【技术实现步骤摘要】
本申请涉及动物基因组育种领域，且更为具体地，涉及一种利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法、利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的装置及电子设备。
技术介绍
1、动物个体复杂性状由多个基因和环境因素共同决定，因此难以通过传统的单基因遗传分析来准确预测。基因组选择通过利用大量单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphisms,snps)与数量性状核苷酸之间的连锁不平衡(linkage disequilibrium,ld)关系来预测这些复杂性状。
2、在动物遗传评估领域，基因组选择方法已经取得了显著的成功，其通过构建基于全基因组snps数据的预测模型，研究人员能够更准确地估计个体的遗传潜力，提高育种效率，加速优良品种的选育。然而，基因组选择在预测猪复杂性状方面正面临诸多挑战，由于ld在不同群体或品种个体间存在显著差异，这意味着在一个群体中有效的预测模型可能无法直接应用于另一个群体，例如不同环境下或不同品种的猪群体。这种群体特异性的ld模式增加了跨群体预测的复杂性；此外，环境因素与基因型之间的相互作用也增加了预测复杂性状的难度。因此需要改进当前的基因组选择方法。
技术实现思路
1、为了解决上述技术问题，提出了本申请。本申请的实施例提供了一种利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法、利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的装置和电子设备，其整合了猪基因组上不同类别的多个功能注释
2、具体来说，本申请涉及如下方面：
3、1.根据本申请的一方面，提供了一种利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，包括：
4、收集参考群猪只基因组的多个功能注释及其位置信息；
5、根据多个功能注释的位置信息确定参考群猪只基因组的多个功能注释区域，提取多个功能注释区域的snps数据并分别构建多个功能注释中的每个功能注释的基因组亲缘关系矩阵a；
6、估计基因组亲缘关系矩阵a的方差组分，基于方差组分的大小对多个功能注释进行排序，合并多个功能注释以得到功能注释集；
7、删除功能注释集中的重复snps数据并构建功能注释集的基因组亲缘关系矩阵b，基于基因组亲缘关系矩阵b采用包含多个随机遗传效应的混合线性模型计算功能注释集的随机遗传效应值以得到候选群猪只目标性状估计的基因组育种值。
8、2.根据项1的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，其中，
9、根据多个功能注释的位置信息确定参考群猪只基因组的多个功能注释区域之前包括：
10、对参考群猪只基因组进行全基因组关联分析以得到参考群猪只的目标性状的显著性位点，将目标性状的显著性位点作为一类功能注释合并至多个功能注释中。
11、3.根据项1的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，其中，
12、合并多个功能注释以得到功能注释集包括：
13、基于方差组分中的最大方差组分确定合并区间；
14、响应于方差组分位于合并区间内合并功能注释，以得到功能注释集。
15、4.根据项3的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，其中，
16、基于方差组分中的最大方差组分确定合并区间包括：
17、将最大方差组分的十分之一到最大方差组分之间的方差组分区间作为合并区间a；
18、将最大方差组分的万分之一到最大方差组分的十分之一之间的方差组分区间作为合并区间b；以及
19、将零到最大方差组分的万分之一之间的方差组分区间作为合并区间c。
20、5.根据项4的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，其中，
21、合并区间b包括合并区间b1、合并区间b2和合并区间b3；
22、合并区间b、合并区间b2和合并区间b3的区间端点依次具有等比关系。
23、6.根据项1的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，其中，
24、基于基因组亲缘关系矩阵b采用包含多个随机遗传效应的混合线性模型计算功能注释集的随机遗传效应值以得到候选群猪只目标性状的基因组育种值包括：
25、累加功能注释集的随机遗传效应值，以作为候选群猪只目标性状的基因组育种值。
26、7.根据本申请的另一方面，提供了一种利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的装置，包括：
27、功能注释收集单元，收集参考群猪只基因组的多个功能注释及其位置信息；
28、亲缘关系构建单元，根据多个功能注释的位置信息确定参考群猪只基因组的多个功能注释区域，提取多个功能注释区域的snps数据并分别构建多个功能注释中的每个功能注释的基因组亲缘关系矩阵a；
29、功能注释整合单元，估计基因组亲缘关系矩阵a的方差组分，基于方差组分的大小对多个功能注释进行排序，合并多个功能注释以得到功能注释集；
30、输出单元，删除功能注释集中的重复snps数据并构建功能注释集的基因组亲缘关系矩阵b，基于基因组亲缘关系矩阵b采用包含多个随机遗传效应的混合线性模型计算功能注释集的随机遗传效应值以得到候选群猪只目标性状的基因组育种值。
31、8.根据项7的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的装置，进一步包括：
32、功能注释补充单元，对参考群猪只基因组进行全基因组关联分析以得到参考群猪只的目标性状的显著性位点，将目标性状的显著性位点作为一类功能注释合并至多个功能注释中。
33、9.根据本申请的又一方面，提供了一种电子设备，包括：
34、处理器；以及
35、存储器，在存储器中存储有计算机程序指令，计算机程序指令在被处理器运行时使得处理器执行根据项1-6中任一项的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法。
36、有益效果
37、1、本申请提出的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法可通过整合基因组的功能注释信息提高基因组选择的准确性，加快目标性状的遗传进展，算短育种周期。所述的方法可以根据猪基因组的多种功能注释位置信息和参考群基因组信息得到各功能注释的基因组亲缘关系矩阵，以确定猪只复杂性状的遗传特性关系，将方差组分相近的功能注释合并以作为随机遗传效应预测具有目标性状的动物个体的基因组育种值，这样，就可以使用多个目标性状的基因组育种值构建目标的综合选择指数，根据综合选择指数对目标动物的个体进行排序，提供选留侯选个体名单以优化育种策略。
38、2、本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，包括：
2.根据权利要求1所述的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，其中，
3.根据权利要求1所述的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，其中，
4.根据权利要求3所述的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，其中，
5.根据权利要求4所述的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，其中，
6.根据权利要求1所述的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，其中，
7.利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的装置，包括：
8.根据权利要求7所述的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的装置，进一步包括：
9.一种电子设备，包括：
【技术特征摘要】
1.利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，包括：
2.根据权利要求1所述的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，其中，
3.根据权利要求1所述的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，其中，
4.根据权利要求3所述的利用大规模基因组注释信息提高猪复杂性状基因组选择准确性的方法，其中，
5.根据权利要求...
【专利技术属性】
技术研发人员：赵书红，唐振双，刘小磊，尹立林，熊雄，李新云，
申请(专利权)人：崖州湾国家实验室，
类型：发明
国别省市：
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