【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、天然存在的与合成的聚合物分析物的分析对于表征系统、理解生物学和病理学以及开发治疗剂是重要的。生物聚合物如蛋白质驱动细胞过程，包括分化、迁移和疾病。因此，生物聚合物的直接测量和表征对于疾病建模和医学是必需的。
2、虽然技术进步在表征一些类型的生物聚合物(例如，核酸分子)方面已经取得了显著进步，但在以高通量方式选择性地测量和分析蛋白质方面仍存在挑战。目前用于研究蛋白质的方法可以在选择性、灵敏度、通量方面受到限制，或需要先验知识。因此，需要用于表征和分析蛋白质的新方法。
技术实现思路
1、本文认识到对于用于以准确且高通量的方式表征和分析聚合物分析物如蛋白质的新颖方法的需要。本文提供了用于解决上述需要的分析(例如，经由测序)聚合物分析物的方法、系统和组合物。本公开的方法可以包括提供包含多个单体的聚合物分析物，切割多个单体中的单体，并且分析经切割单体。经切割单体的分析可以包括使经切割单体与识别经切割单体的结合剂或其部分接触。本文公开的方法还可以采用可聚合分子的局部拴系。在一些情况下，经切割单体可以偶联至捕获部分，并且结合剂可以偶联至经切割单体。包含单体的识别信息的第一可聚合分子可以偶联至邻近捕获部分的第二可聚合分子。随后，可以重复该过程以分析聚合物分析物的单体的全部或子集。可以进行可聚合分子的进一步表征，这可以帮助鉴定聚合物分析物的单独单体。
2、在一方面，本文提供了一种用于以单分子灵敏度对肽测序的方法，该方法包括：(a)提供肽，其中肽包含多个氨基酸；
3、在一些实施方案中，多个氨基酸中的至少一个氨基酸包含翻译后修饰。在一些实施方案中，(a)包括提供包括肽的多个肽。在一些实施方案中，氨基酸的个体读取准确度大于50％，其中个体读取准确度不受邻近氨基酸的侧链影响。在一些实施方案中，氨基酸包括一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸为少于6个氨基酸。在一些实施方案中，氨基酸仅包括一个氨基酸。
4、在一些实施方案中，(b)包括：(i)从肽切割氨基酸；(ii)将氨基酸偶联至捕获部分以生成氨基酸-捕获部分复合物；(iii)使氨基酸-捕获部分复合物与结合剂接触；(iv)提供第一可聚合分子；以及(v)将第一可聚合分子偶联至第二可聚合分子。在一些实施方案中，(ii)在(i)之前发生。在一些实施方案中，(ii)在(i)期间发生。在一些实施方案中，(ii)在(i)之后发生。在一些实施方案中，(iv)在(iii)之前发生。在一些实施方案中，(iv)在(iii)期间发生。在一些实施方案中，(iv)在(iii)之后发生。在一些实施方案中，在(iv)期间，结合剂不偶联至第一可聚合分子。在一些实施方案中，结合剂包括激活剂，其中激活剂促进第一可聚合分子与第二可聚合分子的偶联。在一些实施方案中，激活剂包括激活可聚合分子，并且进一步包括，在(iv)之后，将第一可聚合分子偶联至激活可聚合分子。在一些实施方案中，偶联是使用夹板分子介导的，该夹板分子包含与(i)第一可聚合分子、(ii)第二可聚合分子以及(iii)激活可聚合分子的至少一部分互补的序列。在一些实施方案中，第一可聚合分子和激活可聚合分子是核酸分子，并且其中第一可聚合分子与激活可聚合分子的偶联经由杂交链式反应(hcr)发生。在一些实施方案中，激活剂包括酶。在一些实施方案中，酶包括过氧化物酶、cas蛋白、连接酶、激酶或限制酶。在一些实施方案中，酶包括激酶，其中激酶被配置为使第二可聚合分子磷酸化，从而允许第一可聚合分子附接至第二可聚合分子。在一些实施方案中，结合剂间接地偶联至第一可聚合分子。在一些实施方案中，结合剂包括激活可聚合分子，并且其中第一可聚合分子偶联至激活可聚合分子。在一些实施方案中，结合剂包括激活剂，其中激活剂被配置为促进第一可聚合分子与第二可聚合分子的偶联。在一些实施方案中，激活剂包括酶或核酸分子。在一些实施方案中，激活剂包括锚定核酸分子，其中锚定核酸分子被配置为偶联至邻近第二可聚合分子的附加第二可聚合分子。在一些实施方案中，激活剂包括选自以下项的酶：过氧化物酶、cas蛋白、连接酶、激酶和限制酶。在一些实施方案中，酶是激酶，并且进一步包括使用该激酶以使第二可聚合分子磷酸化，从而允许第一可聚合分子偶联至第二可聚合分子。在一些实施方案中，酶是辣根过氧化物酶(hrp)或抗坏血酸过氧化物酶(apex)，其中hrp或apex激活第一可聚合分子或第二可聚合分子，从而将第一可聚合分子偶联至第二可聚合分子。在一些实施方案中，酶是限制酶，并且其中第二可聚合分子包含限制性识别位点，并且进一步包括在第一可聚合分子与第二可聚合分子偶联之前用限制酶切割第二可聚合分子。在一些实施方案中，结合剂包括激活核酸分子，并且其中第一可聚合分子是核酸分子，并且进一步包括，在(iii)之前，将第一可聚合分子偶联至激活核酸序列。在一些实施方案中，该方法进一步包括经由杂交链式反应(hcr)生成第一可聚合分子。在一些实施方案中，生成包括(a)提供第一发夹分子和第二发夹分子；(b)将第一发夹分子偶联至激活核酸序列；以及(c)将第二发夹分子偶联至第一发夹分子，从而生成偶联至激活核酸分子的第一可聚合分子。在一些实施方案中，在(c)之后，第一可聚合分子包括瓣状序列(flap sequence)，并且进一步包括使用瓣状序列以将第一可聚合分子偶联至第二可聚合分子。在一些实施方案中，该方法进一步包括重复(i)-(v)至少一次。在一些实施方案中，捕获部分包含第三可聚合分子。在一些实施方案中，第一可聚合分子、第二可聚合分子或第三可聚合分子包含核酸分子。在一些实施方案中，核酸分子包括具有假互补碱基的dna分子、桥连核酸(bna)、异种核酸(xna)、锁核酸(lna)、肽核酸(pna)、γ-pna分子、吗啉代或其组合。在一些实施方案中，核酸分子包括己糖核酸(hna)。在一些实施方案中，核酸分子中的大于70％的核苷酸是胸腺嘧啶或胞嘧啶。在一些实施方案中，第三可聚合分子包括dna分子，该dna分子包括引发位点、测序位点、独特分子标识符、条形码序列、切割位点或其组合。在一些实施方案中，第一可聚合分子包括第一核酸分子，并且其中第三可聚合分子包括第二核酸分子。在一些实施方案中，(iv)中的偶联包括第一核酸分子的至少一部分与第二核酸分子的至少一部分的杂交。在一些实施方案中，该方法进一步包括进行核酸延伸反应。在一些实施方案中，(i)中的切割包括从肽切割一个或多个氨基酸。在一些实施方案中，第一可聚合分子包括第一核酸分子并且第二可聚合分子包括第二核酸分子。在一些实施方案中，(ii)中的偶联包括第一核酸分子与第二核酸分子的连接或杂交。在一些实施方案中，(ii)中的偶联由夹板分子介导。在一些实施方案中，第一可聚合分子包含第一反应性部分，并且第二可聚合分子包含能够与第一反应性部分反应的第二反应性部分。在一些实施方案中，(ii)中的偶联包括使第一部分和第二部分反应。在一些实施方案中，第一反本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于以单分子灵敏度对肽测序的方法，所述方法包括：
2.如权利要求1所述的方法，其中(b)包括：(i)从所述肽切割所述氨基酸；(ii)将所述氨基酸偶联至捕获部分以生成氨基酸-捕获部分复合物；(iii)使所述氨基酸-捕获部分复合物与结合剂接触；(iv)提供第一可聚合分子；以及(v)将所述第一可聚合分子偶联至第二可聚合分子。
3.如权利要求2所述的方法，其中(iv)在(iii)期间发生。
4.如权利要求2或3所述的方法，其中在(iv)期间，所述结合剂不偶联至所述第一可聚合分子。
5.如权利要求4所述的方法，其中所述结合剂包括激活剂，其中所述激活剂促进所述第一可聚合分子与所述第二可聚合分子的偶联。
6.如权利要求5所述的方法，其中所述激活剂包括激活可聚合分子，并且进一步包括，在(iv)之后，将所述第一可聚合分子偶联至所述激活可聚合分子。
7.如权利要求6所述的方法，其中所述偶联是使用夹板分子介导的，所述夹板分子包含与(i)所述第一可聚合分子、(ii)所述第二可聚合分子以及(iii)所述激活可聚合分子的至少一部
8.如权利要求6所述的方法，其中所述第一可聚合分子和所述激活可聚合分子是核酸分子，并且其中所述第一可聚合分子与所述激活可聚合分子的所述偶联经由杂交链式反应(HCR)发生。
9.如权利要求5所述的方法，其中所述激活剂包括酶。
10.如权利要求9所述的方法，其中所述酶包括过氧化物酶、Cas蛋白、连接酶、激酶或限制酶。
11.如权利要求10所述的方法，其中所述酶包括激酶，其中所述激酶被配置为使所述第二可聚合分子磷酸化，从而允许所述第一可聚合分子附接至所述第二可聚合分子。
12.如权利要求2所述的方法，其中所述结合剂间接地偶联至所述第一可聚合分子。
13.如权利要求12所述的方法，其中所述结合剂包括激活可聚合分子，并且其中所述第一可聚合分子偶联至所述激活可聚合分子。
14.如权利要求2所述的方法，其中所述结合剂包括激活剂，其中所述激活剂被配置为促进所述第一可聚合分子与所述第二可聚合分子的偶联。
15.如权利要求14所述的方法，其中所述激活剂包括酶或核酸分子。
16.如权利要求15所述的方法，其中所述激活剂包括锚定核酸分子，其中所述锚定核酸分子被配置为偶联至邻近所述第二可聚合分子的附加第二可聚合分子。
17.如权利要求15所述的方法，其中所述激活剂包括选自以下项的酶：过氧化物酶、Cas蛋白、连接酶、激酶和限制酶。
18.如权利要求17所述的方法，其中所述酶是激酶，并且进一步包括使用所述激酶以使所述第二可聚合分子磷酸化，从而允许所述第一可聚合分子偶联至所述第二可聚合分子。
19.如权利要求17所述的方法，其中所述酶是辣根过氧化物酶(HRP)或抗坏血酸过氧化物酶(APEX)，其中所述HRP或所述APEX激活所述第一可聚合分子或所述第二可聚合分子，从而将所述第一可聚合分子偶联至所述第二可聚合分子。
20.如权利要求17所述的方法，其中所述酶是限制酶，并且其中所述第二可聚合分子包含限制性识别位点，并且进一步包括在所述第一可聚合分子与所述第二可聚合分子的所述偶联之前用所述限制酶切割所述第二可聚合分子。
21.如权利要求2所述的方法，其中所述结合剂包括激活核酸分子，并且其中所述第一可聚合分子是核酸分子，并且进一步包括，在(iii)之前，将所述第一可聚合分子偶联至所述激活核酸序列。
22.如权利要求21所述的方法，其进一步包括经由杂交链式反应(HCR)生成所述第一可聚合分子。
23.如权利要求22所述的方法，其中所述生成包括(A)提供第一发夹分子和第二发夹分子；(B)将所述第一发夹分子偶联至所述激活核酸序列；以及(C)将所述第二发夹分子偶联至所述第一发夹分子，从而生成偶联至所述激活核酸分子的所述第一可聚合分子。
24.如权利要求23所述的方法，其中在(C)之后，所述第一可聚合分子包括瓣状序列，并且进一步包括使用所述瓣状序列以将所述第一可聚合分子偶联至所述第二可聚合分子。
25.如权利要求2-24中任一项所述的方法，其进一步包括重复(i)-(v)至少一次。
26.如权利要求1所述的方法，其中(b)包括：(i)从所述肽切割所述氨基酸；(ii)将所述氨基酸偶联至捕获部分以生成氨基酸-捕获部分复合物；(iii)使所述氨基酸-捕获部分复合物与结合剂接触，其中所述结合剂包括激活剂；以及(iv)检测来自所述激活剂的产物。
27.一种...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于以单分子灵敏度对肽测序的方法，所述方法包括：
2.如权利要求1所述的方法，其中(b)包括：(i)从所述肽切割所述氨基酸；(ii)将所述氨基酸偶联至捕获部分以生成氨基酸-捕获部分复合物；(iii)使所述氨基酸-捕获部分复合物与结合剂接触；(iv)提供第一可聚合分子；以及(v)将所述第一可聚合分子偶联至第二可聚合分子。
3.如权利要求2所述的方法，其中(iv)在(iii)期间发生。
4.如权利要求2或3所述的方法，其中在(iv)期间，所述结合剂不偶联至所述第一可聚合分子。
5.如权利要求4所述的方法，其中所述结合剂包括激活剂，其中所述激活剂促进所述第一可聚合分子与所述第二可聚合分子的偶联。
6.如权利要求5所述的方法，其中所述激活剂包括激活可聚合分子，并且进一步包括，在(iv)之后，将所述第一可聚合分子偶联至所述激活可聚合分子。
7.如权利要求6所述的方法，其中所述偶联是使用夹板分子介导的，所述夹板分子包含与(i)所述第一可聚合分子、(ii)所述第二可聚合分子以及(iii)所述激活可聚合分子的至少一部分互补的序列。
8.如权利要求6所述的方法，其中所述第一可聚合分子和所述激活可聚合分子是核酸分子，并且其中所述第一可聚合分子与所述激活可聚合分子的所述偶联经由杂交链式反应(hcr)发生。
9.如权利要求5所述的方法，其中所述激活剂包括酶。
10.如权利要求9所述的方法，其中所述酶包括过氧化物酶、cas蛋白、连接酶、激酶或限制酶。
11.如权利要求10所述的方法，其中所述酶包括激酶，其中所述激酶被配置为使所述第二可聚合分子磷酸化，从而允许所述第一可聚合分子附接至所述第二可聚合分子。
12.如权利要求2所述的方法，其中所述结合剂间接地偶联至所述第一可聚合分子。
13.如权利要求12所述的方法，其中所述结合剂包括激活可聚合分子，并且其中所述第一可聚合分子偶联至所述激活可聚合分子。
14.如权利要求2所述的方法，其中所述结合剂包括激活剂，其中所述激活剂被配置为促进所述第一可聚合分子与所述第二可聚合分子的偶联。
15.如权利要求14所述的方法，其中所述激活剂包括酶或核酸分子。
16.如权利要求15所述的方法，其中所述激活剂包括锚定核酸分子，其中所述锚定核酸分子被配置为偶联至邻近所述第二可聚合分子的附加第二可聚合分子。
17.如权利要求15所述的方法，其中所述激活剂包括选自以下项的酶：过氧化物酶、cas蛋白、连接酶、激酶和限制酶。
18.如权利要求17所述的方法，其中所述酶是激酶，并且进一步包括使用所述激酶以使所述第二可聚合分子磷酸化，从而允许所述第一可聚合分子偶联至所述第二可聚合分子。
19.如权利要求17所述的方法，其中所述酶是辣根过氧化物酶(hrp)或抗坏血酸过氧化物酶(apex)，其中所述hrp或所述apex激活所述第一可聚合分子或所述第二可聚合分子，从而将所述第一可聚合分子偶联至所述第二可聚合分子。
20.如权利要求17所述的方法，其中所述酶是限制酶，并且其中所述第二可聚合分子包含限制性识别位点，并且进一步包括在所述第一可聚合分子与所述第二可聚合分子的所述偶联之前用所述限制酶切割所述第二可聚合分子。
21.如权利要求2所述的方法，其中所述结合剂包括激活核酸分子，并且其中所述第一可聚合分子是核酸分子，并且进一步包括，在(iii)之前，将所述第一可聚合分子偶联至所述激活核酸序列。
22.如权利要求21所述的方法，其进一步包括经由杂交链式反应(hcr)生成所述第一可聚合分子。
23.如权利要求22所述的方法，其中所述生成包括(a)提供第一发夹分子和第二发夹分子；(b)将所述第一发夹分子偶联至所述激活核酸序列；以及(c)将所述第二发夹分子偶联至所述第一发夹分子，从而生成偶联至所述激活核酸分子的所述第一可聚合分子。
24.如权利要求23所述的方法，其中在(c)之后，所述第一可聚合分子包括瓣状序列，并且进一步包括使用所述瓣状序列以将所述第一可聚合分子偶联至所述第二可聚合分子。
25.如权利要求2-24中任一项所述的方法，其进一步包括重复(i)-(v)至少一次。
26.如权利要求1所述的方法，其中(b)包括：(i)从所述肽切割所述氨基酸；(ii)将所述氨基酸偶联至捕获部分以生成氨基酸-捕获部分复合物；(iii)使所述氨基酸-捕获部分复合物与结合剂接触，其中所述结合剂包括激活剂；以及(iv)检测来自所述激活剂的产物。
27.一种用于处理聚合物分析物的方法，所述方法包括：
28.如权利要求27所述的方法，其中在(e)期间，所述结合剂不偶联至所述第一可聚合分子。
29.如权利要求27所述的方法，其中所述结合剂间接地偶联至所述第一可聚合分子。
30.如权利要求27-29中任一项所述的方法，其中所述激活剂包括激活可聚合分子，并且进一步包括将所述第一可聚合分子偶联至所述激活可聚合分子。
31.如权利要求30所述的方法，其中所述第一可聚合分子、所述第二可聚合分子和所述激活可聚合分子是核酸分子，并且其中所述偶联是使用夹板分子介导的，所述夹板分子包含与(i)所述第一可聚合分子、(ii)所述第二可聚合分子以及(iii)所述激活可聚合分子的至少一部分互补的序列。
32.如权利要求27-31中任一项所述的方法，其中所述第一可聚合分子包括核酸分子，并且进一步包括经由杂交链式反应(hcr)生成所述第一可聚合分子。
33.如权利要求32所述的方法，其中所述生成包括(a)提供第一发夹分子和第二发夹分子；(b)将所述第一发夹分子偶联至所述激活可聚合分子；以及(c)将所述第二发夹分子偶联至所述第一发夹分子，从而生成偶联至所述激活可聚合分子的所述第一可聚合分子。
34.如权利要求33所述的方法，其中在(c)之后，所述第一可聚合分子包括瓣状序列，并且进一步包括使用所述瓣状序列以将所述第一可聚合分子偶联至所述第二可聚合分子。
35.如权利要求33所述的方法，其进一步包括将附加第一发夹分子偶联至所述第一可聚合分子并且将附加第二发夹分子偶联至所述附加第一发夹分子，从而生成偶联至所述第一可聚合分子的附加第一可聚合分子。
36.如权利要求35所述的方法，其进一步包括将所述附加第一可聚合分子偶联至附加第二可聚合分子。
37.如权利要求33所述的方法，其进一步包括重复(b)-(f)，其中所述重复包括通过重复(a)-(c)生成附加第一可聚合分子。
38.如权利要求37所述的方法，其中(a)-(c)的所述重复包括提供附加发夹分子，其中所述附加发夹分子的至少一个子集包含与所述第一发夹分子或所述第二发夹分子不同的序列。
39.如权利要求38所述的方法，其中所述附加发夹分子的所述子集包含被配置为偶联至所述第一可聚合分子的至少一部分的序列。
40.如权利要求32所述的方法，其进一步包括切割所述第一可聚合分子的一部分。
41.如权利要求27所述的方法，其中所述激活剂包括锚定核酸分子，其中所述锚定核酸分子被配置为偶联至邻近所述第二可聚合分子的附加第二可聚合分子。
42.如权利要求41所述的方法，其中所述第一可聚合分子偶联至所述结合剂。
43.如权利要求27所述的方法，其中所述激活剂包括选自以下项的酶：过氧化物酶、cas蛋白、连接酶、激酶和限制酶。
44.如权利要求43所述的方法，其中所述酶是激酶，并且进一步包括使用所述激酶以使所述第二可聚合分子磷酸化，从而允许所述第一可聚合偶联至所述第二可聚合分子。
45.如权利要求43所述的方法，其中所述酶是辣根过氧化物酶(hrp)或抗坏血酸过氧化物酶(apex)，其中所述hrp或所述apex激活所述第一可聚合分子或所述第二可聚合分子，从而将所述第一可聚合分子偶联至所述第二可聚合分子。
46.如权利要求43所述的方法，其中所述酶是限制酶，并且其中所述第二可聚合分子包括限制性识别位点，并且进一步包括在所述第一可聚合分子与所述第二可聚合分子的所述偶联之前用所述限制酶切割所述第二可聚合分子。
47.一种用于处理分析物的方法，所述方法包括：
48.如权利要求47所述的方法，其中所述结合剂不偶联至所述第一可聚合分子。
49.如权利要求47所述的方法，其中所述结合剂间接地偶联至所述第一可聚合分子。
50.如权利要求47所述的方法，其中所述激活剂包括激活可聚合分子，并且进一步包括将所述第一可聚合分子偶联至所述激活可聚合分子。
51.如权利要求50所述的方法，其中所述第一...
【专利技术属性】
技术研发人员：丹尼尔·马萨奥·伊斯坦迪安，安德鲁·约翰·普莱斯，阿斯马莫·瓦西，华伯洋，贾伊·普拉卡什，约书亚·扬·辛明·杨，大卫·多德，雅修南迪尼·辛格，
申请(专利权)人：格里菲克生物技术公司，
类型：发明
国别省市：
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