DNA分析中使用二维码进行基因数据交换的方法及装置制造方法及图纸

一种DNA分析中使用二维码进行基因数据交换的方法及装置，所述基因数据为STR基因分型数据，所述方法包括：将基因数据转换为二维码图像；将所述基因数据对应的峰图与所述二维码图像一起输出。该方法相对于传统的数据交换基于CODIS格式文件或人为抄录方式，需要耗费很少人力资源，效率较高，不易出错。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及二维码数据处理领域，具体地涉及一种DNA分析中使用二维码进行基因数据交换的方法及装置。
技术介绍
短串联重复序列(shorttandem repeat, STR)又称微卫星 DNA (micro satelliteDNA)，是一类广泛存在于人类基因组中的DNA多态性基因座。它由2 6碱基对构成核心序列，呈串联重复排列。通常同一位点上以核心重复单元的重复数表示该基因座的等位基因型。STR位点因其基因片段短、扩增效率高、判型准确等特点。已广泛应用于法医学个体识别和亲子鉴定等领域。GeneMarker 是一款全球范围被广泛应用于众多DNA实验室的基因分析软件，其基本功能是基于STR试剂盒进行STR分子标记位点的扩增、测序，并进行基因型分型，在此基础上提供多种应用分析模块。所述的STR基因分型信息是指，在一个试剂盒集成的多个STR标记位点上，单个样本在各位点的等位基因信息的集合。例如，基因数据为abc-2011-003. fsa#DYS001<9> ；DYS002<10,11> ；DYS003<8. 5，10>。其含义是原始测序数据文件名称为abc-2011-003. fsa的样品，其DYS001基因座等位基因型为9(纯合)；DYS002基因座上等位基因型为10，11 ；DYS003基因座上等位基因型为8. 5，10。软件详请参见其官方网站(英文)http: //www. softgenetics. com/GeneMarker.html ο在现有技术中，进行基因数据交换是采用测序仪电泳方式测定基因的序列，测序产生的荧光信号转化为电信号并以峰图的形式显示并储存，可通过峰图判定一个STR基因座上的等位基因分型，并通过人为抄录、CODIS (Combined DNA Index System, DNA联合索引系统)文件、用户定制文件等方法记录基因数据。专利技术人在实现本专利技术的过程中发现，传统的数据交换基于CODIS格式文件或人为抄录方式，需要耗费很多人力资源，效率较低，易出错。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种DNA分析中使用二维码进行基因数据交换的方法及装置，利用二维码等技术来替换以往的CODIS文件方法，以改善工作效率、提高安全性和实施标准化管理。 一方面，本专利技术实施例提供了一种DNA分析中使用二维码进行基因数据交换的方法，所述方法包括将基因数据转换为二维码图像；将所述基因数据对应的峰图与所述二维码图像一起输出。另一方面，本专利技术实施例提供了一种DNA分析中使用二维码进行基因数据交换的装置，所述装置包括生成单元，用于将基因数据转换为二维码图像；输出单元，用于将所述基因数据对应的峰图与所述二维码图像一起输出。本专利技术实施例的上述技术方案的有益效果在于相对于传统的数据交换基于CODIS格式文件或人为抄录方式，需要耗费很少人力资源，效率较高，且不容易出错。附图说明为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图做一简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。图I为本专利技术实施例的一种DNA分析中使用二维码进行基因数据交换的方法的整 体流程图；图2为本专利技术实施例的二维码输出过程的流程图；图3为本专利技术实施例的由基因数据生成的二维码图像；图4为本专利技术实施例的将大量基因型数据压缩后再转成二维码所得到的二维码图像；图5为本专利技术实施例的在打印基因型数据峰图时，将二维码图像打印于峰图边上的不意图；图6为本专利技术实施例的二维码采集过程的流程图；图7为本专利技术实施例的从显示设备/纸/程序接口获取二维码时，扫描的二维码图像；图8为本专利技术实施例的一种DNA分析中使用二维码进行基因数据交换的装置的功能框图；图9为本专利技术实施例的一种DNA分析中使用二维码进行基因数据交换的装置的具体功能框图。具体实施例方式为使本专利技术实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将结合本专利技术实施例中的附图，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。本专利技术实施例的技术方案将基因数据存贮于字符或字符集合、条码(如二维码)内，并附在相应的基因峰图旁边或导出成单独图片文件。二维码，全称为二维条码，二维条码是指在一维条码的基础上扩展出另一维具有可读性的条码。一维条码的宽度记载着数据，而其长度没有记载数据。二维条码的长度、宽度均记载着数据。二维条码有一维条码没有的“定位点”和“容错机制”。容错机制在即使没有辨识到全部的条码、或者说条码有污损时，也可以正确地还原条码上的信息。本专利技术实施例的基因数据交换的方法不局限于适用于二维码数据。而且二维码数据的实现包括但不限于QRCode标准，还可采用例如FOF417、DataMatrix、Code4标准。其中，QRCode是符合ISO标准的一种二维码编码方案，对应的ISO标准为IS0/IEC18004:2000/6 ο以二维码为例，对于二维码上的明文信息(如果有的话)，使用标准的二维码阅读工具即可以获取。对于二维码的生成，可以由软件系统生成，也可以调用外部的编程接口来生成。对于用户来说，可以使用多种软件系统来生成二维码，也可以使用符合相关规范的开放接口(一般不含加密部份)的工具来生成。图I为本专利技术实施例的一种DNA分析中使用二维码进行基因数据交换的方法的整体流程图。如图I所示，该方法包括如下步骤110、将基因数据转换为二维码图像；120、将所述基因数据对应的峰图与所述二维码图像一起输出。其中，该基因数据例如为STR基因分型数据。根据测序技术的原理，DNA序列中的每个碱基在测定出来以后，通过STR分型软件(如GeneMarker)解析成峰图信息并进一步解析成相应基因座的等位基因数字信息，二者一个是图像形式，一个是数字形式。步骤110的二维码转换处理步骤，将数字化的等位基因 信息转为二维码格式，与峰图信息互相补充验证。并达到提高基因数据交换效率，降低传输错误率的效果。本领域内专业的STR基因分型软件较少，在如何传输基因数据方面，一直以来形式单一。常见的CODIS文件是将所有同批次样本的基因信息储存在同一文件中。而在本专利技术实施例中，二维码和峰图信息共同储存则更为直观简洁，在传输中也可以分样本进行数据的传递。二维码技术目前在DNA分析领域应用非常少，作为专业的STR分型数据传输手段应用于下游的分析软件及相关的实验室管理系统中前景是非常广阔的。进一步地，在将基因数据转换为二维码图像之前，所述方法还可以包括步骤判断所述基因数据的长度是否超过预设的长度阈值；当所述基因数据的长度超过预设的长度阈值时，对所述基因数据进行压缩处理，并将压缩处理后的基因数据编码生成二维码图像。可选地，步骤110中将基因数据转换为二维码图像可以包括将所述基因数据根据QRCode标准、PDF417标准、DataMatrix标准或者Code4标准转换为二维码图像。如何保证数据传输的可靠性和正确性本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：霍永学，戚文敏，李锋，
申请(专利权)人：北京海华鑫安生物信息技术有限责任公司，
类型：发明
国别省市：