【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及用于棉花育种的kasp分子标记，具体地涉及与陆地棉衣分和纤维品质相关的kasp分子标记。
技术介绍
1、陆地棉(g.hirsutum l.)是世界上最重要的天然纤维作物。随着纺织技术的革新，纺织业对棉纤维品质的要求也越来越高。同时，作为最重要的棉花产量指标之一，衣分的提高对皮棉产量的改良至关重要。目前生产主推品种仍存在衣分偏低、品质偏差的问题。因此，培育高衣分优质品种，是棉花育种的重要任务之一。
2、陆地棉纤维品质改良主要涉及长度、强度和细度等性状，这些性状和产量之间常存在一定程度的负相关性，这使得利用传统育种技术对棉花品质改良进展缓慢。随着分子生物学等领域的快速发展，利用现代生物技术改良棉花主要目标性状、特别是针对纤维品质的改良已经成为可能。精准鉴定稳定存在的纤维品质主效数量性状位点(quantitativetrait locus,qtl)、挖掘与棉花产量和品质紧密连锁的标记用于辅助选择是实现棉花品种改良的重要手段。目前尽管通过正向遗传学挖掘到了大量qtl和各类标记，但其中大多数标记在育种实践中对性状的筛选效果尚待验证。
3、竞争性等位基因特异性pcr(kompetitive adllele specific pcr，kasp)技术是基于引物末端碱基的特异匹配对snp位点进行精准的双等位基因判断，对snp分型准确性高，且兼具成本低，通量高的优点，可用于品种鉴定、遗传图谱构建、种质遗传多样性分析、分子标记辅助育种等方面，目前针对陆地棉衣分、纤维发育等性状开发的kasp标记远不足以满足分子育种
技术实现思路
1、为了克服现有技术的不足，本专利技术提供一种与陆地棉纤维品质相关的kasp分子标记，所述分子标记为a6染色体上第76645707碱基处的碱基a/t突变(kasp6)。
2、进一步，鉴定上述分子标记的引物，包括如seq id no.1～seq id no.3所示序列。
3、本专利技术还提供上述与陆地棉纤维品质相关的kasp分子标记在鉴定棉花纤维品质中的应用，是以如seq id no.1～seq id no.3所示序列的引物对待测样品的基因组进行扩增，判断标准为：所述第76645707碱基为碱基t，则为短纤维株系，若76645707位点为碱基a，则为长纤维株系。
4、本专利技术还提供鉴定上述与陆地棉纤维品质相关的kasp分子标记的试剂盒，所述试剂盒包括如seq id no.1～seq id no.3所示序列的引物。
5、本专利技术还提供与陆地棉衣分和纤维品质相关的kasp分子标记，所述分子标记为a6染色体上第1024897碱基(kasp1)、1451976碱基(kasp2)、1734500碱基(kasp3)、1954523碱基(kasp4)、5874422碱基(kasp5)和12249923碱基(kasp7)处的突变；
6、其中，第1024897处为碱基c/g突变，第1451976处为碱基a/t突变,第1734500处为碱基c/t突变,第1954523处为碱基a/t突变,第5874422处为碱基c/t突变,第12249923处为碱基c/y(c+t)突变。
7、进一步，所述第1024897碱基、1451976碱基、1734500碱基、1954523碱基处的标记均为衣分和马克隆值连锁的标记；所述第5874422碱基处的标记为衣分、纤维长度和纤维强度连锁的标记；所述第12249923碱基处的标记为衣分和纤维长度连锁的标记。
8、进一步，鉴定所述陆地棉衣分和纤维品质相关的kasp分子标记的引物，所述引物是包括：
9、如第一组，seq id no.4～seq id no.6、
10、第二组，seq id no.7～seq id no.9、
11、第三组，seq id no.10～seq id no.12、
12、第四组，seq id no.13～seq id no.15、
13、第五组，seq id no.16～seq id no.18、
14、第六组，seq id no.19～seq id no.21所示序列中任意一组或几组。
15、本专利技术还提供上述与陆地棉衣分和纤维品质相关的kasp分子标记在鉴定棉花衣分和纤维品质中的应用，以包括：
16、如第一组，seq id no.4～seq id no.6、
17、第二组，seq id no.7～seq id no.9、
18、第三组，seq id no.10～seq id no.12、
19、第四组，seq id no.13～seq id no.15、
20、第五组，seq id no.16～seq id no.18、
21、第六组，seq id no.19～seq id no.21所示序列中任意一组或几组为引物，对待测样品的基因组进行扩增，判断标准为：
22、所述第1024897标记位点为碱基c，则为高衣分高马克隆值株系，若1024897位点为碱基g，则为低衣分低马克隆值株系；
23、所述第1451976位点为碱基a，则为高衣分高马克隆值株系，若1451976位点为碱基t，则为低衣分低马克隆值株系；
24、所述第1734500位点为碱基c，则为高衣分高马克隆值株系，若1734500位点为碱基t，则为低衣分低马克隆值株系；
25、所述第1954523位点为碱基t，则为高衣分高马克隆值株系，若1954523位点为碱基a，则为低衣分低马克隆值株系；
26、所述第5874422位点为碱基t，则为高衣分纤维短弱株系，若5874422位点为碱基c，则为低衣分纤维长强株系；
27、所述第12249923位点为碱基y(c+t)，则为长纤维、低衣分株系，若12249923位点为碱基c，则为短纤维、高衣分株系。
28、本专利技术还提供鉴定陆地棉衣分程度和纤维品质的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括如第一组，seq id no.4～seq id no.6、
29、第二组，seq id no.7～seq id no.9、
30、第三组，seq id no.10～seq id no.12、
31、第四组，seq id no.13～seq id no.15、
32、第五组，seq id no.16～seq id no.18、
33、第六组，seq id no.19～seq id no.21所示序列中、任意一组或几组引物。
34、上述陆地棉kasp标记的筛选方法，包括如下步骤：
35、1)利用冀1518分离f2、f2:3群体在a6染色体上定位到和产量、纤维品质相关的qtl位点；
36、2)筛选了冀1518f2:11两个近等基因系—优质株系af和高衣分株系fy进行全基因组本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.与陆地棉纤维品质相关的KASP分子标记，其特征在于，所述分子标记为A6染色体上第76645707碱基处的碱基A/T突变。
2.一种鉴定权利要求1所述分子标记的引物，其特征在于，所述引物包括如SEQ IDNO.1～SEQ ID NO.3所示序列。
3.根据权利要求1所述的与陆地棉纤维品质相关的KASP分子标记在鉴定棉花纤维品质中的应用，其特征在于，以如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.3所示序列的引物对待测样品的基因组进行扩增，判断标准为：所述第76645707碱基为碱基T，则为短纤维株系，若76645707位点为碱基A，则为长纤维株系。
4.一种鉴定权利要求1所述的与陆地棉纤维品质相关的KASP分子标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.3所示序列的引物。
5.与陆地棉衣分和纤维品质相关的KASP分子标记，其特征在于，所述分子标记为A6染色体上第1024897碱基、1451976碱基、1734500碱基、1954523碱基、5874422碱基和12249923碱基处的突变；
6.根据权利要求5所述的与陆地棉衣分和纤维品质相关的KASP分子标记，其特征在于，所述第1024897碱基、1451976碱基、1734500碱基、1954523碱基处的标记均为衣分和马克隆值连锁的标记；所述第5874422碱基处的标记为衣分、纤维长度和纤维强度连锁的标记；所述第12249923碱基处的标记为衣分和纤维长度连锁的标记。
7.一种鉴定权利要求5所述陆地棉衣分和纤维品质相关的KASP分子标记的引物，其特征在于，所述引物是包括：
8.根据权利要求5所述的与陆地棉衣分和纤维品质相关的KASP分子标记在鉴定棉花衣分和纤维品质中的应用，其特征在于，以包括：
9.一种鉴定陆地棉衣分程度和纤维品质的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括
10.根据权利要求1或5所述的与陆地棉KASP标记的筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：
...【技术特征摘要】
1.与陆地棉纤维品质相关的kasp分子标记，其特征在于，所述分子标记为a6染色体上第76645707碱基处的碱基a/t突变。
2.一种鉴定权利要求1所述分子标记的引物，其特征在于，所述引物包括如seq idno.1～seq id no.3所示序列。
3.根据权利要求1所述的与陆地棉纤维品质相关的kasp分子标记在鉴定棉花纤维品质中的应用，其特征在于，以如seq id no.1～seq id no.3所示序列的引物对待测样品的基因组进行扩增，判断标准为：所述第76645707碱基为碱基t，则为短纤维株系，若76645707位点为碱基a，则为长纤维株系。
4.一种鉴定权利要求1所述的与陆地棉纤维品质相关的kasp分子标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括如seq id no.1～seq id no.3所示序列的引物。
5.与陆地棉衣分和纤维品质相关的kasp分子标记，其特征在于，所述分子标记为a6染色体上第1024897碱基、1451976碱基、1734500碱基、1954523碱基、5874422碱基和12249923碱基处的突变；其中，第10...
【专利技术属性】
技术研发人员：张素君，张建宏，刘存敬，蔡肖，唐丽媛，李兴河，王海涛，
申请(专利权)人：河北省农林科学院棉花研究所河北省农林科学院特种经济作物研究所，
类型：发明
国别省市：
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