【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物技术和分子标记，具体涉及一种位于猪5号染色体上与产活仔数性状相关的snp分子标记及应用。
技术介绍
1、在生猪养殖过程中，猪产活仔数是重要的繁殖性能之一，产活仔数的高低直接影响生猪养殖企业的生产效率，对产活仔数性状进行遗传改良是猪育种工作中的重点。产活仔数性状受遗传和环境等多因素调控，通过传统选育方法对产活仔数进行遗传改良可能收效甚微。因此，如若能用分子标记辅助选择（marker assisted selection，mas）技术改良猪产活仔数性状，在分子水平上对猪进行早期选育，将进一步较快该性状的育种改良进程，提高母猪的繁殖效率，增加生猪养殖企业的经济效益。
2、全基因组关联分析（genome-wide association study，gwas）是通过统计学手段将覆盖全基因组的snp标记与复杂表型进行关联分析，以检测最可能影响相关表型的遗传变异。然而，样本量和标记密度是影响gwas结果的重要因素。一般来说，样本量越大，标记密度越高，则gwas的统计效力越强。样本量的大小主要受实验成本和实验周期等客观因素影响，而标记密度可通过基因型填充技术增加。
3、长白猪是我国引进的主要瘦肉型猪种之一，具有生长快、饲料转化率高、繁殖性能强等特点，常被作为杜长大（杜洛克猪×长白猪×大白猪）商品猪的第一母本，也常被用来与我国地方猪进行杂交育种。因此，对核心群长白猪的产活仔数性状进行遗传改良，可提高母猪的繁殖性能，进而提高生猪养殖企业竞争力，给企业带来经济巨大经济效益。
1、为了克服现有技术的不足和缺点，本专利技术的首要目的在于提供一种位于猪5号染色体上与产活仔数性状相关的snp分子标记，该snp分子标记是通过全基因组关联分析得到，可显著影响猪的产活仔数性状。
2、本专利技术的另一目的在于提供上述snp分子标记的应用。
3、本专利技术的再一目的在于提供一种检测上述snp分子标记的引物对和试剂盒。
4、本专利技术的第四个目的在于提供一种上述引物对和试剂盒的应用。
5、本专利技术的第五个目的在于提供一种长白猪的遗传改良的方法。
6、本专利技术的目的通过下述技术方案实现：
7、一种位于猪5号染色体上与产活仔数性状相关的snp分子标记，所述的snp分子标记的snp位点对应于国际猪参考基因组11.1版本5号染色体上第89503311bp处的t>g突变；该位点碱基的多态性影响产活仔数性状，其中，tt基因型的猪产活仔数比tg基因型和gg基因型的猪产活仔数高。
8、所述的snp分子标记的核苷酸序列优选为seq id no.1所示，其中序列中的m是t或g。
9、所述的snp分子标记的snp位点为seq id no:1序列标注位置为134位的t134-g134的核苷酸突变（位于该序列片段第134位核酸单碱基突变，命名为：g.134 t>g）。
10、所述的猪优选为美系长白猪及其合成系。
11、一种用于检测上述snp分子标记的引物对，包含引物primer-f和primer-r，其核酸序列如下：
12、上游引物primer-f：5’-agcccatgtctccttcatgc-3’；
13、下游引物primer-r：5’-ccaaaagagctttcacgggc-3’。
14、一种用于检测上述snp分子标记的试剂盒，包括上述的引物对。
15、所述的snp分子标记、引物对或试剂盒在鉴定猪产活仔数性状或筛选产活仔数高的猪品种或猪产活仔数性状遗传育种中的应用。
16、所述的遗传育种优选为分子标记辅助遗传育种。
17、所述的猪优选为美系长白猪及其合成系。
18、一种检测猪产活仔数性状的方法，包含如下步骤：
19、检测猪5号染色体上上述snp分子标记，根据所述的snp分子标记的snp位点单核苷酸是t还是g，判断猪产活仔数性状；其中，tt基因型的猪产活仔数比tg基因型和gg基因型的猪产活仔数高。
20、所述的猪优选为美系长白猪及其合成系。
21、一种筛选高产活仔数的猪品种的方法，包括以下步骤：
22、检测猪5号染色体上上述snp分子标记，淘汰所述的snp分子标记的snp位点为tg基因型和gg基因型的个体，保留所述的snp分子标记的snp位点为tt基因型的个体为种猪。
23、所述的猪优选为美系长白猪及其合成系。
24、所述的检测的方法，包含如下步骤：
25、（1）提取待测猪的基因组dna；
26、（2）采用上述引物对或上述试剂盒中的引物对作为扩增引物，以步骤（1）获得的待测猪的基因组dna为模板dna，进行pcr扩增，得到pcr扩增产物；
27、（3）对pcr扩增产物进行测序，得到测序结果；
28、（4）基于测序结果，确定基因型。
29、一种猪的遗传改良的方法，包含如下步骤：
30、确定种猪核心群中种猪的上述snp分子标记，并根据所述的分子标记做出相应的选择：种猪的继代选育国际猪参考基因组11.1版本5号染色体上第89503311bp处的tt基因型的种猪个体，淘汰该位点的tg和gg基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率，从而提高猪产活仔数。
31、所述的猪优选为美系长白猪及其合成系。
32、本专利技术相对于现有技术具有如下的优点及效果：
33、（1）本专利技术研究并确定影响猪产活仔数性状相关的分子标记位于猪的5号染色体的核苷酸序列上，验证其对猪产活仔数性状的影响效应，最终建立对猪产活仔数性状进行快速改良的分子标记辅助选择育种技术，将其应用于猪产活仔数性状遗传改良中，从而提高猪产活仔数，提高企业利润，增加核心竞争力。
34、（2）本专利技术提供一种检测位于猪5号染色体上与产活仔数性状相关的snp分子标记的引物对和试剂盒，通过该引物对或试剂盒，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确的对产活仔数性状进行选育，加快育种进程，将其应用于种猪产活仔数性状遗传改良中，可增加猪的产活仔数，提高母猪繁殖效率，进而提高企业利润，增加核心竞争力。
35、（3）本专利技术通过优选该分子标记的优势等位基因，提供了一种猪选育的方法，能够加快美系长白猪的遗传进展，缩短了美系长白猪改良的时间，从而有效提高种猪育种的经济效益。其中，若本专利技术将影响猪产活仔数性状的分子标记的gg型和tg型个体全部选育成tt型个体，美系长白猪的产活仔数提高0.74头。一个规模化十万头猪场，按5000头能繁母猪算，每胎可多提供0.74头仔猪，母猪一年产2.2胎，则每年为猪场多提供8140头猪，将为猪场带来约1628万元收入。由此可见，高产活仔数为养猪产业提供收益的潜力是巨大的。因此，通过优选美系长白猪该snp的优势等位基因（t），可显著提高母猪繁殖效率，进而提高猪场经济效本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种位于猪5号染色体上与产活仔数性状相关的SNP分子标记，其特征在于所述的SNP分子标记的SNP位点对应于国际猪参考基因组11.1版本5号染色体上第89503311bp处的T>G突变；该位点碱基的多态性影响产活仔数性状，其中，TT基因型的猪产活仔数比TG基因型和GG基因型的猪产活仔数高；
2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于：
3.一种用于检测位于猪5号染色体上与产活仔数性状相关的SNP分子标记的引物对，其特征在于包含引物primer-F和primer-R，其核酸序列如下：
4.一种用于检测位于猪5号染色体上与产活仔数性状相关的SNP分子标记的试剂盒，其特征在于包括权利要求3所述的引物对。
5.权利要求1或2所述的SNP分子标记、权利要求3所述的引物对或权利要求4所述的试剂盒在鉴定猪产活仔数性状或筛选产活仔数高的猪品种或猪产活仔数性状遗传育种中的应用，其特征在于：
6.一种检测猪产活仔数性状的方法，其特征在于包含如下步骤：
7.一种筛选高产活仔数的猪品种的方法，其特征在于包含以下步骤：
8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于：
9.一种猪的遗传改良的方法，其特征在于包含如下步骤：
...【技术特征摘要】
1.一种位于猪5号染色体上与产活仔数性状相关的snp分子标记，其特征在于所述的snp分子标记的snp位点对应于国际猪参考基因组11.1版本5号染色体上第89503311bp处的t>g突变；该位点碱基的多态性影响产活仔数性状，其中，tt基因型的猪产活仔数比tg基因型和gg基因型的猪产活仔数高；
2.根据权利要求1所述的snp分子标记，其特征在于：
3.一种用于检测位于猪5号染色体上与产活仔数性状相关的snp分子标记的引物对，其特征在于包含引物primer-f和primer-r，其核酸序列如下：
4.一种用于检测位...
【专利技术属性】
技术研发人员：辛文水，李新建，段栋栋，周身娉，
申请(专利权)人：海南省农业科学院三亚研究院海南省实验动物研究中心，
类型：发明
国别省市：
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