【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子标记，具体涉及一种新的分子标记的开发方法及应用。
技术介绍
1、随着经济的快速发展，羊肉消费在人们日常消费中的占比逐渐扩大，羊肉产量成为制约绵羊经济发展的重要因素。生长性状是绵羊最重要的经济性状，与羊肉产量息息相关，因此培育具有优秀生长性状的绵羊是解决当前绵羊业问题的重要方法。
2、分子标记(molecularmarkers)属于遗传标记的一种，可以直接反映生物体在dna水平上的遗传特征。常见的分子标记有snp、rflp、ssr等。相对于其他的分子标记，snp标记具有变异信息丰富、稳定性高、适用性强等优点，是现在最常使用的分子标记。通过分子标记使用分子标记辅助育种技术(mas)可以加快绵羊的培育过程。
3、华蒙肉羊是由内蒙古富川养殖科技有限公司联合内蒙古大学、内蒙古自治区农牧业科学院等高校和科研院所以白头杜泊羊、小尾寒羊和蒙古羊经过杂交改良、横交固定、选育提高等阶段，培育出的肉用绵羊新品种。因此对华蒙肉羊生长性状方面的研究较少。通过识别和鉴定华蒙肉羊重要的snp标记可以加速华蒙肉羊生长性状的遗传改良过程、提升华蒙肉羊生产量，还可以为探究绵羊的遗传特性、基因功能和遗传机制提供重要信息。
技术实现思路
1、本专利技术提供了一种新的分子标记的开发方法及应用，为探究目标性状的多态性和功能提供思路，并可用于分子标记辅助育种，有效提升待测物种的生产力。
2、为解决上述技术问题，本专利技术提供了一种分子标记开发方法，包括以下步骤：(1)根据待
3、(2)针对步骤(1)获取的新snps位点设计特异性引物，使用flu-arms分型方法对待测物种的筛选样本进行基因分型，获得筛选样本的基因型数据；
4、(3)对步骤(2)得到的所述基因型数据对所述待测物种的筛选样本进行群体遗传分析，并与所述目标事件相关的表型数据进行关联分析，得与目标事件显著关联的分子标记。
5、本专利技术一个优选方式中，步骤(1)所述待测物种包括绵羊；
6、所述目标事件相关的已知基因包括与体重和/或生长性状相关的基因。
7、本专利技术一个优选方式中，包括以所述目标事件相关的已知基因中的变异位点为中心，取上游和下游各400bp为参考序列，设计普通引物。
8、本专利技术一个优选方式中，步骤(2)中以所述新snps位点的变异位点为中心，取基因组上游和下游各200bp为参考序列，设计所述特异性引物。
9、本专利技术一个优选方式中，利用所述特异性引物进行touchdownpcr扩增；
10、所述touchdownpcr扩增的程序，包括：95℃预变性10min；95℃变性15s，61℃→55℃退火1min，每循环降温0.6℃，10个循环；95℃变性15s，55℃～65℃退火1min，30个循环；72℃延伸5min；4℃保存。
11、本专利技术还提供了基于上述分子标记开发方法开发得到的分子标记序列。
12、本专利技术一个优选方式中，所述分子标记序列包括华蒙肉羊g.97048094a＞c和g.51238a＞g。
13、本专利技术还提供了一组根据上述分子标记序列设计的引物对，包括针对华蒙肉羊g.97048094a＞c设计的引物对，核苷酸序列如seq id no.1、seq id no.2和seq id no.3所示；
14、针对华蒙肉羊g.51238a＞g设计的引物对，核苷酸序列如seq id no.4、seq idno.5和seq id no.6所示。
15、本专利技术还提供了基于上述分子标记开发方法开发得到的分子标记序列在待测物种遗传多样性分析中的应用。
16、本专利技术还提供了基于上述分子标记开发方法开发得到的分子标记序列在分子标记辅助新品种选育中的应用。
17、有益效果：本专利技术提供了一种分子标记开发方法根据gwas结果提供的显著变异位点，在显著变异位点附近设计普通引物，并进行sanger测序发现新的变异位点，利用分子生物学技术进行基因分型和关联分析等加以验证，从而得到全新的分子标记。本专利技术实施例中以403只华蒙肉羊为实验对象，根据图1所示流程挖掘与体重性状相关基因的多态性；针对loc101122263、zmynd8和prame三个与绵羊生长性状显著关联的基因设计14条普通引物；为了获得最准确的变异位点，通过混合pcr扩增及sanger测序，获得了11个新的snps位点；通过设计特异性引物，使用flu-arms分型技术对华蒙肉羊的dna样本进行基因分型，得到了403只实验羊群体的基因型数据；基于分型结果对华蒙肉羊实验群体进行群体遗传分析，并与表型数据进行关联分析，得到了2个与生长性状显著关联的分子标记g.97048094a＞c和g.51238a＞g，功能性分子标记开发率达到18％以上。与dcasp、rflp技术、rapd技术等相比，本专利技术采用的方法发现的变异位点数量较多，对实验器材要求相对较低，实验流程相对简单，结果导向更加精准，目的性更强，开发的分子标记也较为显著。利用本专利技术所述方法筛选得到的全新分子标记，为华蒙肉羊的遗传育种提供实验依据，为加速绵羊新品种选育提供新思路。
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1.一种分子标记开发方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)根据待测物种与目标事件相关的已知基因设计若干条普通引物，通过混合PCR扩增及Sanger测序，获取新的SNPs位点；
2.根据权利要求1所述分子标记开发方法，其特征在于，步骤(1)所述待测物种包括绵羊；
3.根据权利要求2所述分子标记开发方法，其特征在于，包括以所述目标事件相关的已知基因中的变异位点为中心，取上游和下游各400bp为参考序列，设计普通引物。
4.根据权利要求1所述分子标记开发方法，其特征在于，步骤(2)中以所述新SNPs位点的变异位点为中心，取基因组上游和下游各200bp为参考序列，设计所述特异性引物。
5.根据权利要求4所述分子标记开发方法，其特征在于，利用所述特异性引物进行TouchdownPCR扩增；
6.基于权利要求1～5任一项所述分子标记开发方法开发得到的分子标记序列。
7.根据权利要求6所述分子标记序列，其特征在于，所述分子标记序列包括华蒙肉羊g.97048094A＞C和g.51238A＞G。
8.一组根据权利要
9.基于权利要求1～5任一项所述分子标记开发方法开发得到的分子标记序列在待测物种遗传多样性分析中的应用。
10.基于权利要求1～5任一项所述分子标记开发方法开发得到的分子标记序列在分子标记辅助新品种选育中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种分子标记开发方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)根据待测物种与目标事件相关的已知基因设计若干条普通引物，通过混合pcr扩增及sanger测序，获取新的snps位点；
2.根据权利要求1所述分子标记开发方法，其特征在于，步骤(1)所述待测物种包括绵羊；
3.根据权利要求2所述分子标记开发方法，其特征在于，包括以所述目标事件相关的已知基因中的变异位点为中心，取上游和下游各400bp为参考序列，设计普通引物。
4.根据权利要求1所述分子标记开发方法，其特征在于，步骤(2)中以所述新snps位点的变异位点为中心，取基因组上游和下游各200bp为参考序列，设计所述特异性引物。
5.根据权利要求4所述分子标记开发方法，其特征在于，利用所述特异性引物进行tou...
【专利技术属性】
技术研发人员：付绍印，刘永斌，何小龙，王韵斐，王标，达赖，陈秋菊，特日格勒，周璇，刘敏，
申请(专利权)人：内蒙古自治区农牧业科学院，
类型：发明
国别省市：
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