一种PIK3R1基因突变检测特异性引物和液相芯片制造技术

本发明专利技术公开了一种PIK3R1基因检测特异性引物和液相芯片，该液相芯片主要包括有：每种由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成的ASPE引物，所述特异性引物序列为：针对G376R位点的SEQ?ID?NO.13及SEQ?ID?NO.14；针对N564D位点的SEQ?ID?NO.15及SEQ?ID?NO.16；针对delH450-E451位点的SEQ?ID?NO.17及SEQ?IDNO.18；针对delK459位点的SEQ?ID?NO.19及SEQ?ID?NO.20；针对delY463-L466位点的SEQID?NO.21及SEQ?ID?NO.22；和/或针对M326I位点的SEQ?ID?NO.23及SEQ?ID?NO.24；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明专利技术所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，实现多个突变位点的野生型和突变型并行检测。

【技术实现步骤摘要】
—种PIK3R1基因突变检测特异性引物和液相芯片
本专利技术属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种PIK3R1基因突变检测特异性引物和液相芯片。
技术介绍
憐酸肌醇3 激酶，调控亚基 I (phosphoinositide-3-kinase, regulatory subunit 1，ρ85α , PIK3R1)分布于细胞内的磷酸肌醇3激酶复合体，分子主要功能为胰岛素受体结合、胰岛素样生长因子受体结合、磷脂酰肌醇结合、激酶等，参与细胞内信号转导级联、胰岛素受体信号转导途径、磷酸肌醇磷酸化、胰岛素样生长因子受体信号转导途径。有研究表明，PIK3R1基因是一种重要的药物疗效靶标，该基因的突变将会影响PIK3R1蛋白酶活，从而影响药物疗效。目前，对PIK3R1基因突变进行检测和分析的方法很少，主要有直接测序法和 PCR-RFLP分析法，其中最常用的方法有PCR-RFLP分析法。PCR-RFLP法是基于基因突变造成的限制性内切酶识别位点的改变，如位点丢失或产生新位点，通过PCR扩增某一特定片段，再用限制性内切酶酶切扩增产物，电泳观察片段的大小，这种方法用于检测酶切位点改变的基因 突变，可直接判断基因型，但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测。 再次，以上这些方法都存在着检测通量的局限性，每次只能检测一种突变类型，不能满足实际应用的需要。
技术实现思路
本专利技术的目的之一是提供PIK3R1基因突变检测液相芯片，该液相芯片可用于单项或者并行检测PIK3R1基因六种常见基因型G376R、N564D、delH450_E451、delK459、 delY463-L466和M326I的野生型和突变型。实现上述目的的技术方案如下一种PIK3R1基因突变检测液相芯片，包括有(A).针对PIK3R1基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为针对G376R位点的SEQ ID NO. 13及SEQ ID NO. 14 ;针对N564D位点的 SEQ ID NO. 15 及 SEQ ID NO. 16 ;针对 delH450_E451 位点的 SEQ ID NO. 17 及 SEQ ID NO. 18 ;针对 delK459 位点的 SEQ ID NO. 19 及 SEQ ID NO. 20 ;针对 ddY463_L466 位点的 SEQ ID NO. 21 及 SEQ IDN0. 22 ;和 / 或针对 M326I 位点的 SEQ ID NO. 23 及 SEQ ID NO. 24 ； 所述 tag 序列选自 SEQ IDN0.1 SEQ ID NO. 12 ；(B).有ant1-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述ant1-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述ant1-tag序列选自SEQ ID NO. 25 SEQ ID NO. 36， 且所述ant1-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。优选地，所述扩增引物为针对G376R位点的SEQ ID NO. 37及SEQ ID NO. 38 ;针对N564D位点的SEQ ID NO. 39及SEQ ID NO. 40 ;针对delH450-E451、delK459、delY463_L466位点的 SEQ ID NO. 41 及 SEQ ID NO. 42 ;和 / 或针对 M326I 位点的 SEQ ID NO. 43 及 SEQ ID NO. 44。优选地，所述ASPE引物为针对G376R位点的由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO. 13组成的序列以及由SEQ ID NO. 2和SEQ ID NO. 14组成的序列；针对N564D位点的由SEQ IDNO. 3和SEQ ID NO. 15组成的序列以及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 16组成的序列；针对delH450-E451位点的由SEQ ID NO. 5和SEQ ID NO. 17组成的序列以及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 18组成的序列；针对delK459位点的由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 19组成的序列以及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 20组成的序列；针对ddY463_L466位点的由SEQIDN0. 9和SEQ ID NO. 21组成的序列以及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID NO. 22组成的序列；和/或针对M326I位点的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID NO. 23组成的序列以及由SEQ ID NO. 12和SEQ ID NO. 24组成的序列。本专利技术的另一目的是提供用于PIK3R1基因突变检测的特异性引物。实现上述目的的技术方案如下用于PIK3R1基因突变检测液的特异性引物，其为针对G376R位点的SEQID NO. 13 及 SEQ ID NO. 14 ;针对 N564D 位点的 SEQ ID NO. 15 及 SEQ ID NO. 16 ;针对delH450-E451 位点的 SEQ ID NO. 17 及 SEQ ID NO. 18 ;针对 delK459 位点的 SEQ ID NO. 19及 SEQ ID NO. 20 ;针对 ddY463_L466 位点的 SEQ ID NO. 21 及 SEQ ID NO. 22 ;和 / 或针对M326I 位点的 SEQ IDN0. 23 及 SEQ ID NO. 24。本专利技术的主要优点在于1.本专利技术所提供的检测方法与测序法的吻合率高达100%。且检测所需要的时间远远低于常用的测序技术，特别符合实际应用需要。所制备的PIK3R1基因突变检测液相芯片具有非常好的信号-噪声比，并且所设计的探针以及ant1-tag序列之间基本上不存在交叉反应，tag标签序列、ant1-tag标签序列的选取以及tag标签序列与具体ASPE引物的结合，能够避免交叉反应，实现多个突变位点的并行检测。2.本专利技术通过专利技术人长期积累的设计经验和大量的实验操作，从众多的特异性引物中选取了最优的组合。本专利技术设计的ASPE引物特异性引物能够灵敏特异地识别目标检测的突变位点，准确区分各种型别的基因型；在同一个反应体系中，不同的特异性引物之间、特异性引物与非目标检测的PCR扩增产物之间基本上不存在交叉反应，检测特异性好，交叉反应率低于3% ;除了能够检测单个位点突变情况，也能够同时并行检测多个突变位点的突变情况，检测效果一致。3.本专利技术的检测方法步骤简单，6种突变位点检测可通过一步PCR即可完成4条含有突变位点的目标序列的扩增，避免了反复多次PCR等复杂操作过程中存在的诸多不确定因素，因而可大大提高检测准确率，体现了精确的同时定性、定量分析特征。4.本专利技术不仅克服了传统固相芯片敏感性不高，检测结果的可重复性差的缺陷，同时对现有的液相芯片技术进行改进，使得所制备微球能适用于不同的检测项目，具有很强的拓展性。检测的荧光信号值大大提高，从而使得检测的灵敏度进一步得到本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种PIK3R1基因突变检测液相芯片，其特征是，包括有：(A).针对PIK3R1基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对G376R位点的SEQ?ID?NO.13及SEQ?ID?NO.14；针对N564D位点的SEQ?ID?NO.15及SEQ?ID?NO.16；针对delH450?E451位点的SEQ?ID?NO.17及SEQ?ID?NO.18；针对delK459位点的SEQ?ID?NO.19及SEQ?ID?NO.20；针对delY463?L466位点的SEQ?ID?NO.21及SEQ?IDNO.22；和/或针对M326I位点的SEQ?ID?NO.23及SEQ?ID?NO.24；所述tag序列选自SEQ?IDNO.1～SEQ?ID?NO.12；(B).有anti?tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti?tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti?tag序列选自SEQ?ID?NO.25～SEQ?ID?NO.36，且所述anti?tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。...

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：许嘉森，郭靖，罗小笛，
申请(专利权)人：广州益善生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：