【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物，具体涉及一种基于片段组学快速检测cfdna中微量gdna污染的质控方法。
技术介绍
1、循环生物标志物已成为临床诊断疾病的重要指标。特别是，人体各种组织的dna存在于血液和细胞外的其他体液中(无细胞脱氧核糖核酸，cfdna)的发现，推动了许多基于血液的cfdna检测，以查询特定的基因组异常，例如用于无创产前检测的染色体拷贝数畸变，或用于靶向癌症治疗选择的可肿瘤衍生突变。基于血液的cfdna或其他循环分析物的一个关键应用是通过血液测试早期检测多种癌症的共同癌症信号。样本的质量、cfdna的纯度对检测准确性起到关键影响作用。基因组污染会混淆生物学推断，并造成进化关系和横向基因转移等方面的错误结论，因此高质量的基因组对于跨生物学学科的数据分析至关重要。
2、在运输过程中，颠簸震荡会造成溶血发生，造成gdna释放。cfdna被gdna污染后，序列特征被稀释，生物学指标发生改变，对后续检测影响较大，如若能从源头发现这个问题，对后续检测准确性有所帮助。现有质控方法包括qsep片段检测、qubit定量、测序数据分析，这些方法可间接地、较滞后地检测到污染情况，且受限于微量样本，故需要开发一种更灵敏、可早期介入的质控方法，帮助实验质控高效决策。
3、综上所述，现有方法无法在核酸提取后直接鉴定cfdna样本中是否含有gdna，在cfdna ngs测序检测之前没有gdna污染的有效质控方法，因此通常造成大量的数据浪费。
4、因此，迫切需要建立一种高效的gdna污染的质控方法，以便在检测之前对污染
技术实现思路
1、本专利技术的目的是基于cfdna和gdna片段大小的差异，建立一种快速、高效的cfdna样本中gdna污染的质控方法。
2、在本专利技术的第一方面，提供了一种判定cfdna样本中gdna污染程度的方法，所述方法包括以下步骤：
3、(z1)提供cfdna样本，所述cfdna样本是来自于体液的cfdna样本；
4、(z2)对cfdna样本中的cfdna和gdna进行扩增，从而获得对应于cfdna的长度为l1的第一扩增产物和对应于gdna长度为l2的第二扩增产物；
5、(z3)定量检测所述第一扩增产物的浓度或水平，定为y1；以及定量检测所述第二扩增产物的浓度或水平，定为y2；
6、(z4)基于第一扩增产物的浓度或水平y1和第二扩增产物的浓度或水平y2，获得cfdna在cfdna样本中的相对比例r，从而判定cfdna样本中gdna的污染程度。
7、在另一优选例中，所述体液是血液、骨髓、脑脊髓液、腹膜液、胸膜液、淋巴液、腹水、浆液、痰、泪液、尿液、唾液、乳汁、胃液或胰液。
8、在另一优选例中，在步骤(z2)中，对cfdna样本中的cfdna进行扩增的靶序列选自下组：seq id no:15、seq id no:17、seq id no:19或其组合。
9、在另一优选例中，在步骤(z2)中，对cfdna样本中的cfdna进行扩增的靶序列优选为seq id no:15。
10、在另一优选例中，在步骤(z2)中，对cfdna样本中的cfdna进行扩增的引物对选自：seq id no:1和seq id no:2、seq id no:5和seq id no:6、seq id no:11和seq id no:12或其组合。
11、在另一优选例中，在步骤(z2)中，对cfdna样本中的cfdna进行扩增的引物对是seqid no:1和seq id no:2。
12、在另一优选例中，在步骤(z2)中，对cfdna样本中的gdna进行扩增的靶序列为gdna的管家基因。
13、在另一优选例中，所述gdna的管家基因包括（但不限于）：β-actin、gapdh和α-tublin。
14、在另一优选例中，所述gdna的管家基因优选为β-actin。
15、在另一优选例中，在步骤(z2)中，对cfdna样本中的gdna进行扩增的靶序列选自下组：seq id no:16、seq id no:18、seq id no:20或其组合。
16、在另一优选例中，在步骤(z2)中，对cfdna样本中的gdna进行扩增的靶序列优选为：seq id no:16。
17、在另一优选例中，在步骤(z2)中，对cfdna样本中的gdna进行扩增的引物对选自：seq id no:3和seq id no:4、seq id no:7和seq id no:8、seq id no:9和seq id no:10、seq id no:13和seq id no:14或其组合。
18、在另一优选例中，在步骤(z2)中，对cfdna样本中的gdna进行扩增的引物对优选为seq id no:3和seq id no:4。
19、在另一优选例中，在步骤(z2)中，对cfdna样本中的cfdna和gdna进行扩增的引物组包括：seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3和seq id no:4。
20、在另一优选例中，所述l1为50-200bp，较佳地为80-180bp，最佳地为100-150bp。
21、在另一优选例中，所述l2为300-600bp，较佳地为320-500bp，最佳地为350bp-450bp。
22、在另一优选例中，所述l2-l1的δl为100-450bp，较佳地150-400bp，更佳地200-350bp。
23、在另一优选例中，所述l2/l1≥1.5，优选地，所述l2/l1≥3。
24、在另一优选例中，所述的浓度为摩尔浓度；或所述水平为摩尔数量。
25、在另一优选例中，在步骤(z3)中，测定第一扩增产物的质量浓度或质量数c1和长度l1，进而获得第一扩增产物的摩尔浓度或摩尔数量y1；以及测定第二扩增产物的质量浓度或质量数c2和长度l2，进而获得第二扩增产物的摩尔浓度或摩尔数量y2。
26、在另一优选例中，在步骤(z3)中，测定第一扩增产物的质量浓度c1和长度l1，进而获得第一扩增产物的摩尔浓度y1；以及测定第二扩增产物的质量浓度c2和长度l2，进而获得第二扩增产物的摩尔浓度y2。
27、在另一优选例中，对于所述质量浓度，测定的方法包括(但不限于)：紫外分光光度法、荧光光度法、qpcr法和qubit法。
28、在另一优选例中，对于所述质量浓度，测定的方法是qubit法。
29、在另一优选例中，在步骤(z3)中，测定第一扩增产物的质量数c1和长度l1，进而获得第一扩增产物的摩尔数量y1；以及测定第二扩增产物的质量数c2和长度l2，进而获得第二扩增产物的摩尔数量y2。
30、在另一优选例中，本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种判定cfDNA样本中gDNA污染程度的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(Z2)中，对cfDNA样本中的cfDNA进行扩增的靶序列选自下组：SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:19或其组合。
3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述扩增中，扩增cfDNA的引物对是SEQ IDNO:1和SEQ ID NO:2；和
4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(Z3)中，测定第一扩增产物的质量浓度或质量数C1和长度L1，进而获得第一扩增产物的摩尔浓度或摩尔数量Y1；以及测定第二扩增产物的质量浓度或质量数C2和长度L2，进而获得第二扩增产物的摩尔浓度或摩尔数量Y2。
5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(Z4)中，将cfDNA的相对比例R与预定的参考值进行比较，从而判定cfDNA样本中gDNA的污染程度。
6.如权利要求5所述的方法，其特征在于，按以下标准进行判定：
7.一种判定cfDNA样本中gDNA
8. 一种引物对组合，其特征在于，所述引物对组合包括：
9.一种权利要求8所述的引物对组合的用途，其特征在于，用于制备判定cfDNA样本中gDNA污染程度的试剂盒。
10.一种试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒包括：
...【技术特征摘要】
1.一种判定cfdna样本中gdna污染程度的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(z2)中，对cfdna样本中的cfdna进行扩增的靶序列选自下组：seq id no:15、seq id no:17、seq id no:19或其组合。
3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述扩增中，扩增cfdna的引物对是seq idno:1和seq id no:2；和
4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(z3)中，测定第一扩增产物的质量浓度或质量数c1和长度l1，进而获得第一扩增产物的摩尔浓度或摩尔数量y1；以及测定第二扩增产物的质量浓度或质量数c2和长度l...
【专利技术属性】
技术研发人员：林子奥，阮婕，
申请(专利权)人：奥明星程杭州生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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