【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、检查点阻断免疫疗法改变了癌症医学。过去几乎没有或没有选择的癌症患者现在可以从这类可大大提高存活的强效药物中受益。
2、然而，单一药剂检查点抗体在患者中的反应率通常较低。与单一药剂相比，涉及单一抗体的组合免疫疗法可以提高治疗功效。然而，组合越来越多抗体的方法的难度呈指数级增长，因为每种特异性且有效的治疗抗体的开发本身就是一项艰巨的任务。
3、迫切需要一种更灵活、更通用且更有效的用于组合免疫疗法的手段。本公开解决了这种需要。
技术实现思路
1、如本文所述，本公开涉及可用于通过施用基于crispr的基因沉默系统提供用于组合免疫疗法的手段的方法和组合物，该基因沉默系统靶向由免疫细胞和包含肿瘤细胞的组织两者表达的免疫抑制因子。
2、因此，在一方面，本公开包括增强有需要的受试者中的免疫反应的方法，该方法包括向受试者施用有效量的基因沉默系统，其中该基因沉默系统降低靶细胞中的至少一种内源性免疫抑制基因的表达，从而增强免疫反应。
3、在另一方面，本公开包括增强有需要的受试者中的抗肿瘤免疫反应的方法，该方法包括向受试者施用有效量的基因沉默系统，其中该基因沉默系统降低靶细胞中的至少一种内源性免疫抑制基因的表达，从而增强抗肿瘤免疫反应。
4、在某些实施例中，基因沉默系统是基于crispr的基因沉默系统，其包含多个aav-crispr载体，其中该多个aav-crispr载体包含cas核酸酶以及与来自与免疫抑制相关的多个靶基因的mrn
5、在某些实施例中，grna序列包含选自由seq id no:1-1657组成的组的至少一种核酸序列。
6、在某些实施例中，多种grna包含由seq id no:1-1657组成的核苷酸序列。
7、在某些实施例中，grna序列包含选自由seq id no:1-92组成的组的至少一种核酸序列。
8、在某些实施例中，多种grna包含由seq id no:1-92组成的核苷酸序列。
9、在某些实施例中，靶基因选自由以下项组成的组：pdl1、半乳糖凝集素9、半乳糖凝集素3和cd47或其任何组合。
10、在某些实施例中，基于crispr的基因沉默系统选自由iii型(cmr/csm)系统、vi型系统和ii型系统组成的组。
11、在某些实施例中，vi型系统包含cas13核酸酶。
12、在某些实施例中，cas核酸酶是cas13核酸酶。
13、在某些实施例中，cas13核酸酶选自由cas13a、cas13b、cas13c和cas13d组成的组。
14、在某些实施例中，cas13核酸酶是cas13d。
15、在某些实施例中，靶细胞是免疫细胞。
16、在某些实施例中，靶细胞是t细胞。
17、在某些实施例中，靶细胞是肿瘤细胞。
18、在某些实施例中，靶细胞是免疫细胞和肿瘤细胞。
19、在某些实施例中，基因沉默系统包括rna干扰(rnai)系统。
20、在某些实施例中，rnai系统选自基于shrna的系统、基于sirna的系统以及基于mirna的系统。
21、在某些实施例中，rnai系统靶向包含seq id no:1658-1665中列出的核酸序列的内源性rna序列。
22、在某些实施例中，rnai系统靶向选自由以下项组成的组的基因：cd200、cd66、半乳糖凝集素3、cd47或其任何组合。
23、在某些实施例中，rnai系统是shrna系统。
24、在某些实施例中，shrna系统包含选自由seq id no:1666-1681组成的组的至少一种核酸。
25、在某些实施例中，aav-crispr载体选自由以下项组成的组：aav1、aav2、aav3、aav3b、aav4、aav5、aav6、aav7、aav8、aav9、aav12、aav-b1、aav-dj、aav-retro、aavrh8、aavrh10、aavrh25、anc80l65、lk03、aavrh18、aavrh74、aavrh32.33、aavrh39、aavrh43、oligo001、php-b和spark100。
26、在某些实施例中，aav-crispr载体是aav9。
27、在某些实施例中，施用有效量的基因沉默系统包括一剂量、两剂量、三剂量、四剂量或多剂量治疗。
28、在某些实施例中，肿瘤是选自由以下项组成的组的癌症：乳腺癌、肺癌、胰腺癌、黑色素瘤、神经胶质瘤、肝癌、结肠癌和脑癌。
29、在某些实施例中，基因沉默系统的施用导致增加的cd8+t细胞浸润到肿瘤中。
30、在某些实施例中，基因沉默系统是瘤内施用的。
31、在某些实施例中，其进一步包括施用另外的抗肿瘤治疗。
32、在某些实施例中，另外的抗肿瘤治疗选自由化疗、放射、手术、免疫检查点抑制剂和免疫检查点阻断抗体组成的组。
33、在某些实施例中，受试者是哺乳动物。
34、在某些实施例中，受试者是人。
35、在另一方面，本公开包括载体，该载体包含腺相关病毒(aav)基因组、u6启动子序列、grna序列、efs启动子序列和cas核酸酶基因。
36、在某些实施例中，grna序列包含选自由seq id no:1-1657组成的组的至少一种核酸序列。
37、在某些实施例中，cas核酸酶是rna靶向核酸酶。
38、在某些实施例中，cas核酸酶是cas13核酸酶。
39、在某些实施例中，cas13核酸酶选自由cas13a、cas13b、cas13c和cas13d组成的组。
40、在某些实施例中，cas13核酸酶是cas13d。
41、在另一方面，本公开包括包含grna文库的组合物，其中该grna文库包含靶向细胞中的多个免疫抑制基因的多种grna。
42、在某些实施例中，多种grna包含选自由seq id no:1-1657组成的组的至少一种grna。
43、在某些实施例中，多种grna包含seq id no:1-1657的核酸序列。
44、在某些实施例中，多种grna包含seq id no:3-92的核酸序列。
45、在某些实施例中，多种grna包含seq id no:93-1657的核酸序列。
46、在某些实施例中，grna文库被包装到aav载体中。
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1.一种增强有需要的受试者中的免疫反应的方法，
2.一种增强有需要的受试者中的抗肿瘤免疫反应的方法，
3.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所述基因沉默系统是基于CRISPR的基因沉默系统，其包含多个AAV-CRISPR载体，其中所述多个AAV-CRISPR载体包含Cas核酸酶以及与来自与免疫抑制相关的多个靶基因的mRNA同源的多种向导RNA(gRNA)。
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述gRNA序列包含选自由SEQ ID NO:1-1657组成的组的至少一种核酸序列。
5.根据权利要求3所述的方法，其中所述多种gRNA包含SEQ ID NO:1-1657的核苷酸序列。
6.根据权利要求3所述的方法，其中所述gRNA序列包含选自由SEQ ID NO:1-92组成的组的至少一种核酸序列。
7.根据权利要求3所述的方法，其中所述多种gRNA包含SEQ ID NO:1-92的核苷酸序列。
8.根据权利要求3所述的方法，其中所述靶基因选自由以下项组成的组：Pdl1、半乳糖凝集素9、半乳糖凝集
9.根据权利要求3所述的方法，其中所述基于CRISPR的基因沉默系统选自由III型(Cmr/Csm)系统、VI型系统和II型系统组成的组。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述VI型系统包含Cas13核酸酶。
11.根据权利要求3所述的方法，其中所述Cas核酸酶是Cas13核酸酶。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述Cas13核酸酶选自由Cas13a、Cas13b、Cas13c和Cas13d组成的组。
13.根据权利要求11所述的方法，其中所述Cas13核酸酶是Cas13d。
14.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所述靶细胞是免疫细胞。
15.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所述靶细胞是T细胞。
16.根据权利要求2所述的方法，其中所述靶细胞是肿瘤细胞。
17.根据权利要求2所述的方法，其中所述靶细胞是免疫细胞和肿瘤细胞。
18.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所述基因沉默系统包括RNA干扰(RNAi)系统。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述RNAi系统选自基于shRNA的系统、基于siRNA的系统以及基于miRNA的系统。
20.根据权利要求18所述的方法，其中所述RNAi系统靶向包含SEQ ID NO:1658-1665中列出的核酸序列的内源性RNA序列。
21.根据权利要求18所述的方法，其中所述RNAi系统靶向选自由以下项组成的组的基因：CD200、CD66、半乳糖凝集素3、CD47或其任何组合。
22.根据权利要求18所述的方法，其中所述RNAi系统是shRNA系统。
23.根据权利要求22所述的方法，其中所述shRNA系统包含选自由SEQ ID NO:1666-1681组成的组的至少一种核酸。
24.根据权利要求3所述的方法，其中所述AAV-CRISPR载体选自由以下项组成的组：AAV1、AAV2、AAV3、AAV3B、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV12、AAV-B1、AAV-DJ、AAV-Retro、AAVrh8、AAVrh10、AAVrh25、Anc80L65、LK03、AAVrh18、AAVrh74、AAVrh32.33、AAVrh39、AAVrh43、Oligo001、PHP-B和Spark100。
25.根据权利要求3所述的方法，其中所述AAV-CRISPR载体是AAV9。
26.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中施用所述有效量的所述基因沉默系统包括一剂量、两剂量、三剂量、四剂量或多剂量治疗。
27.根据权利要求2所述的方法，其中所述肿瘤是选自由以下项组成的组的癌症：乳腺癌、肺癌、胰腺癌、黑色素瘤、神经胶质瘤、肝癌、结肠癌和脑癌。
28.根据权利要求2所述的方法，其中所述基因沉默系统的施用导致增加的CD8+T细胞浸润到所述肿瘤中。
29.根据权利要求2所述的方法，其中所述基因沉默系统是瘤内施用的。
30.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括向所述受试者施用另外的抗肿瘤治疗。
31.根据权利要求30所述的方法，其中所述另外的抗肿瘤治疗选自由化疗、放射、手术、免疫检查点抑制剂和免疫检查点阻断抗体组成的组。
32.根据权利...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种增强有需要的受试者中的免疫反应的方法，
2.一种增强有需要的受试者中的抗肿瘤免疫反应的方法，
3.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所述基因沉默系统是基于crispr的基因沉默系统，其包含多个aav-crispr载体，其中所述多个aav-crispr载体包含cas核酸酶以及与来自与免疫抑制相关的多个靶基因的mrna同源的多种向导rna(grna)。
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述grna序列包含选自由seq id no:1-1657组成的组的至少一种核酸序列。
5.根据权利要求3所述的方法，其中所述多种grna包含seq id no:1-1657的核苷酸序列。
6.根据权利要求3所述的方法，其中所述grna序列包含选自由seq id no:1-92组成的组的至少一种核酸序列。
7.根据权利要求3所述的方法，其中所述多种grna包含seq id no:1-92的核苷酸序列。
8.根据权利要求3所述的方法，其中所述靶基因选自由以下项组成的组：pdl1、半乳糖凝集素9、半乳糖凝集素3和cd47或其任何组合。
9.根据权利要求3所述的方法，其中所述基于crispr的基因沉默系统选自由iii型(cmr/csm)系统、vi型系统和ii型系统组成的组。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述vi型系统包含cas13核酸酶。
11.根据权利要求3所述的方法，其中所述cas核酸酶是cas13核酸酶。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述cas13核酸酶选自由cas13a、cas13b、cas13c和cas13d组成的组。
13.根据权利要求11所述的方法，其中所述cas13核酸酶是cas13d。
14.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所述靶细胞是免疫细胞。
15.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所述靶细胞是t细胞。
16.根据权利要求2所述的方法，其中所述靶细胞是肿瘤细胞。
17.根据权利要求2所述的方法，其中所述靶细胞是免疫细胞和肿瘤细胞。
18.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所述基因沉默系统包括rna干扰(rnai)系统。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述rnai系统选自基于shrna的系统、基于sirna的系统以及基于mirna的系统。
20.根据权利要求18所述的方法，其中所述rnai系统靶向包含seq id no:1658-1665中列出的核酸序列的内源性rna序列。
21.根据权利要求18所述的方法，其中所述rnai系统靶向选自由以下项组成的组的基因：cd200、cd66、半乳糖凝集素3、cd47或其任何组合。
22.根据权利要求18所述的方法，其中所述rnai系统是shrna系统。
23.根据权利要求22所述的方法，其中所述shrna系统包含选自由seq id no:1666-1681组成的组的至少一种核酸。
24.根据权利要求3所述的方法，其中所述aav-cris...
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