【技术实现步骤摘要】
本申请为生物领域，具体涉及与鸡的体尺性状关联的遗传标记在遗传育种中的应用。
技术介绍
1、在现有技术中，关于鸡的体尺性状关联的遗传标记的相关文献可见如下记载：
2、公开号cn116949190a，主题为一种与鸡生长、体尺及胴体性状相关的snp分子标记、检测引物、试剂盒及育种方法的专利申请，其公开了鸡fgf2基因第1号内含子上的一个snp位点rs53587188，存在a>g突变，以此作为该专利申请的分子标记；
3、公开号cn115198022a，主题为一种与鸡体尺性状相关的igf2bp1基因分子标记及其应用和育种方法的专利申请，其公开了鸡igf2bp1基因启动子区的缺失突变与23种鸡体尺性状的相关性。
4、众所周知的，在生物体中，几乎每300bp就会出现一个snp位点突变，因此对于禽类来说，其基因组庞大，snp位点非常多；
5、在现有技术中，针对鸡的体尺形状的snp位点的研究的文献资料并不多，说明在这个研究方向的研究刚刚起步。
6、本申请在针对鸡的体尺形状的改变进行了相关研究，发现了一些新的现象，遂提出本案。
技术实现思路
1、本专利技术的目的是提供一种与鸡的体尺性状关联的遗传标记在遗传育种中的应用，本专利技术的应用分析了hes5b基因的三个snp位点，并确定了snp1位点和snp3位点和鸡的体尺性状之间的关系，以及不同位点、不同位点的基因型、单倍型组合和公鸡、母鸡的尺寸形状之间的关系，为鸡的体尺性状相关的遗传育种中提
2、同时，本专利技术还提出了用于实现该应用的引物和试剂盒。
3、为实现上述目的，本申请公开了一种与鸡的体尺性状关联的遗传标记在遗传育种中的应用，所述分子标记为hes5b基因的snp1位点和snp3位点；所述snp1位点为g.1408791t>c位点，所述snp3位点为g.1409422t>c位点。
4、优选地，所述鸡为张家界白羽乌鸡。张家界白羽乌鸡产于湖南省张家界市武陵源区，属于肉蛋兼用型地方品种。该鸡在2021年第三次全国遗传资源普查时新发现的品种，以胫长为显著特点，且遗传性相对稳定。张家界白羽乌鸡的新品种认定可见中华人民共和国农业农村部公告，第846号公告。
5、hes基因家族不仅在影响祖/干细胞的增殖分化以及维持肠道发育和稳态中所必需的，还负向调控多种分泌细胞的发生。本实验选取hes 5b基因作为鸡高胫长性状的候选基因，利用测序技术筛选多态性位点，并与鸡部分体尺性状进行关联分析，以期获得与“高脚”性状相关分子标记，为鸡特色性状的选育以及为湖南地方家禽品种遗传资源的保护开发及遗传改良提供基础数据和技术支撑。
6、在上述的应用中，所述体尺性状为体斜长、龙骨长和胫长中的一种或多种组合。
7、在上述的应用中，所述snp1位点和公鸡的胫长、胫长指数相关，所述snp1位点和母鸡的龙骨长相关；
8、所述snp3位点和公鸡的胫长指数相关，所述snp3位点和母鸡的体斜长、胫长相关。
9、在上述的应用中，所述snp1位点的aa基因型和胫长、胫长指数相关；所述snp1位点的ag基因型和龙骨长相关；
10、所述snp3位点的ag基因型与母鸡的胫长指数相关；所述snp3位点的gg基因型与公鸡的胫长指数相关。
11、在上述的应用中，所述公鸡的单倍型组合h1h2与公鸡的胫长、胫长指数相关；母鸡的单倍型组合h1h4与母鸡的体斜长相关，母鸡的单倍型组合h2h4与母鸡的胫长指数相关；
12、所述单倍型组合h1h2为单倍型h1、单倍型h2的组合；所述单倍型组合h1h4为单倍型h1、单倍型h4的组合；所述单倍型组合h2h4为单倍型h2、单倍型h4的组合；
13、单倍型h1的snp1、snp3的核苷酸组合为aa；单倍型h2的snp1、snp3的核苷酸组合为ag；单倍型h4的snp1、snp3的核苷酸组合为gg。
14、同时，本专利技术还公开了用于扩增hes5b基因相关分子标记的引物，所述引物用于实现如上任一所述的应用，所述引物包括用于扩增含snp1位点的第一核苷酸序列的第一引物对和用于扩增含snp3位点的第二核苷酸序列的第二引物对；
15、所述第一引物对的上游引物和下游引物的核苷酸序列如seq id no.1和seq idno.2所示；
16、所述第二引物对的上游引物和下游引物的核苷酸序列如seq id no.3和seq idno.4所示；
17、所述第一核苷酸序列如seq id no.5所示；
18、所述第二核苷酸序列如seq id no.6所示。
19、最后，本专利技术还公开了一种试剂盒，含如上所述的引物。
20、本申请的有益效果是：
21、1.本实验通过联合基因组重测序技术与生长性能数据来深度挖掘可能影响公鸡胫长的候选基因，解析其在鸡生长发育与骨骼系统的调控中的作用机制。
22、2.本专利技术分析了hes5b基因的三个snp位点，并确定了snp1位点和snp3位点和鸡的体尺性状之间的关系，以及不同位点、不同位点的基因型、单倍型组合和公鸡、母鸡的尺寸形状之间的关系，为鸡的体尺性状相关的遗传育种中提供指导作用。
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1.一种与鸡的体尺性状关联的遗传标记在遗传育种中的应用，其特征在于，所述分子标记为Hes5B基因的SNP1位点和SNP3位点；所述SNP1位点为g.1408791T>C位点，所述SNP3位点为g.1409422T>C位点。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述体尺性状为体斜长、龙骨长和胫长中的一种或多种组合。
3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述SNP1位点和公鸡的胫长、胫长指数相关，所述SNP1位点和母鸡的龙骨长相关；
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述SNP1位点的AA基因型和胫长、胫长指数相关；所述SNP1位点的AG基因型和龙骨长相关；
5.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述公鸡的单倍型组合H1H2与公鸡的胫长、胫长指数相关；母鸡的单倍型组合H1H4与母鸡的体斜长相关，母鸡的单倍型组合H2H4与母鸡的胫长指数相关；
6.用于扩增Hes5B基因相关分子标记的引物，其特征在于，所述引物用于实现如权利要求1至5任一所述的应用，所述引物包括用于扩增含SNP1位点的第一核苷
7.一种试剂盒，其特征在于，含如权利要求6所述的引物。
...【技术特征摘要】
1.一种与鸡的体尺性状关联的遗传标记在遗传育种中的应用，其特征在于，所述分子标记为hes5b基因的snp1位点和snp3位点；所述snp1位点为g.1408791t>c位点，所述snp3位点为g.1409422t>c位点。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述体尺性状为体斜长、龙骨长和胫长中的一种或多种组合。
3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述snp1位点和公鸡的胫长、胫长指数相关，所述snp1位点和母鸡的龙骨长相关；
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述snp1位点的aa基因型和胫...
【专利技术属性】
技术研发人员：蒋隽，唐婧，文霜，马海明，郭松长，刘锡兵，李欣，曹伟，曹平，刘斌，唐祥，
申请(专利权)人：湖南农业大学，
类型：发明
国别省市：
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