确定针对病状的个性化医疗介入的系统和方法技术方案

本发明专利技术涉及确定针对病状的个性化医疗介入的系统和方法。根据本发明专利技术的一种用于确定针对特定病状尤其是癌症的个性化医疗介入的系统和方法，其包括：对来自患者的生物样品进行分子概况分析；确定任何分子结果是否包括与参考相比显示表达变化的一个或多个基因、一个或多个基因表达的蛋白质、一个或多个分子机制和/或这些的组合；以及鉴定能够与显示表达变化的这些基因、基因表达的蛋白质、分子机制或这些分子结果的组合相互作用的非疾病特异性的疗法或试剂。

【技术实现步骤摘要】
确定针对病状的个性化医疗介入的系统和方法本专利技术专利申请是国际申请号为PCT/US2007/069286，国际申请日为2007年5月18日，进入中国国家阶段的申请号为200780018015.9，名称为“确定针对病状的个性化医疗介入的系统和方法”的专利技术专利申请的分案申请。专利
本专利技术一般涉及应用分子概况分析以提供针对特定病状确定医疗介入的系统和方法。可在疾病的任何阶段实施该系统和方法。特别地，本专利技术涉及针对重病患者例如在至少两个化学治疗或激素疗养后继续发展的癌症患者，确定医疗介入的系统和方法，其中该方法包括：对来自该患者的生物样品进行分子概况分析；确定包括一个或多个基因、基因表达的蛋白质、分子机制的任何分子结果和/或其组合与正常参照相比是否显示表达上的变化；以及鉴定能够与显示了表达上的变化的基因、基因表达的蛋白质、分子机制或这些分子结果的组合相互作用的药物疗法。专利技术背景患者疾病状态通常用根据基于临床的标准选择的治疗疗养或疗法来治疗；即基于患者已被诊断患有特定疾病（已根据传统诊断分析做出诊断）的确定而为该患者选择治疗疗养或疗法。尽管各种病状背后的分子机制已成为多年来的研究主题，但是患病个体的分子概况分析在为该个体确定治疗疗养和疗法中的具体应用因病而异且并未被广泛推行。一些治疗疗法已使用分子概况分析与患者临床特征的结合而得到确定，比如医生所作的观察（例如，比如来自国际疾病分类的代码以及确定这些代码的日期）、实验室试验结果、X射线、活组织检查结果、患者所作的陈述以及医生为作出具体疾病的诊断通常所依据的任何其它医疗信息。但是，联合使用基于分子概况分析和临床特征（比如对特定类型癌症的诊断）的选择材料来确定治疗疗养或疗法存在针对特定个体可能忽略有效治疗疗养的风险，因为某些治疗疗养即使与治疗特定类型的病状相关联它们也可能适用于不同的病状。治疗医生对转移性癌症患者特别关注。大多数转移性癌症患者最终用尽了对其肿瘤的治疗选择。这些患者的肿瘤在经历了标准一线和二线（有时是三线及更多）疗法之后继续发展的情况下，他们所具有的选择非常有限。尽管这些患者可以参与新型抗癌药的I期和II期临床试验，但是通常他们必须满足非常严格的合格标准才能参与。研究显示，当患者参与这些类型的试验时，新型抗癌药I期临床试验的平均响应率约为5％-10％，II期临床试验约为12％。这些患者还可以选择接受最好的支持疗法来治疗他们的症状。近来人们对开发更多以细胞表面受体为靶点或者上调或放大基因产物的新型抗癌药具有极大兴趣。该方法已获得一定的成功（例如赫赛汀(Herceptin)针对乳癌细胞中的HER2/neu，利妥昔单抗针对淋巴瘤细胞中的CD20，贝伐单抗针对VEGF，西妥昔单抗针对EGFR，等等）。但是，患者的肿瘤最终仍然在这些疗法之后继续发展。如果在患者肿瘤内测得更大量的靶点或分子结果，比如分子机制、基因、基因表达的蛋白质和/或这些的组合，则可发现通过使用特定治疗药进行治疗的额外的靶点或分子结果。鉴定可治疗多个靶点或潜在机制的多种药剂将向转移性癌症患者提供可行的治疗方法作为当前存在的那些治疗疗法的替换。因此，需要基于分子概况分析确定针对病状的个体医疗介入的系统和方法，其中分子概况分析被用来用与疾病谱系诊断无关的特定药物或试剂靶向特定基因和/或基因表达的蛋白质。
技术实现思路
本专利技术涉及确定针对特定病状的个体医疗介入的系统和方法。用于确定针对病状的医疗介入的本专利技术的一个示例性方法包括以下步骤：对来自患病个体生物样品的基因和/或基因表达的蛋白质进行测试；确定哪些基因和/或基因表达的蛋白质与参考相比显示表达上的变化；以及鉴定用于与显示表达变化的基因和/或基因表达的蛋白质相互作用的药物疗法，其中该表达变化并不限于单一疾病。在本专利技术这一示例性实施例的一个方面中，鉴定用于与显示表达变化的基因和/或基因表达的蛋白质相互作用的药物疗法的步骤可包括从对大量文献数据库和/或从临床试验产生的数据进行自动检查来鉴定药物疗法的步骤。在本专利技术上述示例性实施例的另一方面中，对基因和/或基因表达的蛋白质进行测试的步骤可包括执行免疫组织化学（IHC）分析和/或微阵列分析的步骤。此外，执行微阵列分析的步骤可包括使用表达微阵列、比较基因组杂交（CGH）微阵列、单核苷酸多态性（SNP）微阵列、荧光原位杂交（ISH）、原位杂交（ISH）以及蛋白组阵列。另外，执行IHC分析的步骤可包括对基因表达的蛋白质执行IHC分析的步骤，其中该基因表达的蛋白质包括Her2/Neu、ER、PR、c-kit、EGFR、MLH1、MSH2、CD20、p53、细胞周期蛋白D1、bcl2、COX-2、雄激素受体、CD52、PDGFR、AR、CD25以及VEGF中至少一种。在本专利技术的另一方面中，在用于确定针对病状的医疗介入的上述示例性方法中执行微阵列分析的步骤可包括对基因执行微阵列分析的步骤，其中该基因包括BCL2、HIF1A、AR、ESR1、PDGFRA、KIT、PDGFRB、CDW52、ZAP70、PGR、SPARC、GART、GSTP1、NFKBIA、MSH2、TXNRD1、HDAC1、PDGFC、PTEN、CD33、TYMS、RXRB、ADA、TNF、ERCC3、RAF1、VEGF、TOP1、TOP2A、BRCA2、TK1、FOLR2、TOP2B、MLH1、IL2RA、DNMT1、HSPCA、ERBR2、ERBB2、SSTR1、VHL、VDR、PTGS2、POLA、CES2、EGFR、OGFR、ASNS、NFKB2、RARA、MS4A1、DCK、DNMT3A、EREG、表皮调节素(Epiregulin)、FOLR1、GNRH1、GNRHR1、FSHB、FSHR、FSHPRH1、叶酸受体、HGF、HIG1、IL13RA1、LTB、ODC1、PPARG、PPARGC1、VHL、淋巴细胞毒素β受体、Myc、TOP2B拓扑异构酶II、TOPO2B、TXN、VEGFC、ACE2、ADH1C、ADH4、AGT、AREG、CA2、CDK2、窖蛋白以及NFKB1中至少一种。在本专利技术上述示例性方法的又一方面中，对来自患病个体生物样品的基因和/或基因表达的蛋白质进行测试的步骤可包括对肿瘤执行免疫组织化学分析的步骤，并且确定哪些基因和/或基因表达的蛋白质与参考相比显示表达变化的步骤可包括确定是否有30％或更多的肿瘤细胞对特定基因表达蛋白质的染色为＋2或更多的步骤。在本专利技术上述示例性方法的又一方面中，对来自患病个体生物样品的基因和/或基因表达的蛋白质进行测试的步骤可包括对肿瘤执行微阵列分析的步骤，确定哪些基因和/或基因表达的蛋白质与参考相比显示表达变化的步骤可包括通过确定特定基因的表达相对于原始参考的正常组织的倍数变化在p<0.001水平是否存在显著性差异来鉴定哪些基因被上调或下调的步骤。此外，用于确定针对病状的医疗介入的本专利技术的上述示例性方法还可以包括提供患者概况报告的步骤，其中该报告鉴定基因和/或基因表达的蛋白质的表达变化以及用于与显示表达变化的基因和/或基因表达的蛋白质中的每一个相互作用的可能的药物疗法。本专利技术的另一示例性实施例涉及用于鉴定能够与分子靶点相互作用的药物疗法的方法，该方法包括以下步骤：鉴定与正常参考本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于确定针对癌症病状的个性化医疗介入的计算机实现的系统，其包括：第一装置，用于访问取自患有诊断癌症的患者生物样品的分子概况分析；第二装置，用于确定由所述分子概况分析产生的基因、基因表达的蛋白质、分子机制以及其它分子结果中的至少一个或多个与正常参考相比是否显示表达变化；以及第三装置，用于鉴定与显示表达变化的至少一个基因、基因表达的蛋白质、分子机制和其它分子结果相互作用的一种或多种药物疗法，其中所述一个或多个药物疗法先前并没有用于治疗患病患者的所述诊断癌症；以及第四装置，用于在显示装置上显示表达发生变化的所述至少一个基因、基因表达的蛋白质、分子机制及其它分子结果和与其相互作用的所述药物疗法，其中所述药物疗法先前并没有用于治疗患病患者的所述诊断癌症。

【技术特征摘要】
2006.05.18 US 60/747,6451.一种用于确定针对癌症病状的个性化医疗介入的计算机实现的系统，其包括：第一装置，用于访问取自患有诊断癌症的患者生物样品的分子概况分析；第二装置，用于确定由所述分子概况分析产生的基因、基因表达的蛋白质、分子机制以及其它分子结果中的至少一个或多个与正常参考相比是否显示表达变化；第三装置，用于访问药物疗法数据库以鉴定与显示表达变化的至少一个基因、基因表达的蛋白质、分子机制和其它分子结果相互作用的一种或多种药物疗法，其中所述一种或多种药物疗法先前并没有用于治疗患病患者的所述诊断癌症；以及第四装置，用于在显示装置上显示表达发生变化的所述至少一个基因、基因表达的蛋白质、分子机制及其它分子结果和与其相互作用的所述药物疗法，其中所述药物疗法先前并没有用于治疗患病患者的所述诊断癌症。2.如权利要求1所述的计算机实现的系统，其特征在于，所述分子概况分析包括免疫组织化学(IHC)分析和微阵列分析中的至少一个。3.如权利要求2所述的计算机实现的系统，其特征在于，所述微阵列分析包括表达微阵列、比较基因组杂交(CGH)微阵列、单核苷酸多态性(SNP)微阵列、原位杂交(ISH)以及蛋白组阵列中的至少一个。4.如权利要求3所述的计算机实现的系统，其特征在于，所述原位杂交(ISH)包括荧光原位杂交(FISH)。5.如权利要求2所述的计算机实现的系统，其特征在于，所述IHC分析包括对基因表达的蛋白质的IHC分析，其中所述基因表达的蛋白质包括Her2/Neu、ER、PR、c-kit、EGFR、MLH1、MSH2、CD20、p53、细胞周期蛋白D1、bcl2、COX-2、雄激素受体AR、CD52、PDGFR、CD25以及VEGF中至少一种。6.如权利要求2所述的计算机实现的系统，其特征在于，所述微阵列分析包括基因微阵列分析，其中所述基因包括BCL2、HIF1A、AR、ESR1、PDGFRA、KIT、PDGFRB、CDW52、ZAP70、PGR、SPARC、GART、GSTP1、NFKBIA、MSH2、TXNRD1、HDAC1、PDGFC、PTEN、CD33、TYMS、RXRB、ADA、TNF、ERCC3、RAF1、VEGF、TOP1、TOP2A、BRCA2、TK1、FOLR2、TOP2B、MLH1、IL2RA、DNMT1、HSPCA、ERBR2、ERBB2、SSTR1、VDR、PTGS2、POLA、CES2、EGFR、OGFR、ASNS、NFKB2、RARA、MS4A1、DCK、DNMT3A、表皮调节素EREG、FOLR1、GNRH1、GNRHR1、FSHB、FSHR、FSHPRH1、叶酸受体、HGF、HIG1、IL13RA1、LTB、ODC1、PPARG、PPARGC1、VHL、淋巴细胞毒素β...

【专利技术属性】
技术研发人员：D·D·范霍夫，R·彭尼，
申请(专利权)人：分子压型学会股份有限公司，
类型：发明
国别省市：