本发明专利技术总体上涉及核酸分子阵列，所述核酸分子的表达谱表征了大肠内的细胞或细胞的群体的解剖学来源。更具体地，本发明专利技术涉及核酸分子的阵列，所述核酸分子的表达谱表征了大肠内的细胞或细胞的群体的近端或远端来源。本发明专利技术的表达谱的应用包括但不限于确定源自大肠的细胞或细胞的群体的解剖学来源。更进一步，由于正常细胞向肿瘤状态的进展通常以表型去分化为特征，本发明专利技术的方法还提供了一种鉴定细胞异常性的手段，其基于相对于当对象细胞位于它们在结肠内的解剖学位置时被认为所应该表达的表达谱而言表达错误表达谱。因此，本发明专利技术的这一方面提供了鉴定存在大肠结肠细胞的重要手段，这些细胞表明大肠内的异常性，例如疾病（如结直肠肿瘤）的发生或发生倾向性。
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术总体上涉及核酸分子阵列，所述核酸分子的表达谱表征了大肠 内的细胞或细胞的群体的解剖学来源。更具体地，本专利技术涉及核酸分子的 阵列，所述核酸分子的表达谱表征了大肠内的细胞或细胞的群体的近端或 远端来源。本专利技术的表达谱的应用包括但不限于确定源自大肠的细胞或细 胞的群体的解剖学来源。更进一步，由于正常细胞向肿瘤状态的进展通常 以表型去分化为特征，本专利技术的方法还提供了一种鉴定细胞异常性的手 段，其基于相对于当对象细胞位于它们在结肠内的解剖学位置时被认为所 应该表达的表达谱而言表达错误表达谱。因此，本专利技术的这一方面提供了 鉴定存在大肠结肠细胞的重要手段，这些细胞表明大肠内的异常性，例如 疾病(如结直肠肿瘤)的发生或发生倾向性。
技术介绍
本说明书中按照作者姓名引用的出版物的详细信息以字母顺序汇集在 说明书的最后。本说明书中对任何现有技术的引用均不是并且也不应该被认为是承认 或以任何形式提示该现有技术在澳大利亚构成公知常识的一部分。腺瘤是上皮来源的良性肿瘤，它们源自腺体组织或展现出清楚的腺状 结构。 一些腺瘤显示出可识别的组织特征，例如纤维组织(纤维腺瘤)，而 其他一些，例如支气管腺瘤，产生活性化合物导致出现临床综合征。特定 器官的肿瘤，包括垂体腺在内，通常通过它们的组织学染色亲和力而分 类，例如嗜酸性、嗜碱性和拒染性腺瘤。腺瘤可以变成恶性，称为腺癌。因此，腺癌被定义为来源于腺体结构 (体内绝大多数器官的组成部分)的恶性上皮肿瘤。该术语也适用于显示出 腺样生长模式的肿瘤。可以根据这些肿瘤所产生的物质(例如粘液分泌型和25浆液型腺癌)或它们的细胞在显微镜下排列成的方式(例如乳头状和滤泡状 腺癌)而将它们分为亚型。这些癌症可以是实体性的或囊性的(囊腺癌)。各 个器官抗产生多种组织类型的肿瘤，例如卵巢可产生粘液性和囊腺癌。一 般而言，腺瘤的总体癌变发生率大约为5°/。。不过，这与大小相关，虽然 癌变在小于l厘米的腺瘤中极少发生，但在大于4厘米的绒毛状病灶中估计为40至50%。具有更高程度的发育异常(dysplasia)的腺瘤具有更高的癌 变发生率。 一旦出现散发的腺瘤，在26个月内出现新腺瘤的机会大约为 30%。结直肠腺瘤是这类腺瘤的发病率逐渐增加，特别是在较富裕的国家。 引起腺瘤及其转变为腺癌的原因仍然是热门研究课题。目前认为除了遗传 易感性以外，环境因素(例如饮食)在该病的发生中也起作用。大多数研究 指出有关的环境因素涉及饮食中的高脂肪、低纤维和大量精制碳水化合 物。结肠腺瘤发育异常的上皮细胞(它们原本是平坦的)的局部增殖。通过 大体的外观可将它们分为无柄(平坦)腺瘤或有柄(具有茎)腺瘤。尽管小腺瘤 (小于0.5毫米)具有平滑的褐色表面，但有柄腺瘤的头部具有鹅卵石状或分 叶状的红棕色表面。无柄腺瘤具有更加细致的绒毛状表面。有柄腺瘤更可 能是管状或绒毛管状的，而无柄病灶更可能是绒毛状的。无柄腺瘤最常见 于盲肠和直肠，而总的有柄腺瘤则在乙状结肠-直肠与大肠的其余部分之间 各占一半。腺瘤通常是无症状的，因此难以早期诊断和治疗。从技术上讲，无法 基于腺瘤的大体外观预测是否存在癌症，不过认为较大的腺瘤较较小的腺 瘤具有更高的癌变率。无柄腺瘤较同等大小的有柄腺瘤具有更高的癌变 率。 一些腺瘤导致产生显微镜下便血。但是，由于便血也可以由非腺瘤性 病变引起且在没有癌变的情况下通常观察不到梗阻症状，因此在不进行高 创伤性方法例如活检分析的情况下很难准确诊断腺瘤。因此，长期以来不 仅需要阐明腺瘤及其癌变的原因，还需要开发更具指示性的诊断方案，特 别是那些能够实现在早期快速、常规和准确诊断腺瘤和腺癌(例如癌变前期) 的方案。为此，对于结直肠腺癌的研究已经提示在近端与远端肿瘤之间存在不同的发病率、组织病理学和预后。就这条研究路线而言，基因表达谱方法的出现使得对肠粘膜的发育有 了进一步的了解。例如，微阵列基因表达分析使得对参与产生并保持从隐窝基底到内腔的径向-轴平衡(radial-axis balance)的转录因子的调变以及那 些导致上皮细胞分化的转录因子的调变有了更多的了解。类似 地，对胚胎肠道发育过程中的程序化基因事件，特别是那些造成小肠与大 肠之间局部上皮细胞的差异的分子调控机制有了进一步的了解。另一方面，关于沿大肠纵向轴线的近端-远端基因表达的不同则 所知甚少。结直肠腺癌的 流行病学研究为近端和远端肿瘤之间的具有不同的发病率、组织病理学和 予页后提j共了支,寺[Bonithon-Kopp and Benhamiche, 1999, ￡wr J" Ca"cer /Vev 8 Suppl 1:S3-12; Bufill， 1990， J朋/"few 113:779-788; Deng " a/., 2002, 5r / Owcer 86:574-579; Distler and Holt, 1997， 15:302-311〗。因此，对位置特异性变化的了解能够为那些具有沿着结直肠分布的特征性分 布模式的疾病(包括结直肠癌)提供有价值的认识。出于临床医学的方便，通常将结直肠(也称为大肠)分为6个解剖学区 域，从回肠末端区域开始分别为盲肠；升结肠；横结肠；降结肠；乙状 结肠；和直肠。或者，可将这些区段分组以便将大肠分为两个区域模式， 包括近端和远端大肠。近端("右侧")区域通常认为包括盲肠、升结肠、和 横结肠，而远端("左侧")区域包括脾曲、降结肠、乙状结肠和直肠。这些 区域具有不同的胚胎性个体发生，它们的连接处在沿横结肠三分之二处， 且由不同的动脉为各区域提供血供，这些都支持这种划分。虽然近端大肠 从胚胎中肠发育而来，由肠系膜上动脉供应，但远端大肠却从胚胎后肠发 育而来，并由肠系膜下动脉供应。关于近端远端之间差异的全面综述可参见文 献[Iacopetta， 2002， /"f / Ca"cer 101:403-408〗。在产生本专利技术的工作中，发现一组基因在人类大肠的近端和远端部分 之间被差异性表达。因此，这便能够开发出用于确定源于大肠的感兴趣的 细胞是近端来源的或远端来源的的手段。因此这就能够就其在大肠内的解 剖学来源而常规地表征来自正常大肠的细胞或组织。更进一步，由于大多 数疾病状态的特征在于发生疾病的细胞在表型谱或基因转录方面有一些改 变，对于倾向于出现或者己经具有肿瘤性的细胞尤为如此，因此，本专利技术 的方法提供了用于鉴定异常细胞或者倾向于变为异常的细胞的便捷手段。 更具体地，如果来源于已知的大肠解剖学来源的细胞表达一或多种并非该 位置处特征性的基因或基因谱，则所述细胞可归类为异常，且可进行进一 步分析以阐明该异常性的性质。
技术实现思路
在本说明书和权利要求书中，除非前后文有不同的要求，否则，"包 含"("comprise")及其不同变化形式如"包含"("comprises"和"comprising")，应理解为意味着纳入所述的事物或步骤或事物的组或步骤的组，但不排除 任何其他的事物或步骤或事物的组或步骤的组。在本文中，术语"源自"应该理解为指的是从所述的种类起源的特定事 物或事物的组，但其不一定是从所述来源直接得到的。此外，在本文中， 单数形式的"a"、 "an"和"the"包括复数个指代物，除非前后文明确指示有其本文档来自技高网...
【技术保护点】
用于确定源自个体的大肠的细胞或细胞群体的解剖学来源的方法，所述方法包括： 访问训练数据，包括代表源自至少一个大肠的已知近端－远端来源的细胞或细胞群体中的基因表达的表达训练数据和代表所述细胞或细胞群体与所述近端－远端来源的关联的近端－远 端来源训练数据； 处理所述训练数据以产生代表所述基因表达水平的线性或非线性组合的分类数据，所述分类数据被用于基于代表取自大肠的另外的细胞或细胞亚群中所述基因的表达的进一步的表达数据而产生进一步的近端－远端来源数据，所述进一步的近端－远 端来源数据表明所述另外的细胞或细胞亚群的近端－远端来源。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...
【专利技术属性】
技术研发人员：LC拉普安特，R邓恩，
申请(专利权)人：临床基因组学有限公司，联邦科学技术研究组织，
类型：发明
国别省市：AU[澳大利亚]
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。