【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物学，具体涉及一种与桃抗寒性相关的snp标记、引物组及其应用。
技术介绍
1、桃(prunus persica l.)是属于蔷薇科(rosaceae)李属(prunus)桃亚属(amygdalus)的落叶果树。温度是影响桃树生长发育及地理分布的重要因素(li et al.,2023)。北方地区冬季温度较低，桃树极易遭遇低温冻害，给桃的生产造成严重损失。进行桃抗寒育种，解析桃抗寒的分子机制，对桃树安全越冬及扩大栽培区域具有重要的理论和实践指导意义。
2、slaf-seq(specific-locus amplified fragment sequencing)是一种高通量的、高分辨率的snp(single nucleotide polymorphism)标记识别与分型技术，在植物高密度遗传图谱构建、性状qtl定位、全基因组选择和全基因组关联研究方面得到了广泛应用(zhuet al.,2021)。kasp(kompetitive allele specific pcr)是目前应用较为广泛的一种snp分型技术，它基于已知的双等位基因上snp位点的差异设计两种不同的上游pcr引物，根据pcr反应结束后终端荧光的颜色进行snp标记分型，检测便捷且高效(burow et al.,2019)。
3、目前，桃的许多经济性状建立了分子辅助选种体系，如桃黄肉与白肉基因(adamiet al.,2013)，花粉不育基因ps(dirlewanger et al.,2006)，红肉基因bf(werner eta
技术实现思路
1、(一)要解决的技术问题
2、鉴于现有技术的上述缺点、不足，本专利技术提供一种与桃抗寒性相关的snp标记、引物组及其应用，所述snp标记可以作为辅助选择工具，用于早期筛选具有较好抗寒能力的桃树品种，对提高桃树栽培效率以及适应寒冷气候条件下的农业生产具有重要价值。
3、(二)技术方案
4、第一方面，本专利技术提供一种与桃抗寒性相关的snp标记，其命名为kh001，其位于第4号染色体的第13,291,544个碱基对处，该处碱基为c或g；缩写为chr0413,291,544,c/g。
5、第二方面，本专利技术提供一种引物组，其包括：上游引物kh001-allelex、上游引物kh001-alleley以及共用引物kh001-common；
6、上游引物kh001-allelex能够特异性地结合到所述snp标记位点携带g等位基因的dna片段；
7、上游引物kh001-alleley能够特异性地结合到所述snp标记位点携带c等位基因的dna片段；
8、共用引物kh001-common能够与所述snp标记位点下游的保守序列结合；
9、其中，kh001-allelex的序列为：
10、5-gaaggtgaccaagttcatgctctctacctctacgtgtattcg atcc-3；
11、kh001-alleley的序列为：
12、5-gaaggtcggagtcaacggattctctacctctacgtgtattcg atcg-3；
13、kh001-common的序列为：
14、5-tttatgtagcttcagcccaatttgg-3。
15、第三方面，本专利技术提供上述snp标记及引物组在鉴定和筛选具有抗寒能力的桃树品种中的应用。
16、根据本专利技术的较佳实施例，所述snp标记中，gg基因型或cg基因型的植株表现出抗寒特性，cc基因型则表现出不抗寒。
17、第四方面，本专利技术提供一种鉴定和筛选具有抗寒能力的桃树品种的试剂盒，试剂盒包括所述的引物组。
18、根据本专利技术的较佳实施例，所述试剂盒还包括两种荧光标签；一种荧光标签对应kh001-allelex引物的扩增产物，另一种荧光标签对应kh001-alleley引物的扩增产物。例如，荧光标签fam对应kh001-allelex引物的扩增产物，而荧光标签hex或vic对应kh001-alleley引物的扩增产物。
19、其中，gg基因型和cg基因型的植株表现出抗寒特性，cc基因型则表现出不抗寒。
20、可以理解地，所述试剂盒除了包含所述引物组和两种荧光标签外，还包含一些常用试剂和耗材，如dna提取试剂、pcr反应混合物、对照样本、反应板和封板膜、辅助试剂(无菌水或te缓冲液)等。
21、第五方面，本专利技术提供一种鉴定和筛选具有抗寒能力的桃树品种的方法，其包括：
22、(1)提取待测桃树的基因组dna；
23、(2)以待测桃树的基因组dna为模板，利用所述的引物组进行pcr扩增反应；
24、(3)分析pcr扩增产物，鉴定和筛选具有抗寒能力的桃树品种。
25、根据本专利技术的较佳实施例，步骤(3)中，分析结果为gg基因型或cg基因型时，判断待测桃树为抗寒品种，当分析结果为cc基因型时，判断待测桃树为不抗寒品种。
26、在步骤(3)中，根据荧光显色进行判断：
27、当仅有对应kh001-allelex引物的扩增产物的荧光标签显色时，判断待测桃树为gg基因型；gg基因型为抗寒品种；
28、当对应kh001-allelex引物和kh001-alleley引物的扩增产物的荧光标签均显色时，判断为cg基因型；cg基因型为抗寒品种；
29、当仅有对应kh001-alleley引物的扩增产物的荧光标签显色时，判断待测桃树为cc基因型；cc基因型为不抗寒品种。
30、本申请中，所述snp标记参考基因组版本号为v2.0.a1。
31、(三)有益效果
32、本专利技术提供的一种与桃抗寒性紧密连锁的snp标记，应用kasp技术(kompetitiveallele specific pcr竞争性等位基因特异性pcr技术)在117株杂交群体单株及亲本中进行分型检验，结果显示kh001标记与桃抗寒性状紧密连锁，带有纯合基因gg或杂合基因cg基因型的植株更倾向于表现出抗寒特性，而纯合基因cc基因型则倾向于不抗寒。因此，这个新发现的snp标记kh001可以作为辅助选择工具，用于早期筛选具有较好抗寒能力的桃树品种，这对于提高桃树栽培效率以及适应寒冷气候条件下的农业生产具有重要价值。
33、本专利技术的snp标记不仅加深了研究者对抗寒机制的理解，也为植物育种提供了新的手段，特别是对于那些想要培育出能够在较冷环境下生长良好本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种与桃抗寒性相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记命名为KH001，其位于第4号染色体的第13,291,544个碱基对处，该处碱基为C或G。
2.一种引物组，其特征在于，所述引物组包括：上游引物KH001-AlleleX、上游引物KH001-AlleleY以及共用引物KH001-Common；
3.权利要求1所述的SNP标记或权利要求2所述的引物组在鉴定和筛选具有抗寒能力的桃树品种中的应用。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，GG基因型或CG基因型的植株表现出抗寒特性，CC基因型则表现出不抗寒。
5.一种鉴定和筛选具有抗寒能力的桃树品种的试剂盒，其特征在于，试剂盒包括权利要求2所述的引物组。
6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，试剂盒还包括两种荧光标签；一种荧光标签对应KH001-AlleleX引物的扩增产物，另一种荧光标签对应KH001-AlleleY引物的扩增产物。
7.一种鉴定和筛选具有抗寒能力的桃树品种的方法，其特征在于，包括：
8.根据权利要求7所述的方法，其
...【技术特征摘要】
1.一种与桃抗寒性相关的snp标记，其特征在于，所述snp标记命名为kh001，其位于第4号染色体的第13,291,544个碱基对处，该处碱基为c或g。
2.一种引物组，其特征在于，所述引物组包括：上游引物kh001-allelex、上游引物kh001-alleley以及共用引物kh001-common；
3.权利要求1所述的snp标记或权利要求2所述的引物组在鉴定和筛选具有抗寒能力的桃树品种中的应用。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，gg基因型或cg基因型的植株表现出抗寒特性，cc基因型则表现出不抗寒。
<...【专利技术属性】
技术研发人员：田振东，李永红，田启航，李杰，王召元，王雨，常瑞丰，刘国俭，
申请(专利权)人：河北省农林科学院昌黎果树研究所，
类型：发明
国别省市：
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