一种基于De Bruijn图的并行基因拼接方法技术

本发明专利技术涉及基因测序技术领域，提供了一种基于De?Bruijn图的并行基因拼接方法，包括：S1.并行构建分布式De?Bruijn图；S2.剔除错误路径；S3.基于深度图遍历方法对De?Bruijn图进行化简；S4.合并contig，生成scaffold；S5.输出scaffold。本发明专利技术基于集群系统，并行构造De?Bruijn图，解决了大基因组拼接时由于其数据量太大，传统单机串行的基因拼接算法无法构图和无法进一步处理的问题；同时，在化简过程中，进行基于深度图遍历的并行化简，图化简过程简单，并行度高，拼接速度快。

【技术实现步骤摘要】

【技术保护点】
一种基于De?Bruijn图的并行基因拼接方法，其特征在于，包括：S1、并行构建分布式De?Bruijn图；S2、剔除错误路径；S3、基于深度图遍历方法对De?Bruijn图进行化简；S4、合并contig，生成scaffold；S5、输出scaffold。

【技术特征摘要】
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【专利技术属性】
技术研发人员：曾理，成杰峰，孟金涛，涂志兵，冯圣中，
申请(专利权)人：中国科学院深圳先进技术研究院，
类型：发明
国别省市：