【技术实现步骤摘要】
本申请涉及水稻育种，特别是一种利用水稻粒型相关基因gw2-snp分子标记创制大粒水稻新种质的方法。
技术介绍
1、单个核苷酸变异(single nucleotide polymorphism，snp)在物种的基因组上广泛存在，包括：单个碱基的转换或颠换、单个碱基(片段)插入或缺失等形式，针对这些多态性位点逐步兴起了新一代的snp分子标记技术。snp分子标记技术用于针对控制目标性状的基因开发得到功能性的snp标记，将性状与基因型相关联进而实现高效、精准育种。
2、水稻粒型一直是育种学家关注的焦点，是水稻产量构成三要素之一，也是关系着水稻的外观品质和蒸煮食味品质的重要指标。gw2是一个负控制粒宽的主效基因。目前已报道的功能标记基本为dcaps或kaspr类型，需要进行后续酶切、测序或利用专用仪器检测，或过程繁琐复杂或仪器设备要求较高，在大规模育种筛选应用中受到限制。
3、例如cn202410055308.x 中公开了水稻粒长基因gl6.1的snp分子标记引物组合及其应用，该snp分子标记为ka_061502(多态性是t或c)，通过对上述分子标记的鉴定可以快速准确检测到水稻粒长基因gl6.1，并可将其用于长粒型粳稻新品种的分子育种中。但该序列仅能鉴定长度，无法鉴定稻谷粒的宽度及尺寸，且无法筛选具体稻谷粒的大小尺寸。
4、cn202311457797.3中公开了一种水稻粒型基因gw5的parms分子标记及引物组和应用，利用基因芯片确定280份种质资源的dna指纹图谱，第5号染色体的第5400007位碱
5、公开于
技术介绍
部分的信息仅仅旨在增加对本专利技术的总体背景的理解，而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域普通技术人员所公知的现有技术。
技术实现思路
1、本申请针对上述技术问题提供了一种利用水稻粒型相关基因gw2-snp分子标记创制大粒水稻新种质的方法，该方法可用于具有大粒特征水稻的快速选育。
2、本申请提供了一种利用水稻粒型相关基因gw2-snp分子标记创制大粒水稻新种质的方法，包括以下步骤：
3、步骤s1：采用gw2-1snp标记对对供试材料dna序列进行pcr扩增，得到扩增产物；
4、步骤s2：判断扩增产物的2328bp处，是否存在a基因缺失，如果存在，则说明供试材料具备大粒型特征；如果不存在，则说明供试材料不具备大粒型特征；
5、gw2-1snp标记对为gw2-1snp-f；gw2-1snp-r。
6、优选地，gw2-1snp-f的pcr扩增片段为401；gw2-1snp-f的变异类型为a316。
7、优选地，gw2-1snp-f的退火温度为59.5℃。
8、优选地，gw2-1snp-f在gw2基因上的位置为2190；gw2-1snp-r在gw2基因上的位置2737。
9、优选地，gw2-1snp标记获取方法包括以下步骤：
10、步骤s11：以水稻品种oochikara为亲本p1，以云南省优质粳稻新品种声农1号为亲本p2按常规系谱法进行杂交后，得到具有大粒性状的水稻植株2023gt1~2023gt46；
11、步骤s2：以亲本p1、亲本p2、水稻植株2023gt1~2023gt46的幼嫩叶片为提取原料，提取得到亲本p1、亲本p2、水稻植株2023gt1~2023gt46的水稻基因组 dna；
12、步骤s3：从ncbi上下载日本晴gw2基因的序列全长，根据日本晴gw2序列信息，在第4外显子处正常粒型材料应在2328bp处为一个a碱基，而所得2023gt1~2023gt46原料的dna序列在该处为a碱基缺失；
13、步骤s4：利用在线引物设计网站batchprimer3设计snp引物，得到gw2-1snp标记对。
14、优选地，所述提取得到亲本p1、亲本p2、水稻植株2023gt1~2023gt46的水稻基因组dna包括以下步骤：
15、取各提取原料鲜嫩叶片放入2ml试管中，并在每个离心管中加入3个小钢珠；
16、放入机器中研磨，研磨后再加入450ml 2×ctab并颠倒混匀，再放入65℃温箱中保持30~40min，期间每隔10min进行颠倒混匀；
17、取1.5ml离心管，对应水稻样品编号，加95%乙醇750μl，并放入-80℃冰箱冷冻，65℃温箱30~40min后加500μl三氯甲烷并摇匀；
18、将加入三氯甲烷的离心管放入离心机进行离心9min，转速为13000转/min，离心完成后取上清加入-80℃冰箱冷冻的离心管中，颠倒混匀之后再放入80℃冰箱冷冻20min；
19、冷冻20分钟后，再放入离心机进行离心5min（转速14000转/分钟）用于沉淀dna，离心结束，弃上清，风干后加入50-200μl ddh2o。提取后的dna保存在4℃冰箱中，供后续试验使用得到各原料的dna序列。
20、优选地，pcr扩增所用总体系为12.5 µl，模板dna 0.5 µl，上下游引物各0.5 µl，金牌mix11 µl。
21、优选地，pcr扩增反应在arhat 96梯度pcr仪（mp60101）上完成，反应程序如下：95℃预变性2 min；95 ℃变性15s，58.5 ℃退火15s，72 ℃延伸30s，进行30个循环；72 ℃延伸5 min，反应结束后得到扩增产物，保存于4℃冰箱内。
22、本申请能产生的有益效果包括：
23、1）本申请所提供的一种利用水稻粒型相关基因gw2-snp分子标记创制大粒水稻新种质的方法，该水稻粒型相关基因gw2的snp分子标记，创制大粒水稻新种质育种材料的方法。snp分子标记为gw2-1snp，gw2-1snp的多态性为a或0。利用上述标记，在水稻苗期可准确、快速筛选出具备大粒特性的单株，再进行田间种植鉴定，可大大减少田间工作量，同时有利于优异性状的快速纯合，提高育种效率，也是一种高效、环保、具备商业化分子育种应用潜力的方法。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种利用水稻粒型相关基因GW2-SNP分子标记创制大粒水稻新种质的方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，GW2-1SNP-F的PCR扩增片段为401；GW2-1SNP-F的变异类型为A316。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，GW2-1SNP-F的退火温度为59.5℃。
4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，GW2-1SNP-F在GW2基因上的位置为2190；GW2-1SNP-R在GW2基因上的位置2737。
5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，GW2-1SNP标记获取方法包括以下步骤：
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述提取得到亲本P1、亲本P2、水稻植株2023GT1~2023GT46的水稻基因组 DNA包括以下步骤：
7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，PCR扩增所用总体系为12.5 µL，模板DNA0.5 µL，上下游引物各0.5 µL，金牌mix11 µl。
8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，PCR扩
...【技术特征摘要】
1.一种利用水稻粒型相关基因gw2-snp分子标记创制大粒水稻新种质的方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，gw2-1snp-f的pcr扩增片段为401；gw2-1snp-f的变异类型为a316。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，gw2-1snp-f的退火温度为59.5℃。
4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，gw2-1snp-f在gw2基因上的位置为2190；gw2-1snp-r在gw2基因上的位置2737。
5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，gw2-1snp标记获取方法包括以下步骤：
<...【专利技术属性】
技术研发人员：袁平荣，寇姝燕，吴志刚，黄平，沈祥宏，刘慰华，朱振华，苏振喜，赵国珍，陈于敏，郭咏梅，李华慧，辜琼瑶，
申请(专利权)人：云南省农业科学院粮食作物研究所，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。