【技术实现步骤摘要】
本申请涉及基因检测，特别涉及一种用于检测血友病相关基因突变类型的探针组合物、试剂盒和方法。
技术介绍
1、血友病是一组遗传性的凝血障碍疾病，主要特征是血液中某些凝血因子的缺乏或功能异常，导致凝血时间延长，患者容易在轻微受伤后出血不止，甚至在没有明显外伤的情况下也可能发生自发性出血。常见的血友病包括甲型血友病(又称凝血因子viii缺乏症或血友病a)、乙型血友病(又称凝血因子ix缺乏症或血友病b)和丙型血友病(又称凝血因子xi缺乏症)。另外，临床上还有血管性血友病(vwd)、凝血因子ii缺乏症、凝血因子vii缺乏症等凝血因子缺乏导致的先天性出血性疾病。
2、血友病a(hemophilia a，ha)由f8基因缺陷所致。f8基因位于xq28，全长约186kb，包括26个外显子和25个内含子。f8基因常见的致病变异为内含子22倒位，其次是内含子1倒位，其余类型的致病变异跨越整个突变谱，包括错义变异、小片段缺失或插入、无义变异、剪接位点变异、大片段缺失和重复等。
3、血友病b(hemophilia b，hb)由f9基因缺陷所致。f9基因位于xq26.3～27.2，全长约32.7kb，包括8个外显子和7个内含子。f9基因常见的致病变异为点突变和小片段插入或缺失，分布在外显子、剪接区和启动子区，其余为大片段缺失，为外显子部分缺失。
4、血管性血友病(vwd)由vwf基因缺陷所致。vwf基因位于12p13.3，全长约180kb，包括52个外显子。vwf基因缺陷导致的血管性血友病(vwd)主要分为三种类型，每种
5、总之，血友病的致病基因和变异位点多样，包括点突变、小片段插入或缺失、大片段缺失、内含子倒位等，难以在一个体系中同时检测多种突变类型。传统的血友病分子分析通常需要结合多种检测方法，例如长程聚合酶链式反应(lr-pcr)或反向pcr用于检测倒位，桑格测序或下一代测序(ngs)用于检测单核苷酸变异(snv)和插入缺失，以及多重连接依赖性探针扩增(mlpa)用于检测大片段的缺失或重复。这些方法虽然各有优势，但也存在局限性，如对大片段的变异检测不够敏感或无法提供完整的基因组结构信息。因此，建立一种快速、精准的可同时检测多种血友病等先天性出血性疾病的致病基因变异检测技术，对血友病的早期识别和诊治有极其重要的意义。
技术实现思路
1、基于此，本申请一个或多个实施例提供了一种可以在同一反应体系中检测多种血友病相关基因的多种突变类型的探针组合物、试剂盒和方法。
2、本申请的技术方案，包括如下内容：
3、一种用于检测血友病相关基因突变类型的探针组合物，所述血友病相关基因包括f8、f9和vwf；所述探针组合物的起止位点如下：
4、
5、
6、
7、一种用于检测血友病相关基因突变类型的试剂盒，包括上文所述的探针组合物。
8、一种检测血友病相关基因突变类型的方法，包括：
9、将待检测样本的基因组dna进行片段化和加接头处理，得到末端加有接头的dna片段；
10、将所述末端加有接头的dna片段用上文所述的探针组合物进行杂交捕获处理，得到杂交捕获产物；
11、将所述杂交捕获产物进行扩增处理，得到扩增产物；
12、用所述扩增产物构建三代文库，测序，获得序列读取；
13、将所述序列读取与参考基因组进行比对，获得待检测的样本中血友病相关基因的突变结果。
14、进一步地，将所述末端加有接头的dna片段用上文所述的探针组合物进行杂交捕获处理，得到杂交捕获产物的步骤，包括：
15、所述末端加有接头的dna片段经扩增处理，再经片段筛选处理，得到第一扩增产物，所述第一扩增产物中长度为5000bp～15000bp的dna片段的占比≥80％；
16、将筛选后的片段用上文所述的探针组合物进行杂交捕获处理。
17、进一步地，将扩增处理后的末端加有接头的dna片段进行筛选处理的步骤包括：
18、将所述第一扩增处理后的产物和dna筛选磁珠共孵育，所述第一扩增处理后的产物和所述35％dna筛选磁珠的体积比为1：(3.1～3.3)。
19、进一步地，将所述序列读取与参考基因组进行比对，获得待检测的样本中血友病相关基因的突变结果的步骤，包括：
20、将所述序列读取与参考基因组进行比对，一部分的所述序列读取比对至常规基因区域得到第一比对结果，根据所述第一比对结果进行第一变异分析，输出第一分析结果，并对非常规基因进行单体型分型，获得所述非常规基因与其存在的高度同源序列的差异碱基序列，将所述差异碱基序列与剩余部分的所述序列读取进行比对得到第二比对结果，根据所述第二比对结果进行第二变异分析，输出第二分析结果；
21、对所述第一分析结果和所述第二分析结果进行汇总，输出基因突变分析结果；
22、其中，所述常规基因是指不存在高度同源序列的基因，所述非常规基因是指存在高度同源序列的基因，所述存在高度同源序列的基因是指该基因在基因组范围内存在序列结构相似的同源序列，且该基因序列与同源序列之间的相似度≥90％；
23、所述第一分析结果和所述第二分析结果分别独立地包括如下基因突变结果中的至少一种：单核苷酸多态性、小规模的插入和缺失、结构变异和复杂基因组重排。
24、一种血友病相关基因突变类型的检测装置，包括：
25、基因组dna处理模块：用于将待检测样本的基因组dna进行片段化和加接头处理，得到末端加有接头的dna片段；
26、目标区域捕获模块：用于将所述末端加有接头的dna片段用上文所述的探针组合物进行杂交捕获处理，得到杂交捕获产物；将所述杂交捕获产物进行扩增处理，得到扩增产物；
27、测序模块：将所述扩增产物构建三代文库，测序，获得序列读取；将所述序列读取与参考基因组进行比对，获得待检测的样本中血友病相关基因的突变结果。
28、一种计算机设备，包括存储器和处理器，所述存储器存储有计算机程序，所述处理器执行所述计算机程序时实现上文所述的方法的步骤。
29、一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，所述计算机程序被处理器执行时实本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于检测血友病相关基因突变类型的探针组合物，其特征在于，所述血友病相关基因包括F8、F9和vWF；所述探针组合物的起止位点如下：
2.一种用于检测血友病相关基因突变类型的试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述的探针组合物。
3.一种检测血友病相关基因突变类型的方法，其特征在于，包括：
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，将所述末端加有接头的DNA片段用权利要求1所述的探针组合物进行杂交捕获处理，得到杂交捕获产物的步骤，包括：
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，将扩增处理后的末端加有接头的DNA片段进行筛选处理的步骤包括：
6.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，将所述序列读取与参考基因组进行比对，获得待检测的样本中血友病相关基因的突变结果的步骤，包括：
7.一种血友病相关基因突变类型的检测装置，其特征在于，包括：
8.一种计算机设备，包括存储器和处理器，所述存储器存储有计算机程序，其特征在于，所述处理器执行所述计算机程序时实现权利要求3～6中任一项所述的方法的步骤。
...【技术特征摘要】
1.一种用于检测血友病相关基因突变类型的探针组合物，其特征在于，所述血友病相关基因包括f8、f9和vwf；所述探针组合物的起止位点如下：
2.一种用于检测血友病相关基因突变类型的试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述的探针组合物。
3.一种检测血友病相关基因突变类型的方法，其特征在于，包括：
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，将所述末端加有接头的dna片段用权利要求1所述的探针组合物进行杂交捕获处理，得到杂交捕获产物的步骤，包括：
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，将扩增处理后的末端加有接头的dna片段进行筛选处理的步骤包括：
6.根据权利要求3所述的方...
【专利技术属性】
技术研发人员：杨玉妍，许瑞霞，顾梦南，卢娜如，孔令印，梁波，
申请(专利权)人：苏州贝康医疗器械有限公司，
类型：发明
国别省市：
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