【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及一种snp分子标记及其应用，尤其涉及一种与橡胶树乳管列数相关的snp标记及其应用。
技术介绍
1、天然橡胶树是一种重要的工业原料，热带作物橡胶树是其主要的商业来源。目前，适宜种植橡胶树的面积十分有限，无法通过扩大种植面积来增加产量，大幅度提高橡胶树单位面积产量是一条适合橡胶事业发展和缓解天然橡胶供需矛盾压力的可行途径。
2、传统有性杂交育种是橡胶树产量育种的主要和常规方法，然而常规育种周期长，通常需要三四十年才有可能培育出新的优良品种。此外，橡胶树遗传背景狭窄，种质资源的匮乏，以上因素均极大制约橡胶树良种培育进程和产业发展。随着现代分子生物技术的发展，分子标记辅助选择育种能在一定程度上解决上述问题，推动橡胶树育种进程。近年来，橡胶树分子标记开发和利用工作已取得了一定进展，但远不能满足橡胶树分子育种的需求。因此，橡胶树的乳管是决定天然橡胶产量的重要因素，乳管列数的增加对于橡胶产量的提升至关重要。深入挖掘与橡胶树乳管列数的分子标记，对于橡胶树的品种选育具有重要的意义。
技术实现思路
1、本专利技术在于克服现有技术中的不足，提供一种与橡胶树乳管列数相关的snp标记及其应用。
2、本专利技术的第一个方面是提供一种橡胶树的snp分子标记，所述snp分子标记的序列如seq id no.1所示，所述seq id no.1所示序列自5'端起第100 bp位点处的碱基为a或c（应当理解的是，在序列表中seq id no.1自5'端起第216 bp位点用“a”表示
3、专利技术人发现，该snp分子标记的位点处基因型为ac基因型橡胶树乳管列数多。
4、基于所述snp分子标记，可以开发橡胶树乳管列数的基因型鉴定方法，通过对所述snp位点碱基序列分析，所述snp位点的基因型为ac，初步鉴定橡胶树乳管列数多，准确度高。
5、为进行所述snp分子标记检测，本专利技术的第二个方面是提供一种用于检测本专利技术第一个方面所述的snp分子标记的引物对，所述引物对包括正向引物f：5’- aat ttg caacga tgg aaa cg -3’和反向引物r：5’- tat ttt aag tat tcc tta tgc ttc tct aag -3’。
6、本专利技术的第三个方面是提供一种用于检测本专利技术第一个方面所述的snp分子标记的试剂盒，其包含本专利技术第二个方面所述的引物对。
7、本专利技术的第四个方面是提供本专利技术第一个方面所述的snp分子标记、或者本专利技术第二个方面所述的引物对、或者本专利技术第三个方面所述的试剂盒在橡胶树乳管列数检测上的应用。
8、本专利技术的第五个方面是提供一种幼苗期检测橡胶树乳管列数性状的方法：提取待测橡胶树的基因组dna，以待测橡胶树基因组dna为模板，采用本专利技术第二个方面所述引物对进行pcr扩增，分析pcr扩增产物的序列，进行本专利技术第一个方面所述的snp分子标记的检测，确定待测橡胶树的基因型，从而确定待测橡胶树的乳管列数性状。
9、其中，所述snp位点的基因型为ac时鉴定橡胶树乳管列数多。
10、本专利技术的第六个方面是提供一种橡胶树的选育方法：提取待选橡胶树的基因组dna，以所得基因组dna为模板，采用本专利技术第二个方面所述引物对进行pcr扩增，分析pcr扩增产物的序列，进行本专利技术第一个方面所述的snp分子标记的检测，确定各个待选橡胶树的基因型，对橡胶树进行选育。
11、本专利技术的第七个方面是提供如本专利技术第一个方面所述的snp分子标记、或者本专利技术第二个方面所述的引物对、或者本专利技术第三个方面所述的试剂盒、或者本专利技术第五个方面所述的方法、或者本专利技术第六个方面所述的选育方法在橡胶树选育中的用途。
12、本专利技术的有益效果在于：
13、（1）本专利技术首次从大数据层面，鉴定到位于seq id no.1核苷酸序列第100 bp位点处的snp与乳管列数的多/少密切关联，利于检测，准确可靠，操作方便。
14、（2）利用本专利技术提供的所述snp分子标记对橡胶树乳管列数性状进行鉴定，筛选乳管列数多的橡胶树准确度高。
15、（3）本专利技术提供的snp分子标记及其检测方法不受橡胶树树龄影响，可以在幼苗期进行选择，极大地减少了育种工作量，显著缩短了橡胶树产量育种选择周期，提高了育种效率，可以在实践中用于橡胶树产量分子标记辅助育种。
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1.一种橡胶树的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID No.1所示，所述SEQ ID No.1所示序列自5'端起第100 bp位点处的碱基为A或C；所述SNP分子标记的AC基因型橡胶树乳管列数多。
2.一种用于检测权利要求1所述的SNP分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括正向引物F：5’- AAT TTG CAA CGA TGG AAA CG -3’和反向引物R：5’- TAT TTT AAG TATTCC TTA TGC TTC TCT AAG -3’。
3.一种用于检测权利要求1所述的SNP分子标记的试剂盒，其特征在于，其包含权利要求2所述的引物对。
4.如权利要求1所述的SNP分子标记、或者权利要求2所述的引物对、或者权利要求3所述的试剂盒在橡胶树乳管列数检测上的应用。
5.一种幼苗期检测橡胶树乳管列数性状的方法，其特征在于，提取待测橡胶树的基因组DNA，以待测橡胶树基因组DNA为模板，采用权利要求2所述引物对进行PCR扩增，分析PCR扩增产物的序列，进行权利要求1所述的SNP分子标记的检
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，SNP位点的基因型为AC时鉴定橡胶树乳管列数多。
7.一种橡胶树的选育方法，其特征在于，提取待选橡胶树群体中各个待选橡胶树的基因组DNA，以所得基因组DNA为模板，采用权利要求2所述引物对进行PCR扩增，分析PCR扩增产物的序列，进行权利要求1所述的SNP分子标记的检测，确定各个待选橡胶树的基因型，从而确定各个待选橡胶树的乳管列数性状，对橡胶树进行选育。
8.如权利要求1所述的SNP分子标记、或者权利要求2所述的引物对、或者权利要求3所述的试剂盒、或者权利要求5或6所述的方法、或者权利要求7所述的选育方法在橡胶树选育中的用途。
...【技术特征摘要】
1.一种橡胶树的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记的序列如seq id no.1所示，所述seq id no.1所示序列自5'端起第100 bp位点处的碱基为a或c；所述snp分子标记的ac基因型橡胶树乳管列数多。
2.一种用于检测权利要求1所述的snp分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括正向引物f：5’- aat ttg caa cga tgg aaa cg -3’和反向引物r：5’- tat ttt aag tattcc tta tgc ttc tct aag -3’。
3.一种用于检测权利要求1所述的snp分子标记的试剂盒，其特征在于，其包含权利要求2所述的引物对。
4.如权利要求1所述的snp分子标记、或者权利要求2所述的引物对、或者权利要求3所述的试剂盒在橡胶树乳管列数检测上的应用。
5.一种幼苗期检测橡胶树乳管列数性状的方法，其特征在于，提取待...
【专利技术属性】
技术研发人员：龙翔宇，阳江华，邱苏晗，胡斌，刘元强，林远，
申请(专利权)人：中国热带农业科学院三亚研究院，
类型：发明
国别省市：
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