【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子育种，具体地涉及一种与中国辣椒果实朝向相关的分子标记、引物组合、试剂盒及应用。
技术介绍
1、辣椒(capsicum spp.)属于茄科(solanaceae)辣椒属(capsicum)，起源于美洲的热带和亚热带地区。辣椒包括5个栽培种，分别是一年生辣椒(capsicum annuum l.)、灌木辣椒(capsicum frutescens l.)、中国辣椒(capsicum chinense jacq.)、下垂辣椒(capsicum baccatum l.)和柔毛辣椒(capsicum pubescens ruiz&pa)。作为全球重要的蔬菜作物之一，辣椒具有重要的经济和产业价值。随着分子标记技术的发展，已将其广泛应用于辣椒的多样性和亲缘关系的评估、遗传图谱构建以及进行标记辅助选择(mas)等研究和应用中。
2、随着高通量测序技术的快速发展，越来越多的辣椒高质量基因组被相继发布，为辣椒的变异检测提供了更高的准确性。为利用结构变异(sv)解析辣椒多样性提供了可靠的依据。
3、在茄科作物中，果实朝向是辣椒的一个独特性状。辣椒果尖方向从野生型直立到栽培下垂的转变，对于辣椒的驯化具有重要意义。野生辣椒的果实朝向是向上，这种朝向可能有助于鸟类取食，从而促进种子的传播。在选择驯化过程中，出现了果实朝下的辣椒品种，这一变化可能与果实大小的增加及其更好地抵御生物和非生物因素的威胁有关。果实朝下可以减少鸟类取食，并减少阳光直射对果实造成的伤害。
4、辣椒果实朝向遗传控制为简单遗传，
5、2014年辣椒基因组序列公布，为定位性状的物理位置提供了基础。2016年，han等(2016)通过对重组自交系群体和双亲进行重测序，构建了超高密度图谱，并将果实朝向的qtls分别定位到第1、4、12号染色体。cheng等(2016)以zunla-1为参考基因组，利用重测序数据构建芯片进行遗传定位，将辣椒果实朝向定位于12号染色体36.54mb至41.06mb区间，根据zunla-1基因组的注释，预测总共有65个蛋白质编码基因。cao等以zunla-1为参考基因组，利用全基因组关联分析和混池测序分析，在一年生辣椒中定位到了一个位于up基因上游与果实朝向相关的579bp的结构变异。
6、目前仍需要开发一种针对与中国辣椒果实朝向相关的准确、稳定可靠的分子标记。
技术实现思路
1、为了解决现有技术中的至少部分技术问题，本专利技术提供一种与中国辣椒果实朝向相关的分子标记、引物组合、试剂盒及应用。具体地，本专利技术包括以下内容。
2、本专利技术的第一方面，提供一种与中国辣椒果实朝向相关的分子标记，所述分子标记为结构变异分子标记，其具有seq id no.1所示的序列。
3、本专利技术的第二方面，提供一种引物组合，其用于扩增第一方面所述的分子标记。
4、在某些实施方案中，根据本专利技术所述的引物组合，其中，所述引物组合包括正向引物和反向引物。
5、在某些实施方案中，根据本专利技术所述的引物组合，其中，所述引物组合包括：
6、seq id no.2所示的用于扩增第一片段的正向引物，seq id no.3所示的用于扩增第一片段的反向引物；
7、seq id no.4所示的用于扩增第二片段的正向引物，seq id no.5所示的用于扩增第二片段的反向引物；
8、seq id no.6所示的用于扩增第三片段的正向引物，seq id no.7所示的用于扩增第三片段的反向引物；
9、seq id no.8所示的用于扩增第四片段的正向引物，seq id no.9所示的用于扩增第四片段的反向引物；和
10、seq id no.10所示的用于扩增第五片段的正向引物，seq id no.11所示的用于扩增第五片段的反向引物。
11、本专利技术的第三方面，提供一种用于鉴定中国辣椒果实朝向的试剂盒，其包括本专利技术所述的引物组合。
12、本专利技术的第四方面，提供根据本专利技术所述的分子标记、引物组合或试剂盒在中国辣椒遗传学分析中的应用。
13、在某些实施方案中，根据本专利技术所述的应用，其中，所述遗传学分析包括遗传多样性分析、种质鉴定或辅助育种。
14、本专利技术的第五方面，提供一种用于鉴定中国辣椒果实朝向的方法，其包括在待鉴定中国辣椒的dna中检测是否存在seq id no.1所示序列的分子标记的步骤。
15、在某些实施方案中，根据本专利技术所述的用于鉴定中国辣椒果实朝向的方法，其中，所述方法包括以下步骤：
16、(1)提取样品dna；
17、(2)利用本专利技术所述的引物组合通过pcr从所述样品dna中扩增含有所述分子标记的核酸；和
18、(3)通过电泳检测样品pcr产物的长度来鉴定中国辣椒果实朝向。
19、在某些实施方案中，根据本专利技术所述的用于鉴定中国辣椒果实朝向的方法，其中，当存在所述分子标记，则所述中国辣椒果实朝向为朝下，当缺失所述分子标记，则所述中国辣椒果实朝向为朝上。
20、本专利技术结合比较基因组学和重测序分析，成功地在up基因上游定位到了一个与中国辣椒果实朝向相关的关键变异位点，基于该变异位点设计了分子标记引物，并利用中国辣椒群体验证了该变异可影响果实朝向。该分子标记的开发与利用，使得在苗期就可以对中国辣椒果实朝向地精准鉴定。与传统地连锁标记不同，本专利技术的分子标记位于基因上游，而非连锁标记，因此具有更高的鉴定效果和准确性。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种与中国辣椒果实朝向相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记为结构变异分子标记，其具有SEQ ID NO.1所示的序列。
2.一种引物组合，其特征在于，其用于扩增权利要求1所述的分子标记。
3.根据权利要求2所述的引物组合，其特征在于，包括正向引物和反向引物。
4.根据权利要求2所述的引物组合，其特征在于，所述引物组合包括：
5.一种用于鉴定中国辣椒果实朝向的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2-4任一项所述的引物组合。
6.根据权利要求1所述的分子标记、权利要求2-4任一项所述的引物组合，或权利要求5所述的试剂盒在中国辣椒遗传学分析中的应用。
7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述遗传学分析包括遗传多样性分析、种质鉴定或辅助育种。
8.一种用于鉴定中国辣椒果实朝向的方法，其特征在于，包括在待鉴定中国辣椒的DNA中检测是否存在SEQ ID NO.1所示序列的分子标记的步骤。
9.根据权利要求8所述的用于鉴定中国辣椒果实朝向的方法，其特征在于，包括以下步骤：
10
...【技术特征摘要】
1.一种与中国辣椒果实朝向相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记为结构变异分子标记，其具有seq id no.1所示的序列。
2.一种引物组合，其特征在于，其用于扩增权利要求1所述的分子标记。
3.根据权利要求2所述的引物组合，其特征在于，包括正向引物和反向引物。
4.根据权利要求2所述的引物组合，其特征在于，所述引物组合包括：
5.一种用于鉴定中国辣椒果实朝向的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2-4任一项所述的引物组合。
6.根据权利要求1所述的分子标记、权利要求2-4任一项所述的引物组合，或权利要求5所述的试...
【专利技术属性】
技术研发人员：张亢，王立浩，程锋，王翔，于海龙，陈姝敏，曹亚从，
申请(专利权)人：中国农业科学院蔬菜花卉研究所，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。