【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子标记辅助育种，具体地，涉及一种snp分子标记组合在鸡冠厚度辅助育种中的应用。
技术介绍
1、鸡冠是鸡第二性征中最明显、最重要的特征，可作为衡量性成熟程度的指标。鸡冠发育是性发育的表型特征，活鸡或冰鲜鸡上市时，鸡冠均需要达到一定的发育程度，一般要求鸡冠直立、大而红，不倒冠。鸡冠厚度是影响鸡冠是否倒冠的重要因素。健康鸡的鸡冠一般是直立、颜色发红的，生病、免疫力下降的不健康鸡通常会发生倒冠、鸡冠发白等现象。鸡冠是反应鸡健康状况、抗病性和营养状况的重要指标。鸡冠表皮中含有默克细胞，同时分布较大的动脉和一些垂直排列的神经，能够感知外部刺激，鸡冠发育是受多基因控制的数量性状。
2、鸡冠厚度性状属于复杂的数量性状，受到多基因控制，目前还未发现鸡冠厚度显著相关的分子标记的报道。目前在鸡冠厚度育种过程中通常以直接测定鸡冠厚度或肉眼观察鸡冠厚度进行选育，世代遗传进展缓慢。因此，寻找鸡冠厚度显著相关的分子标记，对于提高鸡冠厚度世代选育进展具有重要意义。
技术实现思路
1、针对鸡冠厚度世代选育进展缓慢的问题，本专利技术提供了一种snp分子标记组合在鸡冠厚度辅助育种中的应用，通过4个与鸡冠厚度显著相关的snp分子标记辅助提高鸡冠厚度的选育，加快鸡冠厚度世代选育进展。
2、为了实现上述目的，本专利技术提供一种snp分子标记组合在鸡冠厚度辅助育种中的应用，该snp分子标记组合对应于ncbi中公布的鸡参考基因组bgalgal1.mat.broiler.grcg7b版本序列
3、 snp位点 染色体位置 snp id 候选基因 参考基因组 突变位点 snp1 2:17552900 rs312557738 pip4k2a c t snp2 8:3774588 rs317557994 atf6b a g snp3 8:3798861 rs738748642 olfml2b g a snp4 14:4243547 rs312962270 rnf216 g a
4、磷脂酰肌醇-5-磷酸4-激酶2α(pip4k2a)通过信号转导、代谢稳态和基因组不稳定性等方面导致白血病，在淋巴瘤中具有致癌作用。olfml2b(olfactomedin-like 2b)属于嗅觉蛋白(olfactomedin，olf)家族第ⅳ亚科，参与神经发育和免疫反应等正常生理活动的调节。环指蛋白216(ring finger protein 2l6，rnf2l6)是含有ring结构域的e3泛素连接酶，抑制过度的炎症反应。目前pip4k2a、olfml2b、rnf2l6、atf6β基因要主要集中在参与人类免疫和神经功能相关，在此之前尚未有关于在鸡冠厚度发育方面的研究报道。专利技术人通过gwas(genome-wide association studies，全基因组关联分析)分析筛选到这些候选基因的snp位点与鸡冠厚度显著相关。
5、所述snp分子标记的筛选方法如下：
6、以鸡基因组bgalgal.mat.broiler.grcg7b(gcf_016699485.2)作为参考，采用gwas测序技术和全基因组关联分析，得到与鸡冠厚度显著相关的3个区域，包括4个基因。使用spss16.0软件的一般线性模型中的单变量方差分析进行多态性位点基因型与鸡冠厚度关联分析和验证，筛选到4个snp位点的优势基因型。
7、gwas是解析畜禽数量性状遗传结构强有力工具。利用gwas方法研究snp位点与表型值之间的关联，能够鉴别影响经济性状的分子标记，特别适用于复杂的数量性状。基于此，本专利技术通过gwas筛选鸡冠厚度分子标记，得到4个与鸡冠厚度显著相关的snp分子标记。与候选基因和qtl连锁分析相比，gwas标记密度高，可解析稀有、低频变异，可分析复杂性状的遗传结构，还可识别新型变异，结果更可靠。
8、上述snp分子标记的引物的核苷酸序列如下：
9、
10、具体地，提高鸡冠厚度的选育方法包括如下步骤：
11、(1)测定待选育鸡的基因型，所述基因型为上述的snp分子标记组合的基因型；
12、(2)选留snp1位点tt、ct优势基因型，snp2位点aa优势基因型，snp3位点gg优势基因型，snp4位点aa和ga优势基因型的待选育鸡为鸡冠厚度相对高的个体。
13、具体地，步骤(1)中，待选育鸡的基因型的测定方法为：
14、(1.1)提取待测鸡基因组总dna；优选地，所述待测鸡的基因组dna由待测鸡的翅静脉采血得到；
15、(1.2)根据snp分子标记组合，利用对应引物对通过pcr方法扩增目标序列，所述引物对的序列为：
16、snp1f：5’tgcacactggcactccttac3’
17、snp1r：5’cacggcatgaattacacgtt3’
18、snp2f：5’ttgagatgcgctagcaaaaa3’
19、snp2r：5’gctgagaacagccacacaaa3’
20、snp3f：5’tggctttcctgggtggggac3’
21、snp3r：5’tgaatggtttgacttgctgg3’
22、snp4f：5’caactcctgtcttccgtggt 3’
23、snp4r：5’cctctgttcccagaagctgt3’；
24、(1.3)将pcr扩增产物测序后，判断基因型。
25、pcr产物送生物公司进行测序，将所得序列与鸡的参考基因组本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种SNP分子标记组合在鸡冠厚度辅助育种中的应用，其特征在于，所述SNP分子标记组合包括如下SNP1～SNP4合计4个SNP位点：
2.一种提高鸡冠厚度的选育方法，其特征在于，包括如下步骤：
3.根据权利要求2所述选育方法，其特征在于，步骤(1)中，待选育鸡的基因型的测定方法为：
4.根据权利要求3所述选育方法，其特征在于，PCR扩增产物的核苷酸序列如SEQ IDNO.1～SEQ ID NO.4所示，PCR产物长度为217bp、236bp、202bp、180bp。
【技术特征摘要】
1.一种snp分子标记组合在鸡冠厚度辅助育种中的应用，其特征在于，所述snp分子标记组合包括如下snp1～snp4合计4个snp位点：
2.一种提高鸡冠厚度的选育方法，其特征在于，包括如下步骤：
3.根据权利要求2所述选育方法，其...
【专利技术属性】
技术研发人员：屠云洁，束婧婷，刘一帆，章明，巨晓军，姬改革，单艳菊，盛中伟，卢新旺，徐军，张海涛，许盛海，
申请(专利权)人：江苏省家禽科学研究所，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。