【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物医药，特别是涉及一种与癌症预后相关的基因标志物及其应用。
技术介绍
1、新辅助放化疗是一种癌症治疗策略，而新辅助放化疗敏感性在个体间存在显著差异。新辅助放化疗后肿瘤退缩的程度与患者的长期生存率和生存质量显著相关。如果能提前预测肿瘤的退缩，在新辅助放化疗后采用前瞻性严密的等待和观察策略，可以使这部分患者避免手术保留肛门。另有部分患者即使接受了强烈的新辅助放化疗，肿瘤退缩仍不尽人意。如果能提前预测肿瘤退缩有限，则可以从治疗初始调整治疗策略，以提高这部分患者的生存率，延长生存时间。
2、现有技术中，常用的预测新辅助放化疗疗效的方法包括免疫荧光检测、肿瘤组织切片染色法、免疫细胞密度检测、cer5表达水平检测等。
3、作为一个示例，免疫荧光检测例如将治疗前的肿瘤组织切片后进行免疫荧光染色，根据肿瘤区域hla-dr/mhc-ii+的细胞和肿瘤基质中cd20+的b细胞的密度对新辅助放化疗的患者响应情况进行判断。这种方法的缺点包括必须要获得肿瘤组织，另外预测效果不确定。
4、作为一个示例，肿瘤组织切片染色法例如将治疗前活检获得的肿瘤组织切片后进行he染色，根据肿瘤区域免疫细胞的密度预测患者对新辅助放化疗的响应情况。肿瘤组织切片染色法的缺点包括必须要获得肿瘤组织，另外he染色不能确定免疫细胞的类型，预测结果存在不准确性。
5、作为一个示例，免疫细胞密度检测法例如将治疗前的肿瘤组织切片后进行免疫组化染色，根据肿瘤区域免疫细胞的密度预测患者对新辅助放化疗的响应情况。免疫细胞密度检测法的
6、作为一个示例，cer5表达水平检测例如从患者获得的原发性实体瘤或其局部或远处转移的样本来确定cer5的表达水平，进而判断其临床反应(wo2015092075a1)。这种方法的缺点包括不知是否适用于对结直肠癌患者治疗响应的判断，而且依赖肿瘤或肿瘤转移样本。
7、因此，亟需一种具有高灵敏性、高准确性、高特异性，不依赖肿瘤或肿瘤转移样本的方法，能够用于判断新辅助放化疗疗效。
技术实现思路
1、为了解决以上至少一个问题，本公开提供了一种与癌症预后相关的基因标志物及其应用，使用本公开提供的基因标志物评价癌症患者的放化疗疗效，能够不依赖肿瘤组织样本，与现有技术相比更加简便，具备高准确性、高灵敏性和高特异性。
2、根据本公开的一个方面，提供了一种与癌症患者预后相关的基因标志物，所述基因标志物与ifng信号传导通路相关。
3、在一些实施方式中，所述基因标志物包括以下基因中的一种或多种：jak1和irf1。
4、在一些实施方式中，所述基因标志物还包括以下基因中的一种或多种：cd44，ifngr1，pias1，camk2b，sp100，camk2a，oas1，icam1，jak2，smad7，mid1，trim35，trim14，trim2，trim3，oas3，oas2，ifng，ptpn6，trim38，stat1，sumo1，trim62，gbp3，gbp1，irf6，trim25，trim6，mt2a，irf3，irf5，trim21，trim5，trim22，trim45，oasl，irf4，trim26，trim10，trim31，hla-f，trim29，pml，irf8，camk2d，camk2g，ncam1，trim48，fcgr1a，gbp5，ifngr2，gbp2，gbp4，vcam1，trim17，trim46，prkcd，b2m，trim68，irf2，hla-dpa1，ptafr，trim8，ptpn2，ptpn11，hla-dqb1，ciita，gbp6，socs3，socs1，irf7，hla-drb3，hla-drb1，ptpn1，hla-dqb2，hla-dqa1，fcgr1bp，hla-drb5，hla-dra，hla-c，hla-e，trim10，trim31，hla-g，hla-f，hla-dpa1，hla-dqa2，hla-dqa1，hla-dra，hla-h，hla-b，hla-e，hla-a，hla-a，hla-g，hla-f，gbp7，irf9，hla-dpb1，ifi30，trim31，hla-b，hla-dqa2，hla-dpb1，hla-a，hla-dpa1，trim31，hla-dqb2，hla-b，hla-dqa2，trim31，hla-e，hla-c，hla-dqb1，trim26，hla-dqb2，hla-dra，hla-dpb1，hla-drb4，trim10，hla-dra，hla-drb1，hla-dpa1，hla-dqb2，hla-c，hla-dqb2，trim26，hla-b，hla-dra，hla-e，trim10，trim10，hla-dqb2，hla-dpa1，hla-f，trim26，hla-e，hla-g，hla-dqb2，hla-dra，hla-dpb1，trim26，hla-drb4，hla-dqb1，hla-dpa1，hla-dqa2，trim26，hla-drb3，hla-dqa2，hla-a，hla-dqa1，hla-b，hla-dqb2，hla-g，hla-dqa2，hla-dqb1，trim31，hla-e，trim26，trim26，hla-b，hla-dra，trim10，hla-f，hla-g，hla-a，hla-g，hla-dpa1，hla-dpa1，hla-e，hla-dpb1，hla-c，trim10，hla-g，hla-f，hla-dqa2，trim10，hla-dpb1，hla-dqa2，trim34，ifngr2，b2m，hla-g，irf7，hla-dra，irf9，trim17。
5、在一些实施方式中，所述癌症患者已经或者将要进行放疗和/或化疗治疗。
6、在一些实施方式中，所述癌症患者已经或者将要进行新辅助放化疗。
7、在一些实施方式中，所述肿瘤包括实体瘤和/或血液肿瘤。
8、在一些实施方式中，所述肿瘤选自肝癌、结肠癌、直肠癌、头颈部癌、结直肠癌、肺癌、乳腺癌、宫颈癌、卵巢癌、胰腺癌、胆管癌、肾癌、胶质瘤、脂肪肉瘤、黑色素瘤、淋巴瘤、肺癌、鳞状细胞癌、软骨肉瘤和纤维肉瘤中的一种或多种。
9、在一些实施方式中，所述癌症为结直肠癌。
10、根据本公开的又一方面，提供了一种评价癌症预后效果的检测试剂盒，所述试剂盒包括用于检测所述的基因标志物的试剂。
11、在一些实施方式中，用于检测所述基因标志物的试剂包括针对所述基因标志物的引物对或探针。
12、在一些实施方式中，所述探针为荧光探针或杂交探针。
13、根据本公开的又一方面，提供了一种用于筛选与癌症预后相关的基因标志物的方法，所述方法包括以下步骤：基于msigdb的
14、reactome_interfe本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种与癌症患者预后相关的基因标志物，其特征在于，所述基因标志物包括与IFNG信号传导通路相关的一个或多个基因。
2.根据权利要求1所述的基因标志物，其特征在于，所述基因标志物包括以下基因中的一种或多种：JAK1和IRF1；
3.一种评价癌症预后的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括：用于检测权利要求1或2所述的基因标志物的试剂。
4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，用于检测所述基因标志物的试剂包括针对所述基因标志物的引物对或探针；
5.一种用于评价癌症预后的方法，所述方法包括使用权利要求1或2所述的基因标志物进行检测的步骤，
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述步骤1)中的所述样本包括体液样本或组织样本；
7.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述步骤1)中的质控包括对以下任一项或多项进行评估：重复序列的比率、比对率、唯一比对率、外显子比对率、内含子比对率、基因间区比对率、表达效率、检测到的转录本、检测到的基因或序列覆盖均一性中的一种或多种数据进行评估；
8.一种存储介
9.权利要求1或2所述的基因标志物在制备评价癌症预后的试剂盒中的应用。
10.权利要求1或2所述的基因标志物、权利要求5～7任一项所述的方法在判断或预测癌症患者预后中的应用；
...【技术特征摘要】
1.一种与癌症患者预后相关的基因标志物，其特征在于，所述基因标志物包括与ifng信号传导通路相关的一个或多个基因。
2.根据权利要求1所述的基因标志物，其特征在于，所述基因标志物包括以下基因中的一种或多种：jak1和irf1；
3.一种评价癌症预后的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括：用于检测权利要求1或2所述的基因标志物的试剂。
4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，用于检测所述基因标志物的试剂包括针对所述基因标志物的引物对或探针；
5.一种用于评价癌症预后的方法，所述方法包括使用权利要求1或2所述的基因标志物进行检测的步骤，
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述...
【专利技术属性】
技术研发人员：高千千，张泽民，朱琳楠，凌心楠，丁培荣，廖乐恩，周威，
申请(专利权)人：深圳湾实验室，
类型：发明
国别省市：
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