【技术实现步骤摘要】
本申请涉及生物基因检测的，具体涉及一种长爪沙鼠snp分子标记组合及其应用。
技术介绍
1、长爪沙鼠(meriones unguiculatus)又称蒙古沙鼠，属于仓鼠科沙鼠属，外形略似松鼠，背毛棕灰色，腹毛灰白色；大小适中，介于大鼠和小鼠之间。野生长爪沙鼠主要分布在我国东北辽宁、西北内蒙古宁夏等半干旱地区。实验用沙鼠种群都源自中国，分别由大连医科大学、首都医科大学、浙江省实验动物中心先后捕获、驯化和繁殖饲养，并进行了实验动物化和种群培育等研究工作。1935和1954年传入日本和美国进行驯养，目前在世界各地均有分布。长爪沙鼠是我国特色实验动物，在医学生物学研究中具有非常重要的价值，在willis环(cow)变异和脑缺血、幽门螺杆菌相关的胃病方面已有研究，也已建立沙鼠中风模型、沙鼠可遗传的自发性糖尿病模型等。长爪沙鼠对多种微生物(布氏杆菌、汉坦病毒等)和寄生虫如丝虫、蛔虫等敏感。长爪沙鼠被认为是最合适研究李氏杆菌病的小动物模型，因为李斯特氏菌在长爪沙鼠体内的入侵途径与人体内的入侵途径相同。长爪沙鼠是目前发现的唯一能单独长期感染幽门螺杆菌(helicoptor peri,hp)会引起胃炎和胃癌的啮齿类动物，其感染hp后的免疫病理变化包括胃酸过少、肠道菌群变化等，特征与人的非常相似。长爪沙鼠具有很多独特的行为学特点，例如一夫一妻制的长爪沙鼠表现出高水平的父爱行为，是研究激素对父爱行为调节的理想模型。新生长爪沙鼠反复与其母亲和同胞分离，对其行为学的影响，会产生近似于人类抑郁情感的一些特征。另外，长爪沙鼠是研究抗抑郁nk(neurokini
2、遗传监测是检测实验动物基因多样性和遗传背景一致性的方法之一，可以发现潜在的遗传突变和基因污染。遗憾的是，长爪沙鼠的遗传质量检测方法在国内外均属非常匮乏的状态。目前，国内对长爪沙鼠的遗传监测主要集中在生化基因位点检测、微卫星标记等，国际上也尚无适用于长爪沙鼠的遗传质量检测方法。然而，生化标记分析方法检测的覆盖面小，检出率低，而且结果判定难度大，早已被发达国家所淘汰；微卫星方法突变率和错检率较高，也不能实现高通量化，检测效率较低。
3、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism、snp)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸(a,t,c和g)的变异所引起的dna序列多态性。作为第三代遗传标记，单核苷酸多态性检测技术具备准确、省时和适于自动化等优点，正在被广泛用于实验动物遗传评价。现有的gb14923-2022《实验动物遗传质量控制》标准修定于2022年，标准中推荐了35个适用于近交系小鼠的snp标记基因，但没有明确适用于长爪沙鼠的snp遗传质量检测方法和标准检测体系。
4、因此，亟需构建国际先进的适用于长爪沙鼠的snp遗传质量检测方法和标准技术体系，这不仅可以填补国内外相关标准的空白，对提升长爪沙鼠群体遗传检测技术水平，保证长爪沙鼠种群质量具有重要意义。
技术实现思路
1、为了解决上述技术问题，本申请提供一种长爪沙鼠snp分子标记组合及其应用。
2、第一方面，本申请提供了一种长爪沙鼠snp分子标记组合，包括219个snp分子标记中的至少一种，所述219个snp分子标记的物理位置是基于长爪沙鼠进行覆盖率为10×的全基因组测序进行序列比对确定的，所述219个snp分子标记的位点信息如表1所示。
3、针对现有长爪沙鼠遗传质量检测方法存在操作复杂，耗时费力，结果分析困难，不适用于高通量检测的缺点，本申请的目的在于建立一种适用于长爪沙鼠种质资源的snp位点遗传检测方法，利用本申请提供的长爪沙鼠snp分子标记组合系统对于长爪沙鼠的snp位点检测具有新型、稳定、经济高效的特点。
4、第二方面，本申请提供了所述长爪沙鼠snp分子标记组合的基因座筛选方法，包括以下步骤：
5、(1)长爪沙鼠全基因组测序及测序质量控制：对长爪沙鼠进行覆盖率为10×的全基因组测序；使用fastp软件过滤原始读数；使用bwa软件，将成对的末端序列映射到长爪沙鼠的参考基因组mundraft-v1.0；使用gatk4.1软件进行snp的调用和过滤；使用bcftools软件对数据进行质量控制，并设定了以下标准：去除qualbydepth<2.0的snp基因座、去除fisherstrand<60.0的snp基因座、去除rmsmappingquality<30.0的snp基因座、去除测序深度<8.0的snp基因座；
6、(2)按照以下五点标准进行基因座筛选：从不同的基因组片段中筛选snp基因座；snp基因座的基因型频率在25％到75％之间；snp基因座之间没有完全连锁的现象；在所选snp基因座上游或下游的200bp区域内，未发现其他snps或indels；snp基因座存在于基因区的错义突变、无义突变和不间断突变区域。
7、第三方面，本申请提供了一种用于检测所述的长爪沙鼠snp分子标记组合的引物组，所述引物组的位置信息如表2所示。
8、第四方面，本申请提供了一种长爪沙鼠snp检测试剂盒，所述试剂盒用于检测所述的长爪沙鼠snp分子标记组合。
9、优选地，所述试剂盒包含用于检测所述的长爪沙鼠snp分子标记组合的引物组和/或探针。
10、第五方面，本申请提供了一种长爪沙鼠snp基因检测系统，包括所述的长爪沙鼠snp分子标记组合或所述的长爪沙鼠snp分子标记组合的引物组或所述的长爪沙鼠snp检测试剂盒。
11、优选地，所述的长爪沙鼠snp基因检测系统包括依次进行以下步骤：收集长爪沙鼠样本；长爪沙鼠dna提取和质量鉴定；进行长爪沙鼠全基因组重测序；对比测序数据，进行生物信息学分析，筛选位于基因区的snp候选位点；建立snp筛选标准，形成一套高质量的snp位点组合；所有snp位点的多重pcr引物设计和质量验证；形成长爪沙鼠多目标区域捕获试剂盒，对全部snp位点进行基因分型；多目标区域捕获试剂盒验证：敏感性、可重复性、特异性；群体遗传结构分析。
12、第六方面，本申请提供了所述的长爪沙鼠snp分子标记组合、所述的引物组、所述的长爪沙鼠snp检测试剂盒、所述的长爪沙鼠snp基因检测系统中的至少一种在长爪沙鼠的snp遗传质量检测方法和标准技术体系中的应用
13、综上所述，本申请的技术方案具有以下效果：
14、本研究开发了基于二代测序的多目标区域捕获技术，用于snp基因分型。在二代测序结果的基础上，初步筛选出219个snps位点。通过对三个封闭群进行基因分型，建立并优化了包括206个snp位点的多重pcr扩增系统。建立了一个可重复性筛选标准，初步筛选出在基因组内分布广泛、多态性水平高的snps。本申请检测系统对于长爪沙鼠的s本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种长爪沙鼠SNP分子标记组合，其特征在于，包括219个SNP分子标记中的至少一种，所述219个SNP分子标记的物理位置是基于长爪沙鼠进行覆盖率为10×的全基因组测序进行序列比对确定的，所述219个SNP分子标记的位点信息如表1所示：
2.如权利要求1所述的长爪沙鼠SNP分子标记组合的基因座筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：
3.一种用于检测权利要求1所述的长爪沙鼠SNP分子标记组合的引物组，其特征在于，所述引物组的位置信息如表4所示：
4.一种长爪沙鼠SNP检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒用于检测权利要求1所述的长爪沙鼠SNP分子标记组合。
5.根据权利要求4所述长爪沙鼠SNP检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含用于检测权利要求1所述的长爪沙鼠SNP分子标记组合的引物组和/或探针。
6.一种长爪沙鼠SNP基因检测系统，其特征在于，包括权利要求1所述的长爪沙鼠SNP分子标记组合或权利要求3所述的长爪沙鼠SNP分子标记组合的引物组或权利要求4-5任一项所述的长爪沙鼠SNP检测试剂盒。
7.根据权利要求
8.权利要求1所述的长爪沙鼠SNP分子标记组合、权利要求3所述的引物组、权利要求4所述的长爪沙鼠SNP检测试剂盒、权利要求6-7任一项所述的长爪沙鼠SNP基因检测系统中的至少一种在长爪沙鼠的SNP遗传质量检测方法和标准技术体系中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种长爪沙鼠snp分子标记组合，其特征在于，包括219个snp分子标记中的至少一种，所述219个snp分子标记的物理位置是基于长爪沙鼠进行覆盖率为10×的全基因组测序进行序列比对确定的，所述219个snp分子标记的位点信息如表1所示：
2.如权利要求1所述的长爪沙鼠snp分子标记组合的基因座筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：
3.一种用于检测权利要求1所述的长爪沙鼠snp分子标记组合的引物组，其特征在于，所述引物组的位置信息如表4所示：
4.一种长爪沙鼠snp检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒用于检测权利要求1所述的长爪沙鼠snp分子标记组合。
5.根据权利要求4所述长爪沙鼠snp检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含用于检测权利要求1所述的长爪沙鼠snp分子标记组...
【专利技术属性】
技术研发人员：霍学云，杜小燕，陈振文，郭雅芳，王妍，崔雨桐，孙铭壑，张頔，李长龙，吕建祎，路静，郭萌，刘欣，
申请(专利权)人：首都医科大学，
类型：发明
国别省市：
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