【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子生物学，特别是涉及一种基于靶向捕获测序的肉鸡液相芯片及其应用。
技术介绍
1、snp是指基因组水平上由单个核苷酸碱基的改变而导致核酸序列的多态性，其变异形式包括转换、颠换、缺失和插入等，具有数量多、分布广泛和易检测等特点。snp作为一种遗传标记分子，对质量性状、经济性状以及一些复杂的疾病性状的遗传变异具有贡献，因此被广泛应用于遗传研究中。
2、常用的snp分型技术可分为固相芯片和液相芯片。传统的固相芯片是基于荧光检测，根据荧光强弱进行反应。由于反应位点固定，且以板为单位进行使用，研发成本较高。液相芯片基于dna的捕获，再进行测序，可同时定量检测同一样本中的多种不同目标分子，不仅准确率更高，且位点设计灵活，相较固相芯片具有成本低的优势，可以应用于分子遗传研究和分子辅助育种等各个方面，可为育种上下游过程提供支持，包括种质资源遗传多样性分析、亲缘关系分析、全基因组关联分析、数量性状qtl定位分析和选择进化研究等。其中非常重要的应用是在全基因组选择育种(genomic selection)中的应用。全基因组选择是当前畜禽育种中主要选育技术，运用全基因组标记，估计所有可能的遗传效应，解释全部的遗传变异，通过统计标记的遗传效应，进行全基因组育种值的预测，具有育种值估计准确性高、遗传进展快的优点，已应用于奶牛、生猪、国外高产蛋鸡的商业化品系选育实践。但目前缺乏一种用于肉鸡全基因组选择育种的液相芯片。
技术实现思路
1、为了解决上述问题，本专利技术提供了一种基于靶向捕
2、为了实现上述目的，本专利技术提供如下技术方案：
3、本专利技术提供了一种肉鸡全基因组的snp分子标记组合，包括定位于鸡参考基因组版本为6.0上的42417个snp位点，所述snp位点的位置信息如表1所示：
4、表1snp分子标记组合
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173、其中，ref为参考基因组碱基，alt为突变碱基，位置为ref或alt碱基在对应染色体的物理位置，“-”为缺失突变；no.1为核苷酸序列如seq id no.1所示的序列，no.2为核苷酸序列如seq id no.2所示的序列，no.3为核苷酸序列如seq id no.3所示的序列，no.4为核苷酸序列如seq id no.4所示的序列，no.5为核苷酸序列如seq id no.5所示的序列，no.6为核苷酸序列如seq id no.6所示的序列，具体如下：
174、seq id no.1：5'-gccaggcaagga本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种肉鸡全基因组的SNP分子标记组合，其特征在于，包括定位于鸡参考基因组版本为6.0上的42417个SNP位点，所述SNP位点的位置信息如下表所示：
2.一种肉鸡50K液相芯片，其特征在于，所述肉鸡50K液相芯片的基因分型位点包括定位于鸡参考基因组版本为6.0上的42417个SNP位点，所述SNP位点为权利要求1所述SNP分子标记组合中的42417个SNP位点。
3.根据权利要求2所述的肉鸡50K液相芯片，其特征在于，所述肉鸡50K液相芯片还包括根据覆盖所述SNP位点的基因序列设计的探针。
4.权利要求1所述的SNP分子标记组合或权利要求2或3所述的肉鸡50K液相芯片与肉鸡的经济性状相关联；所述肉鸡的经济性状包括：肉鸡体重、屠体率、胸肌率、腿肌率、腹脂率、胸肌肌内脂肪含量、屠宰后肌肉pH、肉色和IgY抗体滴度中的一种或多种。
5.权利要求1所述的SNP分子标记组合或权利要求2或3所述的肉鸡50K液相芯片在肉鸡靶向捕获测序中的应用。
6.权利要求1所述的SNP分子标记组合或权利要求2或3所述的肉鸡50K液相芯片在1)～
7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述1)肉鸡品种鉴定包括：商品化肉鸡与地方品种肉鸡的亲缘关系鉴定。
8.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述2)肉鸡育种包括全基因组选择育种。
...【技术特征摘要】
1.一种肉鸡全基因组的snp分子标记组合，其特征在于，包括定位于鸡参考基因组版本为6.0上的42417个snp位点，所述snp位点的位置信息如下表所示：
2.一种肉鸡50k液相芯片，其特征在于，所述肉鸡50k液相芯片的基因分型位点包括定位于鸡参考基因组版本为6.0上的42417个snp位点，所述snp位点为权利要求1所述snp分子标记组合中的42417个snp位点。
3.根据权利要求2所述的肉鸡50k液相芯片，其特征在于，所述肉鸡50k液相芯片还包括根据覆盖所述snp位点的基因序列设计的探针。
4.权利要求1所述的snp分子标记组合或权利要求2或3所述的肉鸡50k液相芯片与肉...
【专利技术属性】
技术研发人员：杨宁，孙从佼，吴桂琴，李光奇，闫亦源，文超良，仲从豪，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：
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