胃癌标志物与胃癌检测方法技术

本发明专利技术提供了用于检测胃癌的方法和试剂盒，其中PAX5基因的表达或甲基化被用作胃癌的诊断和预后的标志物。本发明专利技术还提供了通过在癌细胞中表达PAX5基因抑制胃癌细胞发展的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
公开的主体通常涉及胃癌标志物和胃癌检测方法。
技术介绍
注意到了以下现有技术的出版物Busslinger, M. , Klix, N. , Pfeffer, P. , Graninger, P. G. , & Kozmik, Z. (1996).Deregulation of PAX-5 by translocation of the Emu enhancer of the IgH locusadjacent to two alternative PAX-5 promoters in a diffuse large-cell lymphoma(在弥散大细胞淋巴瘤中通过两个可选PAX-5启动子相邻的IgH基因组的Emu增强子的转位而下调 PAX-5). Proc Natl Acad Sci U S A，93 (12)，6129-6134. Livak, K. J. , & Schmittgen, T. D. (2001). Analysis of relative geneexpression data using real-time quantitative PCR and the 2 (-Delta Delta C(T))(利用实时定量PCR和2(_A AC(T))分析相关基因表达数据)Method. Methods, 25 (4),402-408.Takai, D. , & Jones, P. A. (2002). Comprehensive analysis of CpG islands inhuman chromosomes 21 and 22 (人类染色体 21 和 22 中 CpG 岛的综合分析) Proc NatlAcad Sci U S A，99 (6)，3740-3745.Takai, D. , & Jones, P. A. (2003). The CpG island searcher a new Wffffresource (CpG 岛搜索工具新的网络资源).In Silico Biol, 3 (3), 235-240.Tao, Q. , Huang, H. , Geiman, T. M. , Lim, C. Y. , Fu, L. , Qiu, G H. , et al. (2002).Defective de novo methylation of viral and cellular DNA sequences in ICFsyndrome cells (ICF综合症细胞中病毒和细胞DNA序列的重新甲基化缺陷).Hum MolGenet,11(18),2091-2102.US2004248171Palmisano and Belinsky，于 2004 年 3 月 25 号提交，其中公开了利用PAX5作为肺癌、结肠癌和乳腺癌的标志物。US2010028875 Rhytu et al，于2006年8月19日作为PCT申请提交,其中公开了通过测定甲基化水平来诊断癌症和确定预后的方法。专利技术概述在一个实施方案中，公开了诊断或确定来自患者的生物样品中胃癌的预后的方法，所述方法包括以下步骤检测所述样品中与由SEQ. ID. NO. 24组成的区域至少95%相似的连续序列中的至少15个连续碱基对的靶DNA序列的甲基化；并且其中显著的甲基化水平指示胃癌的不良预启。在一个实施方案中，所述靶序列的长度可以为至少50个碱基对并含有多个CpG碱基对。在一个实施方案中，所述方法还可以包括将患者样品中靶序列的甲基化水平与非癌细胞的甲基化水平进行比较。在一个实施方案中，所述确定可以包括用能差异性地修饰甲基化的DNA和非甲基化的DNA的试剂处理样品。在一个实施方案中，所述区域可以由SEQ. ID. NO. 11组成。在一个实施方案中，所述确定可以包括用硫酸氢钠处理样品。在一个实施方案中，可以通过COBRA、BGS或MSP进行所述确定。在一个实施方案中，所述样品是血液样品。在一个实施方案中，所述样品是粪便样品。在一个实施方案中，所述确定包括以下步骤使用根据SEQ. ID. NO. 24中的含CpG的基因组序列所选择的引物来扩增用限制性酶处理的DNA ;和将未知样品中基因组序列的扩增部分的水平与非癌样品的甲基化水平进行比较，从而检测胃癌的存在。 在一个实施方案中，所述试剂包括优先切割非甲基化的DNA的酶。在一个实施方案中，所述扩增使用聚合酶链反应。在一个实施方案中，所述检测可以使用选自以下的引物或探针SEQ. ID. NO. 1、2、5、6、7、8、9、10、15、16、17、18、19、20 和 22。在一个实施方案中，公开了分离的核酸序列，其与SEQ. ID. NO. 24的10个连续碱基对的区域至少约95%相似。在一个实施方案中，所述分离的序列与SEQ. ID. NO. 11的约20个连续碱基对的区域至少99%相似。在一个实施方案中，公开了检测患者样品中的胃癌的方法，该方法包括检测所述样品中与SEQ. ID. NO. 13在至少约15个连续碱基上至少95%相似的RNA序列的表达，其中与正常或对照样品(例如从非癌细胞或组织样品、从正常胃粘膜提取的RNA样品)相比，所述序列的mRNA水平显著下调的表达指示胃癌的存在。在一个实施方案中，公开了抑制胃癌细胞发展的方法，所述方法包括以下步骤在所述癌细胞中表达SEQ. ID. NO. 23的生物学有效部分，从而抑制所述细胞的生长。在一个实施方案中，所述表达包括将所述胃癌细胞中与SEQ. ID. NO. 24在至少15个连续碱基对上具有至少95%序列相似性的DNA序列脱甲基。在一个实施方案中，所述表达包括将分离的DNA分子引入所述细胞，所述分离的DNA分子适于表达与SEQ. ID. NO. 23在约50个连续氨基酸上至少约95%相似的蛋白。在一个可选实施方案中，公开了治疗个体中胃癌的方法，该方法可以包括以下步骤用适于在所述癌细胞中表达SEQ. ID. NO. 12,SEQ. ID. NO. 13或SEQ. ID. NO. 23的生物学有效部分的组合物治疗患者，从而抑制所述细胞的生长。在一个可选实施方案中，公开了治疗个体中胃癌的方法，该方法包括在所述癌细胞中表达SEQ. ID. NO. 12,SEQ. ID. NO. 13或SEQ. ID. NO. 23的生物学有效部分，从而抑制所述细胞的生长。在可选实施方案中，可以将所述生物学有效序列直接引入所述癌细胞。在可选实施方案中，公开了试剂盒，所述试剂盒包含本文公开的用于实施本专利技术的方法的序列或试剂。根据以下所选实施方案的详细描述并结合附图，本专利技术主题的特征和优点会变得更清楚。应当意识到，所公开的和要求保护的主题能够在不脱离权利要求的范围的情况下在不同方面进行修改。因此，附图和描述应被理解为说明的性质而不是作为限制，主题的全部范围如权利要求所述。附图概述图I显示了一个实施方案中的PAX5CpG岛。图2显示了一个实施方案中细胞系中PAX5 mRNA表达。图3显示了一个实施方案中脱甲基剂对PAX5表达的影响。图4显示了一个实施方案中胃癌细胞和相邻正常组织的配对样品中的相对PAX本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2010.04.30 US 12/771,6721.诊断或确定来自患者的生物样品中胃癌的预后的方法，所述方法包括以下步骤 检测所述样品中与由SEQ. ID. NO. 24组成的区域至少95%相似的连续序列中的至少15个连续碱基对的靶DNA序列的甲基化； 其中显著的甲基化水平指示胃癌的不良预后。2.如权利要求I所述的方法，其中所述靶序列的长度为至少50个碱基对并含有多个CpG碱基对。3.如权利要求I或2所述的方法，还包括将患者样品中靶序列的甲基化水平与非癌细胞的甲基化水平进行比较。4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述确定或检测包括用能差异性地修饰甲基化的DNA和非甲基化的DNA的试剂处理样品。5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述区域由SEQ.ID. NO. 11组成。6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述确定或检测包括用硫酸氢钠处理样品。7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中通过COBRA、BGS或MSP进行所述确定或检测。8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述样品是血液样品或粪便样品。9.如权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述确定包括以下步骤 a)使用根据SEQ.ID. NO. 24中的含CpG的基因组序列所选择的引物来扩增用限制性酶处理的DNA ;和 b)将未知样品中基因组序列的扩增部分的甲基化水平与非癌样品的甲基化水平进行比较， 从而检测胃癌的存在。10.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其中所述试剂包括优先切割非甲基化的DNA的酶。11.如权利要求9所述的方法，其中所述扩增利用聚合酶链反应。12.如权利要求1-11中任一项所述的方法， 其中所述检测使用选自以下的引物或探针:SEQ. ID. NOS. 1、2、5、6、7、8、9、10、15、16、17、18、19、20 和 22。13.分离的核酸序列，其与SEQ.ID. NO. 24的10个连续碱基对的区域至少约95%相似。14.如权利要求13所述的分离的核酸，其中所述分离的序列与SEQ.ID. NO. 11的约20个连续碱基对的区域至少99%相似。15.检测患者样品中的胃癌的方法，该方法包括检测所述样品中与SEQ.ID. NO. 13在至少约15个连续碱基上至少95%相似的RNA序列的表达，其中与正常对照样品相比，所述序列的显著水平的降低表达指示胃癌的存在。16.抑制胃癌细胞发展的方法，所述方法包括以下步骤 在所述癌细胞中表达SEQ. ID. NO. 23的生物学有效部分，从而抑制所述细胞的生长。17.如权利要求16所述的方法，其中所述表达包括将所述胃癌细胞中与SEQ.ID. NO. 24在至少...

【专利技术属性】
技术研发人员：于君，李晓星，
申请(专利权)人：香港中文大学，
类型：发明
国别省市：