System.ArgumentOutOfRangeException: 索引和长度必须引用该字符串内的位置。 参数名: length 在 System.String.Substring(Int32 startIndex, Int32 length) 在 zhuanliShow.Bind() 图像配准的方法、装置、设备和存储介质制造方法及图纸_技高网

图像配准的方法、装置、设备和存储介质制造方法及图纸

技术编号:44004745 阅读:1 留言:0更新日期:2025-01-10 20:21
本申请提供一种图像配准的方法、装置、设备和存储介质,方法包括:获得碱基图片,碱基图片是拍摄荧光染色后的测序芯片得到的图片,碱基图片上预设有多个模板配准点;对每一模板配准点,对模板配准点对应的搜索区域内的像素进行多线程并行运算,以确定搜索区域内的像素级配准点,模板配准点对应的搜索区域,是以模板配准点为中心的预设范围的区域;确定像素级配准点对应的亚像素级配准点。本方案对碱基图片划分搜索区域,并对每一搜索区域进行多线程并行运算,从而提高了碱基图片的图像配准效率。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及图像配准,特别涉及一种图像配准的方法、装置、设备和存储介质


技术介绍

1、dna测序技术目前已经发展到第二代测序技术,第二代测序技术的核心思想是边合成边测序,即通过捕捉新合成的末端的标记来确定dna的序列。

2、不同的荧光染料对一个碱基作用会产生不同波长的荧光分子信号,所以第二代测序技术可以采用高分辨显微成像获取不同荧光染料作用下的碱基图片,通过解码碱基图片中的荧光分子信号就可以检测出碱基序列。

3、要想通过二代测序技术检测碱基类别,就首先要分析碱基在不同荧光染料作用场景的荧光分子能量,这就需要将不同场景的同一位置坐标定位,这就需要用到图像配准算法。

4、图1为一种现有图像配准算法的流程图,现有的图像配准算法的处理逻辑是,在对图像预处理的基础上对整张图像进行特征提取、筛选和匹配,最后对整张图像进行空间变换。

5、随着测序技术的发展,一张碱基图片的数据量越来越大,因此基于现有图像配准算法对整张碱基图片进行配准的耗时也越来越长。


技术实现思路

1、针对上述现有技术的缺点,本专利技术提供一种图像配准的方法、装置、设备和存储介质,以提高第二代测序技术中碱基图片配准的效率。

2、本申请第一方面提供一种图像配准的方法,包括:

3、获得碱基图片,所述碱基图片是拍摄荧光染色后的测序芯片得到的图片,所述碱基图片上预设有多个模板配准点;

4、针对每一所述模板配准点,对所述模板配准点对应的搜索区域内的像素进行多线程并行运算,以确定所述搜索区域内的像素级配准点,所述模板配准点对应的搜索区域,是以所述模板配准点为中心的预设范围的区域;

5、针对每一所述像素级配准点,确定所述像素级配准点对应的亚像素级配准点。

6、可选的,所述对所述模板配准点对应的搜索区域内的像素进行多线程并行运算,以确定所述搜索区域内的像素级配准点,包括:

7、利用所述搜索区域关联的多个第一线程,基于多线程归约求和算法逐一计算所述搜索区域内每一行位置点的特征值,所述位置点对应于所述测序芯片上用于设置荧光分子载体的位置,所述位置点包括所述碱基图片中预设数量的像素;

8、利用所述搜索区域关联的多个第二线程,基于多线程归约求和算法逐一计算所述搜索区域内每一列位置点的特征值;所述第一线程的数量和所述第二线程的数量根据所述搜索区域的尺寸确定;

9、将所述搜索区域内,满足行搜索条件的一行和满足列搜索条件的一列相交的所述位置点,确定为所述搜索区域内的像素级配准点,所述行搜索条件包括,该行的特征值大于前一行的特征值和后一行的特征值,并且该行的前一行和后一行为所述搜索区域内特征值最低的两行,所述列搜索条件包括,该列的特征值大于前一列的特征值和后一列的特征值,并且该列的前一列和后一列为所述搜索区域内特征值最低的两列。

10、可选的,所述确定所述像素级配准点对应的亚像素级配准点,包括:

11、确定所述像素级配准点所在的水平线和竖直线;其中,所述像素级配准点所在水平线包括所述像素级配准点所在行及其前一行和后一行,所述像素级配准点所在竖直线包括所述像素级配准点所在列及其前一列和后一列;

12、根据预设的亮点阈值识别出所述水平线和所述竖直线上每一发光位置点;其中,所述发光位置点指代灰度值大于所述亮点阈值的位置点;

13、利用重心法确定每一所述发光位置点的重心位置;

14、根据所述水平线上所述发光位置点的重心位置拟合得到亚像素级水平线,并根据所述竖直线上所述发光位置点的重心位置拟合得到亚像素级竖直线;

15、将所述亚像素级水平线和所述亚像素级竖直线的交叉点确定为所述像素级配准点对应的亚像素级配准点。

16、可选的,所述利用重心法确定每一所述发光位置点的重心位置之后,还包括:

17、基于统计算法,从多个所述发光位置点中过滤掉重心位置不满足预设的边界条件的发光位置点。

18、可选的,所述针对每一所述像素级配准点,确定所述像素级配准点对应的亚像素级配准点之前,还包括:

19、根据所述像素级配准点的像素值,从所述像素级配准点中识别出好点和坏点,所述好点指代像素值小于或等于预设的坏点阈值的所述像素级配准点,所述坏点指代像素值大于所述坏点阈值的所述像素级配准点;

20、根据所述好点和所述模板配准点,修正所述坏点。

21、可选的,所述根据所述好点和所述模板配准点,修正所述坏点,包括:

22、在以所述坏点为中心的预设修正范围内搜索所述好点;

23、若搜索到位于水平方向的多个好点和位于竖直方向的多个好点,基于拟合交叉线法确定一个不同于所述坏点的修正位置点;

24、若未搜索到位于水平方向的多个好点和位于竖直方向的多个好点,基于所述模板配准点和预设比例确定一个不同于所述坏点的修正位置点;

25、用所述修正位置点替代所述坏点。

26、可选的,所述根据所述像素级配准点的像素值,从所述像素级配准点中识别出好点和坏点之后,还包括:

27、针对每一所述模板配准点,判断以所述模板配准点为中心的质量检测区域内所述好点的数量是否大于质量检测阈值;

28、若每一所述质量检测区域内所述好点的数量均不大于所述质量检测阈值,确定所述碱基图片为低质量图片。

29、本申请第二方面提供一种图像配准的装置,包括:

30、获得单元,用于获得碱基图片,所述碱基图片是拍摄荧光染色后的测序芯片得到的图片,所述碱基图片上预设有多个模板配准点;

31、搜索单元,用于针对每一所述模板配准点,对所述模板配准点对应的搜索区域内的像素进行多线程并行运算,以确定所述搜索区域内的像素级配准点,所述模板配准点对应的搜索区域,是以所述模板配准点为中心的预设范围的区域;

32、确定单元,用于针对每一所述像素级配准点,确定所述像素级配准点对应的亚像素级配准点。

33、本申请第三方面提供一种电子设备,包括存储器和处理器;

34、所述存储器用于存储计算机程序;

35、所述处理器用于执行所述计算机程序,具体用于实现本申请第一方面任意一项所提供的图像配准的方法。

36、本申请第四方面提供一种计算机存储介质,用于存储计算机程序,所述计算机程序被执行时,具体用于实现本申请第一方面任意一项所提供的图像配准的方法。

37、本申请提供一种图像配准的方法、装置、设备和存储介质,方法包括:获得碱基图片,碱基图片是拍摄荧光染色后的测序芯片得到的图片,碱基图片上预设有多个模板配准点;对每一模板配准点,对模板配准点对应的搜索区域内的像素进行多线程并行运算,以确定搜索区域内的像素级配准点,模板配准点对应的搜索区域,是以模板配准点为中心的预设范围的区域;确定像素级配准点对应的亚像素级配准点。本方案对碱基图片划分搜索区域,并对每一搜索区本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种图像配准的方法,其特征在于,包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述对所述模板配准点对应的搜索区域内的像素进行多线程并行运算,以确定所述搜索区域内的像素级配准点,包括:

3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述确定所述像素级配准点对应的亚像素级配准点,包括:

4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述利用重心法确定每一所述发光位置点的重心位置之后,还包括:

5.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述针对每一所述像素级配准点,确定所述像素级配准点对应的亚像素级配准点之前,还包括:

6.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述根据所述好点和所述模板配准点,修正所述坏点,包括:

7.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述根据所述像素级配准点的像素值,从所述像素级配准点中识别出好点和坏点之后,还包括:

8.一种图像配准的装置,其特征在于,包括:

9.一种电子设备,其特征在于,包括存储器和处理器;

10.一种计算机存储介质,其特征在于,用于存储计算机程序,所述计算机程序被执行时,具体用于实现如权利要求1至7任意一项所述的图像配准的方法。

...

【技术特征摘要】

1.一种图像配准的方法,其特征在于,包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述对所述模板配准点对应的搜索区域内的像素进行多线程并行运算,以确定所述搜索区域内的像素级配准点,包括:

3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述确定所述像素级配准点对应的亚像素级配准点,包括:

4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述利用重心法确定每一所述发光位置点的重心位置之后,还包括:

5.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述针对每一所述像素级配准点,确定所述像素级配准点对应的亚像素级...

【专利技术属性】
技术研发人员:徐讯刘扬宝李大卫李美黎宇翔
申请(专利权)人:深圳华大生命科学研究院
类型:发明
国别省市:

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