本发明专利技术公开了基于黑麦EST序列的黑麦1R和6R染色体特异的分子标记，该分子标记为根据黑麦染色体上的表达序列标签而设计的正向引物和反向引物，该分子标记为用于鉴定黑麦1R和6R染色体的特异标记；应用该分子标记对黑麦1R和6R染色体进行鉴定的基本步骤包括：A.标记引物的选定和制备；B.标记引物的稀释；C.黑麦染色体的特异标记：C-1.模板DNA的提取；C-2.PCR扩增；C-3.扩增产物的检测；C-4.结果比对。借助本发明专利技术的分子标记能够用普通PCR技术快速、准确的鉴定小麦遗传背景中的1R和6R黑麦染色体，为黑麦染色体上有益基因转移到栽培小麦背景中提供了简便有效的分子鉴定方法。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子生物学和遗传育种领域，具体涉及基于黑麦表达序列标签(expressed sequence tag, EST)序列设计的分子标记，以及这些分子标记在跟踪检测黑麦染色体方面的应用。
技术介绍
小麦的近缘种黑麦(Secale cereale L.)具有许多优良的性状，如根系发达、分蘖强、抗旱、耐瘠薄、耐寒、耐盐碱和酸性土壤，尤其是抗多种病害，如小麦白粉病(Blumeriagraminis f. sp. tritici)、条镑病(Puccinia graminis f. sp. tritici)、叶镑病(P. triticina Eriks.)、杆镑病(P. graminis Pers. f. sp. tritici)> 渥黑穗病(TilletiaControversaKuhn, TCK)和大麦黄矮病(Barley yellow dwarf virus, BYDV)等。因此，黑麦是对小麦进行遗传改良，拓宽小麦遗传基础，增加小麦栽培品种遗传变异的重要基因源。黑麦优异基因向小麦中转移的途径主要是创制一系列小麦/黑麦双二倍体、附加系、代换系和易位系。通过远缘杂交和染色体工程等手段将黑麦染色体导入到小麦背景中，之后，还需要对其进行准确的鉴定，才能有效地加以利用。与细胞学技术和生化标记法相比，分子标记法简单、快速和准确的特点使其广泛地用于检测、跟踪导入小麦背景中的黑麦染色体。然而，目前开发的黑麦染色体的特异标记，多集中在黑麦的IRS染色体上，如 SSR 标记 Bmac0213 (参考文献Schneider A and Molnar-Lang Μ. 2008. Polymorphismanalysis usingIRS-specific molecular markers in rye cultivars(Secale cerealeL. )ofvarious origin. Cereal Res Commun, 36:11-19)；SSAP 标记 S10, S20，S17 (参考文献:Nagy ED and Lelley T.2003. Genetic and physicalmapping of sequencespecific amplified polymorphic (SSAP)markers onthe IRS chromosome arm in awheat background. Theor Appl Genet, 107:1271-1277) ;EST_STS 标记 STSwe3 和 STSwel26(参考文献Wang CM, Li LH, Zhang XT, Gao Q, Wang RF, and An DG. 2009. Developmentandapplication of EST-STS markers specific to chromosome IRS of Secalecereale.Cereal Research Communications 37:13-21)等。Zhuang 等(2008)报道了 1R,4R，5R 和 7R 染色体特异的 EST-SSR 标记(参考文献Zhuang LF, Song LX, Feng YG, QianBL, Xu HB, Pei ZY, Qi ZJ.2008. Development and chromosome mapping of new wheatEST-SSRmarkers and application for characterizing rye chromosomes addedinwheat. Acta Agron Sin, 34:926-933)。Lee 等(2009)还报道了 6 个 2RL 染色体特异的 EST 标记(参考文献Lee TG, Hong MJ, Johnson Jff, Bland DE, Kim DY, Seo Yff. 2009.Development and functionalassessment of EST—derived 2RL_specific markers for2BS. 2RLtranslocations. Theor Appl Genet, 119:663-673)。然而，到目前为止，还没有人报道来源于黑麦表达序列标签(EST)序列的一套完整的黑麦IR 7R染色体特异的分子标记，以用来检测鉴定小麦背景中的IR 7R全部黑麦染色体。
技术实现思路
本专利技术要解决的技术问题是提供一套基于黑麦EST序列的黑麦IR 7R染色体特异的分子标记，基于黑麦染色体上的EST序列设计开发出了一套黑麦染色体的特异分子标记，借助这些分子标记能够用普通PCR技术快速、准确的鉴定小麦遗传背景中的IR 7R全部黑麦染色体，为黑麦染色体上有益基因转移到栽培小麦背景中提供了简便有效的分子鉴定方法。 为解决上述技术问题，本专利技术所采取的技术方案是基于黑麦EST序列的黑麦IR 7R染色体特异的分子标记，这些分子标记为根据黑麦染色体上的EST序列而设计的正向引物和反向引物，这些分子标记为用于鉴定黑麦IR 7R染色体的特异标记，其碱基序列见表1，表I.根据黑麦染色体上的EST序列设计的14对标记引物序列权利要求1.基于黑麦EST序列的黑麦IR和6R染色体特异的分子标记，其特征在于该分子标记为根据黑麦染色体上的表达序列标签EST序列设计的正向引物和反向引物，该分子标记为用于鉴定黑麦IR和6R染色体的特异标记，其名称为1-CGG143，其正向引物序列见SEQIDNO :1，其反向引物序列见SEQ ID NO 202.应用权利要求I所述的分子标记对小麦背景中的黑麦IR和6R染色体进行鉴定的方法，其特征步骤包括 A、分子标记的选定和制备根据权利要求I给出的序列合成此标记引物； B、标记引物的稀释将上步合成的标记引物，先用IXTE缓冲液溶解成100μ mol Γ1的母液放入_20°C的冰箱中保存，使用前吸取母液用超纯水稀释成10 μ mol Γ1的工作液待用；其中 IXTE 缓冲液的配方为，IOmmol T1Tris-HCl 与 lmmol T1EDTA, pH=8. O ； C、黑麦染色体的特异标记 C-I、模板DNA的提取取待测物——小麦与黑麦远缘杂交后代材料，对照物O——不包含待测黑麦染色体的样品，对照物I——包含待测黑麦染色体的样品，然后利用常规DNA提取方法分别提取三者的DNA ； C-2、PCR扩增以C-I所得DNA样品为模板，利用步骤B所得工作液在PCR扩增仪中分别对待测物、对照物O及对照物I进行扩增； C-3、扩增产物的检测非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测步骤C-2所得的扩增产物，用银染法进行染色，并在凝胶成像仪上照相； C-4、结果比对将待测远缘杂交后代材料的电泳图谱分别与对照物O、对照物I的电泳图谱进行比对，如果待测远缘杂交后代材料和对照物I的电泳图谱均有特异扩增片段，说明远缘杂交后代材料中含有待测黑麦染色体；如果待测远缘杂交后代材料的电泳图谱与对照物O的电泳图谱一致，均不含有特异扩增片段，说明远缘杂交后代材料中不含有待测黑麦染色体。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于步骤C-2本文档来自技高网...
【技术保护点】
基于黑麦EST序列的黑麦1R和6R染色体特异的分子标记，其特征在于：该分子标记为根据黑麦染色体上的表达序列标签EST序列设计的正向引物和反向引物，该分子标记为用于鉴定黑麦1R和6R染色体的特异标记，其名称为1？CGG143，其正向引物序列见SEQID？NO：1，其反向引物序列见SEQ？ID？NO：2。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：安调过，尹冬冬，许红星，李立会，
申请(专利权)人：中国科学院遗传与发育生物学研究所，
类型：发明
国别省市：
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