【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物检测，具体涉及一种用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的snp位点组合及其应用。
技术介绍
1、罗非鱼是我国主养特色淡水鱼品种之一。2023年，罗非鱼产量占我国淡水鱼总产量的6.76％，仅次于草、鲢、鳙、鲤、鲫等大宗水产品。随着养殖规模和密度的扩大，由无乳链球菌引起的链球菌病对我国罗非鱼的影响尤为突出。
2、近年来，随着罗非鱼链球菌病抗性遗传研究的开展，发现罗非鱼链球菌病抗性具有显著的加性遗传变异，其遗传力在0.11 ± 0.02～0.52 ± 0.12之间。在家系选育中，基于敏感或抗性的选择育种，会使尼罗罗非鱼因链球菌病而死亡的风险降低54～65％。这些结果说明，通过选择育种提高罗非鱼链球菌病抗性以减小链球菌病危害具有较高可行性。
3、近年来，基于家系(或自然群体)的分子标记辅助育种，因其更加高效的选种方案和缩减的育种进程，逐步应用于各类水产经济动物的优质性状改良和新品种培育。尤其对于抗病性的选育，分子标记辅助育种会减少因个体病原菌挑战，而对育种材料品质的消耗。但是罗非鱼对链球菌病的抗性遗传基础复杂。群体类型、群体规模、分析模型等都会影响罗非鱼链球菌病抗性相关分子标记鉴定的准确性，致使基于最佳线性无偏预测(best linearunbiased prediction，blup)和全基因组关联分析(genome-wide association analysis，gwas)的遗传定位分析，存在抗病性相关分子标记多样，所鉴定的分子标记对罗非鱼抗病性解释度较低，有效分子标记较少等问题。所以，通过扩大群
4、因此，急需扩展罗非鱼链球菌病抗病性状的遗传变异位点和调控基因，这将有助于罗非鱼链球菌病抗性分子标记的开发和标记辅助选择，对抗链球菌病罗非鱼选择育种意义重大。
技术实现思路
1、为了解决罗非鱼抗链球菌病有效分子标记较少，而导致抗链球菌病罗非鱼选择效果差的问题，本专利技术提供一种用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的snp位点组合及其应用。
2、根据本专利技术的第一个方面，提供一种用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的snp位点组合，该snp位点组合包括2个snp位点，这2个snp位点的在染色体上的位置及碱基信息如下：
3、 snp位点名称 染色体 染色体上的位置 参考/突变碱基 lg13_20881657 nc_031978.2 20881657 t/g lg13_20548718 nc_031978.2 20548718 t/a
4、。
5、本专利技术以无乳链球菌攻毒后的尼罗罗非鱼作为研究对象，取其尾鳍组织提取dna后进行重测序，并对抗性(存活)和敏感(死亡)表型进行全基因组关联分析(genome-wideassociation analysis，gwas)，鉴定出与罗非鱼无乳链球菌病抗性相关的分子标记(snps位点)，并通过生物信息学方法对鉴定得到的分子标记进行功能基因注释，同时对snps位点注释到的基因利用go和kegg进行富集分析，明确其与免疫和炎性通路的关系。通过上述方式筛选出与罗非鱼链球菌病抗性有关的2个候选snps位点lg13_20881657和lg13_20548718，这两个snps位点均位于13号染色体上，这2个候选snps可应用于对罗非鱼链球菌病抗性的鉴定和筛选中，能够成功筛选出对链球菌病具有抗性的罗非鱼，为开展罗非鱼抗链球菌病分子标记辅助育种提供了有效snps，保证亲本抗病优势性状，提高育种效率。
6、优选地，lg13_20881657的抗无乳链球菌病优势基因型为gg，lg13_20548718的抗无乳链球菌病优势基因型为tt。
7、通过相关实验验证证明，位于罗非鱼13号染色体(nc_031978.2)上第20881657个碱基的snp位点(简称lg13_20881657)所对应的gg基因型和第20548718个碱基的snp位点(简称lg13_20548718)所对应的tt基因型是罗非鱼无乳链球菌病抗性相关的优势基因型，这两个snps位点的优势基因型为罗非鱼链球菌病抗性的筛选及罗非鱼抗链球菌病育种提供理论支持。
8、优选地，上述snp位点组合还包括7个snp位点，这7个snp位点在染色体上的位置及碱基信息如下：
9、 snp位点名称 染色体 染色体上的位置 参考/突变碱基 lg13_20910218 nc_031978.2 20910218 g/a lg13_20884023 nc_031978.2 20884023 c/t lg19_245783 nc_031983.2 245783 g/a lg22_566327 nc_031985.2 566327 g/t lg13_20863685 nc_031978.2 20863685 c/g lg17_25373146 nc_031981.2 25373146 c/a 本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的SNP位点组合，其特征在于，所述SNP位点组合包括2个SNP位点，所述2个SNP位点在染色体上的位置及碱基信息如下：
2.如权利要求1所述用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的SNP位点组合，其特征在于：所述LG13_20881657的抗无乳链球菌病优势基因型为GG和/或所述LG13_20548718的抗无乳链球菌病优势基因型为TT。
3.如权利要求1所述用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的SNP位点组合，其特征在于，所述SNP位点组合还包括7个SNP位点，所述7个SNP位点在染色体上的位置及碱基信息如下：
4.如权利要求3所述用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的SNP位点组合，其特征在于，所述SNP位点组合还包括787个SNP位点，所述787个SNP位点在染色体上的位置及碱基信息如下：
5.如权利要求1～4任意一项所述用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的SNP位点组合在制备用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的试剂或液相芯片中的应用。
6.一种用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的基因组液相芯片，其特征在于：所述基因组液相芯片包括探针组
7.一种用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的KASP引物组，其特征在于：所述KASP引物组包括第一KASP引物对和第二KASP引物对；
8.如权利要求7所述用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的KASP引物组，其特征在于：所述第一KASP引物对还包括通用反向引物E，所述通用反向引物E的核苷酸序列如SEQ ID NO：5所示；
9.如权利要求7或8所述用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的KASP引物组在罗非鱼链球菌病抗性鉴定或罗非鱼分型检测中的应用。
10.一种用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括用于检测如权利要求1～4任意一项所述用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的SNP位点组合的试剂或如权利要求7～8任意一项所述用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的KASP引物组。
...【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的snp位点组合，其特征在于，所述snp位点组合包括2个snp位点，所述2个snp位点在染色体上的位置及碱基信息如下：
2.如权利要求1所述用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的snp位点组合，其特征在于：所述lg13_20881657的抗无乳链球菌病优势基因型为gg和/或所述lg13_20548718的抗无乳链球菌病优势基因型为tt。
3.如权利要求1所述用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的snp位点组合，其特征在于，所述snp位点组合还包括7个snp位点，所述7个snp位点在染色体上的位置及碱基信息如下：
4.如权利要求3所述用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的snp位点组合，其特征在于，所述snp位点组合还包括787个snp位点，所述787个snp位点在染色体上的位置及碱基信息如下：
5.如权利要求1～4任意一项所述用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的snp位点组合在制备用于鉴定罗非鱼链球菌病抗性的试剂或液相芯片中的应用。
【专利技术属性】
技术研发人员：可小丽，王章，刘志刚，曹建萌，王淼，衣萌萌，卢迈新，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院珠江水产研究所，
类型：发明
国别省市：
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