【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物分子，具体涉及与与谷子苗期叶枕花青甙显色相关的snp位点、分子标记及其应用。
技术介绍
1、谷子(setariaitalica)，古称稷或粟，是一年生草本作物,原产于中国，是中国重要的粮食作物之一，在旱作农业可持续发展中具有不可替代的作用。谷子耐旱节水性强,被认为是应对未来干旱环境和气候变暖的战略储备作物。谷子的叶子具有叶鞘和叶片，其中叶枕位于叶鞘和叶片结合处的外边。叶枕的颜色与其含有的花青甙的含量相关，花青甙是一种天然色素，具有抗氧化、抗炎等多种生物活性，检测花青甙的显色对于植物品种鉴定与筛选具有一定的实际意义。谷子作为二倍体自花授粉作物，基因组较小，操作方便，繁殖周期短，遗传相对简单，现已具备了较高质量的参考基因组序列，且谷子ssr遗传连锁图谱的发表，为谷子的遗传分析奠定了良好基础。虽然谷子全基因组序列已经完成测序,但是有关谷子苗期叶枕花青甙显色基因关联研究鲜见报道；故有必要开发、利用、鉴定谷子的苗期叶枕花青甙显色的分子标记以培育出更为优良的品种。
技术实现思路
1、基于以上背景，本专利技术提供了与谷子苗期叶枕花青甙显色相关的snp位点、分子标记及其应用。
2、本专利技术的技术方案为：
3、与谷子苗期叶枕花青甙显色相关的snp位点，所述snp位点位于谷子的第7号染色体的第26876987位，其等位变异为g/c。
4、基于同一专利技术构思，本专利技术提供检测谷子基因组中snp的多态性或基因型的物质在如下任一中的应用，所述应用包
5、1)在对谷子苗期叶枕花青甙显色进行预测中的应用；
6、2)在对谷子苗期叶枕花青甙显色进行鉴定或是辅助鉴定中的应用；
7、3)在谷子苗期叶枕花青甙显色的相关育种或辅助育种中的应用；
8、所述snp位点位于谷子的第7号染色体的第26876987位，其等位变异为g/c。
9、基于同一专利技术构思本专利技术提供了与谷子苗期叶枕花青甙显色相关的分子标记，所述分子标记包括谷子的第7号染色体的第26876987位点在内；
10、所述分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示。具体可见下：
11、cacaattaagtgtaaaaattagagcttacattggt[c/g]tcatactcgtagcccctcattatcaccaggatccc，其第36位碱基为g/c等位变异。
12、基于同一专利技术构思，本专利技术还提供了与谷子苗期叶枕花青甙显色相关的分子标记在如下任一中的应用，所述应用包括：
13、1)在对谷子苗期叶枕花青甙显色进行预测中的应用；
14、2)在对谷子苗期叶枕花青甙显色进行鉴定或是辅助鉴定中的应用；
15、3)在谷子苗期叶枕花青甙显色的相关育种或辅助育种中的应用
16、基于同一专利技术构思，本专利技术还提供了一种预测谷子抽穗期叶姿的方法，采用特异性的所述的snp位点的探针或芯片，对预测对象的谷子基因组dna进行检测，获得所述的snp位点的等位变异位点的碱基情况，根据碱基情况预测谷子苗期叶枕花青甙显色情况；
17、或是以谷子的单叶片或种子的dna为模板，采用上述分子标记对应的引物进行pcr扩增，对扩增产物进行测序及其鉴定，根据鉴定结果预测谷子苗期叶枕花青甙显色情况。
18、相比现有技术，本专利技术的有益效果为：
19、本专利技术提供了与谷子的苗期叶枕花青甙显色性状显著相关的snp位点，并就此开发出与谷子的苗期叶枕花青甙显色相关的分子标记，以此将基因组dna序列与谷子的苗期叶枕花青甙显色性状联系起来，有利于谷子分子标记辅助育种体系的建立，可为更为精细定位、谷子选育提供方向及其依据。
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1.与谷子苗期叶枕花青甙显色相关的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点位于谷子的第7号染色体的第26876987位，其等位变异为G/C。
2.检测谷子基因组中SNP的多态性或基因型的物质在如下任一中的应用，其特征在于，所述应用包括：
3.与谷子苗期叶枕花青甙显色相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记包括谷子的第7号染色体的第26876987位点在内；
4.权利要求3所述的与谷子苗期叶枕花青甙显色相关的分子标记在如下任一中的应用，其特征在于，所述应用包括：
5.一种预测谷子苗期叶枕花青甙显色的方法，其特征在于，采用特异性的用于检测权利要求1所述的SNP位点的探针或芯片，对预测对象的谷子基因组DNA进行检测，获得权利要求1中所述的SNP位点的等位变异位点的碱基情况，根据碱基情况预测谷子苗期叶枕花青甙显色情况；
【技术特征摘要】
1.与谷子苗期叶枕花青甙显色相关的snp位点，其特征在于，所述snp位点位于谷子的第7号染色体的第26876987位，其等位变异为g/c。
2.检测谷子基因组中snp的多态性或基因型的物质在如下任一中的应用，其特征在于，所述应用包括：
3.与谷子苗期叶枕花青甙显色相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记包括谷子的第7号染色体的第26876987位点在内；
【专利技术属性】
技术研发人员：王钰文，赵治海，刘颖慧，范晓庆，范光宇，王晓明，
申请(专利权)人：张家口市农业科学院河北省高寒作物研究所，
类型：发明
国别省市：
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