遗传分析系统和方法技术方案

本发明专利技术提供了通过评估个体的基因型与至少一种疾病或状态之间的相关性确定遗传综合指数评分的方法。该评估包括将个体的基因组图谱与已确认为与至少一种疾病或状态相关的医学相关遗传变异的数据库相比较。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】专利说明
技术介绍
人类基因组测序和人类基因组学的其它最新进展已经揭示出，任何两个人之间的基因组组成具有超过99.9％的相似性。不同个体间DNA中相对较少量的变异是导致表型性状差异的原因，并且与许多人类疾病、对各种疾病的易感性和对疾病治疗的反应有关。个体间DNA的变异发生在编码区和非编码区，并且包括基因组DNA序列中特定位点上碱基的变化，以及DNA的插入和缺失。发生在基因组中单个碱基位置上的变化称为单核苷酸多态性，或者“SNP”。 虽然在人类基因组中SNP相对稀少，但是其占到个体间DNA序列变异的大部分，在人类基因组中大约每1,200个碱基对发生一个SNP(参见International HapMap Project，www.hapmap.org)。由于可获得更多的人类遗传信息，SNP的复杂性开始为人所了解。随之，基因组中SNP的发生与多种疾病和状态的存在和/或易感性发生关联。 由于获得这些相关性和人类遗传学上的其它进展，一般而言医疗和个人保健正向着个性化的途径发展，其中患者将在其它因素以外考虑他或她的基因组信息的情况下作出适当的医疗选择和其它选择。因此，就需要向个人和他们的保健提供者提供特定于该个体的个人基因组的信息，从而提供个性化医疗和其它决策。
技术实现思路
本专利技术提供了一种评估个体的基因型相关性的方法，该方法包括a)获得该个体的遗传样品，b)生成该个体的基因组图谱，c)通过将该个体的基因组图谱与人类基因型和表型的相关性的当前数据库相比较，确定该个体基因型与表型的相关性，d)向该个体或该个体的保健管理者报告由步骤c)得到的结果，e)当已知附加的人类基因型相关性时，用该附加的人类基因型相关性更新人类基因型相关性数据库，f)通过将由步骤c)得到的该个体的基因组图谱或其一部分与附加的人类基因型相关性相比较而更新该个体的基因型相关性，并确定该个体的附加基因型相关性，和g)向该个体或该个体的保健管理者报告由步骤f)得到的结果。 本专利技术进一步提供了一种评估个体的基因型相关性的商业方法，该方法包括a)获得该个体的遗传样品；b)生成该个体的基因组图谱，c)通过将该个体的基因组图谱与人类基因型相关性数据库相比较确定该个体的基因型相关性；d)以加密的方式向该个体提供确定个体的基因型相关性的结果；e)当已知附加的人类基因型相关性时，用该附加的人类基因型相关性更新人类基因型相关性数据库；f)通过将该个体的基因组图谱或其一部分与附加的人类基因型相关性相比较而更新该个体的基因型相关性，并确定该个体的附加基因型相关性；和g)向该个体或该个体的保健管理者提供更新该个体的基因型相关性的结果。 本专利技术的另一方面是一种生成个体的表型谱的方法，该方法包括a)提供包括规则的规则集(rule set)，各条规则表明至少一种基因型与至少一种表型之间的相关性，b)提供包括多个个体中各个个体的基因组图谱的数据集，其中各个基因组图谱包括多种基因型；c)用至少一条新规则定期更新该规则集，其中该至少一条新规则表明先前在规则集中未彼此关联的基因型与表型之间的相关性；d)将各条新规则应用于至少一个个体的基因组图谱，从而使该个体的至少一种基因型与至少一种表型相关联，并且任选地，e)生成包括该个体的表型谱的报告。 本专利技术还提供了一种系统，该系统包括a)包括规则的规则集，各条规则表明至少一种基因型与至少一种表型之间的相关性；b)用至少一条新规则定期更新该规则集的代码，其中该至少一条新规则表明先前在规则集中未彼此关联的基因型与表型之间的相关性；c)包括多个个体的基因组图谱的数据库；d)将该规则集应用于个体的基因组图谱以确定个体的表型谱的代码；和e)生成各个体的报告的代码。 本专利技术的另一方面是在上述的方法和系统中以加密或不加密的方式通过网络进行传输。 引入的参考内容 在说明书中提及的所有出版物和专利申请在此引入作为参考，正如各单个出版物或专利申请特别地和单独地说明引入作为参考一样。 附图说明 图1为举例说明本专利技术的方法方面的流程图。 图2为基因组DNA质量控制措施的实例。 图3为杂交质量控制措施的实例。 图4为来自具有测试的SNP和效应评价的公开文献的典型基因型相关性的表。A-I)表示单个基因座的基因型相关性；J)表示两个基因座的基因型相关性；K)表示三个基因座的基因型相关性；L)为A-K中使用的种族和国家缩写的索引；M)为A-K中的表型名称缩写(ShortPhenotype Name)缩写的索引、遗传率和遗传率的参考文献。 图5A-J为具有效应评价的典型基因型相关性的表。 图6A-F为典型基因型相关性和估计的相对危险度的表。 图7为示例报告。 图8为用于分析和通过网络传输基因组图谱和表型谱的系统的图解。 图9为举例说明本专利技术的商业方法方面的流程图。 图10流行度(prevalence)评价对相对风险评估的效应。假定哈迪-温伯格平衡(Hardy-Weinberg Equilibrium)的情况下，各曲线对应于群体中等位基因频率的不同数值。两条黑线对应于9和6的优势比，两条红线对应于6和4的优势比，以及两条蓝线对应于3和2的优势比。 图11等位基因频率评价对相对风险评估的效应。各曲线对应于群体中流行度的不同数值。两条黑线对应于9和6的优势比，两条红线对应于6和4的优势比，以及两条蓝线对应于3和2的优势比。 图12不同模型的绝对值的配对比较。 图13基于不同模型的等级值(GCI评分)的配对比较。表2中给出了不同对之间的Spearman相关性。 图14流行度报告对GCI评分的效应。任何两个流行度值之间的Spearman相关性为至少0.99。 图15为来自个人入口的示例网页的图。 图16为说明个人患前列腺癌的风险的来自个人入口的示例网页的图。 图17为说明个人患克罗恩氏病的风险的来自个人入口的示例网页的图。 图18为使用2个SNP的基于HapMAP的多发性硬化症的GCI评分的柱状图。 图19为使用GCI Plus的多发性硬化症的个体终生风险。 图20为克罗恩氏病的GCI评分的柱状图。 图21为多基因座相关性的表。 图22为SNP和表型相关性的表。 图23为表型和流行度的表。 图24为图21、22和25中缩写的词汇表。 图25为SNP和表型相关性的表。 具体实施例方式 本专利技术提供基于个体或个体组的存储基因组图谱生成表型谱，以及基于存储的基因组图谱方便地生成原始的和更新的表型谱的方法和系统。通过由得自个体的生物样品确定基因型而生成基因组图谱。从个体获得的生物样品可以是可由其得到遗传样品的任何样品。样品可以来自口腔拭子、唾液、血液、头发或者任何其它类型的组织样品。然后可以由生物样品确定基因型。基因型可以是任何遗传性变型或者生物标志物，例如，单核苷酸多态性(SNPs)、单体型(haplotype))或者基因组的序列。基因型可以是个体的全部基因组序列。基因型可以由产生数千或者数百万的数据点的高流通量分析得到，例如，用于大多数或所有已知SNP的微阵列分析。在其它实施方式中，基因型也可以由高流通量测序确定。 基因型形成个体的基因组图谱。基因组图谱进行数字存储并且很容易在任何时间点进行访问以生成表型谱。通过应用使基因型与表型相关联或结合的规则生成表型谱。规则本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种评估个体的基因型相关性的方法，该方法包括：　ａ）获得所述个体的遗传样品；　ｂ）生成所述个体的基因组图谱；　ｃ）通过将所述个体的基因组图谱与当前人类基因型与表型的相关性数据库相比较而确定所述个体的基因型与表型的相关性；　 　ｄ）向所述个体或所述个体的保健管理者报告由步骤ｃ）得到的所述结果；　ｅ）当知道附加的人类基因型相关性时，用所述附加的人类基因型相关性而更新所述人类基因型相关性数据库；和　ｆ）通过将步骤ｃ）的所述个体的基因组图谱或其一部分与 所述附加的人类基因型相关性相比较更新所述个体的基因型相关性，并确定所述个体的附加基因型相关性；和　ｇ）向所述个体或所述个体的保健管理者报告由步骤ｆ）得到的所述结果。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...

【专利技术属性】
技术研发人员：DA斯坦芬，MF菲利普庞，J韦塞尔，M卡吉尔，E哈尔佩里恩，
申请(专利权)人：纳维哲尼克斯公司，
类型：发明
国别省市：US[美国]