本发明专利技术公开了一种ＫＩＦ６基因ＳＮＰ检测液相芯片，该液相芯片主要包括有：ＡＳＰＥ引物对，每条ＡＳＰＥ引物由５’端的ｔａｇ序列和３’端针对Ｔ２１５５Ｃ ＳＮＰ位点的特异性引物组成，所述特异性引物是：ＳＥＱＩＤ ＮＯ．２３和ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２４；所述ｔａｇ序列选自ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１～ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８；分别包被有特异的ａｎｔｉ－ｔａｇ序列的、具有不同颜色编码的微球；扩增引物。本发明专利技术还公开了ａｐｏＥ、ＫＩＦ６基因和染色体９ｐ２１区段ＳＮＰ检测的液相芯片。本发明专利技术所提供的检测方法与测序法的吻合率高达１００％。所制备的ａｐｏ Ｅ、ＫＩＦ６基因和染色体９ｐ２１区段ＳＮＰ检测液相芯片具有非常好的信号－噪声比。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种KIF6、 apoE基因和染色体9p21区段SNP位点检测液相芯片。
技术介绍
KIF6 (Kinesin-like protein 6)编码驱动蛋白样蛋白-6，为分子动力超家族 中的一员。CARE、W0SC0PS及PROVE IT-TIMI 22三项研究均表明，KIF6基因 Trp719Arg(rs20455T > C)与冠脉事件的相关性。KIF6基因Trp719Arg多态性在高加索 人群中达到60%，具有719Arg多态性的人患冠心病(CHD)的风险增加55%。与非携带 者相比(HR = 0.94)，KIF6719Arg等位基因携带者应用他汀强化治疗较他汀常规治疗获 益更多(HR = 0.59)，强化治疗使携带者发生冠脉事件的绝对危险降低10.0%，非携带者 仅降低0.8%。载脂蛋白E(ApolipoproteinE，apoE)是血浆中重要的载脂蛋白之一。Apo E主要在肝脏合成、分泌和代谢过程中参与脂质的运输、储存及排泄，有修复组织、抑制血 小板聚集、免疫调节等作用。人apo E的基因位于第19号染色体长臂13区2带(19ql32) 上，基因全长为3.7kb，含有4个外显子和3个内含子，其cDNA长为1.163kb。apoE蛋 白前体由317个氨基酸组成，含有18个氨基酸信号肽，成熟的Ap0 E蛋白由299个氨基 酸组成。Ap0 E基因有三个等位基因，S卩ε2、ε 3和ε 4，共构成6种不同的基因型3 种纯合型(ε 2/ ε 2、ε 3/ ε 3、ε 4/ ε 4)禾口三种杂合型(ε 3/ ε 4、ε 2/ ε 3、ε 2/ ε 4) 0 其基因发生频率因不同的种族和地区存在差异，在一般人群中，^2约占8%， ε 3约占 78%, ε 4占14%。由于编码apoE肽链上第112位和158位氨基酸相对应核苷酸的多态 性差异，三种不同的等位基因转录、翻译成三种不同的蛋白异构体，即apo E ε 3肽链的 第112和158位上的氨基酸分别为半胱氨酸(Cys)和精氨酸(Arg)，而apoE ε 2是在第158 位上的Arg被Cys取代，apo E ε 4则在第112位上的Cys被Arg所取代。研究发现，不 同基因型人群的心血管疾病风险依ε 2 < ε 3 < ε 4次序增大，ε 2/ ε 2的携带者倾向于 发生III型的高血脂，ε 4等位基因与血浆中胆固醇水平的上升以及由此引致的冠心病风 险的提高相关，apo E基因型在预测心脏病相关的环境因素、斯他汀治疗、饮食治疗等对 患者的治疗效果中起着重要作用。WTCCC于2007年对1926例患有冠心病/心肌梗塞或有严重家族史者和 2938名对照受试者的全基因组关联研究结果显示与冠心病相关性最大的多态性位点 rsl333049 (G > C)位于9p21区域(P = 1.80X10-14)。该研究结果于2008年经在东亚 人群中得到验证。2009于中国人群中得到证实。PROVEIT-TIMI 22研究同样证实 rsl333049C等位基因携带者应用他汀强化治疗较他汀常规治疗获益更多。同时，与冠 心病相关的多态性位点还有 A22086055G (rsl0757274)、A22114477G (rsl0757278)、 A22105026G(rs2383206)、A22105959G (rs2383207)和 A22088619G (rs2891168)，此 5 个 位点均与rsl333049(G22115503C)完全连锁。4目前国内外关于心血管疾病风险的检测日渐增多，已有检测apo E基因多态性的 产品上市，如Celera公司、上海主健生物工程有限公司的检测产品，目前的产品一般基 于PCR技术的荧光定量PCR法、RFLP法和DNA测序法等，存在灵敏度低，样品易污 染、假阳性率高的缺点，同时由于检测通量的局限性，不能满足实际应用的需要。而染 色体9p21区段SNP位点，目前国内外几乎没有相关的检测产品。
技术实现思路
本专利技术的目的之一是提供KIF6基因SNP检测液相芯片，该液相芯片可用于检测 KIF6基因T2155C(rs20455)的野生型和突变型。实现上述目的的技术方案如下一种KIF6基因SNP检测液相芯片，主要包括有(A)针对KIF6基因的T2155C SNP位点设计的野生型和突变型的ASPE引物对， 每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对T2155C SNP位点的特异性引物组成， 所述特异性引物是SEQ ID N0.23和SEQ ID N0.24 ；所述tag序列选自SEQ ID N0.1 SEQ ID NO. 18 ；(B)分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag 序列选自SEQID N0.37 SEQ ID N0.54中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A) 中所选的tag序列互补配对，且所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；(C)用于扩增具有T2155C SNP位点的KIF6基因目标序列的扩增引物。优选地，所述扩增引物为SEQ ID N0.57 SEQ ID N0.58。更优选地，所述ASPE引物对为由SEQ ID N0.5和SEQ ID N0.23组成的序列 以及由SEQID N0.6和SEQ ID N0.24组成的序列。本专利技术的另一目的是提供一种KIF6和apoE基因SNP同步检测液相芯片。具体技术方案如下一种KIF6和apo E基因SNP检测液相芯片，主要包括有(A)针对每种基因的SNP位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对，每 条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因SNP位点的特异性引物组成，所 述特异性引物是针对KIF6基因T2155CSNP位点的SEQ ID N0.23和SEQ ID N0.24 ； 以及针对apo E基因C609TSNP的SEQ ID NO. 19和SEQ ID N0.20、禾口 /或针对apo E基 因 T471C 的 SEQ ID N0.21 和 SEQ ID N0.22 ；所述 tag 序列选自 SEQ ID N0.1 SEQ ID N0.18 ；(B)分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag 序列选自SEQID N0.37 SEQ ID N0.54中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A) 中所选的tag序列互补配对，且所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；(C)用于扩增具有KIF6基因T2155C SNP位点、以及apo E基因的C609T和/ 或T471CSNP的目标序列的扩增引物。优选地，所述扩增引物为针对KIF6基因T2155C SNP位点的SEQ ID N0.57 SEQ IDN0.58 ；以及针对 apoE 基因的 SEQ ID N0.55 和 SEQ ID N0.56。进一步地，所述ASPE引物对为针对KIF6基因T2155C SNP的由SEQIDN0.5和SEQ IDN0.23组成的序列以及由SEQ ID NO.6和SE本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种ＫＩＦ６基因ＳＮＰ检测液相芯片，其特征是，主要包括有：（Ａ）针对ＫＩＦ６基因的Ｔ２１５５Ｃ ＳＮＰ位点设计的野生型和突变型的ＡＳＰＥ引物对，每条ＡＳＰＥ引物由５’端的ｔａｇ序列和３’端针对Ｔ２１５５Ｃ ＳＮＰ位点的特异性引物组成，所述特异性引物是：ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２３和ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２４；所述ｔａｇ序列选自ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１～ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１８；（Ｂ）分别包被有特异的ａｎｔｉ－ｔａｇ序列的、具有不同颜色编码的微球，所述ａｎｔｉ－ｔａｇ序列选自ＳＥＱＩＤＮＯ．３７～ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５４中的序列，且所述ａｎｔｉ－ｔａｇ序列能相应地与（Ａ）中所选的ｔａｇ 序列互补配对，且所述ａｎｔｉ－ｔａｇ序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；（Ｃ）用于扩增具有Ｔ２１５５Ｃ ＳＮＰ位点的ＫＩＦ６基因目标序列的扩增引物。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：许嘉森，秦会娟，余刚，曾涛，
申请(专利权)人：广州益善生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：81
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