【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于动物分子遗传学，具体涉及一种与鸡腹脂和骨骼性状相关的拮抗多效性snp分子标记及其应用。
技术介绍
1、肉鸡的脂肪和生长性状(如肌肉生产性状、骨骼性状和体重性状等)具有重要的经济价值。然而，伴随着对肉鸡生长速度的选育，肉鸡体内脂肪的过度沉积，尤其是腹部脂肪的过度沉积也已成为家禽业的一个突出问题。脂肪沉积过多有诸多不利，如明显降低饲料转化效率以及胴体瘦肉率；影响种鸡的产蛋量和孵化率，并诱发脂肪肝综合征，骨骼疾病等，从而加大了产蛋期的死淘率；过多无用的脂肪被丢弃增加人力负担且污染环境，造成资源浪费。这些问题给肉鸡生产者造成的经济损失是显而易见的。鸡的腹部脂肪对鸡的胴体质量有决定性的作用，防止脂肪在肉鸡体内的过度沉积，提高鸡的饲料转化效率，胴体质量和骨骼质量是肉鸡养殖业的当务之急。而遗传育种手段是培育低腹脂，高产肉量和高生长速率肉鸡最根本的途径。因此，确定影响鸡腹部脂肪和生长性状的多效snp位点具有重要意义。
2、随着鸡基因组学研究的深入，鸡体脂和生长性状的基因组学研究领域，特别是基于全基因组关联分析(gwas)鉴定关键基因以及功能性变异定位研究方面已取得了一系列重要研究成果，这极大地促进了鸡脂肪组织和生长性状的分子遗传学基础的研究进程。近年来，基于多变量线性混合模型的gwas由于可以提高检测遗传变异的能力而被应用于影响重要经济性状的多效单核苷酸多态性(snp)定位研究中，并取得了积极进展。
技术实现思路
1、为更准确方便地在育种中选择低腹脂含量肉鸡，同时兼顾产肉
2、为解决上述技术问题并实现相应技术效果，本专利技术具体提供如下技术方案：
3、本专利技术的第一个目的是提供与鸡腹部脂肪沉积和生长性状相关的多效snp分子标记的筛选方法，所述筛选方法包括如下步骤：
4、1)实验动物的选择、采血及表型性状测定：实验动物为鸡f2代资源群体，该群体由东北农业大学肉鸡腹脂双向选择品系的高脂系公鸡和白耳黄鸡母鸡杂交构建f1代，f1代避免全同胞半同胞交配后产生f2代；采血为12周龄时在翅静脉处采集血样；表型性状测定包括在12周龄测定鸡的体重、跖骨长、跖骨围、龙骨长、腹脂率、胸肌率和腿肌率；
5、2)全基因组重测序、比对分析及质量控制：提取鸡血液基因组dna进行全基因组重测序，通过生物信息学软件bwa、samtools对测序获得的基因组数据进行比对及分析，比对结果利用samtools软件的rmdup参数去除重复，gatk软件进行snp基因型数据的检出，根据f0代测序结果使用默认参数设置的beagle 4.0进行f2群体中缺失基因型的填充，利用plink软件对获得的snp数据进行质量控制；
6、3)遗传参数的估计：利用软件gcta对性状进行遗传力、遗传相关和表型相关估计，建立两性状遗传相关估计模型：yi＝xibi+ziui+ei，yi是个体表型，xi和zi分别是bi和ui的关联矩阵，bi是包括性别在内的固定效应，ui是多基因效应的向量，i是随机残差，根据双变量基因组限制性最大似然估计的结果利用以下公式计算两性状的表型相关系数σuxy和σexy分别代表性状x和y之间的遗传协方差和残差协方差，和分别是x和y的遗传方差，和分别是x和y的残差方差，利用计算表型相关的标准误，n是样本对的数量，rpxy为表型相关系数；
7、4)全基因组关联分析：进行鸡全基因组snps基因型与腹脂和生长性状表型之间的gwas分析，构建gwas分析模型：y＝sβ+xα+kμ+e，其中y代表n个个体d个表型的矩阵，s为包含性别在内的的固定效应矩阵，β是包括截距在内的相应系数向量，x为snp的基因型，α为标记基因效应的向量，k为μ的关联矩阵，μ是随机效应，e是随机残差；
8、5)显著snps鉴定：对gwas分析结果中的差异显著性水平p值采用bonferroni校正，并使用r软件中的cmplot绘制曼哈顿图和q-q图，曼哈顿图上高于阈值线的snps即为与f2代鸡腹脂和生长性状显著关联snps；
9、6)根据其snp标记效应值的正负，确定snp对性状间的影响是协同还是拮抗，然后利用tukey-hsd方法计算每个snp不同基因型的最小二乘平均数，并分析不同基因型之间的差异，进一步确定多效snp位点对各性状的影响。
10、在本专利技术的一种实施方式中，步骤2)所述比对及分析参考基因组为鸡的第六版参考基因组gallus gallus grcg6a gcf000002315.6。
11、在本专利技术的一种实施方式中，步骤4)中，使用gemma软件中的多变量混合线性模型，进行鸡腹脂和生长表型性状与全基因组snps之间的gwas分析。
12、本专利技术的第二个目的是提供一种同时影响鸡腹脂和体重性状且为拮抗多效性的显著关联的全基因组snp，所述snp为rs15494840、rs735688344、rs317815582、rs312617399、rs316160377、rs312882764、rs732864571、rs318153866、rs316369694或rs314695997。
13、在本专利技术的一种实施方式中，当分子标记rs15494840等位基因为t时，分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示，对应高腹脂、小体重性状；等位基因为c时，分子标记的核苷酸序列如seq id no.2所示，对应低腹脂、大体重性状。当分子标记rs735688344等位基因为a时，分子标记的核苷酸序列如seq id no.3所示，对应高腹脂、小体重性状；等位基因为g时，分子标记的核苷酸序列如seq id no.4所示，对应低腹脂、大体重性状。当分子标记rs317815582等位基因为a时，分子标记的核苷酸序列如seq id no.5所示，对应高腹脂、小体重性状；等位基因为g时，分子标记的核苷酸序列如seq id no.6所示，对应低腹脂、大体重性状。当分子标记rs312617399等位基因为c时，分子标记的核苷酸序列如seq id no.7所示，对应高腹脂、小体重性状；等位基因为g时，分子标记的核苷酸序列如seq id no.8所示，对应低腹脂、大体重性状。当分子标记rs316160377等位基因为a时，分子标记的核苷酸序列如seq id no.9所示，对应高腹脂、小体重性状；等位基因为g时，分子标记的核苷酸序列如seq id no.10所示，对应低腹脂、大体重性状。当分子标记rs312882764等位基因为t时，分子标记的核苷酸序列如seq id no.11所示，对应高腹脂、小体重性状；等位基因为a时，分子标记的核苷酸序列如seq id no.12所示，对应低腹脂、大体重性状。当分子标记rs732864571等位基因为t时，分子标记的核苷酸序列如seq id no.13所示，对应高腹脂、小体重性状；等位基因为g时，分子标记的核苷酸序列本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种同时影响鸡腹脂和骨骼性状且为拮抗多效性的全基因组显著关联的SNP，其特征在于，所述SNPs为rs317098725。
2.权利要求1所述SNP在肉鸡腹脂和骨骼性状辅助育种中的应用。
【技术特征摘要】
1.一种同时影响鸡腹脂和骨骼性状且为拮抗多效性的全基因组显著关联的snp，其特征在于，所述snps为...
【专利技术属性】
技术研发人员：王守志，王梦蝶，李玉冬，李辉，曹志平，李玉茂，栾鹏，
申请(专利权)人：东北农业大学，
类型：发明
国别省市：
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