【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于高通量测序及基因检测，涉及一种用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物、方法及应用。
技术介绍
1、女性的阴道是一个以乳酸菌属为优势菌的复杂微生态系统。若阴道中的正常菌群失调，乳酸杆菌减少或消失，兼性厌氧菌及厌氧菌增多则会导致阴道感染，进而发生炎症，临床上称其为细菌性阴道病(bacterial vaginosis,bv)。该病多发于育龄期女性，是妇科常见疾病之一。
2、目前，bv的诊断主要是基于amsel临床诊断标准及革兰染色nugent评分诊断标准。其中，amsel诊断标准为以下4项临床指标中至少有3项为阳性即诊断bv，(1)阴道分泌物呈现稀薄、均质、灰白色或黄色；(2)在加入10％氢氧化钾溶液后释放出鱼腥臭味；(3)镜检线索细胞数量＞20％阴道上皮细胞总量；(4)阴道分泌物ph>4.5。其中线索细胞阳性必须符合。nugent评分则是对阴道样本涂片进行革兰氏染色镜检，检验人员通过对染色后的细菌形态进行鉴别统计评分，结果可分为正常(0～3分)、bv中间态(4～6分)和bv(7～10分)。两种诊断方法操作均需要一定的技巧，需要经验丰富的检验人员，其中amsel诊断标准虽然相对简单，但是对于某些细菌的检测灵敏度不够，且受检测人员主观判定影响较大，nugent评分方法虽然标准化程度更高，但是需要专业的技术人员进行显微镜检查和计数，操作相对繁琐，且由于仅能对部分的细菌进行计数，导致存在中间态的判定结果。
3、随着近年来分子生物学的快速发展，分子诊断可对种(属)进行精确的识别，通过计算微生物的相对丰度
4、cn102770559b公开了一种诊断细菌性阴道炎的方法，分析患者测试样本中是否存在一种或多种乳酸杆菌以及两种或两种以上的病原生物。可以利用与每一种目标生物体相对应的核酸片段的pcr分析，来检测是否存在一种或多种乳酸杆菌以及两种或两种以上的病原生物。接着，所述目标生物体的量可以用来确定指示细菌性阴道炎的诊断的分数。
5、因此，亟需提供一种准确性高，特异性强，简单高效低成本的检测细菌性阴道病的方法。
技术实现思路
1、针对现有技术的不足和实际需求，本专利技术提供一种用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物、方法及应用，能够特异性检测阴道阿托波菌、阴道加德纳菌、巨球菌1型、细菌性阴道炎相关细菌bvab-2、卷曲乳杆菌和惰性乳杆菌。
2、为达到此专利技术目的，本专利技术采用以下技术方案：
3、第一方面，本专利技术提供了一种用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物组，所述引物组的核酸序列包括如seq id no.1-seq id no.12所示的序列。
4、本专利技术中通过设计特异性引物进行超多重pcr扩增富集，基于基因测序平台的序列读取获得每种病原的检测数据量，并通过机器学习模型的辅助，提供了一种用于评估细菌性阴道炎相关病原的引物组和方法，可以解决现有的amsel和nugent评分方法主观因素影响大，多重qpcr联合检测样本量要求较高，16s rdna检测成本高等问题。
5、seq id no.1：ggttaataccggatactccatatt。
6、seq id no.2：ccgtgtctcagtcccaatct。
7、seq id no.3：gtgacatggtgctaatccct。
8、seq id no.4：gctgcccactttcatgactt。
9、seq id no.5：gatgccaacagtatccgtccg。
10、seq id no.6：cctctccgacactcaagttcga。
11、seq id no.7：caaaggaattgacggggacc。
12、seq id no.8：aattcagtctcctgaatcgtcaga。
13、seq id no.9：aactaacagatttacttcggtaatga。
14、seq id no.10：agctgatcatgcgatctgc。
15、seq id no.11：agtctgccttgaagatcgg。
16、seq id no.12：cttttaaacagttgataggcatcatc。
17、本专利技术中内参包括：人基因组保守基因actb，用于监测采样和检测过程是否合格。
18、本专利技术中扩增所述人内参基因actb的特异性引物序列包括seq id no.13和seqid no.14所述的核酸序列。
19、seq id no.13：gccaccagaagaggtag。
20、seq id no.14：aatctggcaccacaccttc。
21、优选地，所述细菌性阴道炎相关病原包括阴道阿托波菌、阴道加德纳菌、巨球菌1型、细菌性阴道炎相关细菌bvab-2、卷曲乳杆菌或惰性乳杆菌中任意一种或至少两种的组合。
22、第二方面，本专利技术提供了第一方面所述的用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物组在制备用于检测细菌性阴道炎相关病原的产品中的应用。
23、第三方面，本专利技术提供了一种用于检测细菌性阴道炎相关病原的试剂盒，所述试剂盒包括第一方面所述的用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物组。
24、第四方面，本专利技术提供了第一方面所述的用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物组在检测细菌性阴道病病原中的应用。
25、第五方面，本专利技术提供了一种检测细菌性阴道炎相关病原的装置，所述装置包括：超多重pcr扩增模块、高通量测序和质控模块和模型构建模块；
26、所述超多重pcr扩增模块用于执行包括：从待测样本中提取dna作为模版，利用第一方面所述的用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物组进行超多重pcr扩增得到超多重pcr文库；
27、所述高通量测序和质控模块用于执行包括：对超多重pcr文库进行高通量测序和质控，将质控合格的待测样本reads数均一化，得到病原均一化reads数矩阵；
28、所述模型构建模块用于执行包括：通过机器学习模型预测细菌性阴道炎检测的结果。
29、优选地，所述待测样本包括阴道分泌物。
30、优选地，所述质控合格的标准为每例待测样本的测序总reads数≥20k、q30占比≥75％，内参均一化reads数≥50；所述本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物组，其特征在于，所述引物组的核酸序列包括如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.12所示的序列。
2.根据权利要求1所述的引物组，其特征在于，所述细菌性阴道炎相关病原包括阴道阿托波菌、阴道加德纳菌、巨球菌1型、细菌性阴道炎相关细菌BVAB-2、卷曲乳杆菌或惰性乳杆菌中任意一种或至少两种的组合。
3.权利要求1或2所述的用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物组在制备用于检测细菌性阴道炎相关病原的产品中的应用。
4.一种用于检测细菌性阴道炎相关病原的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1或2所述的用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物组。
5.权利要求1或2所述的用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物组在检测细菌性阴道炎相关病原中的应用。
6.一种检测细菌性阴道炎相关病原的装置，其特征在于，所述装置包括：超多重PCR扩增模块、高通量测序和质控模块和模型构建模块；
7.根据权利要求6所述的装置，其特征在于，所述待测样本包括阴道分泌物；
8.根据权利要求6或7所述
9.根据权利要求6-8中任一项所述的装置，其特征在于，所述机器学习模型的输入量为待检测样本生成的细菌性阴道炎相关病原的均一化reads数矩阵，输出量为每例待测样本的细菌性阴道炎阴性或阳性预判结果，所述细菌性阴道炎相关病原包括阴道阿托波菌、阴道加德纳菌、巨球菌1型、细菌性阴道炎相关细菌BVAB-2、卷曲乳杆菌或惰性乳杆菌中任意一种或至少两种的组合。
10.一种针对超多重PCR扩增的细菌性阴道炎的诊断模型的构建方法，其特征在于，所述构建方法包括以下步骤：
...【技术特征摘要】
1.一种用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物组，其特征在于，所述引物组的核酸序列包括如seq id no.1-seq id no.12所示的序列。
2.根据权利要求1所述的引物组，其特征在于，所述细菌性阴道炎相关病原包括阴道阿托波菌、阴道加德纳菌、巨球菌1型、细菌性阴道炎相关细菌bvab-2、卷曲乳杆菌或惰性乳杆菌中任意一种或至少两种的组合。
3.权利要求1或2所述的用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物组在制备用于检测细菌性阴道炎相关病原的产品中的应用。
4.一种用于检测细菌性阴道炎相关病原的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1或2所述的用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物组。
5.权利要求1或2所述的用于检测细菌性阴道炎相关病原的引物组在检测细菌性阴道炎相关病原中的应用。
6.一种检测细菌性阴道炎相关病原的装置...
【专利技术属性】
技术研发人员：温建鑫，朱鹏远，吴春求，莫春玲，黄泽珩，陈嘉昌，柳俊，胡朝晖，
申请(专利权)人：广州市金圻睿生物科技有限责任公司，
类型：发明
国别省市：
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