【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及水稻筛选分子标记，具体涉及一种快速筛选抗除草剂水稻种质的方法、caps分子标记及其应用。
技术介绍
1、杂草侵染一直是水稻生产的一个主要限制因素，杂草与水稻共生，与水稻争夺光照、水分和养分，是影响水稻产量和品质的重要因素之一。人工除草费时耗力、成本高昂，而且随着农业生产集约化发展，免耕、抛秧及直播技术等轻简化水稻耕作方式不断推广，杂草问题尤为突出，因此，对稻田杂草防治提出了更为严峻的挑战。
2、除草剂在农业生产中发挥了重要作用，因为它们成本相对较低，效率较高，能够成功杀死99％的目标杂草，因此，化学农药防治依然是控制田间杂草的最经济最有效的方法。而除草剂的使用同样会严重危害水稻生长，造成水稻植株死亡，不仅极大限制了除草剂的使用时间和空间，也对水稻生产带来潜在威胁。
3、因此，迫切需要培育抗除草剂水稻品种，鉴定水稻的除草剂抗性和筛选抗除草剂种质资源则是抗除草剂水稻育种的前提和关键。而抗除草剂种质资源和基因/位点的匮乏，导致能有效区分水稻除草剂抗性的分子标记少之又少。
4、酶切扩增多态性序列(cleavedamplifiedpolymorphic sequences，caps)标记是利用基因组上的单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphsim，snp)开发而成的分子标记，通过结合pcr扩增、酶切反应和电泳分型，可以用于植物遗传分析、表型鉴定和品种选育等方面，具有共显性强、特异性高、经济简便，高效准确等优点。因此，开发易于检测的分子标记，水稻除草剂抗性鉴定和
技术实现思路
1、为了解决上述技术问题，本专利技术提供了一种快速筛选抗除草剂水稻种质的方法、caps分子标记及其应用。本专利技术通过检测caps分子标记检测基因型，对水稻除草剂抗性进行鉴定和预测，避免了环境因子对表型鉴定的不利影响，且本专利技术pcr扩增稳定，检测准确度大大提高。
2、为此，本专利技术提供了以下技术方案，
3、第一方面，本专利技术在可选的实施方式中提供了一种快速筛选抗除草剂水稻种质的方法，包括以下步骤：
4、s1：提取待测水稻种质植株的基因组dna；
5、s2：以所述基因组dna为模板，利用引物进行pcr扩增，得到pcr产物；
6、s3：对所述pcr产物进行酶切后，得到酶切产物；
7、s4：检测所述酶切产物是否含有89bp、171bp和260bp的条带，当所述酶切产物仅含有260bp的条带时，对应待测水稻种质为非抗除草剂水稻，当所述酶切产物含有89bp和171bp的两条条带时，对应待测水稻种质为抗除草剂水稻；
8、其中，所述引物包括上游引物和下游引物；
9、所述上游引物自5’端至3’端的核苷酸序列如seq id no.1所示；
10、所述下游引物自5’端至3’端的核苷酸序列如seq id no.2所示。
11、优选的，在步骤s2中，所述pcr扩增的反应体系为：基因组dna模板1μl，上游引物和下游引物各1μl，2×phanta mix master mix 10μl，ddh2o 7μl。
12、优选的，在步骤s2中，所述pcr扩增的反应程序为：95℃预变性5min，95℃变性30s、60℃退火30s、72℃延伸30s、35个循环；72℃延伸5min。
13、优选的，在步骤s3中，所述酶切的反应体系为：pcr产物6μl，内切酶0.3μl，10×buffer 1.5μl，ddh2o 7.2μl；和/或，
14、所述酶切的反应条件为：在37℃酶切2小时。
15、优选的，在步骤s3中，所述酶切采用内切酶为pst i。
16、优选的，在步骤s4中，检测所述酶切产物是否含有89bp、171bp和260bp的条带：采用2％的琼脂糖凝胶电泳进行分型。
17、在本专利技术中，ddh2o是指双蒸水。
18、优选的，所述除草剂为乙酰辅酶a羧化酶类除草剂。
19、第二方面，本专利技术在可选的实施方式中提供了一种快速筛选抗除草剂水稻的caps分子标记，包括位于如seq id no.3所示的核苷酸序列上第6114位处，碱基突变为c的snp位点以及与所述snp位点相对应的引物；
20、所述引物包括上游引物和下游引物；
21、所述上游引物自5’端至3’端的核苷酸序列如seq id no.1所示；
22、所述下游引物自5’端至3’端的核苷酸序列如seq id no.2所示。
23、第三方面，本专利技术在可选的实施方式中提供了一种快速筛选抗除草剂水稻的caps试剂盒，包括上述引物。
24、优选的，所述试剂盒还包括2×phanta mix master mix、ddh2o、pst i内切酶、10×buffer和琼脂糖凝胶电泳。
25、所述seq id no.1的核苷酸序列如下所示：
26、aaactatccctgctgaccctg。
27、所述seq id no.2的核苷酸序列如下所示：
28、atgggaatgtagacaaaggcag。
29、所述seq id no.3的核苷酸序列如下所示：
30、atgacatccacacatgtggcgacattgggagttggtgcccaggcacctcctcgtcaccagaaaaagtcagctggcactgcatttgtatcatctgggtcatcaagaccctcataccgaaagaatggtcagcgtactcggtcacttagggaagaaagcaatggaggagtgtctgattccaaaaagcttaaccactctattcgccaaggtcttgctggcatcattgacctcccaaatgacgcagcttcagaagttgatatttcacatggttccgaagatcccagggggcctacggtcccaggttcctaccaaatgaatgggattatcaatgaaacacataatgggaggcatgcttcagtctccaaggttgttgagttttgtacggcacttggtggcaaaacaccaattcacagtgtattagtggccaacaatggaatggcagcagctaagttcatgcggagtgtccgaacatgggctaatgatacttttggatcagagaaggcaattcagctgatagctatggcaactccggaggatctgaggataaatgcagagcacatcagaattgccgatcaatttgtagaggtacctggtggaacaaacaacaacaactatgcaaatgtccaactcatagtggagatagcagagagaacaggtgtttctgctgtttggcctggttggggtcatgcatctgagaat本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种快速筛选抗除草剂水稻种质的方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的快速筛选抗除草剂水稻种质的方法，其特征在于，在步骤S2中，所述PCR扩增的反应体系为：基因组DNA模板1μL，上游引物和下游引物各1μL，2×PhantaMix MasterMix 10μL，ddH2O 7μL。
3.根据权利要求1所述的快速筛选抗除草剂水稻种质的方法，其特征在于，在步骤S2中，所述PCR扩增的反应程序为：95℃预变性5min，95℃变性30s、60℃退火30s、72℃延伸30s、35个循环；72℃延伸5min。
4.根据权利要求1所述的快速筛选抗除草剂水稻种质的方法，其特征在于，在步骤S3中，所述酶切的反应体系为：PCR产物6μL，内切酶0.3μL，10×Buffer 1.5μL，ddH2O 7.2μL；和/或，
5.根据权利要求1所述的快速筛选抗除草剂水稻种质的方法，其特征在于，在步骤S3中，所述酶切采用内切酶为PstI。
6.根据权利要求1所述的快速筛选抗除草剂水稻种质的方法，其特征在于，在步骤S4中，检测所
7.根据权利要求1所述的快速筛选抗除草剂水稻种质的方法，其特征在于，所述除草剂为乙酰辅酶A羧化酶类除草剂。
8.一种快速筛选抗除草剂水稻的CAPS分子标记，其特征在于，包括位于如SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列上第6114位处，碱基突变为C的SNP位点以及与所述SNP位点相对应的引物；
9.一种快速筛选抗除草剂水稻的CAPS试剂盒，其特征在于，包括权利要求7所述的引物。
10.根据权利要求9所述的快速筛选抗除草剂水稻的CAPS试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括2×Phanta Mix Master Mix、ddH2O、Pst I内切酶、10×Buffer和琼脂糖凝胶电泳。
...【技术特征摘要】
1.一种快速筛选抗除草剂水稻种质的方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的快速筛选抗除草剂水稻种质的方法，其特征在于，在步骤s2中，所述pcr扩增的反应体系为：基因组dna模板1μl，上游引物和下游引物各1μl，2×phantamix mastermix 10μl，ddh2o 7μl。
3.根据权利要求1所述的快速筛选抗除草剂水稻种质的方法，其特征在于，在步骤s2中，所述pcr扩增的反应程序为：95℃预变性5min，95℃变性30s、60℃退火30s、72℃延伸30s、35个循环；72℃延伸5min。
4.根据权利要求1所述的快速筛选抗除草剂水稻种质的方法，其特征在于，在步骤s3中，所述酶切的反应体系为：pcr产物6μl，内切酶0.3μl，10×buffer 1.5μl，ddh2o 7.2μl；和/或，
5.根据权利要求1所述的快速筛选抗除草剂水稻种质的方法，其特征在于，在步骤s3中，...
【专利技术属性】
技术研发人员：章潇，秦瑞英，谷东方，许蓉芳，李娟，
申请(专利权)人：安徽省农业科学院水稻研究所，
类型：发明
国别省市：
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