本发明专利技术涉及一种用于鉴别近交系小鼠的SNP分型方法，包括：(1)遗传标记的选择，平均覆盖21染色体的共45个SNP位点，并对这些位点设计引物和探针；(2)四组多重PCR，每组含10～12对PCR引物；(3)四组多重LDR，每组含10～12个位点特异性探针；(4)产物快速分离鉴定。本发明专利技术的SNP分型方案，仅需要45个SNP遗传位标就可用于近交系小鼠的分型和鉴定，不仅能减少反应次数和时间，而且操作简便迅速，能大大节约成本，对其分型和研究具有重要意义，为近交系小鼠的鉴定和分型提供了一种新的方法。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于近交系小鼠品系鉴定与遗传质量检测领域，特别涉及一种用于鉴别近交系小鼠的SNP分型方法。
技术介绍
实验动物的来源与纯度对实验结果具有重要影响，近交系小鼠遗传质量监测与品系鉴定的高通量基因分型平台亟待建立。目前分子遗传标记有很多种，但多数不适用于大规模基因组研究。通过C57BL/6完整基因组序列和其他近交系小鼠序列对比已发现了大量的SNP信息。SNP数量庞大，而且能降低基因分型成本，数以万计的SNP在小鼠品系间被发现，作为遗传标记用于小鼠的基因分型和QTL分析。二元性遗传标记单核苷酸多态性位点(single nuclear polymorphism point,SNP)在染色体上的分布具有相对均一性且密度高，具有高通量，可自动化操作，费用相对低廉的特点，可应用在大规模基因组的遗传质量检测。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是提供一种用于鉴别近交系小鼠的SNP分型方法，该方法仅需要45个SNP遗传位标就可用于近交系小鼠的分型和鉴定，不仅能减少反应次数和时间，而且操作简便迅速，能大大节约成本。本专利技术的一种用于鉴别近交系小鼠的SNP分型方法，包括(I)从NCB上选取分型所用遗传位标，21条染色体上挑选2_3个SNP位点，分成四组；然后对位点用Primer3在线设计引物，引物大小为15_25bp，Tm值为60°C，6(%为60. O ；(2)将上述分成四组的SNP位点用软件设计探针，产物长度为75_125bp，组内各探针长度依次相差2个bp以上；(3)进行多重PCR-LDR反应，退火温度从50°C至65°C，跨度为3°C，根据琼脂糖电泳和ABI377测序电泳结果，最终确定最佳的退火温度；(4)以近交系为模板，在上述最佳退火温度下进行四组多重PCR-LDR反应，分析 377分型数据，并与NCBI上的SNP位点信息比较，完成近交系小鼠遗传质量监测与品系鉴定。所述步骤(3)中的最佳的退火温度为56°C。所述步骤(3)中的LDR连接产物用标准6 %变性测序PAGE胶进行电泳，电泳在ABI 373A测序仪上进行，功率为30W,时间为I. 5-2h，ABI377数据进一步用GenemapperID 3. 2 来进行基因分型。有益.效果本专利技术的SNP分型方案，仅需要45个SNP遗传位标就可用于近交系小鼠的分型和鉴定，不仅能减少反应次数和时间，而且操作简便迅速，能大大节约成本，对其分型和研究具有重要意义，为近交系小鼠的鉴定和分型提供了一种新的方法。附图说明图I为45个SNP位点在小鼠基因组上的分布；图2为同一模板DBA/2的四组377峰图；图3为不同模板的第三组引物的377峰图。具体实施例方式下面结合具体实施例，进一步阐述本专利技术。应理解，这些实施例仅用于说明本专利技术而不用于限制本专利技术的范围。此外应理解，在阅读了本专利技术讲授的内容之后，本领域技术人员可以对本专利技术作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。实施例I(I)从 NCBI (National Center for Biotechnology Information)得到选取 SNP 位点的序列，然后对这些位点进行引物设计，主引物设计主要借助Primerf程序完成。引物和探针序列列于表I和表2。表I基因组PCR扩增引物序列GroupNo.Primer IDPrimer sequencePCRproduct (bp)Ialrsl3475716CACATCTGGGGCTCATCTG CTCATGGTTCTTGGCAGGAT199a2rsl3476538TCGATCTTTTGTAGCCTCTGG CAACAGCCCTTGACTCTCGT125a3rsl3476971ACTTGCATCTCCCTGTGAGG CCAGTGTTCGACTGGGATCT165a4rs27687437AACATGTGGAAACTTTGAGACG CTGACAGTCATGGGTGTTCCT159a5rs8271367GAAAAAGAAGCTCGCTGTCC GCTGAGTTTAACATTTTCCCACTG110a6rsl3478622ATGAAACAGCATTGACTCTGG AGCGGGTTAAATGACTTCACA158a7rs32390670GCTAGAGGAGTCGGCTCTGA ACGTAGC AAAGGCAGAAGGA173a8rs6373756TGTGGTGGTGTGCATCTGTA GACCTCTCATTGGCTTGGAG112a9rs30521859TCAGTCTCCAAAGATCACCTACT183AAGTCAGTTACCACATGCAAGCalOrs29315008GCAAAACGAAACAGCAAACA TCACTGTCCCCAATTTCCTC173allrsl3476973CTGATTTGGCTTTGTGAGTAGC ATTTATGCCAGTTGCCCAAT122al2rsl3480113AGAACTGAGGATACAGCCATGA AGGATGCCCGTGATGAGTAT174IIblrsl3480972GGAATAACAGCCAGTAGAGCTGA TCAATAGCTGGTCCTGGAGTG225b2rs29171198AATGGGC AATACGAAGCAAG CATGTGCAGGGCAGATTTTA147b3rs29687299GCCATGCACCTTGAAAAGTT TGCACTGGACAGAGGTTTTG158b4rsl3482740TGTTCACGCTAGTGCAGCTC ACCAGGAGCCTGACCTTACC102b5rs4177540GGCCTGGCAGTACAAGAATC GAGCCTCTTGCTTGGTTGTC122b6rs2951B789GCATTTTGCTCACTCACCAC CCCCTCACACATGCCTAAGT148b7rs29581676GGTGTTCTTCTGTTGCTGTGG CCACCACAAGTGGTCTCTCA144b8rs31281387TGTGGGTCTTATCCATTGAGG CCATTTCATGGTCTCAAACAGA110b9rsl3483736TGGACCCTCTTATCTCCTTTATG TGAAAGCCTTGTCTGTTAGCAA112blOrsl3484115CCCTTTTTCCTATGATGATGTG CCTTGC ATAGAAGCCCATTG105bllrs8237229TCCTCGCTTACACTCAGAGC AGGAGAAGTGCTGGCAGAGA174bl2rsl3483732CCCACAGGCACTAGAGAATGA GTTTTCTGCTAGGATATTTGACACC167IIIclrsl3475728TCC.AGAAAGGAAGAGCACTGA AGCTCGTCTGTGGATGTGTG138c2rsl 3476543TTTGCTGTTGGAAACTGTGC TTGACTGCCCTGGTTTTAGG145c3rsl3477094TTGCAGGCTATGTGTATTCCA TGTGCTTTCTGCTCCTTAG本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：李凯，谢雯，鲍世民，谢建云，姜宪环，蔡慧强，
申请(专利权)人：东华大学，
类型：发明
国别省市：
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