【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物技术与家畜育种领域，尤其涉及一种山羊17号染色体taok3基因上与生长性状相关的snp分子标记rs640930109及其应用。
技术介绍
1、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms，snps)是基因组中特定位置的核苷酸变异，指仅由单个核苷酸改变引起的基因组变异，是畜禽可遗传变异中最简单、最常见的一种(sacks,lounsberry et al.,2021)。生长性状是一个极其复杂的数量性状，通常包括体高、体长、体重、平均日增重和胴体重等，受微效多基因控制，对肉羊产业的效益有直接的影响。因此，snp可作为山羊分子育种、基因定位、群体进化等研究的首选工具。海门山羊是江苏地方山羊品种，兼具优质的皮毛和肉质，为南通市海门区特产，也是国家级畜禽资源保护品种之一。海门山羊具有很强的环境适应能力、早熟、多羔、繁殖力强等特点，因此是研究改良地方品种的理想对象。借助现代选择育种技术，通过将具有显著效应的分子标记加入到分子标记辅助选择(marker associated selection，mas)、基因组选择(genomic selection，gs)中，能显著提高海门山羊生长性状的遗传改良进展，进而提高后代山羊产肉量，推动我国地方山羊产业的高效发展。
2、目前已有很多研究报道了关于不同家畜动物的snps及其对于家畜经济性状(包括生长、肉用性状等)的影响，例如猪prox1基因启动子g.-930bp、g.-1421bp和g.-1573bp遗传变异位点多态性与肉质性状呈显著相关。
3、蛋白激酶taoks(thousand and one amino acid protein kinases)是丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶家族成员，是一种与细胞骨架稳定性密切相关的蛋白激酶，广泛表达于多种细胞和组织。作为丝裂原活化蛋白激酶(mapk)级联的上游激酶，taoks通过p38 mapk和jnk/sapk等信号通路，调节细胞和组织中重要的生理和病理反应，参与细胞有丝分裂和细胞凋亡等生命过程。研究报道，taok3与小鼠和人类的肥胖有关(maes b,fayazpour f,et al.,2023)，taok3敲低的小鼠表现出骨质减少、枕骨矿化不足(li z,oh h,et al.,2020)。
4、目前未见到有关山羊rs640930109分子标记与生长性状之间关联的报道。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一种山羊snp位点rs640930109的检测方法及其应用，可以快速建立遗传资源优良的山羊种群，有利于加快培育良种畜种。
2、为了实现上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：
3、第一方面，本专利技术请求保护检测山羊基因组中snp位点rs640930109多态性或基因型的物质在下述任一项中的应用：
4、(a1)鉴定或辅助鉴定山羊生长性状中的应用；
5、(a2)制备用于鉴定或辅助鉴定山羊生长性状的产品中的应用；
6、(a3)筛选或辅助筛选快生长性状山羊中的应用；
7、(a4)制备用于筛选或辅助筛选快生长性状山羊的产品中的应用；
8、(a5)快生长性状山羊辅助育种中的应用；
9、所述的snp位点rs640930109为山羊参考基因组capra hircusars1.1版本17号染色体上第14197982nt核苷酸位点，该位点的碱基是c或t(该位点参考碱基为c，突变碱基为t)。
10、进一步，所述物质为如下的(b1)或(b2)或(b3)：
11、(b1)通过直接测序法和massarray质谱检测共同检测所述snp位点rs640930109多态性或基因型的引物组；
12、(b2)含有(b1)所述引物组的试剂；
13、(b2)含有(b1)所述引物组或(b2)所述试剂的试剂盒。
14、更进一步，所述的引物组包括pcr引物对p1和massarray质谱检测中单碱基扩展引物对p2；
15、所述的pcr引物对p1：
16、上游引物f1：5’-gcaaccattccatcccaagc-3’(seq id no.2)；
17、下游引物r1：5’-gcactgtgaaggggatcatg-3’(seq id no.3)；
18、所述的massarray质谱检测中单碱基扩展引物对p2：
19、上游探针引物f2：5’-acgttggatgggaagtggaatttactgggc-3’(seq id no.4)；
20、下游探针引物r2：5’-acgttggatgtgaacagcatgcaagaggtc-3’(seq id no.5)。
21、进一步，所述的生长性状为山羊6月龄体重、体长、体高、胸围、胸深和胸宽；所述山羊基因组中snp位点rs640930109多态性或基因型对山羊6月龄体重、体长、体高、胸围、胸深和胸宽有显著性影响，cc基因型山羊6月龄体重、体长、体高、胸围、胸深和胸宽显著高于ct基因型。
22、第二方面，本专利技术请求保护前述的引物组在制备用于检测前述snp位点rs640930109多态性或基因型的产品中的应用。
23、第三方面，本专利技术请求保护一种产品，该产品含有前述的物质或前述的引物组。
24、第四方面，本专利技术请求保护一种鉴定或辅助鉴定山羊生长性状的方法，采用前述的引物组或前述的产品检测所述山羊基因组中snp位点rs640930109的多态性或基因型；cc基因型山羊6月龄体重、体长、体高、胸围、胸深和胸宽显著高于ct基因型。
25、第五方面，本专利技术请求保护一种快生长性状山羊的遗传育种方法，采用前述的引物组或前述的产品检测所述山羊基因组中snp位点rs640930109的多态性或基因型；保留cc纯合基因型个体，淘汰ct杂合基因型个体，逐代提高山羊的生长性状。
26、进一步，所述检测山羊基因组中snp位点rs640930109基因型的方法为：以待测山羊血液基因组dna为模板，利用前述的引物组或前述的产品，采用pcr扩增产物直接测序和massarray质谱检测的方法，确定所述山羊基因组中snp位点rs640930109的基因型。
27、本专利技术确定山羊核心群中种羊的snp位点rs640930109基因型，并根据山羊snp位点rs640930109基因型做出相应的选择：种羊的继代选育挑本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.检测山羊基因组中SNP位点rs640930109多态性或基因型的物质在下述任一项中的应用：
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述物质为如下的(b1)或(b2)或(b3)：
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述的引物组包括PCR引物对P1和MassARRAY质谱检测中单碱基扩展引物对P2；
4.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述的生长性状为山羊6月龄体重、体长、体高、胸围、胸深和胸宽；所述山羊基因组中SNP位点rs640930109多态性或基因型对山羊6月龄体重、体长、体高、胸围、胸深和胸宽有显著性影响，CC基因型山羊6月龄体重、体长、体高、胸围、胸深和胸宽显著高于CT基因型。
5.权利要求2或3中所述的引物组在制备用于检测权利要求1中所述SNP位点rs640930109多态性或基因型的产品中的应用。
6.一种产品，其特征在于，该产品含有权利要求2中所述的物质或权利要求3中所述的引物组。
7.一种鉴定或辅助鉴定山羊生长性状的方法，其特征在于，采用权利要求2或3中所述的引物组或权利
8.一种快生长性状山羊的遗传育种方法，其特征在于，采用权利要求2或3中所述的引物组或权利要求6所述的产品检测权利要求1中所述山羊基因组中SNP位点rs640930109的多态性或基因型；保留CC纯合基因型个体，淘汰CT杂合基因型个体，逐代提高山羊的生长性状。
9.根据权利要求7或8所述的方法，其特征在于，所述检测山羊基因组中SNP位点rs640930109基因型的方法为：以待测山羊血液基因组DNA为模板，利用权利要求2或3中所述的引物组或权利要求6中所述的产品，采用PCR扩增产物直接测序和MassARRAY质谱检测的方法，确定所述山羊基因组中SNP位点rs640930109的基因型。
10.含有权利要求1中所述SNP位点rs640930109的分子标记，其特征在于，该SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述的SNP位点rs640930109位于SEQ ID NO.1的第70bp处。
...【技术特征摘要】
1.检测山羊基因组中snp位点rs640930109多态性或基因型的物质在下述任一项中的应用：
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述物质为如下的(b1)或(b2)或(b3)：
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述的引物组包括pcr引物对p1和massarray质谱检测中单碱基扩展引物对p2；
4.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述的生长性状为山羊6月龄体重、体长、体高、胸围、胸深和胸宽；所述山羊基因组中snp位点rs640930109多态性或基因型对山羊6月龄体重、体长、体高、胸围、胸深和胸宽有显著性影响，cc基因型山羊6月龄体重、体长、体高、胸围、胸深和胸宽显著高于ct基因型。
5.权利要求2或3中所述的引物组在制备用于检测权利要求1中所述snp位点rs640930109多态性或基因型的产品中的应用。
6.一种产品，其特征在于，该产品含有权利要求2中所述的物质或权利要求3中所述的引物组。
7.一种鉴定或辅助鉴定山羊生长性状的方法，其特征在于，采用权利要求2或3中所述的引物组或权利要求6所述的产...
【专利技术属性】
技术研发人员：王锋，张真，卢佳丰，王一非，张国敏，樊懿萱，邓凯平，王金刚，
申请(专利权)人：南京农业大学，
类型：发明
国别省市：
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