【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物学，具体涉及与紫花苜蓿粗蛋白含量相关的分子标记及其应用。
技术介绍
1、紫花苜蓿（medicago sativa）作为“牧草之王”，具有高蛋白含量和优良的饲用价值，其粗蛋白含量可达20%左右，是奶牛等草食动物的重要优质饲草。分子标记能够精准定位与粗蛋白含量相关的基因，为高蛋白紫花苜蓿品种的选育提供理论依据。通过分子标记辅助育种，可以快速筛选出高蛋白含量的优良品种，提高育种效率，打破国外优质苜蓿品种的垄断。
2、传统高蛋白优质的紫花苜蓿新品种选育是根据育种后代粗蛋白含量进行的单株选择，这种方法耗时耗力，且准确性不高。利用目标基因存在的碱基差异，开发特异性分子标记进行辅助选择是提高选择效率的最佳方法。竞争性等位基因特异性pcr (kompetitiveallele-specific pcr，kasp)分子标记是建立在等位基因特异性扩增(amplificationrefractory mutation system，arms)和高灵敏度的荧光检测基础之上的一种新型snp分型方法。其原理是针对等位基因snp位点设计两个正向引物和一个通用反向引物，每条正向引物都有特异性序列，可与不同荧光标记结合。带有与不同荧光结合序列的正向引物与通用反向引物pcr扩增待测样品的dna，其等位变异就可以通过不同的荧光信号得以反映(he cl ,et al .snp genotyping:the kasp assay.methodsmolbiol, 2014,1145:75-86)。
3、因此，开发与紫花苜蓿粗蛋
技术实现思路
1、本专利技术解决的技术问题是传统高蛋白优质的紫花苜蓿新品种选育是根据育种后代粗蛋白含量进行的单株选择，这种方法耗时耗力，且准确性不高。
2、本专利技术的技术方案是与紫花苜蓿粗蛋白含量相关的分子标记，具体信息如下：染色体：chr3；位置：25995949；snp分型：c/a。
3、更进一步的，所述分子标记的核苷酸序列如seq id no.1或seq id no.2所示。
4、本专利技术还提供了扩增所述分子标记的引物组合，其核苷酸序列如seq id no.3~5所示。
5、本专利技术还提供了一种分子标记检测试剂盒，包括seq id no.3~5所示的引物。
6、本专利技术还提供了一种分子标记芯片，包括seq id no.3~5所示的引物。
7、本专利技术还提供了所述分子标记、扩增所述分子标记的引物组合、所述试剂盒和/或所述分子标记芯片在任选一项中的应用：
8、a、预测紫花苜蓿粗蛋白含量；
9、b、鉴定及筛选不同粗蛋白含量的紫花苜蓿；
10、c、选育具有高粗蛋白含量的紫花苜蓿；
11、d、紫花苜蓿分子标记辅助育种；
12、e、紫花苜蓿育种；
13、f、制备紫花苜蓿育种的产品。
14、本专利技术还提供了一种筛选不同粗蛋白含量紫花苜蓿材料或预测紫花苜蓿粗蛋白含量的方法，包括如下步骤：提取待测紫花苜蓿材料的基因组dna，采用seq id no.3~5所述引物扩增分子标记，对扩增产物进行测序，分型筛选。
15、具体的，所述扩增程序如下：94℃ 15min；95℃ 20sec，65~56℃ 60sec，10个循环，每个循环退火延伸温度降低0.8℃；94℃ 20sec，57℃ 60sec，10个循环。
16、特别的，所述分型筛选的标准如下：若分型结果为aa或ac，为低粗蛋白材料；若分型结果为cc为高粗蛋白材料。
17、本专利技术的有益效果：本专利技术通过大量材料和数据分析获得了一个与紫花苜蓿粗蛋白含量显著关联的位点（chr3_25995949），其lod值为8.39，可解释的表型贡献率为12.13%。并针对该位点是设计了引物组合。本专利技术开发的kasp引物组合能直接对snp突变位点的a或c碱基进行特异区分和检测，具有良好的应用价值，可实现对紫花苜蓿粗蛋白含量的预先选择和分子辅助育种，对于提高选择效率具有重要的理论和实践意义。本专利技术的分子标记具有良好的应用价值，可实现对紫花苜蓿粗蛋白含量性状的预先选择和分子辅助育种，对于加快粗蛋白含量育种的遗传改良进程，提高选择效率具有重要的理论和实践意义。
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1.与紫花苜蓿粗蛋白含量相关的分子标记，其特征在于：具体信息如下：染色体：chr3；位置：25995949；SNP分型：C/A。
2.根据权利要求1所述分子标记，其特征在于：所述分子标记的核苷酸序列如SEQ IDNo.1或SEQ ID No.2所示。
3.扩增权利要1或2所述分子标记的引物组合，其特征在于：其核苷酸序列如SEQ IDNo.3~5所示。
4.一种分子标记检测试剂盒，其特征在于：包括SEQ ID No.3~5所示的引物。
5.一种分子标记芯片，其特征在于：包括SEQ ID No.3~5所示的引物。
6.权利要求1或2所述分子标记、权利要求3扩增所述分子标记的引物组合、权利要求4所述试剂盒和/或权利要求5所述分子标记芯片在任选一项中的应用：
7.一种筛选不同粗蛋白含量紫花苜蓿材料或预测紫花苜蓿粗蛋白含量的方法，其特征在于：包括如下步骤：提取待测紫花苜蓿材料的基因组DNA，采用SEQ ID No.3~5所述引物扩增分子标记，对扩增产物进行测序，分型筛选。
8.根据权利要求7所述方法，其特征
9.根据权利要求7所述方法，其特征在于：所述分型筛选的标准如下：若分型结果为AA或AC，为低粗蛋白材料；若分型结果为CC为高粗蛋白材料。
...【技术特征摘要】
1.与紫花苜蓿粗蛋白含量相关的分子标记，其特征在于：具体信息如下：染色体：chr3；位置：25995949；snp分型：c/a。
2.根据权利要求1所述分子标记，其特征在于：所述分子标记的核苷酸序列如seq idno.1或seq id no.2所示。
3.扩增权利要1或2所述分子标记的引物组合，其特征在于：其核苷酸序列如seq idno.3~5所示。
4.一种分子标记检测试剂盒，其特征在于：包括seq id no.3~5所示的引物。
5.一种分子标记芯片，其特征在于：包括seq id no.3~5所示的引物。
6.权利要求1或2所述分子标记、权利要求3扩增所述分子标记的引物组合、权利要求4所述试剂...
【专利技术属性】
技术研发人员：陈林，刘昊，张雨琪，何飞，龙瑞才，康俊梅，杨青川，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：
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