【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物检测，具体为一种铀染毒后肾脏损伤差异表达基因的转录组测序分析方法。
技术介绍
1、随着铀的广泛使用，铀接触人群正在逐渐扩大。铀已经被证实可对肾功能产生一定程度的损伤，其引起的肾功能障碍主要与肾近端小管上皮细胞有关，严重时可导致肾功能衰竭。大量研究表明，铀诱导的肾细胞毒性分子机制可能涉及线粒体功能障碍、氧化应激、内质网应激等。
2、转录组测序技术(rna-seq)是利用新一代高通量测序技术，通过测定转录产物序列并进行比对分析，以研究真核细胞基因的表达模式，提供精确的数字化表达谱检测。rna-seq已经成为目前生物领域研究转录组和基因表达分析的重要手段，具有检测通量高、灵敏度强和重现性好等特点。
3、目前对铀后肾脏损伤差异表达基因的转录组测序分析研究较少。本专利技术拟通过对铀急性暴露后转录产物分析，可筛选差异表达基因，为铀致肾脏损伤的临床治疗和标志物筛选提供依据。
技术实现思路
1、技术问题
2、本专利技术的目的是提供一种铀染毒后肾脏损伤差异表达基因的转录组测序分析方法，以能够高通量、高灵敏、快速进行铀染毒大鼠后肾脏损伤转录组测序分析。
3、技术方案
4、一种铀染毒后肾脏损伤差异表达基因的转录组测序分析方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)对大鼠分组建立铀染毒大鼠后肾脏损伤模型；(2)将各分组肾脏样品进行液氮研磨破碎、抽提纯化提取rna；(3)将提取合格后的rna消化后富集mrna，室温反应将mrna片段化后
5、所述的转录组测序分析方法，其特征在于，步骤(1)对大鼠分组建立铀染毒大鼠后肾脏损伤模型；具体方法如下：
6、1)选用12～13周龄的雄性sd大鼠，体重440～520g，实验开始前适应性饲养1周，每笼6只，实验期间食物和水可自由获取；
7、2)将动物分为对照组和2个铀暴露组：硝酸铀酰剂量为3mg/kg组和20mg/kg组，选用ne-c25s压缩式雾化吸入器进行动物染毒；
8、3)染毒后第5天每组随机选取3只剖杀的大鼠肾脏用作转录组测序。
9、步骤(4)对连接产物进行pcr反应扩增、环化后进行上机测序具体方法为：
10、1)对连接产物进行pcr反应：用udg酶消化掉带u标记的第二链模板后进行pcr扩增得到dna文库；
11、2)文库检测:根据产品要求选择相应的检测方法对dna文库进行质检。
12、3)pcr产物环化:将pcr产物变性为单链后，进行环化，环化得到单链环状dna文库,消化掉未被环化的线性dna分子后，即得到最终的文库。
13、4)上机测序:单链环状dna分子通过滚环复制，形成一个包含多个拷贝的dna纳米球dnb，将得到的dnbs采用高密度dna纳米芯片技术，加到芯片上的网状小孔内，通过联合探针锚定聚合技术cpas进行测序。
14、步骤(5)对测序结果进行主成分分析，筛选差异表达基因的方法为：使用deseq2软件以|log2fc|≥2、q-value<0.05为筛选条件进行差异表达基因的筛选。
15、有益效果
16、本专利技术提供一种铀染毒大鼠后肾脏损伤差异表达基因的转录组测序分析方法，以能够高通量、高灵敏、快速进行铀染毒大鼠后肾脏损伤转录组测序分析，筛选出铀染毒大鼠后肾脏损伤共差异表达基因。
17、通过主成分分析(pca)对铀急性暴露后肾脏损伤相关基因筛选鉴定，结果表明暴露组和对照组的转录产物明显不同，但两个暴露组间的转录产物较为相似；3mg/kg组和对照组相比筛选出692个差异表达基因，20mg/kg组和对照组相比筛选出839个差异表达基因，其中共差异表达基因共538个。
18、本专利技术通过铀染毒大鼠后肾脏损伤共差异表达基因的筛选，可进一步用于蛋白质互作网络(ppi)分析筛选关键差异表达基因，为铀致肾脏损伤的临床治疗和标志物筛选提供依据，为后续铀致肾脏损伤作用机制的研究提供思路。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种铀染毒后肾脏损伤差异表达基因的转录组测序分析方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)对大鼠分组建立铀染毒大鼠后肾脏损伤模型；(2)将各分组肾脏样品进行液氮研磨破碎、抽提纯化提取RNA；(3)将提取合格后的RNA消化后富集mRNA，室温反应将mRNA片段化后进行cDNA合成、连接；(4)对连接产物进行PCR反应扩增、环化后进行上机测序；(5)对测序结果进行主成分分析，筛选差异表达基因。
2.根据权利要求1所述的转录组测序分析方法，其特征在于，步骤(1)对大鼠分组建立铀染毒大鼠后肾脏损伤模型；具体方法如下：1)选用12～13周龄的雄性SD大鼠，体重440～520g，实验开始前适应性饲养1周，每笼6只，实验期间食物和水可自由获取；
3.根据权利要求1或2所述的转录组测序分析方法，其特征在于，步骤(4)对连接产物进行PCR反应扩增、环化后进行上机测序具体方法为：
4.根据权利要求1或2所述的转录组测序分析方法，其特征在于，步骤(5)对测序结果进行主成分分析，筛选差异表达基因的方法为：使用DESeq2软件以|log2FC|≥2、Q-value<
5.根据权利要求3所述的转录组测序分析方法，其特征在于，步骤(5)对测序结果进行主成分分析，筛选差异表达基因的方法为：使用DESeq2软件以|log2FC|≥2、Q-value<0.05为筛选条件进行差异表达基因的筛选。
...【技术特征摘要】
1.一种铀染毒后肾脏损伤差异表达基因的转录组测序分析方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)对大鼠分组建立铀染毒大鼠后肾脏损伤模型；(2)将各分组肾脏样品进行液氮研磨破碎、抽提纯化提取rna；(3)将提取合格后的rna消化后富集mrna，室温反应将mrna片段化后进行cdna合成、连接；(4)对连接产物进行pcr反应扩增、环化后进行上机测序；(5)对测序结果进行主成分分析，筛选差异表达基因。
2.根据权利要求1所述的转录组测序分析方法，其特征在于，步骤(1)对大鼠分组建立铀染毒大鼠后肾脏损伤模型；具体方法如下：1)选用12～13周龄的雄性sd大鼠，体重440～520g，实验开始前适应性饲养1周，每笼6只，实验期间食物和水可...
【专利技术属性】
技术研发人员：苏丽霞，战景明，古晓娜，薛向明，刘晓明，赵莲峰，张腾，董瑞风，杨凯，张妍，吴庆东，杨雪，武钊，张艳娜，张婷，
申请(专利权)人：中国辐射防护研究院，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。