一种肝癌预后标志物及其应用制造技术

技术编号：44829653 阅读：3 留言：0更新日期：2025-03-28 20:22

本发明专利技术公开了一种肝癌预后标志物及其应用，所述肝癌预后标志物包括TXNRD1、HAO1、C1S、OPTN和SNX6。本发明专利技术提供了一组肝癌预后标志物，并基于这些肝癌预后标志物构建得到一种肝癌患者预后预测模型；上述肝癌预后标志物为综合基因表达水平、单细胞分析和空间转录组分析得到，数据集的多样性和大样本量提高了上述肝癌预后标志物和肝癌患者预后预测模型的可靠性和普适性。

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【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物信息学，具体涉及一种肝癌预后标志物及其应用。

技术介绍

1、近年来，免疫治疗尤其是免疫检查点抑制剂如pd-1/pd-l1抑制剂在多种肿瘤治疗中显示出巨大潜力，为肝癌治疗带来了新的希望。然而，肝癌微环境具有独特的免疫抑制特性，导致免疫治疗响应率较低、临床获益有限。因此，深入理解肝癌免疫微环境的特点，发现能预测免疫治疗疗效的标志物，对提高肝癌免疫治疗水平具有重要意义。

2、基因组学、转录组学、蛋白质组学等多组学技术的发展为解析肿瘤免疫微环境提供了新的途径。利用单细胞测序、空间转录组测序等新技术，可以在单细胞水平和空间维度上研究肿瘤异质性和免疫细胞浸润情况，有望发现新的免疫治疗相关标志物。整合多组学数据分析还能揭示不同组学间的调控关系，加深对肝癌免疫调控机制的理解。此外，组学大数据与机器学习方法的结合，为构建高效准确的肿瘤诊断和预后预测模型提供了新思路。基于关键分子标志物构建的诊断和预后模型，有望实现患者分层和个体化治疗，提高肝癌免疫治疗的精准性。

技术实现思路

1、本专利技术旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。

2、为此，本专利技术提出一种肝癌预后标志物，该肝癌预后标志物能够用于构建肝癌患者预后预测模型，进一步用于预测肝癌免疫治疗的疗效，推动肝癌免疫治疗精准化。

3、本专利技术还提出一种肝癌患者预后预测模型的构建方法。

4、本专利技术还提出一种肝癌患者预后预测系统。

5、本专利技术还提出一种电子设备。</p>

6、本专利技术还提出一种存储介质。

7、根据本专利技术的第一方面，提出了一种肝癌预后标志物，所述肝癌生物标志物包括txnrd1、hao1、c1s、optn和snx6。

8、根据本专利技术的第二方面，提出了一种肝癌患者预后预测模型的构建方法，所述构建方法包括以下步骤：

9、s1：获取接受免疫治疗后的肝癌患者癌组织的基因表达数据集，筛选得到响应和不响应免疫治疗的患者之间的差异表达基因；

10、s2：获取响应免疫治疗的肝癌患者在治疗前和治疗后的癌组织基因表达数据集，筛选得到免疫治疗前和治疗后的癌组织之间的差异表达基因；

11、s3：将步骤s1和步骤s2所得差异表达基因进行比对，得到在两组基因表达数据集中均差异表达的基因，即免疫响应相关基因；

12、s4：获取肝癌患者癌组织的基因表达数据集，在该数据集中对步骤s3所得免疫响应相关基因进行单变量和多变量逻辑回归分析确定与肝癌患者预后相关的差异表达基因，建立风险模型；

13、所述与肝癌相关的差异表达基因包括txnrd1、hao1、c1s、optn和snx6。

14、在本专利技术的一些实施方式中，步骤s1中所述接受免疫治疗后的肝癌患者癌组织的基因表达数据集包括空间转录组数据集。

15、在本专利技术的一些实施方式中，步骤s1和步骤s2中所述免疫治疗为免疫检查点抑制剂治疗。

16、在本专利技术的一些实施方式中，所述免疫检查点抑制剂治疗选用包括卡博替尼、纳武利尤单抗、帕博利珠单抗、替西木单抗和度伐利尤单抗中的一种或多种。

17、在本专利技术的一些实施方式中，所述风险模型为logistic回归模型。

18、在本专利技术的一些实施方式中，所述风险模型的计算公式为：风险分数＝0.0146×txnrd1表达量-0.0014×c1s表达量+0.0114×optn表达量+0.0304×snx6表达量-0.0019×hao1表达量。

19、在本专利技术的一些实施方式中，所述txnrd1表达量、hao1表达量、c1s表达量、optn表达量和snx6表达量均为使用函数对基因表达水平进行全局缩放归一化后的数值。

20、在本专利技术的一些实施方式中，所述全局缩放归一化采用normalizedata函数。

21、在本专利技术的一些实施方式中，所述风险分数大于等于0时判定为高风险，所述风险分数小于0时判定为低风险。

22、根据本专利技术的第三方面，提出了一种肝癌患者预后预测系统，所述肝癌患者预后预测系统包括：

23、输入单元：用于输入待评估数据；

24、分析单元：如本专利技术第二方面所述的构建方法构建得到的肝癌患者预后预测模型，用于对所述输入单元中的待评估数据进行分析；

25、评估单元：用于显示肝癌患者预后预测模型的风险分数；

26、所述风险分数大于等于0时判定为高风险，所述风险分数小于0时判定为低风险。

27、根据本专利技术的第四方面，提出了一种电子设备，所述电子设备包括储存器、处理器及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序；所述处理器执行所述计算机程序时实现如本专利技术第二方面所述的构建方法。

28、根据本专利技术的第五方面，提出了一种存储介质，所述存储介质存储有处理器可执行的指令，所述处理器可执行的指令在由处理器执行时用于执行本专利技术第二方面所述的构建方法。

29、本专利技术至少具有以下有益效果：

30、本专利技术提供了一组肝癌预后标志物，并基于这些肝癌预后标志物构建得到一种肝癌患者预后预测模型；上述肝癌预后标志物为综合基因表达水平、单细胞分析和空间转录组分析得到，数据集的多样性和大样本量提高了上述肝癌预后标志物和肝癌患者预后预测模型的可靠性和普适性；

31、本专利技术提供的肝癌患者预后预测系统在独立验证数据集中显示出在不同人群中预测生存风险的潜力，具有良好的稳定性和普适性，为临床决策和个体化治疗提供了有价值的参考。

32、本专利技术提供的肝癌预后标志物和肝癌患者预后预测模型不仅深化了我们对肝癌免疫治疗机制的理解，还为筛选适合免疫治疗的患者和预测治疗效果提供了新的思路。此外，将本专利技术提供的预后标志物与现有的生物标志物和临床指标相结合，有望开发出更精确的诊断和预后评估工具，从而推动肝癌免疫治疗的精准化。

33、本专利技术的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本专利技术的实践了解到。

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【技术保护点】

1.一种肝癌生物标志物，其特征在于，所述肝癌生物标志物包括TXNRD1、HAO1、C1S、OPTN和SNX6。

2.一种肝癌患者预后预测模型的构建方法，其特征在于，所述构建方法包括以下步骤：

3.根据权利要求2所述的构建方法，其特征在于，步骤S1中所述接受免疫治疗后的肝癌患者癌组织的基因表达数据集包括空间转录组数据集。

4.根据权利要求3所述的构建方法，其特征在于，步骤S1和步骤S2中所述免疫治疗为免疫检查点抑制剂治疗。

5.根据权利要求2所述的构建方法，其特征在于，所述风险模型的计算公式为：风险分数＝0.0146×TXNRD1表达量-0.0014×C1S表达量+0.0114×OPTN表达量+0.0304×SNX6表达量-0.0019×HAO1表达量。

6.根据权利要求5所述的构建方法，其特征在于，所述TXNRD1表达量、HAO1表达量、C1S表达量、OPTN表达量和SNX6表达量均为使用函数对基因表达水平进行全局缩放归一化后的数值。

7.根据权利要求6所述的构建方法，其特征在于，所述风险分数大于等于0时判定

8.一种肝癌患者预后预测系统，其特征在于，所述肝癌患者预后预测系统包括：

9.一种电子设备，其特征在于，所述电子设备包括储存器、处理器及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序；所述处理器执行所述计算机程序时实现如权利要求2～7任一项中所述的构建方法。

10.一种存储介质，其特征在于，所述存储介质存储有处理器可执行的指令，所述处理器可执行的指令在由处理器执行时用于执行权利要求2～7任一项中所述的构建方法。

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【技术特征摘要】

1.一种肝癌生物标志物，其特征在于，所述肝癌生物标志物包括txnrd1、hao1、c1s、optn和snx6。

2.一种肝癌患者预后预测模型的构建方法，其特征在于，所述构建方法包括以下步骤：

3.根据权利要求2所述的构建方法，其特征在于，步骤s1中所述接受免疫治疗后的肝癌患者癌组织的基因表达数据集包括空间转录组数据集。

4.根据权利要求3所述的构建方法，其特征在于，步骤s1和步骤s2中所述免疫治疗为免疫检查点抑制剂治疗。

5.根据权利要求2所述的构建方法，其特征在于，所述风险模型的计算公式为：风险分数＝0.0146×txnrd1表达量-0.0014×c1s表达量+0.0114×optn表达量+0.0304×snx6表达量-0.0019×hao1表达量。

6.根据权利要求5所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈文标，吴本华，詹胜刚，孟一腾，熊锋，
申请(专利权)人：深圳市人民医院，
类型：发明
国别省市：

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