【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子标记育种，具体涉及一种用于鉴定近江牡蛎糖原含量性状相关的分子标记s613及其应用。
技术介绍
1、近江牡蛎（ crassostrea ariakensis）是巨蛎属的河口种，具有温盐适应范围广、个体大、生长速度快等生物学特征。在南方，近江牡蛎是广东省和福建省的主要养殖品种，因其生长优势显著，近年来逐渐成为当地新兴的商业经济物种之一。由于显著的生态和经济作用，北方近江牡蛎的养殖规模越来越大，育种工作也在不断深入。随着高端牡蛎市场需求不断扩大和人们生活水平的提高，味道鲜甜的高品质牡蛎深受消费者喜爱。山东近江牡蛎多为单体且个体较大，口感香甜，被高端市场认可。研究发现，糖原含量的高低直接影响牡蛎的鲜甜风味，常作为牡蛎肉质性状重要的评判标准。因此，有关高糖原近江牡蛎品质性状改良的工作亟需开展。
2、分子标记辅助育种已经在水产种业领域得到广泛应用。单核苷酸多态性（singlenucleotide polymorphisms, snps）是基因组中最丰富的序列变异类别，具有密度高、富有代表性和遗传稳定性等特点。利用该分子标记对实现水产动物优良性状预选，缩短育种周期，提高育种效率，推动水产动物新种质创质和产业高质量发展具有重要作用。目前，有关近江牡蛎高糖原含量性状的分子标记报道极少。因此，开发高糖原含量性状相关的分子标记对近江牡蛎遗传选育具有重要意义。
技术实现思路
1、本专利技术的目的是提供了一种用于鉴定近江牡蛎糖原
2、为实现上述专利技术目标，本专利技术采用以下技术方案予以实现：
3、本专利技术提供了一种用于鉴定近江牡蛎糖原含量性状相关的分子标记s613，所述分子标记s613的核苷酸序列如seq id no.1所示。
4、进一步的，所述分子标记s613位于6号染色体，分子标记s613的核苷酸序列中第391位碱基为c或者t。
5、进一步的，所述分子标记s613第391位碱基的基因型tt为高糖原含量性状基因型。
6、本专利技术还提供了所述的分子标记s613的扩增引物和延伸引物，所述扩增引物的核苷酸序列如seq id no.2和seq id no.3所示，延伸引物序列如seq id no.4所示。
7、本专利技术还提供了所述的分子标记s613或所述的扩增引物和延伸引物在选育具有高糖原含量性状的近江牡蛎品种中的应用。
8、进一步的，选育具有高糖原含量性状的近江牡蛎品种的步骤为：提取近江牡蛎待测样品dna作为模板，利用所述分子标记s613的扩增引物s613上游引物和s613下游引物进行pcr扩增，获得的扩增子经碱性磷酸酶处理去除dntps，进一步进行延伸反应和脱盐，脱盐后的产物用于质谱检测，若检测结果中所述分子标记s613第391碱基的基因型tt，则该近江牡蛎待测样品为高糖原含量的近江牡蛎品种。
9、进一步的，所述pcr扩增体系如下：0.1μl dntp，0.4μl mgcl2，0.1μl hotstar taq5 u/μl，0.5 μl pcr buffer，上、下游引物 10 μmol/l 各0.25 μl，1 μl dna，2.4 μl水。
10、进一步的，所述pcr扩增的条件为：94 ℃预变性3 min，94 ℃变性30 s、56℃ 退火25 s、72 ℃延伸30 s，共40个循环；
11、所述延伸反应的条件为：94 ℃预变性30 s，94 ℃变性5 s、退火和延伸5个循环包括52 ℃退火5 s、80 ℃延伸5 s，共40个循环。
12、本专利技术还提供了一种用于选育近江牡蛎高糖原含量品种的试剂盒，所述试剂盒中含有所述的分子标记s613和/或所述的扩增引物和延伸引物。
13、本专利技术还提供了所述的分子标记s613在用于近江牡蛎遗传多样性分析、种质鉴定和遗传图谱构建中的应用。
14、本专利技术与现有技术相比，具有以下优点和有益效果：
15、1.本专利技术通过对近江牡蛎全基因组进行测序分析，获得了糖原含量性状相关基因clasrp的snp分子标记位点s613。与采用生化试剂、近红外等方法进行糖原含量测定相比，该方法从分子水平对高糖原含量近江牡蛎个体进行鉴定和筛选，操作简单易行，能精准快速筛选目标个体；也可以通过无损操作检验亲本基因型，根据高糖原含量基因型指导亲本选择，从而缩短高糖原近江牡蛎选育进程，为近江牡蛎品质选育工作提供了可靠的技术手段。
16、2.本专利技术的鉴定方法具有较强的适用性，方法简单高效，检测低成本，在筛选具有高糖原含量性状的近江牡蛎个体领域中具有广泛的适用性。因此，所述分子标记s613以及鉴定该分子标记所用的引物对和鉴定方法均具有广阔的应用潜力。
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1.一种用于鉴定近江牡蛎糖原含量性状相关的分子标记S613，其特征在于，所述分子标记S613的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。
2.根据权利要求1所述的近江牡蛎糖原含量性状相关的分子标记S613，其特征在于，所述分子标记S613位于6号染色体，分子标记S613的核苷酸序列中第391位碱基为C或者T。
3.根据权利要求2所述的近江牡蛎糖原含量性状相关的分子标记S613，其特征在于，所述分子标记S613第391位碱基的基因型TT为高糖原含量性状基因型。
4.权利要求1所述的分子标记S613的扩增引物和延伸引物，其特征在于，所述扩增引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示，延伸引物序列如SEQ ID No.4所示。
5.权利要求1所述的分子标记S613或权利要求4所述的扩增引物和延伸引物在选育具有高糖原含量性状的近江牡蛎品种中的应用。
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，选育具有高糖原含量性状的近江牡蛎品种的步骤为：提取近江牡蛎待测样品DNA作为模板，利用所述分子标记S613的扩增引物
7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述PCR扩增体系如下：0.1μL dNTP，0.4μLMgCl2，0.1μL HotStar Taq 5 U/μl，0.5 μL PCR buffer，上、下游引物 10 μmol/L 各0.25μL，1 μL DNA，2.4 μL水。
8.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述PCR扩增的条件为：94 ℃预变性3min，94 ℃变性30 s、56℃ 退火25 s、72 ℃延伸30 s，共40个循环；
9.一种用于选育近江牡蛎高糖原含量品种的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中含有权利要求1所述的分子标记S613和/或权利要求4所述的扩增引物和延伸引物。
10.权利要求1所述的分子标记S613在用于近江牡蛎遗传多样性分析、种质鉴定和遗传图谱构建中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定近江牡蛎糖原含量性状相关的分子标记s613，其特征在于，所述分子标记s613的核苷酸序列如seq id no.1所示。
2.根据权利要求1所述的近江牡蛎糖原含量性状相关的分子标记s613，其特征在于，所述分子标记s613位于6号染色体，分子标记s613的核苷酸序列中第391位碱基为c或者t。
3.根据权利要求2所述的近江牡蛎糖原含量性状相关的分子标记s613，其特征在于，所述分子标记s613第391位碱基的基因型tt为高糖原含量性状基因型。
4.权利要求1所述的分子标记s613的扩增引物和延伸引物，其特征在于，所述扩增引物的核苷酸序列如seq id no.2和seq id no.3所示，延伸引物序列如seq id no.4所示。
5.权利要求1所述的分子标记s613或权利要求4所述的扩增引物和延伸引物在选育具有高糖原含量性状的近江牡蛎品种中的应用。
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，选育具有高糖原含量性状的近江牡蛎品种的步骤为：提取近江牡蛎待测样品dna作为模板，利用所述分子标记s613的扩增引物s613...
【专利技术属性】
技术研发人员：吴彪，刘志鸿，周丽青，孙秀俊，马培振，李转转，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院黄海水产研究所，
类型：发明
国别省市：
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