本发明专利技术属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，具体的，涉及一种与谷子花粉颜色基因紧密连锁的分子标记，该分子标记含有SeqID?No.1所示序列。本发明专利技术还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在谷子花粉颜色基因定位或谷子遗传育种中的用途，以及一种谷子育种方法。本发明专利技术的分子标记将基因组DNA序列与谷子花粉颜色基因联系起来，有利于谷子分子标记辅助育种体系的建立；所述分子标记与谷子花粉颜色基因的遗传紧密连锁距离为1.2cM。本发明专利技术的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于谷子育种实践和资源及品种鉴定。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物学领域，涉及ー种分子标记，特别是涉及一种与谷子花粉颜色基因紧密连锁的分子标记。本专利技术还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标 记和引物在谷子花粉顔色基因定位或谷子遗传育种中的用途。
技术介绍
我国是谷子(Setaria italica L. Beauv.)的原产国，是世界上谷子的集中种植国，谷子在我国的国民经济和社会生产中占有重要的地位，对旱作生态农业建设有重要意义。因此，加速谷子的育种进程尤为重要。由于谷子只是区域重要性作物，因此当前有关谷子的研究手段和方法相对较落后，如何应用先进科学的研究手段搞好谷子育种是ー个严峻的问题。随着分子生物学的发展，分子标记技术的出现，为谷子的遗传研究及育种开辟了新的思路和手段。开发具有我国特色的重要性状基因的分子标记并进行辅助选择育种研究，将对提高我国谷子育种水平起到促进作用。谷子花粉顔色与谷子成熟后的颗粒颜色色泽以及雄性不育都有一定的相关联。但目前对控制谷子花粉颜色相关基因的研究基本上没有文献报道。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种与谷子花粉顔色基因紧密连锁的分子标记。本专利技术的另ー目的是提供ー种可用于PCR扩增与谷子花粉顔色基因紧密连锁的分子标记的引物对，以及由该引物对扩增获得的分子标记。本专利技术的再一目的是提供上述分子标记在谷子花粉顔色基因定位、检测以及谷子辅助育种中的用途以及上述分子标记的检测方法。本专利技术的目的还包括提供ー种包括上述分子标记的载体，以及含有该载体的重组细胞；提供ー种包括使用上述分子标记的谷子花粉顔色基因的定位方法，和使用所述分子标记的谷子辅助育种方法。为了实现上述目的，本专利技术采用了以下技术方案本专利技术公开了ー种与谷子花粉顔色基因紧密连锁的分子标记，所述分子标记含有Seq ID No. I所示序列；优选的所述分子标记具有SeqID No. I所示序列。本专利技术还公开了ー种扩增与谷子花粉顔色基因紧密连锁的分子标记的引物对，所述引物对的引物I含有Seq ID No. 2所示序列，引物2含有Seq ID No. 3所示序列；优选的所述引物I具有Seq ID No. 2所不序列，引物2具有Seq ID No. 3所不序列；Seq ID No. 2 :5，-CAGGATAAACTTCACCAATCG-3，；Seq ID No. 3 :5，-CGAACCATTCATATCTGGCT-3，。本专利技术还公开了ー种与谷子花粉顔色基因紧密连锁的分子标记，所述分子标记是由上述的引物对以花粉黄白色或橙色的谷子基因组DNA为模板经PCR扩增得到的。优选的由上述引物对扩增得到的分子标记含有Seq ID No. I所示序列。在本专利技术的一个实施方案中，所述分子标记(含有Seq ID No. I所示核苷酸序列的DNA片段)为谷子基因组中Seq ID No. I所示核苷酸序列的DNA片段，即所包含的SeqID No. I的5’端和/或3’端以外的核苷酸序列也是谷子基因组中的序列，优选的，为谷子基因组中Seq ID No. I的5’端和/或3’端的上下游序列。本领域技术人员可以理解，只要扩增或者检测花粉黄白色或橙色的谷子基因组DNA中的该分子标记，必然能够检测或扩增得到含有Seq ID No. I所示的序列。Seq ID No. I的5’端和/或3’端的上下游序列的长度为适当长度，并不特别限定，例如，满足分子标记的长度小于10，000bp、+ 〒5，000bp、小于 2，OOObp、小于 I, 500bp、小于 I, 200bp、小于 I, OOObp、或者小于 800bp。在本专利技术的一个实施方案中，所述分子标记(含有Seq ID No. I所示核苷酸序列的DNA片段)所包含的Seq ID No. I的5’端和/或3’端可操作地连接有人工序列和/或控制序列，例如启动子、增强子、終止子、酶切位点、引物序列等等。其中，术语“可操作地”在本专利技术中定义为ー种如下构象，在该构象中，控制序列例如启动子被适当地置于Seq IDNo. I的ー个位置上，以致该控制序列指导Seq ID No. I编码的多肽的产生。本专利技术还公开了ー种重组载体，其含有本专利技术的分子标记。所述重组载体可以是插入有本专利技术的分子标记的表达载体或者克隆载体。获得上述重组载体后，本领域技术人员可以理解，根据不同的需要，将重组载体转化到合适的细胞中，得到含有该重组载体的重·组细胞。因此，本专利技术还公开了ー种含有所述重组载体的重组细胞。本专利技术还公开了本专利技术的分子标记的制备方法，包括下述步骤使用花粉顔色黄白色或橙色的谷子的基因组DNA作为模板，以上述引物对进行PCR扩增，得到的706bp扩增产物即含有所述分子标记；优选地，还包括将PCR扩增产物进行纯化的步骤。对本领域技术人员而言，可以理解，也可以DNA化学合成的方法得到本专利技术的分子标记。本专利技术还公开了所述分子标记的检测方法，包括步骤根据上述分子标记的核苷酸序列设计引物，以被检测谷子基因组DNA为模板进行扩増，并判断扩增产物中是否存在该分子标记。优选的，所述引物为上述分别含有Seq ID No. 2和Seq ID No. 3的引物对。例如，可以以被检测谷子的基因组DNA为模板，以上述引物(SeqID No. 2和SeqIDNo. 3)进行PCR扩增，得到扩增产物。可以将得到的扩增产物进行测序或者凝胶电泳。本专利技术还公开了所述的分子标记在谷子花粉顔色基因定位或检测中的用途。本专利技术还公开了ー种谷子花粉顔色基因定位的方法，所述方法包括使用本专利技术的分子标记的步骤。本专利技术还公开了所述的分子标记在谷子辅助育种中的用途。本专利技术还公开了ー种谷子辅助育种方法，所述方法包括检测本专利技术的分子标记或分子标记引物对的步骤。本专利技术的分子标记可用于今后的分子标记辅助育种中，本领域技术人员可以理解，比如通过检测是否存在本专利技术的分子标记来筛选谷子花粉是否含有控制花粉颜色为黄白色或橙色的顔色基因(例如，可以參考，DNA分子标记在小麦抗病育种中的用途，陇东学院学报(自然科学版)，2006年4月第16卷第I期，P65-69)。所述检测可以是PCR检测的方法，具体地，可以使用上述的本专利技术的分子标记的引物对。所述检测还可以通过测序方法进行。该谷子辅助育种方法具有简便、快速、高通量的优点。在本专利技术中，具体地，所述谷子可以为张谷I号、谷子A2不育系、张杂谷3号、或张杂谷3号自交产生的F2代。其中，张谷I号花粉顔色黄白色；谷子A2不育系花粉颜色棕色；张杂谷3号花粉顔色橙色；张杂谷3号自交产生的F2代花粉顔色部分黄白色、部分橙色、部分棕色。由于采用以上技术方案，使本专利技术具备的有益效果在于本专利技术提供了与谷子花粉顔色基因紧密连锁的分子标记，该分子标记将基因组DNA序列与谷子花粉顔色基因联系起来，有利于谷子分子标记辅助育种体系的建立；所述分子标记与谷子花粉顔色基因的遗传紧密连锁距离为1.2cM。本专利技术的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于谷子育种实践和资源及品种鉴定。附图说明图I :分子标记引物(Seq ID No. 2和Seq ID No. 3)对F2代480个单株扩增的部 分結果。其中泳道1-12为F2代中12株谷子花粉颜色黄白色或橙色的单株的PCR扩增产物；泳道13-24为F2代中12株花粉颜色棕色的单株的PCR扩本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：张耕耘，全志武，夏秋菊，李宁，
申请(专利权)人：深圳华大基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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