【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物分子标记的，具体涉及一种与肉鸡冠齿数性状相关的snp分子标记及其引物和应用。
技术介绍
1、中国是禽肉消费与生产的生产大国，其中是我国的国鸡，具有肉质鲜美和抗逆性强等优点。然而，近年来活禽市场因禽病频发而大量关闭，对以活禽形式销售且依赖毛色作为主要识别特征的黄羽肉鸡构成了挑战。转为冰鲜鸡上市后，其原有的识别标志将不复存在。在此转型背景下，鸡冠齿数作为一个具有显著表型变异的性状，成为了黄羽肉鸡从活禽到生鲜上市过程中一个重要的外貌特征和遗传标记。
2、鸡冠齿数不仅是鸡第二性征中最显著、最重要的外观标志，同时也是有效的散热器官和衡量性成熟度的重要参考。它与繁殖性状和生产性能密切相关，如在湘黄鸡中，大冠齿数群体的开产日龄早于小冠齿数群体；在清远麻鸡中，大冠齿数与鸡的生长前期体重呈显著正相关。此外，父母代冠齿数与后代冠齿数之间存在高度相关性（相关系数0.98），表明冠齿数性状在家禽性早熟和生长早期体重的辅助育种中具有潜在价值。
3、目前，基于单个或多个snps（单核苷酸多态性）位点作为分子标记辅助选择生长性状的技术已广泛应用于家禽育种中，显著提高了育种效率并缩短了选育周期。然而，尽管这些技术已相对成熟，但针对黄羽肉鸡冠齿数性状的全基因组关联分析研究仍较为匮乏，且大多数位点的显著性水平较低。
4、因此，开发具有显著遗传效应的冠齿数性状相关分子标记，对于实现性早熟、生长早期体重等相关性状的分子标记辅助选择具有重要意义。这将有助于加快黄羽肉鸡冠齿数性状的遗传选择进程，提升生产应用价值，并有效
技术实现思路
1、针对上述问题，本专利技术的目的在于提供一种与肉鸡冠齿数性状相关的snp分子标记及其引物和应用。
2、本专利技术的
技术实现思路
如下：
3、本专利技术提供了一种与肉鸡冠齿数性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记包括位于鸡7.0参考基因组第7号染色体上grcg7b第391959位t/c突变位点，为chr7_391959；
4、所述snp位点存在t/c的碱基突变，出现tt、tc和cc不同的基因分型；
5、当chr7_391959的基因型为tt时，鸡冠齿数多；
6、当chr7_391959的基因型为tc时，鸡冠齿数中等；
7、当chr7_391959的基因型为cc时，鸡冠齿数少。
8、本专利技术还提供了一种检测上述snp分子标记的引物组，所述引物组包括：
9、上游引物，序列为f:5’-agcccgcatagtcaacaatct-3’；
10、下游引物，序列为r:5’-agattcgaacaccgtgcaac-3’。
11、本专利技术还提供了一种试剂盒，其包含上述引物组。
12、本专利技术还提供了上述snp分子标记、上述引物组或上述试剂盒在早期筛选肉鸡冠齿数性状中的应用。
13、本专利技术还提供了上述snp分子标记、上述引物组或上述试剂盒在肉鸡冠齿数性状辅助选择育种中的应用，通过对snp分子标记的检测，当chr7_391959的基因型为tt时，鸡冠齿数多；当chr7_391959的基因型为tc时，鸡冠齿数中等；当chr7_391959的基因型为cc时，鸡冠齿数少；定向选择chr7_391959的基因型为tt的个体作为种鸡，有助于肉鸡冠齿数选择的遗传进程。
14、本专利技术提供了一种肉鸡冠齿数性状辅助选择育种的方法，包括如下步骤：
15、1）以待检测鸡的dna为模板，利用上述引物组进行pcr扩增，获得扩增产物；
16、所述pcr扩增的反应体系为：基因组dna500 ng、2x pro taq master mix (dyeplus) 25 μl、0.2 μm上游引物1 μl、0.2 μm下游引物1 μl，添加无酶无菌水至总反应体系为50 μl；
17、所述pcr扩增的反应程序为：94℃ 30s；98℃ 10s，60℃ 30s，72℃ 1min，35个循环；72℃ 2min；
18、2）将扩增产物进行sanger测序，获得所述snp分子标记的基因型；
19、3）根据基因型判断待检测肉鸡的冠齿数性状；
20、当chr7_391959的基因型为tt时，鸡冠齿数多；
21、当chr7_391959的基因型为tc时，鸡冠齿数中等；
22、当chr7_391959的基因型为cc时，鸡冠齿数少；
23、定向选择chr7_391959的基因型为tt的个体作为种鸡，有助于肉鸡冠齿数选择的遗传进程。
24、本专利技术的有益效果如下：
25、本专利技术的与肉鸡冠齿数性状相关的snp分子标记，为位于鸡7.0参考基因组grcg7b的chr7_391959处的snp位点，其存在t/c的碱基突变，出现tt、tc和cc不同的基因分型，与冠齿数具有极高的遗传相关性，其显著性达到了2.90×10-7，所能解释的表型变异方差分别达到了1.75%，遗传效应非常显著，因此能够用于准确判别肉鸡的冠齿数性状，通过确定该snp的基因型对于肉鸡的冠齿数性状进行早期选择和辅助选择育种，选择分子标记chr7_391959位点为tt基因型的个体作为种鸡，可加快黄羽肉鸡冠齿数性状的遗传选择进程，在早期直接在基因组水平上选育个体，提高育种效率，降低育种成本，有效提升黄羽肉鸡的产业竞争力。
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1.一种与肉鸡冠齿数性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记包括位于鸡7.0参考基因组第7号染色体上GRCg7b第391959位T/C突变位点，为Chr7_391959。
2.根据权利要求1所述的与肉鸡冠齿数性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP位点存在T/C的碱基突变，出现TT、TC和CC不同的基因分型；
3.一种检测权利要求1或2所述SNP分子标记的引物组，其特征在于，所述引物组包括：
4.一种试剂盒，其特征在于，其包含权利要求3所述引物组。
5.权利要求1或2所述SNP分子标记、权利要求3所述引物组或权利要求4所述试剂盒在早期筛选肉鸡冠齿数性状中的应用。
6.权利要求1或2所述SNP分子标记、权利要求3所述引物组或权利要求4所述试剂盒在肉鸡冠齿数性状辅助选择育种中的应用，其特征在于，通过对SNP分子标记的检测，当Chr7_391959的基因型为TT时，鸡冠齿数多；当Chr7_391959的基因型为TC时，鸡冠齿数中等；当Chr7_391959的基因型为CC时，鸡冠齿数少。
7.
8.一种肉鸡冠齿数性状辅助选择育种的方法，其特征在于，包括如下步骤：
9.根据权利要求8所述的肉鸡冠齿数性状辅助选择育种的方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应体系为：基因组DNA500 ng、2X Pro Taq Master Mix (dye plus) 25 μL、0.2 μM上游引物1 μL、0.2 μM下游引物1 μL，添加无酶无菌水至总反应体系为50 μL。
10.根据权利要求8所述的肉鸡冠齿数性状辅助选择育种的方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应程序为：94℃ 30s；98℃ 10s，60℃ 30s，72℃ 1min，35个循环；72℃ 2min。
...【技术特征摘要】
1.一种与肉鸡冠齿数性状相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记包括位于鸡7.0参考基因组第7号染色体上grcg7b第391959位t/c突变位点，为chr7_391959。
2.根据权利要求1所述的与肉鸡冠齿数性状相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp位点存在t/c的碱基突变，出现tt、tc和cc不同的基因分型；
3.一种检测权利要求1或2所述snp分子标记的引物组，其特征在于，所述引物组包括：
4.一种试剂盒，其特征在于，其包含权利要求3所述引物组。
5.权利要求1或2所述snp分子标记、权利要求3所述引物组或权利要求4所述试剂盒在早期筛选肉鸡冠齿数性状中的应用。
6.权利要求1或2所述snp分子标记、权利要求3所述引物组或权利要求4所述试剂盒在肉鸡冠齿数性状辅助选择育种中的应用，其特征在于，通过对snp分子标记的检测，当chr7_391959的基因型为tt时，鸡冠齿数多；当chr7_3...
【专利技术属性】
技术研发人员：罗威，罗成龙，郭素茵，陈鹏，刘天飞，严霞，邹娴，吴铭茵，计坚，瞿浩，舒鼎铭，
申请(专利权)人：广东省农业科学院动物科学研究所，
类型：发明
国别省市：
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