【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物，具体涉及一种猪饲料转化率相关snp分子标记及筛选方法和应用。
技术介绍
1、饲料转化效率(fcr)是衡量猪节粮效率的关键指标，fcr是指个体日均采食量和个体平均日增重的比值，因fcr便于计算且和体重性状的相关性较好而广泛用于评价猪的饲料效率。畜牧业在迅速发展，饲料成本在总生产成本中所占的比例也逐渐升高，大概占总成本的50％～85％。降低饲料成本的关键是提高饲料效率。提高饲料效率不仅降低了饲料消耗，同时降低了养殖成本和能源使用，而且还降低了粪肥产量和潜在温室气体排放总量。
2、近年来，随着高通量基因分型和分子技术的快速发展，人们对影响生猪fcr的分子过程和遗传机制越来越感兴趣。选择信号是指在自然选择或人工选择的过程中在动物基因组上留下的结构特征变化。通过选择信号检测在动物群体的全基因组范围内捕获到存在的选择信号和潜在受选择位点，有助于揭示畜禽重要经济性状潜在的受选择和遗传机制。因此，本研究对大白猪进行全基因组选择信号检测，筛选与大白猪饲料转化率相关的分子标记，为实际生产降本增效提供参考。
技术实现思路
1、针对上述现有技术，本专利技术提供一种猪饲料转化率相关snp分子标记及筛选方法和应用，旨在筛选出与饲料转化率性状相关的snp分子标记，为实际生产工作降本增效提供新的思路。
2、为了达到上述目的，本专利技术所采用的技术方案是：提供一种猪饲料转化率相关snp分子标记，猪饲料转化率相关snp分子标记位于国际猪参考基因组11.1版本中1号染色体
3、在上述技术方案的基础上，本专利技术还可以做如下改进。
4、进一步，snp分子标记位于seq id no.1所示核苷酸序列中的第200位。
5、进一步，猪饲料转化率相关snp分子标记的筛选方法，包括以下步骤：
6、(1)构建猪只饲料转化率表型，饲料转化率为日均采食量与平均日增重的比值；
7、(2)采集猪组织样本并提取dna；
8、(3)采用基因芯片进行测序并对snp分子标记进行质控；
9、(4)基于群体分化指数方法进行全基因组选择信号检测，筛选出snp分子标记。
10、进一步，步骤(3)采用plink软件进行质控，质控标准为剔除如下位点：非常染色体的位点、位点检出率<0.1的snp分子标记、个体检出率<0.1的个体、最小等位基因频率<0.05的位点和哈迪温伯格平衡<1×10-6的位点。
11、进一步，步骤(4)的具体方法为：根据饲料转化率大小进行排序，将排序前30和后30分为两个群体，使用plink软件的fst方法对两个群体进行全基因组选择信号检测，筛选fst分数>0.15的snp分子标记。
12、本专利技术采取上述进一步技术方案的有益效果是：本专利技术提供的猪饲料转化率性状相关snp分子标记的筛选方法，可以通过在体外采用基因芯片技术检测猪的基因型，对猪的饲料转化率性状进行标记辅助选择，具有简单、快捷、灵敏度高和特异性好等优点。
13、进一步，猪饲料转化率相关snp分子标记在筛选对猪饲料具有优良转化率的猪品系中的应用。
14、进一步，筛选方法为检测国际猪参考基因组11.1版本中1号染色体第235291491位碱基类型，选留该位点基因型为cc或ct的猪品系。
15、进一步，选留国际猪参考基因组11.1版本中1号染色体第235291491位基因型为cc的猪品系。
16、进一步，筛选方法包括以下步骤：
17、(1)取猪组织样品并提取基因组dna；
18、(2)对基因组dna进行pcr扩增，扩增引物为seq id no.2和seq id no.3所示的核苷酸序列；
19、(3)对步骤(2)得到的pcr扩增产物进行测序，确定snp分子标记的碱基类型。
20、本专利技术的有益效果是：本专利技术提供的饲料转化率性状相关snp分子标记筛选方法，筛选出的国际猪参考基因组11.1版本中1号染色体第235291491位的分子标记，可用于大白猪饲料转化率的关联分析中。使用本方法识别的显著snp分子标记进行标记辅助选择，可快速筛选出具有低饲料转换率的基因型；将具有更低饲料转化率的cc或ct基因型的大白猪应用于生产中，不仅可以降低饲料成本，还能减轻氮排放对环境的污染，且不影响动物的生产性能和产品品质，可极大的加速大白猪饲料转化率性状的遗传改良。
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1.一种猪饲料转化率相关SNP分子标记，其特征在于：猪饲料转化率相关SNP分子标记位于国际猪参考基因组11.1版本中1号染色体第235291491位，此SNP分子标记具有C/T多态性。
2.根据权利要求1所述的猪饲料转化率相关SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记位于SEQ ID No.1所示核苷酸序列中的第200位。
3.权利要求1或2所述的猪饲料转化率相关SNP分子标记的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：
4.根据权利要求3所述的猪饲料转化率相关SNP分子标记的筛选方法，其特征在于，所述步骤(3)采用PLINK软件进行质控，质控标准为剔除如下位点：非常染色体的位点、位点检出率<0.1的SNP分子标记、个体检出率<0.1的个体、最小等位基因频率<0.05的位点和哈迪温伯格平衡<1×10-6的位点。
5.根据权利要求3所述的猪饲料转化率相关SNP分子标记的筛选方法，其特征在于，所述步骤(4)的具体方法为：根据饲料转化率大小进行排序，将排序前30和后30分为两个群体，使用PLINK软件的fst方法对两
6.权利要求1或2所述的猪饲料转化率相关SNP分子标记在筛选对猪饲料具有优良转化率的猪品系中的应用。
7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，筛选方法为检测国际猪参考基因组11.1版本中1号染色体第235291491位碱基类型，选留该位点基因型为CC或CT的猪品系。
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于：选留国际猪参考基因组11.1版本中1号染色体第235291491位基因型为CC的猪品系。
9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，筛选方法包括以下步骤：
...【技术特征摘要】
1.一种猪饲料转化率相关snp分子标记，其特征在于：猪饲料转化率相关snp分子标记位于国际猪参考基因组11.1版本中1号染色体第235291491位，此snp分子标记具有c/t多态性。
2.根据权利要求1所述的猪饲料转化率相关snp分子标记，其特征在于：所述snp分子标记位于seq id no.1所示核苷酸序列中的第200位。
3.权利要求1或2所述的猪饲料转化率相关snp分子标记的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：
4.根据权利要求3所述的猪饲料转化率相关snp分子标记的筛选方法，其特征在于，所述步骤(3)采用plink软件进行质控，质控标准为剔除如下位点：非常染色体的位点、位点检出率<0.1的snp分子标记、个体检出率<0.1的个体、最小等位基因频率<0.05的位点和哈迪温伯格平衡<1×10-6的位点。
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【专利技术属性】
技术研发人员：刁淑琪，陈信佑，吴平先，石锐，郭宗义，鲜凌瑾，王金勇，
申请(专利权)人：重庆市畜牧科学院，
类型：发明
国别省市：
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