分析染色体易位的方法及其系统技术方案

本发明专利技术内容涉及用于分析染色体易位的系统和方法，并且具体地涉及通过原位杂交对染色体易位的分析。所述方法采用5’探针、3’探针和在断裂点附近结合，任选地，与该断裂点重叠的探针。所述探针经不同标记。具体地，描述了在检测牵涉ALK基因的易位中的用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】分析染色体易位的方法及其系统专利
本公开内容涉及用于分析染色体易位的系统和方法，并且具体地涉及通过原位杂交对染色体易位的分析。专利技术背景基于对取自患病生物体的组织或细胞样品的判读来对疾病进行诊断、预后和确定治疗已在过去数年中急剧扩张。除了传统的组织学染色技术和免疫组化测定法外，现在还使用原位技术如原位杂交和原位聚合酶链式反应来帮助诊断人的疾病状态。如此，存在多种不仅能评估细胞形态学而且能评估细胞和组织内特定大分子存在的技术。分子细胞遗传技术如生色原位杂交(CISH)将染色体的视觉评估(染色体组型分析)与分子技术组合。分子细胞遗传学方法基于核酸探针与其在细胞内的互补核酸的杂交。针对特定染色体区域的探针会识别中期染色体上或分裂间期细胞核内(例如组织样品中)的其互补序列并与之杂交。已开发出用于多种诊断和研究目的的探针。序列探针与特定染色体区域或基因中的单拷贝DNA序列杂交。这些是用于鉴定与感兴趣的综合征或状况有关的染色体关键区域或基因的探针。在分裂中期染色体上，这类探针与每条染色单体杂交，每条染色体通常给出两个较小的离散信号。序列探针如重复消减探针或独特序列探针(参见例如U.S.2011/0160076)的杂交已使得与大量疾病和综合征有关的染色体异常的检测成为可能，所述疾病和综合征包括组成性遗传异常，如微缺失综合征(microdeletion syndrome)、染色体易位、基因扩增和非整倍性综合征、新生性疾病以及病原体感染。最通常地，将这些技术应用于显微镜载玻片上的标准细胞遗传制备物。另外，这些规程可以对经福尔马林固定的、经石蜡包埋的组织的载玻片、血液或骨髓涂片以及直接固定的细胞或其它核分离物使用。可以将从这些测定法获得的信息用于诊断患者中的疾病，确定患有疾病的患者的预后，还有用于确定患有疾病的患者的治疗过程。在许多情况中，可以将特定标志物的存在与预测的药物功效相关联。非小细胞肺癌(NSCLC)是一种在肺组织中形成恶性(癌)细胞的疾病。NSCLC实际上是一组肺癌，其以在癌症中发现的细胞种类以及该细胞在显微镜下看上去如何命名。三种主要类型的非小细胞肺癌是鳞状细胞癌、大细胞癌和腺癌。NSCLC是最常见的肺癌种类。鳞状细胞癌是一种在鳞状细胞中开始的癌症，所述鳞状细胞是看上去像鱼鳞的薄的、平坦的细胞。这也称作表皮样癌。大细胞癌是可以在数种类`型的大细胞中开始的癌症。腺癌是一种在作为肺泡衬里并生成如粘液等物质的细胞中开始的癌症。其它不太常见的非小细胞肺癌类型为:多形性、类癌肿瘤、唾液腺癌和未分类的癌。吸香烟、烟斗或雪茄是NSCLC的最常见起因。人在生命中开始吸烟越早，人吸得越频繁和人吸得年数越长，则风险越大。如果人停止吸烟，则风险随着岁月流逝而变低。经常同时进行检测、诊断并分期非小细胞肺癌的测试和规程。一般使用下列测试和规程:胸部X射线；CBC ;寻找癌细胞的痰测试；骨扫描；胸的CT扫描；胸的MRI ;正电子发射断层摄影术(PET)扫描；和胸腔穿刺术。在一些情况中，采用活组织检查并分析。如果活组织检查揭示肺癌的存在，那么将进行更多的成像测试来确定癌症阶段。阶段指肿瘤的大小和其已扩散的程度。非小细胞肺癌被分成5个阶段:0期-癌症尚未扩散超出肺的内部衬里；1期-癌症较小且还未扩散到淋巴结；11期-癌症已扩散到初始肿瘤附近的一些淋巴结；ΙΠ期-癌症已扩散到附近组织或扩散到远处的淋巴结；IV期-癌症已扩散到身体的其它器官如另一个肺、脑或肝。有许多用于非小细胞肺癌的不同类型的治疗。治疗依赖于癌症阶段。外科手术经常是对患有尚未扩散到超出附近淋巴结的非小细胞肺癌的患者的一线治疗。外科医生可以除去:肺叶之一(叶切除术)；仅肺的小部分(楔形(wedge)或段(segment)切除)；完整的肺(全肺切除术)。一些患者需要化疗。化疗使用药物来杀死癌细胞并使新的癌细胞停止生长。当癌症扩散时(IV期)，经常使用单独的化疗。在一些情况中，进行遗传分析来确定NSCLC的最佳治疗过程。例如，在EGFR基因中具有特定突变的一些患者响应EGFR酪氨酸激酶抑制剂如吉非替尼(gefitinib)。另一个例子是，7%的具有EML4-ALK易位的NSCLC可以受益于在临床试验中的ALK抑制剂。已将分离(break-apart)探针系统用于分析来自NSCLC患者的组织。然而，由于在NSCLC中发生的染色体重排的性质，可以有假阳性结果的问题，特别是在重排在同一染色体内的情况下，如倒位。在这些情况中，可以不可能正确解析来自每组分离探针的信号。即使尚未发生重排，该信号也可以作为两个分开的信号出现。这由于获得不正确的结果和活组织检查材料的缺乏两者而可以是个一个真正的问题。已将三色系统用于染色体分析。参见例如 Makretsov 等，Genes, Chromosomes and Cancer, 40:152-57 (2004) ;Martin-Subero,等，Cancer Res.，66 (21): 10332-38 (2006) ; Yoshimoto 等，Neoplasia8 (6): 465-69 (2006) ; Renne等，J.Mol.Diagnost.，7(3): 352-56 (2005)。然而，这些系统无一已经应用于解决与分离探针系统中的假阳性结果有关的问题。解决假阳性结果问题的分离探针系统会为受癌症折磨的患者提供益处。 专利技术概述本公开内容涉及用于分析染色体易位的系统和方法，并且具体地涉及通过原位杂交分析染色体易位。在例示性实施方案中，用于对样品分析与断裂点关联的染色体易位的方法包括使所述样品与下列探针接触:包含配置为与位于所述断裂点5’的基因组DNA杂交的第一序列的第一核酸探针、包含配置为与位于所述断裂点3’的基因组DNA杂交的第二序列的第二核酸探针、和包含配置为与所述断裂点附近的基因组DNA杂交的第三序列的第三核酸探针。所述方法进一步包括建立适合于所述探针与样品中的基因组DNA杂交的条件，并检测所述探针的杂交，其通过检测与第一核酸探针关联的第一信号、与第二核酸探针关联的第二信号、以及与第三核酸探针关联的第三信号进行。在一个实施方案中，所述方法进一步包括鉴定样品次序和取向，所述样品次序和取向为沿染色体纵向排布的第一信号、第二信号和第三信号的顺序。在另一个实施方案中，所述方法进一步包括将样品次序和取向与对照次序和取向比较。在另一个实施方案中，所述对照次序和取向为沿染色体纵向排布的第一信号、第二信号和第三信号的顺序，其中已知所述染色体没有与断裂点关联的染色体易位。在例示性实施方案中，所述第三序列配置为与在所述断裂点5’且附近的基因组DNA杂交，并且将所述样品次序和取向与对照次序和取向比较包括确立与对照次序和取向相比所述样品次序和取向是否包括所述第一信号和第三信号的倒置。在一个实施方案中，所述第三序列配置为与在所述断裂点3’且附近的基因组DNA杂交，并且将所述样品次序和取向与对照次序和取向比较包括确立与对照次序和取向相比所述样品次序和取向是否包括所述第二信号和第三信号的倒置。在另一个实施方案中，所述第三序列配置为与在所述断裂点附近且位于所述断裂点5’和3’两者的基因组DNA杂交，并且将所述样品次序和取向与对照次序和取向比较包括确立与对照次本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于对样品分析与断裂点关联的染色体易位的方法，其包括：使所述样品与下列各项接触：?第一核酸探针，其包含配置为与位于所述断裂点5’的基因组DNA杂交的第一序列，?第二核酸探针，其包含配置为与位于所述断裂点3’的基因组DNA杂交的第二序列，和?第三核酸探针，其包含配置为与所述断裂点附近的基因组DNA杂交的第三序列；建立适合于所述探针与所述样品中的所述基因组DNA杂交的条件；并检测所述探针的杂交，其通过检测与所述第一核酸探针关联的第一信号、与所述第二核酸探针关联的第二信号、以及与所述第三核酸探针关联的第三信号进行。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2011.03.14 US 61/452,3471.一种用于对样品分析与断裂点关联的染色体易位的方法，其包括: 使所述样品与下列各项接触: -第一核酸探针，其包含配置为与位于所述断裂点5’的基因组DNA杂交的第一序列， -第二核酸探针，其包含配置为与位于所述断裂点3’的基因组DNA杂交的第二序列，和 -第三核酸探针，其包含配置为与所述断裂点附近的基因组DNA杂交的第三序列； 建立适合于所述探针与所述样品中的所述基因组DNA杂交的条件；并检测所述探针的杂交，其通过检测与所述第一核酸探针关联的第一信号、与所述第二核酸探针关联的第二信号、以及与所述第三核酸探针关联的第三信号进行。2.权利要求1的方法，其进一步包括鉴定样品次序和取向，所述样品次序和取向为所述第一信号、所述第二信号和所述第三信号的排布。3.权利要求2的方法，其进一步包括将所述样品次序和取向与对照次序和取向比较。4.权利要求3的方法，其中所述第三序列配置为与在所述断裂点5’且附近的基因组DNA杂交，且将所述样品次序和取向与对照次序和取向比较包括确立与所述对照次序和取向相比所述样品次序和 取向是否包括所述第一信号和所述第三信号的倒置。5.权利要求3的方法，其中所述第三序列配置为与在所述断裂点3’且附近的基因组DNA杂交，且将所述样品次序和取向与对照次序和取向比较包括确立与所述对照次序和取向相比所述样品次序和取向是否包括所述第二信号和所述第三信号的倒置。6.权利要求3的方法，其中所述第三序列配置为与在所述断裂点附近且位于所述断裂点5’和3’两者的基因组DNA杂交，且将所述样品次序和取向与对照次序和取向比较包括确立与所述对照次序和取向相比所述样品次序和取向是否包括所述第一信号或所述第二信号与所述第三信号的倒置。7.权利要求3的方法，其进一步包括通过分析已知缺乏与所述断裂点关联的染色体易位的对照样品来测定所述对照次序和取向，包括: 使所述对照样品与下列各项接触: -所述第一核酸探针，其包含所述配置为与位于所述断裂点5’的基因组DNA杂交的第一序列， -所述第二核酸探针，其包含所述配置为与位于所述断裂点3’的基因组DNA杂交的第二序列，和 -所述第三核酸探针，其包含所述配置为与所述断裂点附近的基因组DNA杂交的第三序列； 建立适合于所述探针与所述对照中的所述基因组DNA杂交的条件；并检测所述探针的杂交，其通过检测与所述第一核酸探针关联的第一信号、与所述第二核酸探针关联的第二信号、以及与所述第三核酸探针关联的第三信号进行。8.权利要求1的方法，其中核酸探针包含用可检测模块标记的选自下组的核酸:RNA、DNA、PNA、LNA及其组合。9.权利要求8的方法，其中所述可检测模块选自下组:半抗原、酶、荧光分子、发光分子和放射性分子。10.权利要求8的方法，其中所述可检测模块是半抗原，且所述第一、第二和第三核酸探针分别用不同的第一、第二和第三半抗原标记。11.权利要求10的方法，其中所述不同的第一、第二和第三半抗原选自下组:生物素、2，4-二硝基苯基(2，4-dintropheyl) (DNP)、突光素衍生物、洋地黄毒苷(digoxygenin)(DIG)、5_ 硝基-3-批唑碳酸胺(5-nitro-3-pyrozoIecarbamide)(硝基批唑，NP)、4，5，- 二甲氧基-2-硝基肉桂酰胺(4，5, -dimethoxy-2-nitrocinnamide)(硝基肉桂酰胺，NCA)、2_(3，4_ 二甲氧基苯基)-喹啉 _4_ 碳酸胺(2_(3, 4-dimethoxyph...

【专利技术属性】
技术研发人员：M法雷尔，TM格罗甘，H尼塔，张文军，
申请(专利权)人：文塔纳医疗系统公司，
类型：
国别省市：