甲状腺细针抽吸分子测定制造技术

本发明专利技术涉及用于下述的方法、组合物和物品：诊断甲状腺癌，区分甲状腺癌和良性甲状腺疾病，测试甲状腺结节的不确定的甲状腺细针抽吸样品，和测定患者规程和结果。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】专利说明甲状腺细针抽吸分子测定
技术介绍
在美国，每年诊断出大约25,600例新甲状腺癌病例，且1,400位患者会死于该疾病。所有甲状腺癌中约75％属于乳头状甲状腺癌类型。剩余的由10％的滤泡性癌、5％-9％的髓样甲状腺癌、1％-2％的退行发育性癌、1％-3％的淋巴瘤和小于1％的肉瘤和其它罕见肿瘤组成。通常，甲状腺中的块(结节)是甲状腺癌的第一症征。在美国，有1000-1800万人具有单个甲状腺结节，且每年有大约490,000人变成临床上明显的。幸运地，这些结节中仅约5％是癌性的。 甲状腺癌诊断的常用方法是细针抽吸(FNA)活组织检查。细胞学地检查FNA样品，以确定结节是良性的还是癌性的。FNA的灵敏性和特异性范围分别是68％-98％和72％-100％，这取决于机构和医生。不幸地，在25％的病例中，样品不足以进行诊断，或通过细胞学不能确定。在现有的医学实践中，对具有不确定结果的患者进行外科手术，结果是，仅25％患有癌症，且75％以不必要的外科手术结束。具有高灵敏性和更好的特异性(高于25％)的分子测定，会极大地提高甲状腺癌的现有诊断准确性，并省去非癌性患者的不必要的手术。 比较基因组杂交(CGH)、基因表达的系列分析(SAGE)和DNA微阵列已经用于鉴别甲状腺癌中发生的遗传事件，例如杂合性丢失、基因上调和下调和基因重排。已经证实，PAX8和PPARγ基因重排事件与滤泡性甲状腺癌(FTC)有关。ret原癌基因的重排与乳头状甲状腺癌(PTC)有关。在FTC和PTC中都观察到了甲状腺过氧化物酶(TPO)基因的下调。据报道，半乳凝素-3是区分恶性甲状腺肿瘤和良性病变的候选标记。但是，其它研究证明，半乳凝素-3不是癌特异性的标记。意图用于甲状腺癌诊断的许多基因缺少精确的分子测定所需的灵敏性和特异性。 专利技术概述 本专利技术包括诊断甲状腺癌的方法，其通过下述实现，从患者获取生物样品；和测量样品中选自编码下述mRNA的那些的基因的表达水平与SEQ ID NO36、53、73、211和242相对应的；和/或与SEQ ID NO199、207、255和354相对应的；或被选自与表25所述的SEQ ID NO36、53、73、211和242相对应的psids的探针集合特异性识别的；和/或被选自与表25所述的SEQ ID NO199、207、255和354相对应的psids的探针集合特异性识别的；其中超过或低于预定截止水平的基因表达水平预示着甲状腺癌。 本专利技术包括区分甲状腺癌和良性甲状腺疾病的方法，其通过下述实现，从患者获取样品；和测量样品中选自编码下述mRNA的那些的基因的表达水平与SEQ ID NO36、53、73、211和242相对应的；和/或与SEQ ID NO199、207、255和354相对应的；或被选自与表25所述的SEQ ID NO36、53、73、211和242相对应的psids的探针集合特异性识别的；和/或被选自与表25所述的SEQ ID NO199、207、255和354相对应的psids的探针集合特异性识别的；其中超过或低于预定截止水平的基因表达水平预示着甲状腺癌。 本专利技术包括测试不确定的甲状腺细针抽吸(FNA)甲状腺结节样品的方法，其通过下述实现从患者获取样品；和测量样品中选自编码下述mRNA的那些的基因的表达水平与SEQ ID NO36、53、73、211和242相对应的；和/或与SEQ ID NO199、207、255和354相对应的；或被选自与表25所述的SEQ ID NO36、53、73、211和242相对应的psids的探针集合特异性识别的；和/或被选自与表25所述的SEQ ID NO199、207、255和354相对应的psids的探针集合特异性识别的；其中超过或低于预定截止水平的基因表达水平预示着甲状腺癌。 本专利技术包括确定甲状腺癌患者治疗规程的方法，其通过下述实现从甲状腺癌患者获取生物样品；和测量样品中选自编码下述mRNA的那些的基因的表达水平与SEQ ID NO36、53、73、211和242相对应的；和/或与SEQ ID NO199、207、255和354相对应的；或被选自与表25所述的SEQ ID NO36、53、73、211和242相对应的psids的探针集合特异性识别的；和/或被选自与表25所述的SEQ ID NO199、207、255和354相对应的psids的探针集合特异性识别的；其中超过或低于预定截止水平的基因表达水平足以预示癌症，以使医生能够确定治疗该疾病的推荐外科手术类型和/或疗法。 本专利技术包括治疗甲状腺癌患者的方法，其通过下述实现从甲状腺癌患者获取生物样品；和测量样品中选自编码下述mRNA的那些的基因的表达水平与SEQ ID NO36、53、73、211和242相对应的；和/或与SEQ ID NO199、207、255和354相对应的；或被选自与表25所述的SEQ ID NO36、53、73、211和242相对应的psids的探针集合特异性识别的；和/或被选自与表25所述的SEQ ID NO199、207、255和354相对应的psids的探针集合特异性识别的；其中超过或低于预定截止水平的基因表达水平预示着癌症；且如果他们是癌阳性的，则用甲状腺切除术治疗患者。 本专利技术包括交叉验证甲状腺癌患者的基因表达概况的方法，其通过下述实现a.从统计学上显著数目的患者生物样品，得到基因表达数据；b.使样品次序随机化；c.留出来自约10％-50％样品的数据；d.对剩余的样品，计算所有变量的目标因子，和选择满足p-值截止(p)的变量；e.如下选择拟合预测模型的变量使用正向搜索，并评价训练误差，直到它命中预定误差率；f.在留出的10-50％样品上，测试预测模型；g.用取出的新样品集合，重复步骤c)-g)；和h.继续步骤c)-g)，直到已经测试100％样本，并记录分类性能。 本专利技术包括独立地验证甲状腺癌患者的基因表达概况的方法和由此得到的基因概况，其通过下述实现从统计学上显著数目的患者生物样品，得到基因表达数据；使基因表达数据中的来源变异性标准化；计算以前选择的所有变量的目标因子；和在样品上测试预测模型，并记录分类性能。 本专利技术包括产生后验概率评分以使得能够诊断甲状腺癌患者的方法，其通过下述实现从统计学上显著数目的患者生物样品，得到基因表达数据；将线性判别分析应用于数据上，以得到选择的基因；和将加权表达水平应用于选择的具有判别函数因子的基因上，以得到可以用作后验概率评分的预测模型。 本专利技术包括产生甲状腺癌预后患者报告的方法和由此得到的报告，其通过下述实现从患者得到生物样品；测量样品的基因表达；向其应用后验概率；和使用由此得到的结果以产生报告。 本专利技术包括组合物，其含有选自下述的至少一个探针集合SEQ IDNO36、53、73、211和242；和/或SEQ ID NO199、207、255和354；或与表25所述的SEQ ID NO36、53、73、211和242；和/或SEQ ID NO199、207、255和354相对应的psids。 本专利技术包括试剂盒，其用于进行确定生物样品中的甲状腺癌诊断的测定，其含有用于检测选自编码下述mRNA的那些的基因组合的分离的核酸序本文档来自技高网...

【技术保护点】
诊断甲状腺癌的方法，其包含下述步骤：　ａ．从患者获取生物样品；和　ｂ．测量样品中选自编码下述ｍＲＮＡ的那些的基因的表达水平：　ｉ．与ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：３６、５３、７３、２１１和２４２相对应的；和／或　ｉｉ与ＳＥＱ　 ＩＤ　ＮＯ：１９９、２０７、２５５和３５４相对应的；或　ｉｉｉ．被选自与表２５所述的ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：３６、５３、７３、２１１和２４２相对应的ｐｓｉｄｓ的探针集合特异性识别的；和／或　ｉｖ．被选自与表２５所述的ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎ Ｏ：１９９、２０７、２５５和３５４相对应的ｐｓｉｄｓ的探针集合特异性识别的；　其中超过或低于预定截止水平的基因表达水平预示着甲状腺癌。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...

【专利技术属性】
技术研发人员：Y蒋，JW巴库斯，A马宗达，D乔达里，F杨，Y王，T亚特克，
申请(专利权)人：维里德克斯有限责任公司，
类型：发明
国别省市：US[美国]