【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子标记开发及分子检测，具体涉及一种柚子indel分子标记、扩增引物及其在柚子品种鉴别中的应用。
技术介绍
1、柑橘柚类(citrusgrandis)是柑橘中重要的组成部分，柚类在中国具有广泛的种植且产量位居世界首位，尤其以‘沙田柚’‘琯溪蜜柚'和‘马家柚'等我国传统综合性状优良柚品种为主。近些年，中国柚类种植规模不断扩大，但是品种多而杂乱，品种选育以及改良等配套技术仍处于较为初级的发展阶段，生产结构与熟期结构也不合理。
2、目前，在柑橘属植物的品种鉴定研究中，主要采用的是形态学鉴定或分子标记鉴定的方式。其中形态学的鉴定为通过对花、果实、叶片、枝、刺等外在形态的观测和分析，并以典型的表型特征为基础，建立柑橘属植物的分类学体系，如李润唐等【李润唐，张映南，田大伦.柑橘类植物叶片的气孔研究.果树学报，2004，21(5):419-424】观察9个柑橘品种的气孔形态，发现不同品系间气孔特征差异明显，可作为柑橘品种分类的微观特征，并揭示了‘枳壳'与柑橘属和金柑属的亲缘关系较远。陈鹏【陈鹏.中国野生山金柑种质资源调查及遗传多样性研究[d].华中农业大学，2011】通过比较‘山金柑'的叶片翼叶的有无、果实的外形及种子的胚性等表型特征，表明了我国山金柑属种质资源类型丰富多样。可见，形态学鉴定依靠表观以及结合一些生理特性进行选择，但是可利用的形态标记较少，易受环境影响并且柚类杂种幼苗的形态学特征十分相似，因此在早期无法进行准确鉴定。
3、dna分子标记技术是利用dna水平上的基因多态性，从分子水平上对生物进
4、综上，现有的用于鉴定柚类品种及种质来源的方法都存在一定的缺陷，限制了柚类品种遗传背景的鉴定效率和准确性。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一种柚子indel分子标记、扩增引物及其在柚子品种鉴别中的应用，所述柚子indel分子标记可以快速、精准地用于柚子品种的鉴别，尤其是‘东试早柚’的鉴别。
2、本专利技术提供了一种柚子indel分子标记，所述柚子indel分子标记位于‘晚白柚’基因组的第二染色体的第38807805bp处，存在如seq id no.1所示的143bp的插入/缺失多态性。
3、优选的，包含所述柚子indel分子标记的核苷酸序列如seq id no.2或seq idno.3所示。
4、本专利技术还提供了上述技术方案所述的柚子indel分子标记的扩增引物，所述扩增引物的正向引物和反向引物的核苷酸序列分别如seq id no.8和seq id no.9所示。
5、本专利技术还提供了上述技术方案所述扩增引物在制备柚子检测试剂、试剂盒、基因组芯片或液相探针中的应用。
6、本专利技术还提供了一种柚子检测产品，所述柚子检测产品包括上述技术方案所述的扩增引物。
7、优选的，所述产品的类型包括试剂、试剂盒、基因组芯片或液相探针。
8、本专利技术还提供了上述技术方案所述的柚子indel分子标记、上述技术方案所述的扩增引物或上述技术方案所述的柚子检测产品在柚子品种的鉴别或区分中的应用。
9、优选的，所述应用包括‘东试早柚’的鉴别。
10、本专利技术还提供了上述技术方案一种鉴别‘东试早柚’的方法，包括如下步骤：
11、以扩增引物对待测柚子样本的基因组dna进行扩增，得到pcr扩增产物；
12、对所述pcr扩增产物进行凝胶电泳检测，得到凝胶电泳扩增条带；
13、依据所述凝胶电泳扩增条带的大小进行结果判定：
14、当所述凝胶电泳扩增条带为343bp时，所述待测柚子样本为‘东试早柚’；
15、当所述凝胶电泳扩增条带204bp时，所述待测柚子样本为非‘东试早柚’的其他品种；
16、所述扩增引物为上述技术方案所述的扩增引物。
17、优选的，所述pcr扩增的体系包括：10.0μl 2×taq mix，0.5μl浓度为10mmol/l的正向引物，0.5μl浓度为10mmol/l的反向引物，1.0μl基因组dna和8.0μlddh2o。
18、所述pcr扩增的程序包括94℃预变性5min；94℃变性1min，55℃退火30s，72℃延伸1min，35个循环；72℃终延伸10min。
19、有益效果：
20、本专利技术提供了一种柚子indel分子标记，所述柚子indel分子标记位于以‘晚白柚’基因组的第二染色体的第38807805bp处，存在如seq id no.1所示的143bp的插入/缺失多态性。在此基础上，本专利技术还提供了上述柚子indel分子标记的扩增引物，利用所述柚子indel分子标记可以快速、精确地区分‘东试早柚’与其他柚类柑橘品种。本专利技术所述的分子标记及分子标记扩增引物可以为‘东试早柚’品种的苗木鉴别工作提供有效的方法和思路，同时简便快捷地运用于相关柚品种的科研或生产实践中。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种柚子Indel分子标记，其特征在于，所述柚子Indel分子标记位于‘晚白柚’基因组的第二染色体的第38807805bp处，存在如SEQ ID NO.1所示的143bp的插入/缺失多态性。
2.根据权利要求1所述的柚子Indel分子标记，其特征在于，包含所述柚子Indel分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.2或SEQ ID NO.3所示。
3.权利要求1或2所述的柚子Indel分子标记的扩增引物，其特征在于，所述扩增引物的正向引物和反向引物的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.8和SEQ ID NO.9所示。
4.权利要求3所述扩增引物在制备柚子检测试剂、试剂盒、基因组芯片或液相探针中的应用。
5.一种柚子检测产品，其特征在于，所述柚子检测产品包括权利要求3所述的扩增引物。
6.根据权利要求5所述的柚子检测产品，其特征在于，所述产品的类型包括试剂、试剂盒、基因组芯片或液相探针。
7.权利要求1或2所述的柚子Indel分子标记、权利要求3所述的扩增引物或权利要求5或6所述的柚子检测产品在柚子品种的鉴
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述应用包括‘东试早柚’的鉴别。
9.一种鉴别‘东试早柚’的方法，其特征在于，包括如下步骤：
10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的体系包括：10.0μL 2×TaqMix，0.5μL浓度为10mmol/L的正向引物，0.5μL浓度为10mmol/L的反向引物，1.0μL基因组DNA和8.0μLddH2O。所述PCR扩增的程序包括94℃预变性5min；94℃变性1min，55℃退火30s，72℃延伸1min，35个循环；72℃终延伸10min。
...【技术特征摘要】
1.一种柚子indel分子标记，其特征在于，所述柚子indel分子标记位于‘晚白柚’基因组的第二染色体的第38807805bp处，存在如seq id no.1所示的143bp的插入/缺失多态性。
2.根据权利要求1所述的柚子indel分子标记，其特征在于，包含所述柚子indel分子标记的核苷酸序列如seq id no.2或seq id no.3所示。
3.权利要求1或2所述的柚子indel分子标记的扩增引物，其特征在于，所述扩增引物的正向引物和反向引物的核苷酸序列分别如seq id no.8和seq id no.9所示。
4.权利要求3所述扩增引物在制备柚子检测试剂、试剂盒、基因组芯片或液相探针中的应用。
5.一种柚子检测产品，其特征在于，所述柚子检测产品包括权利要求3所述的扩增引物。
6.根据权利要求5所述的柚...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘承浪，黄文铠，邓秀新，高俊燕，李顺心，张颖梓，周先艳，岳建强，董美超，王绍华，毛加梅，闫素云，李雪佳，
申请(专利权)人：云南省农业科学院热带亚热带经济作物研究所，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。