【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于基因工程，具体涉及与西瓜果实糖含量相关的snp位点、基于该位点的分子标记及应用。
技术介绍
1、育种中对于基因型的选择是最重要的环节之一，它是指在一个群体中选择符合要求的基因型来进行后续的培育。在传统的育种过程中，选择的依据往往是通过植株的形态学表型来判定，这种选择耗时较长且可能因为性状模糊时与要求基因型有偏差，造成选择错误并且效率低下。而利用分子标记辅助育种可以从苗期快速检测到与目标基因或与目标性状共分离的位点，达到高效精准选择目标性状的目的，具有快速、准确、不受环境条件干扰等优点。
2、西瓜(citrullus lanatus)属于葫芦科西瓜属一年生蔓生草本植物，被誉为夏季水果之王，其在世界园艺作物中占有非常重要的地位。西瓜作为一种以鲜食为主的水果，果实含糖量是评价西瓜商品品质的核心指标，并一直是品种改良与栽培中最为重要的目标性状。可溶性糖是西瓜果实中的重要营养成分和风味物质，其含量及比例直接影响果实的风味、口感、品质和商品价值。研究可溶性糖的组成及含量对果实风味品质的影响，对西瓜品质评价和品种改良具有重要意义。然而目前关于西瓜果实糖含量的研究处于起步阶段，在西瓜育种中可利用的标记较少。ren等2014年利用整合的西瓜遗传连锁图谱对果实可溶性糖含量进行qtl定位，检测到5个与果糖相关的qtl，1个与葡萄糖相关的qtl，3个与蔗糖相关的qtl。并在2018年进一步验证了位于2号染色体上与糖相关qbrx2-1位点中基因cltst2的表达与西瓜果实果肉细胞中液泡质体对糖的摄取和积累有关。guo等2019年
3、近年来关于西瓜分子育种相关研究发展迅速，许多优异的性状已经进行了基因定位，开发出的一些与重要农艺性状共分离的分子标记的已经应用到分子标记辅助育种中。开展对西瓜果实糖含量性状的深入研究，开发出和西瓜果实糖含量性状紧密连锁或共分离的分子标记，不仅可以为西瓜分子标记辅助选择培育西瓜果实糖含量高的西瓜新品种提供有效的帮助，同时也可以大大缩短育种进程并提高选择的准确性。
技术实现思路
1、本专利技术的目的之一是提供一个与西瓜果实糖含量相关的snp位点以及基于该位点开发的snp分子标记。
2、本专利技术目的之二在于提供上述snp位点以及基于该位点的snp分子标记在西瓜分子育种的应用。
3、本专利技术目的之三在于提供一种鉴定西瓜果实糖含量高或低品种/基因型的判定方法。
4、为实现上述目的，本专利技术提供如下技术方案：
5、与西瓜果实糖含量相关的snp位点，该snp位点为“97103”v2版本基因组的1号染色体第33089964个核苷酸，命名为chr1-33089964，所述与西瓜果实糖含量相关的snp位点是基于西瓜果实糖含量qtl位点ssc1.2开发的。
6、其中，所述snp位点的多态性为a或t。a基因型的材料表现为果实糖含量高的性状，t基因型的材料表现为果实糖含量低的性状。在本专利技术中所述果实糖含量低性状的果实糖含量范围优选为1.3-7.25°bx.，所述果实糖含量高性状的果实糖含量范围优选为7.91-10.82°bx。
7、基于该位点的snp分子标记，所述snp分子标记的核苷酸序列如seq id no.3或seqid no.4所示，所述snp位点位于seq id no.3或seq id no.4序列的第139位。扩增所述snp分子标记的引物对的上游引物序列如seq id no.1所示，下游引物如seq id no.2所示。
8、本专利技术还公开了与西瓜果实糖含量相关的snp分子标记在西瓜分子育种的应用，该snp分子标记与果实糖含量性状相关，在分子水平上可以辅助鉴定西瓜果实糖含量高的植株，并且在种子或者苗期即可判定西瓜果实糖含量高低性状，从而提高选择效率加快育种进程。本领域技术人员可以理解，通过检测snp位点的基因型来筛选果实糖含量高的材料或品种。所述检测通过sanger测序方法进行。
9、本专利技术还公开了一种用于西瓜果实糖含量高或低品种/基因型的判定方法，采用pcr扩增后测序的方法进行检测，所述方法包括如下步骤：
10、(1)提取西瓜组织的dna；
11、(2)pcr扩增：利用snp分子标记的上游引物序列如seq id no.1所示，下游引物序列如seq id no.2所示的引物对，对步骤(1)所提取样品进行pcr扩增；
12、(3)对扩增产物进行sanger测序；
13、(4)根据步骤(3)的结果结果进行判定，具体标准为：
14、若克隆产物第139位碱基(chr1-33089964)为a，其序列如序列表中seq id no.3所示，则待测西瓜植株为纯和西瓜果实糖含量高的材料；若克隆产物第139位碱基(chr1-33089964)为t，其序列如序列表中seq id no.4所示，则待测西瓜植株西瓜果实糖含量低的材料；若克隆产物第139位碱基(chr1-33089964)有两种，分别为a和t，则待测西瓜植株为杂合西瓜果实糖含量高的材料；
15、具体地，所述pcr扩增的反应体系为：dna 1μl、2×pcr mix 5μl、上游引物0.5μl、下游引物0.5μl、灭菌蒸馏水3μl，总体积10μl。pcr扩增条件为：95℃、5min；94℃、30s，56℃、30s，72℃、50s，共35个循环；72℃、10min；4℃保存。
16、本专利技术还提供一种用于检测与西瓜果实糖含量相关的snp分子标记的试剂盒，包括上述用于检测与果实糖含量相关的snp分子标记的引物对。所述试剂盒可以用来鉴定西瓜果实糖含量性状。具体地，可以选择含有上述引物对的试剂做成试剂盒，其中，所述试剂盒用试剂中的各个成分可以独立包装，也可以两个或多个成分混合一起包装。
17、本专利技术还保护含有上述分子标记的载体。所述重组载体可以是插入有本专利技术的分子标记的表达载体或者克隆载体。获得上述重组载体后，本领域技术人员可以根据不同的需要，将重组载体转化到合适的细胞中，得到含有该重组载体的重组细胞。因此，本专利技术还保护含有所述重组载体的重组细胞。
18、本专利技术的优点：
19、本专利技术运用全基因组关联分析的方法，在西瓜1号染色体上筛选获得一个与西瓜果实糖含量相关的snp位点，所述snp位点命名为chrl-33089964，该snp位点的基因型a为果实糖含量高，基因型t为果实糖含量低，以此作为西瓜育种过程中糖含量性状的本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.与西瓜果实糖含量相关的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点命名为Chr1-33089964，位于西瓜“97103”V2版本基因组的1号染色体上第33089964个核苷酸；所述Chr1-33089964的核苷酸为A或T。
2.基于权利要求1所述SNP位点的与西瓜果实糖含量相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.4所示，所述SNP位点位于SEQID NO.3或SEQ ID NO.4序列的第139位。
3.根据权利要求2所述的SNP分子标记，其特征在于，扩增所述SNP分子标记的引物对的上游引物序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物如SEQ ID NO.2所示。
4.权利要求2或3所述的与西瓜果实糖含量相关的SNP分子标记在西瓜分子育种中的应用。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述SNP分子标记用于鉴定或辅助鉴定西瓜果实糖含量性状/基因型。
6.一种西瓜果实糖含量高低/基因型的判定方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：
7.
8.权利要求7所述的试剂盒在鉴定西瓜果实糖含量性状/基因型中的应用。
...【技术特征摘要】
1.与西瓜果实糖含量相关的snp位点，其特征在于，所述snp位点命名为chr1-33089964，位于西瓜“97103”v2版本基因组的1号染色体上第33089964个核苷酸；所述chr1-33089964的核苷酸为a或t。
2.基于权利要求1所述snp位点的与西瓜果实糖含量相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记的核苷酸序列如seq id no.3或seq id no.4所示，所述snp位点位于seqid no.3或seq id no.4序列的第139位。
3.根据权利要求2所述的snp分子标记，其特征在于，扩增所述snp分子标记的引物对的上...
【专利技术属性】
技术研发人员：杨路明，段世享，豆峻岭，杨森，康旗帅，闫文凯，
申请(专利权)人：河南农业大学，
类型：发明
国别省市：
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