【技术实现步骤摘要】
本申请涉及草鱼，具体涉及与草鱼生长和体脂性状相关的mttp基因分子标记及其应用。
技术介绍
1、微粒体甘油三酯转移蛋白(microsomal triglyceride transferprotein,mttp)作为一种独特的脂质转运蛋白，最初从牛肝细胞微粒体里分离获得，也高表达于肠上皮细胞，其主要功能是参与细胞内脂质转运及极低密度脂蛋白(vldl)在内质网腔内的组装和分泌。研究表明，mttp在脂蛋白组装早期中性脂质向载脂蛋白b的转移中发挥关键作用。针对斑马鱼研究发现，鱼类mttp基因功能与哺乳动物类似，该基因表达与肠上皮细胞内脂肪积聚存在关联。
2、草鱼(ctenopharyngodon idella)是中国大宗淡水经济养殖鱼类，2023年养殖产量突破590万吨，在所有淡水鱼类中产量最高。然而随着集约化模式发展，养殖草鱼通常存在脂肪肝、腹腔内脂肪堆积等体脂过度沉积问题。鉴于mttp在维持体内脂质正常代谢运输、胆固醇稳态、脂蛋白转运以及低密度脂蛋白颗粒重塑等方面至关重要，以及mttp基因突变可能导致微粒体甘油三酯转运蛋白功能降低或缺失，所以挖掘分析mttp基因多态性与草鱼体脂等经济性状的关联性，以期为低脂优质草鱼品系选育提供技术支撑。
技术实现思路
1、本申请公开了草鱼mttp基因(gene id:127519104)中与生长和体脂性状关联的分子标记，位于草鱼参考基因组(ncbi编号：gcf_019924925.1)第1号染色体13970224bp处位置(chr01:13
2、第一方面，实施例公开了与草鱼生长和体脂性状关联的分子标记，包括草鱼参考基因组gcf_019924925.1的1号染色体13970224bp处发生碱基g>a突变形成的核苷酸序列。
3、第二方面，实施例公开了引物组。所述引物组包括：seq id no:1、2和3所示的dna分子。所述引物组中seq id no:1和2用于扩增包含第一方面所述分子标记的mttp基因目的片段；所述引物组中seq id no:3用于进一步检测所述分子标记的单核苷酸变异。
4、第三方面，实施例公开了一种核酸，包括草鱼参考基因组gcf_019924925.1的1号染色体13970224bp处发生碱基g>a突变形成的核苷酸序列。
5、第四方面，实施例公开了试剂盒。所述试剂盒包括第二方面所述的引物组。所述试剂盒为snapshot试剂盒，包括第二方面所述的引物组以及其他用于snapshot分型检测的试剂。
6、第五方面，实施例公开了利用分子标记筛选草鱼生长和体脂性状优良个体的方法。所述方法包括：提取待选草鱼鳍条基因组dna；利用如seq id no:1和2所示的dna分子对所述基因组dna进行pcr扩增；利用如seq id no:3所示的dna分子对所述pcr扩增的产物进行单碱基延伸反应；对所述单碱基延伸反应的产物进行测序；根据所述测序结果确定所述草鱼于所述参考基因组gcf_019924925.1第1号染色体13970224bp处的基因型；根据所述基因型筛选出含有低脂速生优势基因型的草鱼个体。
7、一些实施例中，所述pcr反应体系以15μl计包括：1.0μl草鱼基因组dna模板，0.3μl的如seq id no:1所示的dna分子，0.3μl的如seq id no:2所示的dna分子，1.5μl10×buffer，1.5μlmgcl2，0.3μldntp，0.3μl taq酶及余量的ddh2o。
8、一些实施例中，所述单碱基延伸反应体系以6.0μl计包括pcr产物2μl，snapshotmix试剂1μl，0.1μl单碱基延伸引物，及余量的ddh2o。
9、一些实施例中，所述生长性状包括体质量、体长中的至少一项；所述体脂性状包括肥满度、脏体指数、腹脂指数以及肝脂含量中的至少一项。
10、一些实施例中，于所述草鱼参考基因组gcf_019924925.1第1号染色体13970224bp处的基因型包括gg、ga和aa。其中，aa、ga和gg基因型个体的体质量依次增大。aa、ga和gg基因型个体的体长依次增大。aa、ga和gg基因型个体的肥满度依次降低。aa、ga和gg基因型个体的脏体指数依次降低。aa、ga和gg基因型个体的腹脂指数依次降低。aa、ga和gg基因型个体的肝脂含量依次降低。综上，所述gg基因型为草鱼生长和体脂性状优势基因型，可用于低脂速生草鱼的筛选。
11、第六方面，实施例公开了第一方面所述的分子标记、第二方面所述的引物组或第三方面所述的试剂盒在筛选草鱼生长和体脂性状优良个体、低脂速生草鱼品系分子辅助选择育种至少一项中的应用。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.与草鱼生长和体脂性状关联的分子标记，包括草鱼参考基因组GCF_019924925.1的1号染色体13970224bp处发生碱基G>A突变形成的核苷酸序列。
2.引物组，包括如SEQ ID NO:1、2和3所示的DNA分子。
3.一种核酸，包括草鱼参考基因组GCF_019924925.1的1号染色体13970224bp处发生碱基G>A突变形成的核苷酸序列。
4.试剂盒，包括如权利要求2所述的引物组以及其他用于SNaPshot分型检测的试剂。
5.利用分子标记筛选草鱼生长和体脂性状优良个体的方法，包括：
6.根据权利要求5所述的方法，所述PCR反应体系以15μL计包括：1.0μL草鱼基因组DNA模板，0.3μL的如SEQ ID NO:1所示的DNA分子，0.3μL的如SEQ ID NO:2所示的DNA分子，1.5μL 10×buffer，1.5μLMgCl2，0.3μL DNTP，0.3μL Taq酶及余量的ddH2O。
7.根据权利要求5所述的方法，所述单碱基延伸反应体系以6.0μL计包括：2.
8.根据权利要求5所述的方法，所述生长性状包括体质量、体长中的至少一项；所述体脂性状包括肥满度、脏体指数、腹脂指数以及肝脂含量中的至少一项。
9.根据权利要求8所述的方法，于所述草鱼参考基因组GCF_019924925.1第1号染色体13970224bp处的基因型包括GG、GA和AA；可选地，AA、GA和GG基因型个体的体质量依次增大，可选地，AA、GA和GG基因型个体的体长依次增大；可选地，AA、GA和GG基因型个体的肥满度依次降低；可选地，AA、GA和GG基因型个体的脏体指数依次降低；可选地，AA、GA和GG基因型个体的腹脂指数依次降低，可选地，AA、GA和GG基因型个体的肝脂含量依次降低，可选地，GG基因型为草鱼生长和体脂性状优势基因型，可用于低脂速生草鱼的筛选。
10.权利要求1所述的分子标记、权利要求2所述的引物组或权利要求4所述的试剂盒在筛选草鱼生长和体脂性状优良个体、低脂速生草鱼品系分子辅助选择育种至少一项中的应用。
...【技术特征摘要】
1.与草鱼生长和体脂性状关联的分子标记，包括草鱼参考基因组gcf_019924925.1的1号染色体13970224bp处发生碱基g>a突变形成的核苷酸序列。
2.引物组，包括如seq id no:1、2和3所示的dna分子。
3.一种核酸，包括草鱼参考基因组gcf_019924925.1的1号染色体13970224bp处发生碱基g>a突变形成的核苷酸序列。
4.试剂盒，包括如权利要求2所述的引物组以及其他用于snapshot分型检测的试剂。
5.利用分子标记筛选草鱼生长和体脂性状优良个体的方法，包括：
6.根据权利要求5所述的方法，所述pcr反应体系以15μl计包括：1.0μl草鱼基因组dna模板，0.3μl的如seq id no:1所示的dna分子，0.3μl的如seq id no:2所示的dna分子，1.5μl 10×buffer，1.5μlmgcl2，0.3μl dntp，0.3μl taq酶及余量的ddh2o。
7.根据权利要求5所述的方法，所述单碱基延伸反应体系以6.0μl计包括：2.0μl所述pcr...
【专利技术属性】
技术研发人员：姜鹏，刘益，史孟可，曹少卫，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院珠江水产研究所，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。