大豆多态性与基因分型方法技术

本发明专利技术提供用于至少两个大豆品种之间基因分型的多态性大豆ＤＮＡ基因座。该基因座的序列可用于为设计用于检测大豆ＤＮＡ多态性的引物和探针寡核苷酸提供基础。多态性可用于大豆中的基因分型应用。多态性标记可用于建立标记／性状关联，例如，在连锁不平衡作图和关联研究、定位克隆和转基因应用、标记辅助的育种和标记辅助的选择、杂种预测和血源一致性研究中。多态性标记也可用于ＤＮＡ克隆文库的作图，例如，用于与多态性连锁的大豆ＱＴＬｓ和基因。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本文公开了大豆多态性、与这些多态性相关的核酸分子及使用这些多态性和分子作为标记分子(例如在基因分型中)的方法。相关技术多态性可用作分子标记，也称为遗传标记，在农业领域中，例如，在植物遗传研究 和商业育种中，用于与基因分型有关的应用。多态性的这些应用在美国专利5，385，835、 5，437，697,5, 385，835,5, 492，547,5, 746，023,5, 962，764,5, 981，832 和 6，100，030 中有描述。特别地，与只是基于表型数据所获得的结果相比，在育种程序中使用分子标记加 速了有价值的性状在种质中的遗传积累。本文中，“种质”包括育种种质、育种群体、优良近 交系的收集、随机交配个体的群体和双亲杂交。分子标记等位基因(“等位基因”是基因座 处的替代序列)用于鉴定在多个基因座处包含所需的基因型并且预期向其后代转移所需 的基因型以及需要的表型的植物。分子标记等位基因可以用于鉴定在一个标记基因座、几 个基因座或单元型处包含所需的基因型并且预期向其后代转移所需的基因型以及所需的 表型的植物。DNA的高度保守性，与稳定的多态性罕见的出现率相结合，提供了既是可预测性的 又可以辨别不同的基因型的分子标记。在现有的分子标记的种类中有多种指示遗传变异的 多态性，包括限制性片段长度多态性(RFLP)、扩增片段长度多态性(AFLP)、简单序列重复 (SSR)、单特征多态性(SFP)、单核苷酸多态性(SNP)和插入/缺失多态性(Indel)。分子标记在稳定性和基因组丰度方面不同。SNP作为分子标记是特别有用的，因为 它们比其它多态性更稳定，且在植物基因组是丰富的(Bi等人Crop Sci. 46 12-21 (2006)， Romberg, DNA Iteplication，W.H.Freeman&Co.，San Francisco (1980))。因为植物物种的 分子标记的数量是有限的，发现另外的分子标志对于基因分型应用来说是至关重要的，包括标记性状关联研究、基因作图、基因发现、标记辅助选择和标记辅助育种。用作分子标记 的多态性的发现和鉴定需要大量的测序和生物信息学工作，需要对两个或更多的进化分支 系或群体进行大规模的测序。不断发展的技术使得某些分子标记更适合于快速、大规模地使用。具体地，如用于SNP检测的高通量筛选的技术表明，SNP是优选的分子标记。专利技术概述正是鉴于上述问题，发展了本专利技术。本专利技术提供了一系列用于大豆的分子标记。这 些分子标记包括通过对大豆基因组DNA进行直接序列分析确定多态性而发现的大豆DNA基 因座。这些分子标记可用于多种基因分型应用。本专利技术的多态性大豆基因座包括至少12 个连续核苷酸，该核苷酸包括或邻近本文中确定的多态性，例如在表1或表3中确定的多态 性。如表1所示，SEQ ID NO :1至SEQ ID NO 7800的核酸序列包括一种或多种多态性，例 如，单核苷酸多态性(SNP)和插入/缺失多态性(Indel)。如表3所示，本文确定的某些多 态性也已定位于某些大豆染色体上。本专利技术首先提供核酸分子文库，其包括至少两组不同的核酸分子，其中，所述不同 组核酸分子中的每一组允许对表1或表3中确定的相应的大豆基因组DNA多态性进行分 型。在本专利技术此方面的某些实施方案中，文库包括两组或多组不同的核酸分子，它们排列在 至少一个固体载体上或至少一个微量滴定板上。不同组的核酸分子可以位于微量滴定板的 单独的和不同的孔中。不同组的核酸也可以位于固体载体上的不同的探询位置。也涉及其中核酸分子组合在单一混合物中的文库。在本专利技术的其它实施方案中， 文库可以包含至少8、至少24、至少96或至少384组不同的核酸分子，其中，每组核酸分子 允许对表1或表3中确定的相应的大豆基因组DNA多态性进行分型。也涉及包含允许对表3 中确定的大豆基因组DNA多态性进行分型的几组核酸分子的文库，所述多态性选自SEQ ID NO :3122、2914、3984、3608、1448、69、1261、3436、1142、80、88、980、538、1925、3669、2270、 1397、3747、888、365、2132、1972、459、762 和 1094。文库中的不同组核酸分子可以包括至少12个连续核苷酸的核酸分子，所述核苷 酸包括或直接邻近表1中确定的相应的多态性，并且其中至少12个连续核苷酸的序列与包 括或直接邻近所述多态性的大豆DNA片段任一链中的相同数目核苷酸的序列至少90%相 同。在其它实施方案中，核酸分子是至少15个连续核苷酸或至少18个连续核苷酸的核酸 分子。核酸分子可以进一步包含可检测的标记或提供可检测的标记的掺入。这种可检测的 标记可以选自同位素、荧光团、氧化剂、还原剂、核苷酸和半抗原。可检测的标记可以通过化 学反应添加到核酸上，或通过酶促反应掺入。不同组的核酸分子还可以包括(a) —对寡核苷酸引物，其中，所述寡核苷酸引物 中的每一个包含至少15个核苷酸碱基，并且允许PCR扩增包含表1或表3中确定的所述相 应多态性之一的DNA片段，和(b)至少一种检测核酸分子，其允许检测(a)的所述扩增片段 中的多态性。在这些不同组的核酸中，检测核酸包含至少12个核苷酸碱基，或者包含至少 12个核苷酸碱基和可检测的标记，并且其中所述检测核酸分子的序列与包含所述多态性的 权利要求1之基因座中的大豆DNA片段任一链中相同数目核苷酸的序列至少95%相同。本专利技术还提供计算机可读介质，在其上记录有表1或表3中确定的至少两种大豆 基因组DNA多态性。在其它实施方案中，至少8种表1或表3中确定的大豆基因组DNA多态性记录在计算机可读介质上。也提供在其上记录有表1和表3中确定的至少两种大豆基 因组DNA多态性和所述大豆基因组DNA多态性中每一种的相应遗传图谱位置的计算机可读 介质。在其它实施方案中，至少8种大豆基因组DNA多态性和相应的遗传图谱位置记录在 计算机可读介质上。本专利技术还提供用于读取、分类或分析大豆基因型数据的基于计算机的系统，该系 统包括以下构件(a)数据存储装置，包括计算机可读介质，其上记录有至少2种表1或表3 中确定的大豆基因组DNA多态性；(b)搜索装置，用于将来自至少一种测试大豆植物的大豆 基因组DNA序列与步骤(a)的数据存储装置的所述多态性序列进行比较，以鉴定同源或非 同源序列；和(c)检索装置，用于鉴定步骤(b)的所述测试大豆基因组序列的所述同源或非 同源序列。在其它实施方案中，至少96种表1或表3中确定的大豆基因组DNA多态性记录 在基于计算机的系统的计算机可读介质上。在另外其它实施方案中，数据存储装置可以进 一步包括计算机可读介质，其上记录有来自所述测试大豆植物中的至少一个的表型性状数 据。数据存储装置还可以进一步包括计算机可读介质，其上记录有等位基因状态与亲本、后 代或测试大豆植物的关联数据。还涉及基于计算机的系统，其中，多种表3中确定的定位的 大豆基因组DNA多态性记录在计算机可读介质上，并且其中，计算机可读介质进一步包括 所述定位的多态性中的每一种的遗传图谱位置数据。也提供了用于检测表1和表3中确定的大豆基因组DNA中的多态性的分离的核酸 分子。涉及用本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种核酸分子文库，所述文库包括至少两组不同的核酸分子，其中，所述不同组核酸分子中的每一组允许对表１或表３中确定的相应的大豆基因组ＤＮＡ多态性进行分型。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...

【专利技术属性】
技术研发人员：吴坤生，J莱德奥克斯，D巴特鲁伊尔，A格普塔，R约翰森，S伊汀顿，J布尔，M爱德华兹，P麦克莱尔德，
申请(专利权)人：孟山都技术公司，
类型：发明
国别省市：US[美国]