盖塔病毒全基因组序列、扩增方法及引物技术

技术编号:6956339 阅读:703 留言:0更新日期:2012-04-11 18:40
盖塔病毒全基因组序列、扩增方法及引物,该基因组全长包括11690个核苷酸,不包括5’端帽子结构、3’端的多聚核苷酸尾,整个基因组编码一个多聚蛋白,5’端2/3编码非结构蛋白,3’端1/3编码结构蛋白;扩增用引物覆盖整个病毒基因组,扩增片段长度为900-1000个碱基,相邻片段之间有70-120个碱基的重叠区,所有引物不包含简并碱基,100%与盖塔病毒序列相同,引物的3’端为C,G或T保证稳定地与cDNA序列结合,所有引物的退火温度,GC含量基本相同,从而保证所有引物能够在相同的PCR条件下进行扩增反应。本发明专利技术的盖塔病毒全基因组序列为制备盖塔病毒全基因组克隆,研究盖塔病毒结构与功能的关系、盖塔病毒与宿主相互关系及对盖塔病毒的预防与控制打下了基础。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及甲病毒属西门利克森林病毒复合组,特别是盖塔病毒全基因组序列、 扩增方法及引物。
技术介绍
盖塔病毒属于甲病毒属西门利克森林病毒复合组,主要分布在东南亚和澳大利亚北部太平洋沿岸。此病毒能够引起猪、马等牲畜发热、皮疹、后肢水肿、淋巴结肿大及流产等症状。在我国通过对发热病人血清筛查发现零星病例盖塔病毒中和抗体阳性,说明此病毒和人类疾病相关联,需要进行深入研究。
技术实现思路
本专利技术目的是提供盖塔病毒(GZ0885株)全基因组序列、扩增方法及引物,并进一步提供盖塔病毒全基因组序列快速测定方法,这一专利技术对获得盖塔病毒全基因组序列并应用于研究盖塔病毒进化及其分子流行病学具有重要意义,同时本专利技术为制备盖塔病毒疫苗株提供最佳候选株,将盖塔病毒适应于哺乳动物细胞,为盖塔病毒的预防与控制提供保障。为实现以上目的,本专利技术采用以下技术方案盖塔病毒(GZ0885株)全基因组序列扩增方法,它包括1、盖塔病毒适应哺乳动物来源细胞系及盖塔病毒的纯化;2病毒RNA的提取;3、病毒RNA的逆转录;4、病毒全基因组序列扩增引物的设计与合成;5基因片段的PCR扩增;6、PCR产物直接进行序列测定及序列拼接。具体实施例方式实施例1、盖塔病毒适应哺乳动物来源细胞系及盖塔病毒的纯化在P2实验室取在C6/36细胞传代三次含盖塔病毒的细胞上清感染BHK-21 (金黄地鼠肾)细胞[培养液MEM培养液,谷胺酰胺(30g/l),2%双抗(青、链霉素10,000U/ 1),2% NaHCO3 (75g/l),10 %胎牛血清],并在BHK-21细胞上进行连续传代使其适应于 BHK-21细胞,并能在BHK-21细胞上引起稳定的细胞病变,为制备盖塔病毒疫苗株提供候选株。将病毒培养细胞上清用MEM维持液[1%谷胺酰胺(30g/l),2%双抗(青、链霉素 10,000U/1) ,2 % NaHCO3(75g/l),1 %胎牛血清]稀释成0. 1,0. 01,0. 001,0. 0001, 0. 00001,0. 000001。分别由低到高加0. Iml的病毒稀释液于6孔板的长到单层的BHK-21细胞,吸附1小时后,加入3ml琼脂糖覆盖物[1%琼脂,谷胺酰胺(30g/l),2%双抗(青、链霉素10,000U/1), 2% NaHCO3 (75g/l),1 %胎牛血清],置于37°C、5% CO2的恒温箱中培养48 小时。加入0. 5ml 的中性红,置于37°C、5% CO2的恒温箱中培养过夜,观察形成的空斑, 并将形成的单个空斑挑到长满单层的BHK-21细胞瓶中,进行下轮的空斑筛选,重复此操作进行三次空斑筛选。将三次空斑筛选后的病毒进行大量培养,三次冻化后分装保存于-80°C 冰箱备用。2、病毒RNA的提取利用QIAGEN公司(德国)的QIAamp Viral RNA Extract试剂盒,操作按说明书进行,即(1)取一支1. 5ml离心管中加入560 μ 1的AVL缓冲液(含CarrierRNA) ; (2)向这支离心管中加入140 μ 1临床标本或病毒分离培养物,充分混勻至少15s ; (3)室温下(15°C 250C )放置lOmin,然后瞬时离心;(4)加入560 μ 1纯酒精,充分混勻至少15s,瞬时离心; (5)小心加入约630 μ 1的混合溶液至QIAamp柱中(试剂盒附带),将QIAamp柱套在收集管上,然后SOOOrpm离心k,使液体通过滤膜;(6)弃去收集管中的液体,重复第6步骤;(7) 弃去收集管中的液体,小心加入750 μ 1的AWl缓冲液,8000rpm离心5s,使液体通过滤膜; (8)弃去收集管中的液体,小心加入750 μ 1的AW2缓冲液,8000rpm离心k,使液体通过滤膜;(9)弃去收集管中的液体,13000rpm再次离心Imin ; (10)将QIAamp柱放入一支干净的 1. 5ml的离心管中;(11)向膜上加入50μ 1的FB缓冲液,然后室温下静置2 5min ; (12) 在离心机中以SOOOrpm的速度离心lmin,离心下来的液体即为所需的核酸溶液。洗脱的RNA 立即使用或存放于-80°C条件。3、病毒RNA的逆转录利用Ready-to-Go You prime First-Strand Beads试剂盒(英国 GEHealthcare 公司)制备CDNA0将提取的RNA置于65°C条件水浴lOmin,然后立即置于冰浴中2min,取出32 μ 1 RNA溶液加入第一链合成反应管中,室温放置1分钟,加入Iy l(50ng/y 1)随机引物 pd(N)6,使终体积为33μ 1,轻敲管壁以混勻反应体系,短暂离心,37°C条件水浴60分钟。将 cDNA储存于-20°C条件。4、病毒全基因组序列扩增引物的设计与合成结合使用Primer (Premier 公司加拿大)和 01igo6. 22 软件(Molecular Biologylnsights, Inc.美国)设计盖塔病毒全基因组序列测定引物。所设计引物的特征是引物覆盖整个病毒基因组,扩增片段长度为900-1000个碱基,相邻片段之间有70-120 个碱基的重叠区,所有引物不包含简并碱基,100%与盖塔病毒序列相同。所有引物的退火温度约57°C,GC含量控制在50%左右。引物的合成在上海生物工程有限公司北京合成部进行,并采用PAGE纯化方法进行纯化。GETA_Fl 5,_ATGGCGGACGTGTGACATCAC__3'GETA__R1 5,_GTAACCTTCGCATGACACCACC__3,GETA__F2 5,_GGCATTTACCTTCCGTGTTTC_GETA__R2 5,_TGTGCTTGCGGTGTAACCTTC_GETA__F3 5,_TAGTGAGCGGCTCTTGTGCTG__3'GETA__R3 5,_CCGCACAGTACTACCTTACCTGAC_3GETA_F4 5,_GATGAGGCGTTCGCGTGTCACT__3,GETA__R4 5,_GGTAACCGACGATTGGATGGGACT__3,GETA__F5 5,_TCTACGTGGCAACATGAACTCG_3'GETA__R5 5,_CGTGAATAAGTGGTTCAAGGACTGC_3,GETA_F6 5,_GCTGTGGCTAGCATAATTAGTACC__3,GETA__R6 5,_TGGGATAGCGCGTATGTCTGT__3,GETA_F7 5,_GTCGCCCAACTTAGACAGG_3'GETA__R7 5,_TGGTTGGTGGTATGCGTGG_3'GETA_F8 5,_CCGATGAGTATGACGCTTATCTGG__3,GETA__R8 5,_ACTTCCATGTTGACCCAACTC__3,GETA__F9 5,_CGCTGCTGAACATTGTCATAG__3,GETA__R9 5,_GGTTGTCGATCACACCTTTG_3'GETA_FlO 5,_GATTGCATCTTCGAGGTCAAGC_3'GETA__R10 5,_GTGCGTGTTTGTACTGCACTTTG_3'GETA_Fll 5,_TGCGCTATTCGAGGCACG本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.盖塔病毒全基因组序列,其特征在于:基因组全长包括11690个核苷酸,不包括5’端帽子结构、3’端的多聚核苷酸尾,整个基因组编码一个多聚蛋白,5’端2/3编码非结构蛋白,3’端1/3编码结构蛋白,序列如下:ATGGCGGACGTGTGACATCACCGTTCGCTCTTTCTAGGATCCTTTGCTACTCCACATAGTGAGAGACAAACAACCCAAATGAAGGTAACCGTGGACGTTGAGGCTGATAGCCCATTCCTTAAGGCCCTTCAGAAGGCGTTTCCCGCCTTTGAGGTTGAATCACAGCAGGTCACACCGAATGACCATGCTAACGCTAGAGCATTTTCGCATCTGGCTACTAAACTGATTGAGCAAGAGGTTCCAACAGGCGTCACCATCCTGGACGTGGGTAGTGCACCCGCAAGGAGGTTGATGTCTGACCACACCTACCACTGCATCTGCCCCATGAAAAGTGCGGAAGACCCAGAGAGACTGGCGAATTACGCTCGAAAGCTGGCGAAAGCATCGGGGACTGTGCTAGACAAGAATGTGTCCGGAAAGATAACGGACCTACAAGACGTCATGGCCACTCCAGACTTGGAATCCCCGACTTTTTGCCTGCATACTGACGAGACGTGCCGCACTAGGGCTGAGGTCGCCGTGTACCAGGACGTATACGCTGTGCACGCACCGACGTCACTGTACCACCAGGCCATCAAAGGCGTCAGGACGGCGTATTGGATTGGATTCGACACCACTCCATTCATGTTCGAGGCACTAGCGGGCGCGTACCCTGCGTACTCGACCAACTGGGCAGATGAGCAAGTGCTGCAAGCTCGTAACATCGGCCTGTGCGCGACAGGCCTCTCCGAGGGGCGTCGCGGCAAACTCTCCATTATGAGAAAAAAGTGCTTGCGACCGAGCGACAGAGTAATGTTTTCGGTCGGGTCCACCTTGTACACCGAGAGCCGAAAGCTGCTGCGCAGCTGGCATTTACCTTTCGTGTTTCACCTGAAGGGTAAGAACAGTTTTACCTGCAGGTGCGACACGGTGGTGTCATGCGAAGGTTATGTGGTAAAGAAGATCACCATAAGCCCGGGCATATATGGAAAAACAGTCGATTACGCAGTTACCCATCACGCAGAGGGTTTCCTGATGTGTAAGATCACTGATACAGTCAGAGGAGAAAGAGTCTCTTTCCCGGTCTGTACCTATGTGCCTGCAACCATATGCGACCAGATGACGGGTATACTTGCCACTGATGTGACACCAGAGGATGCCCAGAAGCTCCTGGTTGGATTGAACCAACGCATAGTGGTGAACGGTAGGACGCAAAGAAACACAAACACAATGAAAAACTACCTACTGCCAGTGGTAGCGCAAGCATTCAGTAAATGGGCACGAGAGGCACGCGCAGACATGGAGGACGAAAAACCCCTAGGCACCAGAGAACGCACGTTGACGTGTTGTTGCCTGTGGGCGTTCAAAAGCCACAAAACCCACACCATGTATAAGCGGCCTGAAACACAAACTATCGTCAAAGTGCCTTCCACTTTTGACTCCTTTGTGATACCGAGCCTGTGGTCATTCAGTCTTTCCATGGGTATCAGACAGAGGATCAAATTGCTACTCAGCGCAAGAATGGCCCAAGGCCTACCATACTCAGGAGATCGCACTGAAGCTCGCGCGGCAGAAGAAGAAGAGAAGGAGGTGCAGGAGGCTGAACTTACGAGGGCAGCGCTGCCACCGCTAGTGAGCGGCTCTTGTGCTGACGATATCGCCCAGGTGGATGTAGAGGAACTAACCTTCAGAGCCGGAGCCGGGGTTGTGGAAACACCCAGGAATGCCCTGAAGGTTACACCGCAAGCACACGACCATCTCATAGGCTCCTACTTGATCCTTTCCCCCCAAACGGTGTTGAAAAGCGAGAAGCTGGCACCCATCCACCCTCTTGCTGAGCAAGTCACGGTCATGACCCACTCTGGAAGATCCGGCAGATACCCAGTCGACAAGTACGACGGACGGGTATTGATCCCA...

【技术特征摘要】
1.盖塔病毒全基因组序列,其特征在于基因组全长包括11690个核苷酸,不包括5’ 端帽子结构、3’端的多聚核苷酸尾,整个基因组编码一个多聚蛋白,5’端2/3编码非结构蛋白,3’端1/3编码结构蛋白,序列如下ATGGCGGACGTGTGACATCACCGTTCGCTCTTTCTAGGATCCTTTGCTACTCCACATAGTGAGAGACAAACAACCCAAATGAAGGTAACCGTGGACGTTGAGGCTGATAGCCCATTCCTTAAGGCCCTTCAGAAGGCGTTTCCCGCCTTTGAGGTTGAATCACAGCAGGTCACACCGAATGACCATGCTAACGCTAGAGCATTTTCGCATCTGGCTACTAAACTGATTGAGCAAGAGGTTCCAACAGGCGTCACCATCCTGGACGTGGGTAGTGCACCCGCAAGGAGGTTGATGTCTGACCACACCTACCACTGCATCTGCCCCATGAAAAGTGCGGAAGACCCAGAGAGACTGGCGAATTACGCTCGAAAGCTGGCGAAAGCATCGGGGACTGTGCTAGACAAGAATGTGTCCGGAAAGATAACGGACCTACAAGACGTCATGGCCACTCCAGACTTGGAATCCCCGACTTTTTGCCTGCATACTGACGAGACGTGCCGCACTAGGGCTGAGGTCGCCGTGTACCAGGACGTATACGCTGTGCACGCACCGACGTCACTGTACCACCAGGCCATCAAAGGCGTCAGGACGGCGTATTGGATTGGATTCGACACCACTCCATTCATGTTCGAGGCACTAGCGGGCGCGTACCCTGCGTACTCGACCAACTGGGCAGATGAGCAAGTGCTGCAAGCTCGTAACATCGGCCTGTGCGCGACAGGCCTCTCCGAGGGGCGTCGCGGCAAACTCTCCATTATGAGAAAAAAGTGCTTGCGACCGAGCGACAGAGTAATGTTTTCGGTCGGGTCCACCTTGTACACCGAGAGCCGAAAGCTGCTGCGCAGCTGGCATTTACCTTTCGTGTTTCACCTGAAGGGTAAGAACAGTTTTACCTGCAGGTGCGACACGGTGGTGTCATGCGAAGGTTATGTGGTAAAGAAGATCACCATAAGCCCGGGCATATATGGAAAAACAGTCGATTACGCAGTTACCCATCACGCAGAGGGTTTCCTGATGTGTAAGATCACTGATACAGTCAGAGGAGAAAGAGTCTCTTTCCCGGTCTGTACCTATGTGCCTGCAACCATATGCGACCAGATGACGGGTATACTTGCCACTGATGTGACACCAGAGGATGCCCAGAAGCTCCTGGTTGGATTGAACCAACGCATAGTGGTGAACGGTAGGACGCAAAGAAACACAAACACAATGAAAAACTACCTACTGCCAGTGGTAGCGCAAGCATTCAGTAAATGGGCACGAGAGGCACGCGCAGACATGGAGGACGAAAAACCCCTAGGCACCAGAGAACGCACGTTGACGTGTTGTTGCCTGTGGGCGTTCAAAAGCCACAAAACCCACACCATGTATAAGCGGCCTGAAACACAAACTATCGTCAAAGTGCCTTCCACTTTTGACTCCTTTGTGATACCGAGCCTGTGGTCATTCAGTCTTTCCATGGGTATCAGACAGAGGATCAAATTGCTACTCAGCGCAAGAATGGCCCAAGGCCTACCATACTCAGGAGATCGCACTGAAGCTCGCGCGGCAGAAGAAGAAGAGAAGGAGGTGCAGGAGGCTGAACTTACGAGGGCAGCGCTGCCACCGCTAGTGAGCGGCTCTTGTGCTGACGATATCGCCCAGGTGGATGTAGAGGAACTAACCTTCAGAGCCGGAGCCGGGGTTGTGGAAACACCCAGGAATGCCCTGAAGGTTACACCGCAAGCACACGACCATCTCATAGGCTCCTACTTGATCCTTTCCCCCCAAACGGTGTTGAAAAGCGAGAAGCTGGCACCCATCCACCCTCTTGCTGAGCAAGTCACGGTCATGACCCACTCTGGAAGATCCGGCAGATACCCAGTCGACAAGTACGACGGACGGGTATTGATCCCAACAGGAGCAGCCATCCCAGTGAGTGAGTTCCAGGCACTCAGCGAGAGCGCAACCATGGTGTACAATGAGAGGGAATTTATAAATCGCAAGCTACACCACATAGCGCTATACGGGCCAGCCTTGAATACCGACGAGGAAAGCTACGAAAAAGTGAGAGCCGAAAGGGCAGAGACAGAGTATGTGTTCGACGTGGACAAGAAGGCATGTATCAAGAAGGAGGAGGCATCAGGCCTTGTGTTAACAGGGGACCTAATCAATCCACCTTTCCACGAATTCGCATACGAAGGACTCAAGATCCGCCCAGCAGCCCCGTACCACACGACGATCATTGGTGTGTTTGGCGTTCCGGGTTCGGGCAAGTCGGCTATCATTAAGAATATGGTGACGACTCGCGATCTGGTGGCCAGTGGAAAGAAGGAGAACTGCCAAGAGATCATGAATGATGTAAAGAGGCAACGCGGGTTGGACGTAACCGCTAGGACCGTCGACTCAATCTTATTGAATGGGTGCAAGAAAGGCGTAGAAAACCTTTACGTCGATGAGGCGTTCGCGTGTCACTCGGGTACTTTGCTAGCGCTCATCGCGCTGGTGAGACCGTCAGGTAAGGTAGTACTGTGCGGCGACCCTAAGCAGTGTGGTTTCTTCAATTTGATGCAACTGAAGGTGCACTATAACCACAACATATGTACAAGGGTGCTCCATAAGAGCATCTCCAGAAGATGCACTCTACCTGTTACGGCGATCGTGTCCACCCTGCACTACCAAGGGAAGATGAGAACGACGAACCGATGCAACACCCCCATTCAGATTGACACCACCGGTTCCTCCAAACCAGCCTCAGGAGATATCGTGTTAACGTGCTTCCGCGGCTGGGTGAAGCAACTGCAAATCGACTATCGTGGACACGAGGTGATGACCGCAGCCGCTTCCCAGGGTCTGACAAGGAAAGGCGTGTACGCCGTGAGACAGAAAGTGAACGAAAACCCACTGTACTCACCTCTGTCGGAGCACGTCAACGTGCTGTTGACCCGAACTGAAAACCGACTGGTGTGGAAGACACTGTCGGGTGACCCGTGGATAAAGGTGTTAACCAATGTTCCACGTGGGGATTTCAGTGCAACTCTGGAGGAATGGCAAGAAGAACATGACGGTATCATGAGAGTGTTGAACGAGCGACCGGCGGAGGTCGATCCATTCCAAAACAAGGCTAAGGTGTGCTGGGCAAAATGTCTGGTGCAAGTTCTTGAGACGGCCGGAATACGTATGACGGCAGATGAATGGAACACCATCTTGGCTTTCAGAGAGGACAGAGCGTACTCACCAGAAGTCGCTCTCAACGAGATTTGCACTCGTTACTACGGCGTTGACCTAGACAGCGGCCTATTCTCAGCGCAGTCGGTTTCCCTCTTTTATGAGAACAACCATTGGGACAACAGGCCTGGAGGACGCATGTACGGGTTCAACCATGAAGTAGCCAGGAAATACGCAGCCAGGTTTCCATTTCTACGTGGCAACATGAACTCGGGGCTACAACTAAATGTCCCTGAGAGGAAGCTCCAGCCCTTTAGCGCTGAATGCAACATAGTCCCATCCAATCGTCGGTTACCGCATGCTCTGGTCACAAGTTATCAGCAGTGCCGTGGGGAGAGGGTAGAGTGGTTGCTGAAAAAGATTCCAGGTCACCAAATGTTACTCGTAAGTGAGTACAACCTGGTGATACCTCACAAAAGAGTCTTCTGGATTGCACCTCCGCGGGTGTCAGGCGCGGACCGCACGTACGACTTGGACCTAGGGTTACCTATGGATGCAGGCCGTTACGACCTGGTATTCGTCAACATCCATACTGAGTACCGGCAACACCACTACCAACAATGCGTCGACCATTCAATGCGCCTGCAGATGCTGGGAGGGGATTCACTACACCTGCTCAGACCAGGAGGCTCGCTGCTGATGAGAGCATATGGTTACGCAGACAGAGTCAGCGAGATGGTGGTGACAGCCCTGGCTAGGAAATTCTCGGCGTTCCGTGTCCTGAGACCGGCGTGTGTGACGAGCAACACAGAAGTGTTCCTGCTGTTTTCTAACTTTGATAACGGCAGAAGAGCGGTAACCTTGCACCAAGCTAACCAAAAACTTAGCTCAATGTATGCCTGCAACGGATTGCACACTGCTGGTTGTGCACCGTCATACAGGGTCCGCCGCGCAGATAATTCAGGACACAGTGAGGAAGCGGTCGTAAATGCTGCCAATGCCAAAGGTACCGTGAGCGACGGAGTGTGCAGGGCGGTTGCTAAGAAGTGGCCATCATCTTTCAAAGGGGCTGCAACTCCAGTCGGCACAGCCAAAATGATCCGCGCAGATGGCATGACCGTAATCCACGCAGTGGGACCAAACTTCTCCACCGTAACAGAAGCCGAAGGGGACAGAGAGCTAGCGGCCGCGTATCGAGCTGTGGCTAGCATAATTAGTACCAATAACATAAAGAGCGTCGCTGTACCGCTGCTGTCCACAGGCACCTTCTCCGGCGGTAAGGACAGAGTGATGCAGTCCTTGAACCACTTATTCACGGCACTGGACGCAACCGACGCAGACGTGGTTATCTACTGCAGAGATAAAAACTGGGAAAAGAAGATTCAGGAAGCCATCGACAGGCGGACGGCAATCGAGCTCGTATCTGAAGACGTGACCTTGGAAACCGATCTGGTTAGGGTACACCCGGACAGTTGCTTAGTCGGCAGAAATGGTTACAGTGCAACTGACGGTAAACTGTACTCTTACCTTGAGGGCACGAGGTTCCACCAGACGGCGGTCGACATGGCTGAAATATCAACTTTATGGCCAAGACTCCAAGATGCTAACGAGCAGATCTGCCTGTACGCCCTAGGGGAGACGATGGACAGCATACGCACTAAATGCCCAGTAGAGGACGCCGATTCGTCTACGCCGCCGAAAACGGTACCGTGTCTATGTCGGTATGCGATGACCGCGGAGCGGGTTGCCAGACTTAGGATGAATAACACCAAAAACATCATCGTGTGCTCC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【专利技术属性】
技术研发人员:梁国栋王力华付士红
申请(专利权)人:中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所
类型:发明
国别省市:11

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