经过宿主细胞加工后可生成能沉默Syntaxin6表达的小分子干扰RNA；本发明专利技术提供的小分子干扰RNA能靶向突触融合蛋白Syntaxin6的mRNA，并导致所述mRNA降解，并导致基因沉默效应，降低Syntaxin6的表达水平。
【技术实现步骤摘要】
用于敲低Syntax in6的小分子干扰RNA、重组载体及其应用
本专利技术涉及分子生物学、基因工程技术以及生物医药领域，具体涉及一种用于敲低Syntaxin6的小分子干扰RNA、重组载体及其应用。
技术介绍
Syntaxin6属于SNARE家族，SNARE在细胞囊泡运输过程中起着极其重要的作用，细胞囊泡运输又是细胞内及细胞间的物质运输的主要途径之一，所以研究SNARE家族蛋白如何控制囊泡融合，以及其在信号通路中的作用，对研究各项细胞、组织、器官及生物体生命活动有重要意义，而研究Syntaxine在信号通路中的作用有必要提供一种敲低Syntaxin6的表达水平的方法以及稳定敲低Syntaxin6的表达水平的细胞系。RNA干扰(RNA interference, RNAi)可诱发的基因沉默。当细胞中导入与内源性mRNA编码区同源的双链RNA时，该mRNA发生降解而导致基因表达沉默，是一种降低目标蛋白表达水平的有效途径。因此，有必要提供一种采用RNA干扰技术对Syntaxine进行基因沉默的方法以及一种稳定敲低Syntaxin6的表达水平的细胞系。
技术实现思路
为解决上述问题，本专利技术提供了一种用于敲低Syntaxin6的小分子干扰RNA、shRNA、shRNA的编码DNA、重组载体、重组慢病毒和宿主细胞及应用。本专利技术提供的小分子干扰RNA能直接特异性祀向Syntaxin6的mRNA并导致mRNA降解，产生基因沉默效应；本专利技术提供的shRNA、shRNA的编码DNA、重组载体、重组慢病毒能通过促使宿主细胞中Syntaxin6的mRNA降解间接地沉默Syntaxin6的表达，降低Syntaxin6的表达水平。本专利技术涉及的英文缩写及其中文释义如下:Syntaxin6:突触融合蛋白6,所述突触融合蛋白6的Genebank登录号为ΝΜ_001006947.1；mRNA:信使 RNA ；siRNA:小分子干扰 RNA ；shRNA:短发夹 RNA ；Syntaxin6-shRNA:具有靶向突触融合蛋白6的信使RNA的短发夹RNA ；第一方面，本专利技术提供了一种小分子干扰RNA，所述小分子干扰RNA具有与翻译突触融合蛋白Syntaxin6的信使RNA互补的核苷酸序列，长度为19~27bp。优选地，所述小分子干扰RNA的长度为21~27bp。 优选地，所述小分子干扰RNA的核苷酸序列如SEQ ID NO:1或SEQ IDNO: 2所示。第二方面，本专利技术提供了一种shRNA，所述shRNA具有如第一方面所述的小分子干扰RNA的正义链或反义链的核苷酸序列。优选地，本专利技术第二方面提供了的一种shRNA，为具有茎环结构的单链RNA，所述shRNA具有小分子干扰RNA的正义链或反义链的核苷酸序列，其中，所述小分子干扰RNA具有与翻译突触融合蛋白Syntaxin6的信使RNA互补的核苷酸序列，长度为19~27bp。优选地，所述小分子干扰RNA的长度为21~27bp。优选地，所述小分子干扰RNA的核苷酸序列如SEQ ID NO:1或SEQ IDNO: 2所示。第三方面，本专利技术提供了一种shRNA的编码DNA，所述shRNA具有如第一方面所述的小分子干扰RNA的正义链或反义链的核苷酸序列。优选地，本专利技术第三方面提供了的一种shRNA的编码DNA，所述shRNA具有小分子干扰RNA的正义链或反义链的核苷酸序列，其中，所述小分子干扰RNA具有与翻译突触融合蛋白Syntaxin6的信使RNA互补的核苷酸序列，长度为19~27bp。优选地，所述小分子干扰RNA的长度为21~27bp。优选地，所述小分子干扰RNA的核苷酸序列如SEQ ID NO:1或SEQ IDNO: 2所示。优选地，所述编码shRNA的DNA的含有SEQ ID NO: 3或4所示的核苷酸序列。具体地，在此优选条件下，所述SEQ ID NO:3 (5，_3，)为:GCAGGCATTAGCTGAAAGAAACTCGAGTTTCTTTCAGCTAATGCCTGCTTTTT ；所述SEQ ID NO:4 (5，_3，)为:AAAAAGCAGGCATTAGCTGAAAGAAACTCGAGTTTCTTTCAGCTAATGCCTG。进一步优选地，所述SEQ ID N0:3和4所示的核苷酸序列的5’端或3’端具有酶切位点。`更进一步优选地，所述SEQ ID NO:3和4所示的核苷酸序列的5’端的酶切位点分别为 Age I 和 EcoR I。在此优选条件下，所述编码shRNA的DNA具有如SEQ ID N0:5或6所示的核苷酸序列。具体地，所述SEQ ID NO:5 (5，_3，)为:[0031 ] CCGGGCAGGCATTAGCTGAAAGAAACTCG^ GTTTCTTTCAGCTAATGCCTGCTTTTT G；所述SEQ ID NO:6 (5，_3，)为:AATTCAAAAAGCAGGCATTAGCTGAAAGAAACTCG/? G:TTTCTTTCAGCTAATGCCTGC。其中，双划线标识的碱基处为酶切位点，波浪线表示的序列为SiRNA的正义链，单划线标识的序列为siRNA的反义链，斜体标识的序列为形成shRNA发卡时的环区序列。优选地，所述编码shRNA的DNA还包括RNA聚合酶III启动子。进一步优选地，所述RNA聚合酶III启动子为人源的U6启动子或人源的Hl启动子。进一步优选地，所述RNA聚合酶III启动子为鼠源的U6启动子或鼠源的Hl启动子。第四方面，本专利技术提供了一种重组载体，所述重组载体为在所述重组载体为在pLK0.1质粒的多克隆位点、pEN-hHlc质粒的多克隆位点或pDSL-hpUGIP质粒的重组位点插入如第三方面所述的编码shRNA的DNA得到的重组载体。优选地，本专利技术第四方面提供了的一种重组载体，所述重组载体为在所述重组载体为在pLK0.1质粒的多克隆位点、pEN-hHlc质粒的多克隆位点或pDSL-hpUGIP质粒的重组位点插入编码shRNA的DNA得到的重组载体，其中，所述shRNA具有小分子干扰RNA的正义链或反义链的核苷酸序列，其中，所述小分子干扰RNA具有与翻译突触融合蛋白Syntaxin6的信使RNA互补的核苷酸序列，长度为19~27bp。 优选地，所述pLK0.1质粒的多克隆位点为Age I和EcoR I酶切位点。[0041 ] 优选地，所述pEN-hHlc质粒的多克隆位点为BamHI和XhoI酶切位点。优选地,所述pDSL-hpUGIP质粒的重组位点为attRl和attR2,其中，attRl位于pDSL-hpUGIP 质粒的 2614 ~2738bp 位点，attR2 位于 pDSL-hpUGIP 质粒的 4194 ~4318bp位点。优选地，所述小分子干扰RNA的长度为21~27bp。优选地，所述小分子干扰RNA的核苷酸序列如SEQ ID NO:1或SEQ ID NO: 2所示。优选地，所述编码shRNA的DNA的含有SEQ ID NO: 3或4所示的核苷酸序列。具体地，在此优选条件下，所述SEQ ID NO:3 (5，_3，)为:GCAGGCATTAGCTGAAAGAAACTCGAGTTTCTTTCAGCTAATGCCTGC本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种小分子干扰RNA，其特征在于，所述小分子干扰RNA具有与翻译突触融合蛋白Syntaxin6的信使RNA互补的核苷酸序列，长度为19～27bp。
【技术特征摘要】
1.一种小分子干扰RNA，其特征在于，所述小分子干扰RNA具有与翻译突触融合蛋白Syntaxin6的信使RNA互补的核苷酸序列，长度为19~27bp。2.如权利要求1所述的小分子干扰RNA，其特征在于，所述小分子干扰RNA的核苷酸序列如 SEQ ID N0:1 或 SEQ ID N0:2 所示。3.一种shRNA，为具有茎环结构的单链RNA，其特征在于，所述shRNA具有如权利要求1或权利要求2所述的小分子干扰RNA的正义链或反义链的核苷酸序列。4.一种编码shRNA的DNA，其特征在于，所述shRNA具有如权利要求1或权利要求2所述的小分子干扰RNA的正义链或反义链的核苷酸序列。5.如权利要求4所述的编码shRNA的DNA，其特征在于，所述编码shRNA的DNA的含有SEQ ID N0:3或SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列。6.如权利要求4所述的编码shRNA的DNA，其特征在于，所述编码shRNA的DNA还包括RNA聚合酶I...
【专利技术属性】
技术研发人员：杨诗涵，张磊，李红昌，
申请(专利权)人：深圳先进技术研究院，
类型：发明
国别省市：广东;44
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