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【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因检测,尤其涉及一种用于hpv分型检测的熔解曲线分析方法及系统。
技术介绍
1、在临床中采用对hpv(人体乳头瘤病毒)病毒进行检测时,通常使用hpv试剂盒从宫颈细胞中提取样本dna,再采用qpcr(实时荧光定量检测)方法对样本中是否含有hpv的dna进行检测,进而完成对人体的hpv检测。
2、在对hpv检测的过程中,通常会采用多重pcr技术同时对多种类型的hpv进行检测,提高检测通量,保证快速的完成hpv检测。现有的多重pcr技术多采用不同的荧光物质标记不同引物,通过不同的荧光通道监测不同引物发出的荧光,进而监控不同dna序列的特性扩增,进而在一份pcr反应液中完成不同dna序列的检测。但是该方法需要使用多色荧光标记不同引物,同时要求检测仪器需要有多个荧光通道,操作更加复杂,设备硬件要求高。而采用单色荧光标记不同病毒dna序列的引物则难以确定哪些荧光信号来自哪种特定的hpv类型,导致灵敏度和特异性的下降,从而影响检测的准确性。
3、因此,亟需一种用于hpv分型检测的熔解曲线分析方法及系统,能够提高样本数据的精度,进而提高检测准确率,降低检测成本和硬件要求。
技术实现思路
1、为了解决上述技术问题,本专利技术提供了一种用于hpv分型检测的熔解曲线分析方法及系统,能够提高样本数据的精度,进而提高检测准确率,降低检测成本和硬件要求。
2、本专利技术提供了一种用于hpv分型检测的熔解曲线分析方法,具体包括如下步骤:
3、s1、
4、s2、将hpv待测样本、阴性对照样本、阳性对照样本分别与pcr反应液混合得到各待测样本熔解曲线、阴性对照样本熔解曲线以及各阳性对照样本熔解曲线;
5、s3、将各阳性对照样本熔解曲线与阴性对照样本熔解曲线进行分析,确定各去污染阳性样本对照熔解曲线;将各待测样本熔解曲线与阴性对照样本熔解曲线进行分析,确定各去污染待测样本熔解曲线;
6、s4、根据阴性对照样本熔解曲线的一阶导函数相反数与各去污染阳性样本对照熔解曲线的一阶导函数相反数在各相同数据点位置的荧光度的差值,确定阴性对照样本熔解曲线中各数据点位置的荧光度的噪声污染权重;
7、s5、分别分析各去污染待测样本熔解曲线的一阶导函数相反数中各数据点位置的荧光度与数值0、各去污染阳性对照样本熔解曲线的一阶导函数相反数中各相同数据点位置的荧光度的差值,得到去污染待测样本熔解曲线中各数据点位置的荧光度的融合权重;
8、s6、根据各去污染待测样本熔解曲线中各数据点位置的荧光度和荧光度的融合权重进行加权计算,得到各数据点位置的偏差修正荧光度;
9、s7、根据噪声污染权重和偏差修正荧光度,结合在所有去污染待测样本熔解曲线中各数据点位置的荧光度的平均值,确定各数据点位置的荧光度的融合值,获得融合样本熔解曲线;
10、s8、根据融合样本熔解曲线的一阶导函数相反数与各去污染阳性对照样本熔解曲线的一阶导函数相反数之间的相似度,确定待测样本的hpv病毒类型。
11、进一步的,s1中,多份hpv待测样本均对应同一个hpv分型。
12、进一步的,s3中,将各阳性对照样本熔解曲线与阴性对照样本熔解曲线进行分析,确定各去污染阳性样本对照熔解曲线;将各待测样本熔解曲线与阴性对照样本熔解曲线进行分析,确定各去污染待测样本熔解曲线,包括:
13、s31、根据各阳性对照样本熔解曲线与阴性对照样本熔解曲线所有相同数据点位置之间荧光度的差值,确定各去污染阳性样本对照熔解曲线;
14、s32、根据各待测样本熔解曲线与阴性对照样本熔解曲线所有相同数据点位置之间荧光度的差值,得到各去污染待测样本熔解曲线。
15、进一步的,s4中,根据阴性对照样本熔解曲线的一阶导函数相反数与各去污染阳性样本对照熔解曲线的一阶导函数相反数在各相同数据点位置的荧光度的差值,确定阴性对照样本熔解曲线中各数据点位置的荧光度的噪声污染权重,包括:
16、s41、将阴性对照样本熔解曲线的一阶导函数相反数记为阴性对照熔解导数曲线,将去污染阳性样本对照熔解曲线的一阶导函数相反数记为去污染阳性对照熔解导数曲线;
17、s42、计算各去污染阳性对照熔解导数曲线的第n个数据点位置的荧光度与阴性对照熔解导数曲线的第n个数据点位置的荧光度的比值的绝对值;
18、s43、根据第n个数据点位置的荧光度对应的所有绝对值计算绝对值的平均值,将绝对值的平均值作为阴性对照熔解导数曲线中第n个数据点位置的荧光度的噪声污染权重。
19、进一步的,s5中,分别分析各去污染待测样本熔解曲线的一阶导函数相反数中各数据点位置的荧光度与数值0、各去污染阳性对照样本熔解曲线的一阶导函数相反数中各相同数据点位置的荧光度的差值,得到去污染待测样本熔解曲线中各数据点位置的荧光度的融合权重,包括:
20、s51、将去污染待测样本熔解曲线的一阶导函数的相反数记为去污染待测样本熔解导数曲线;
21、s52、分析去污染待测样本熔解导数曲线中各数据点位置的荧光度与数值0的差值,记为第一差值;
22、s53、分析去污染待测样本熔解导数曲线中各数据点位置的荧光度与各去污染阳性对照熔解导数曲线中相同数据点位置的荧光度之间的差值,并根据该数据点位置的荧光度对应的所有差值求均值,记为第二差值;
23、s54、根据去污染样本熔解导数曲线中各数据点位置的荧光度的第一差值与第二差值进行计算,得到去污染样本熔解导数曲线中各数据点位置的荧光度的融合权重。
24、进一步的,s6中,根据各去污染待测样本熔解曲线中各数据点位置的荧光度和荧光度的融合权重进行加权计算,得到各数据点位置的偏差修正荧光度,包括:
25、s61、将去污染样本熔解导数曲线中各数据点位置的荧光度的融合权重作为权值,对去污染待测样本熔解曲线中各数据点位置的荧光度进行加权计算;
26、s62、将各去污染待测样本熔解曲线中相同数据点位置的荧光度的加权计算结果求和,得到各数据点位置的偏差修正荧光度。
27、进一步的,s7中,根据噪声污染权重和偏差修正荧光度,结合在所有去污染待测样本熔解曲线中各数据点位置的荧光度的平均值,确定各数据点位置的荧光度的融合值,获得融合样本熔解曲线,其中,各位置的元素的融合值的计算公式如下:
28、;
29、其中,是融合样本熔解曲线第n个数据点位置的荧光度的融合值,是第n个数据点位置的荧光度的噪声污染权重,是所有去污染待测样本熔解曲线第n个数据点位置对应的荧光度的平均值,是第n个数据点位置的偏差修正荧光度。
30、进一步的,s8中,根据融合样本熔解曲线的一阶导函数相反数与各去污染阳性对照样本熔解曲线的一阶导函数相反数之间的相似度,确定待测样本的hpv病毒类型,包括:
3本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于HPV分型检测的熔解曲线分析方法,其特征在于,具体包括如下步骤:
2.根据权利要求1所述的一种用于HPV分型检测的熔解曲线分析方法,其特征在于,所述S3中,将各阳性对照样本熔解曲线与阴性对照样本熔解曲线进行分析,确定各去污染阳性样本对照熔解曲线;将各待测样本熔解曲线与阴性对照样本熔解曲线进行分析,确定各去污染待测样本熔解曲线,包括:
3.根据权利要求2所述的一种用于HPV分型检测的熔解曲线分析方法,其特征在于,所述S4中,根据阴性对照样本熔解曲线的一阶导函数相反数与各去污染阳性样本对照熔解曲线的一阶导函数相反数在各相同数据点位置的荧光度的差值,确定阴性对照样本熔解曲线中各数据点位置的荧光度的噪声污染权重,包括:
4.根据权利要求3所述的一种用于HPV分型检测的熔解曲线分析方法,其特征在于,所述S5中,分别分析各去污染待测样本熔解曲线的一阶导函数相反数中各数据点位置的荧光度与数值0、各去污染阳性对照样本熔解曲线的一阶导函数相反数中各相同数据点位置的荧光度的差值,得到所述去污染待测样本熔解曲线中各数据点位置的荧光度的融合权重,包括:
...【技术特征摘要】
1.一种用于hpv分型检测的熔解曲线分析方法,其特征在于,具体包括如下步骤:
2.根据权利要求1所述的一种用于hpv分型检测的熔解曲线分析方法,其特征在于,所述s3中,将各阳性对照样本熔解曲线与阴性对照样本熔解曲线进行分析,确定各去污染阳性样本对照熔解曲线;将各待测样本熔解曲线与阴性对照样本熔解曲线进行分析,确定各去污染待测样本熔解曲线,包括:
3.根据权利要求2所述的一种用于hpv分型检测的熔解曲线分析方法,其特征在于,所述s4中,根据阴性对照样本熔解曲线的一阶导函数相反数与各去污染阳性样本对照熔解曲线的一阶导函数相反数在各相同数据点位置的荧光度的差值,确定阴性对照样本熔解曲线中各数据点位置的荧光度的噪声污染权重,包括:
4.根据权利要求3所述的一种用于hpv分型检测的熔解曲线分析方法,其特征在于,所述s5中,分别分析各去污染待测样本熔解曲线的一阶导函数相反数中各数据点位置的荧光度与数值0、各去污染阳性对照样本熔解曲线的一阶导函数相反数中各相同数据点位置的荧光度的差值,得到所述去污染待测样本熔解曲线中各数据点位置的荧光度的融合权重,包括:
5.根据权利要求4所述的一种用于hpv分型检测的熔解曲线分...
【专利技术属性】
技术研发人员:左铎,沈军,任丽,蒋文娜,
申请(专利权)人:天津市肿瘤医院天津医科大学肿瘤医院,
类型:发明
国别省市:
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